중소기업특별세액감면의 적정 여부

○○○세무서장이 2005.9.6 청구인에게 한 2003년 귀속 종합소득세 40,812,230원의 부과처분은 36,000,000원을 필요경비에 산입하고, 중소기업에 대한 특별세액감면액을 재계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 ○○○라는 상호로 도매업○○○을 영위하는 사업자로 2003년 제2기 과세기간중 주식회사 ○○○(이하 "청구외법인"이라 한다)으로부터 80,000천원(이하 "쟁점매입액"이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)와 ○○○ 주식회사로부터 18,000천원 상당의 세금계산서를 수취하여 매입액 98,000천원을 필요경비에 산입하여 2003년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였다. 처분청은 위 세금계산서를 가공으로 보아 매입액 98,000천원을 필요경비에 불산입하여, 2005.9.6 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 40,812,230원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.11.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하기는 하였으나 금○○○으로부터 실제로 기계(Slitter, 이하 "쟁점기계"라 한다)를 매입한 사실이 쟁점기계 반출처, 가공처 및 수출처, 금융자료 등에 의하여 확인되므로 쟁점매입액은 필요경비로 인정되어야 하며, 중소기업특별세액감면액은 경정된 산출세액에서 부당과소신고소득금액을 제외한 감면대상소득금액이 결정소득금액에서 차지하는 비율만큼 재계산하여 동 감면세액을 산출하는 것이 타당하나 처분청은 청구인이 2003년 귀속 종합소득세 확정신고시 감면신청한 세액만을 인정하였으므로 이는 재경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서와 관련한 쟁점기계의 실제 매입처, 그 매입대금 지급 등 매입거래에 대하여 당초 자료소명시에는 청구외법인과 실제 거래를 하였다고 주장하면서 불분명한 금융자료를 제시하였다가 심판청구에 이르러서는 금○○○의 소개로 쟁점기계를 매입하였다고 주장하면서 사실확인서, 금융자료 등을 제시하고 있으나 동 증빙서류는 신빙성이 없고 객관적이지 아니하여 그 증빙서류만으로는 실제거래여부를 인정할 수 없으므로 쟁점매입액에 대해 필요경비 부인한 당초 처분은 정당하며, 청구인이 수취한 세금계산서를 가공으로 보아 매입액을 필요경비 부인함에 따라 증가하는 소득금액은 조세특례제한법 제128조 제3항 의 부당과소신고금액에 해당하므로 동 금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 공급자가 아닌 제3의 공급자인 금○○○으로부터 실제로 쟁점기계를 매입한 것으로 보아 쟁점매입액을 필요경비에 산입할 수 있는지 여부와 중소기업에 대한 특별세액감면액의 계산이 적정하게 되었는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】 ① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다. 소득세법 제80조 【결정과 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때 소득세법 제60조 【세액감면 및 세액공제시 적용순위등】 ① 조세에 관한 법률의 적용에 있어서 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 다음에 의한다.

1. 당해 과세기간의 소득에 대한 소득세의 감면

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

② 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 감면 및 세액공제액의 합계액이 납부할 세액(가산세를 제외한다)을 초과하는 때에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

