감면대상 소득 여부

○○○세무서장이 2005.8.16. 청구법인에게 한 2003사업연도분 법인세 10,683,500원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1995.10.1 개업하여 신발금형 제조업을 영위하는 중소기업으로서, 2003년중 정부로부터 “신발금형의 쾌속제작 및 가공기술개발”을 연구과제로 하여 정부출연금인 기술혁신개발자금 126,500,000원(이하 “쟁점기술혁신개발자금”이라 한다)을 지급받고 이를 감면소득에 해당하는 것으로 보아 2003사업연도분 법인세 신고시 중소기업등 특별세액감면 상당액 9,319,180원의 세액을 공제신고하였다. 처분청은 쟁점기술혁신개발자금이 국고보조금으로 청구법인의 제조업 등에서 발생한 소득이 아닌 것으로 보아 감면소득에서 제외하고 청구법인의 중소기업등 특별세액 감면신청을 배제하여 2005.8.16. 청구법인에게 2003사업연도분 법인세 10,683,500원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.11.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점기술혁신개발자금은 산업자원부 소관 정책자금으로 청구법인의 주된 영업활동인 신발금형 제작기술을 지원하기 위하여 “신발금형의 쾌속제작 및 가공기술개발”을 연구과제로 하여 받은 정부출연금이다. 청구법인은 동 출연금을 위의 기술개발 연구에 전액 사용하였고 이도 모자라 청구법인의 자금 17,842천원을 추가 사용하였다. 따라서 쟁점기술혁신개발 자금은 제조업 또는 연구개발업에서 발생한 감면소득으로 보아야 함에도 처분청이 단순한 국고보조금으로 보아 비감면소득으로 판단하는 것은 부당하다. 설령, 과세한다고 하더라도 쟁점기술혁신개발자금 126,000,000원중 연구개발 협약업체인 ○○○기업주식회사 및 ○○○대학교에 위탁연구비로 지급한 67,500,000원은 청구법인의 비감면소득의 개별익금에서 제외하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 제조업을 영위하는 청구법인이 관련 법령에 따라 정부와 협약을 체결하여 기술개발용역사업을 수행하면서 사업비로 지급받은 정부출연금은 당해 제조업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하며, 청구법인은 한국표준산업분류표상 “공학 및 기술연구개발업”을 사업목적으로 하는 업체가 아니므로 감면소득으로 계상한 쟁점기술혁신개발자금은 감면소득에서 제외함이 타당하다. 또한 청구법인의 위탁연구비 67,500,000원 중 ○○○대학교에 지급한 37,500,00원은 연구인력개발비세액공제를 이미 받았으므로 개별손금으로 공제하여야 한다는 주장은 이중혜택을 바라는 것으로 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 신발제조업을 영위하는 청구법인이 기술혁신개발자금으로 지급받은 정부출연금이 감면소득에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 가. 제조업
• 차. 연구 및 개발업 같은 법 제143조 【구분경리】① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항제5항, 제32조 제4항，제55조의 2 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조，제102조, 제121조의 2, 제121조의 4, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항，제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다. 같은 법 시행령 제136조 【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 법인세법 제113조 의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 소득세법 제19조 의 규정을 준용하여 계산한다. (2) 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 같은 법 시행령 제156조 【구분경리】법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 신발금형 제조업을 영위하는 중소기업으로서 2003년 중 “신발금형의 쾌속제작 및 가공기술개발”을 연구과제로 하여 정부로부터 정부출연금인 쟁점기술혁신개발자금을 지급받았고, 2003사업연도 법인세 신고시 이를 감면사업에서 발생한 소득(특별이익)으로 회계처리하였음이 산업기술개발사업협약서(2001년 9월) 및 2003사업연도분 재무제표 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 세무조사당시 쟁점기술혁신개발자금을 비감면소득인 국고보조금으로 판단하였음이 청구법인에 대한 세무조사서(2005년 6월)에 나타나고, 이 건 심판청구 답변시에는 이를 청구법인의 제조업 자체에서 발생한 소득에 해당하지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 한국표준산업분류상 “공학 및 기술연구개발업”을 사업목적으로 하는 업체가 아니므로 쟁점기술혁신개발자금을 감면소득에서 제외하여야 한다는 의견이다.

(3) 살피건대, 조세특례제한법 제7조 를 적용함에 있어 제조업 등을 영위하는 중소기업이 관계법령에 따라 정부와 협약을 체결하여 기술개발용역사업을 수행하면서 사업비로 지급받는 정부출연금은 당해 법인의 제조업 등에서 발생한 소득에 해당하지 아니하는 것이나, 당해 법인의 기술개발사업을 수행한 용역이 한국표준산업분류상 연구 및 개발업(분류코드 73)에 해당하는 경우에는 감면소득에 해당하는 것인 바○○○, 이 건 쟁점기술혁신개발자금은 신발금형 제조업 지원과 관련하여 “신발금형의 쾌속제작 및 가공기술개발”을 연구하기 위하여 청구법인에게 제공된 정부출연금에 해당하고, 동 출연금이 청구법인의 제조업에서 발생한 소득에 해당하지 아니하나 그 자금에 의하여 수행한 용역이 사실상 한국표준산업분류상 연구 및 개발업에 해당하는 것으로 인정되므로 처분청이 이를 비감면소득으로 보아 청구법인의 중소기업등 특별세액 감면신청을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

(4) 다만, 이 건 법인세 과세표준 및 세액경정결의서에 의하면 청구법인은 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업특별세액감면과 같은 법 제11조에 의한 연구및인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제를 공제감면세액으로 함께 신청한 것으로 나타나고 있으므로 중복지원 여부를 확인하여 중복감면이 되는 경우에는 조세특례제한법 제127조 제4항 의 규정에 의하여 중복지원을 배제하는 것이 타당한 것으로 보인다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.