• 사. 도매업

• 가. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 “수도권”이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업: 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 소기업은 100분의 10)
• 나. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업, 소매업，의료업, 자동차정비업 및 관광사업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) 조세특례제한법 제128조 【추계과세시 등의 감면배제】 ③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 의 규정에 의하여 경정을 하는 경우에는 대통령령이 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조，제7조, 제12조 제1항, 제31조 제4항·제5항, 제63조, 제63조의 2 제2항，제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조의 규정을 적용하지 아니한다. 조세특례제한법시행령 제122조 【과소신고소득금액의 범위】 법 제128조 제3항에서 “대통령령이 정하는 과소신고금액”이라 함은 법인의 경우에는 법인세법시행령 제118조 의 규정에 의한 부당과소신고금액을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2003년도에 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서와 ○○○ 주식회사로부터 18,000천원 상당의 세금계산서를 수취하여 매입액 합계 98,000천원을 필요경비에 산입하여 2003년 귀속 종합소득세 확정신고를 한 데 대하여 처분청은 위 세금계산서를 가공으로 보아 매입액 98,000천원을 필요경비에 불산입하여 이 건 종합소득세를 과세하면서 중소기업특별세액감면액은 청구인이 2003년 귀속 종합소득세 확정신고시 신청한 2,113,801원(산출세액의 30%에 상당하는 금액)으로 계산한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점세금계산서를 청구인에게 교부한 청구외법인에 대하여 관할 ○○○세무서장이 세무조사한 내용을 보면, 사업장은 ○○○이고, 대표자는 김○○○이며, 1994.6.3 개업한 이래 현재에도 도매업(무역업 등)을 영위하고 있고, 2003년 제2기 및 2004년 제1기 부가가치세 신고시 행위자 불명의 허위의 부가가치세 신고서 및 세금계산서합계표가 청구외법인 명의로 다수 제출되었는 바, 조사결과 청구외법인이 신고한 부가가치세 신고서 이외의 신고자료는 모두 가공자료로 확인되어 청구외법인 명의로 가공의 세금계산서를 수수한 행위자 최○○○ 및 김○○○을 조세범처벌법 제11조 의 2 제4항 위반혐의로 관할 행정관청에 고발하고 관련 세금계산서를 과세자료로 활용하도록 관할세무서장에게 통보한 것으로 되어 있으며, 쟁점세금계산서도 가공자료로 확인되었다.

(3) 이 건 처분에 앞서 처분청이 청구인에게 쟁점세금계산서에 대한 소명요청을 한 데 대하여 2005.4.20 청구인이 처분청에 소명한 내용을 보면, 청구외법인과 실제 거래를 하였다고 주장하면서, 매매계약서(2003.11.20), 세금계산서(2003.12.20), 거래명세서(2003.12.20), 청구인 명의의 예금통장 사본(2003.12.31 72백만원이 현금으로 인출된 사실이 나타남), ○○○은행 발행 무통장입금증(2003.12.31 청구인이 청구외법인 명의의 예금계좌 ○○○에 72백만원을 입금한 사실이 나타남)을 제시하였다. 그러나 청구외법인 대표자 김○○○가 작성한 사실확인서(2005.5.25)에 의하면, 동 무통장입금증의 예금계좌번호는 청구외법인이 보유·거래하고 있는 예금계좌가 아닌 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 심판청구에서, ○○○으로부터 2003.10월 쟁점기계가 매물로 나와있다는 연락을 받고 구입을 의뢰하여 소개비 2백만원을 먼저 지급하고 쟁점기계를 80백만원에 구입하였으며, 주식회사 ○○○에 쟁점기계를 납품하면서 기계사양이 달라 기계폭을 250㎜ 키우면서 전기배선, 베어링 등을 교체하였는 바, 일부는 ○○○에 외주를 주어 수리하고 나머지는 청구인 공장에서 가공·제작하였다고 주장하면서, ○○○로부터 수취한 세금계산서, ○○○에 교부한 세금계산서, ○○○의 수출면장, 예금통장 원본, 사실확인서, 쟁점기계사진 등을 제시하므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 ○○○로부터 2003.12.31 공급가액 62,600천원 상당의 매입세금계산서(품목: Slitter 전기 Panel 외)를 수취한 것으로 나타나고, ○○○에 2003.12.10 공급가액 190백만원 상당의 세금계산서(품목: 슬리터 제작설치비)를 교부한 것으로 나타나며, 수출자가 ○○○인 수출신고필증(2003.12.27)을 보면 중국에 US$ 556,225(원화 653,906,601원) 상당의 기계류(Machine)를 수출한 것으로 되어있고 Coil Slitter Line 1Set 가액은 US$ 162,393.16인 것으로 나타나며, 청구인 예금통장 원본○○○을 보면 ○○○으로부터 2003.12.24 및 12.30 각각 76백만원 합계 152백만원을 송금받은 것으로, 2003.12.24 김○○○에게 36백만원이 전화이체된 사실이 나타나고, ○○○자료에 의하면 김○○○는 금○○○의 배우자로 확인된다. 금○○○은 쟁점기계를 청구인에게 중개하였다고 사실확인(2005.6.1)하고 있고, 청구인의 종업원이었던 이○○○은 당시 청구인의 사업장에서 종업원으로 있었으며 2003.10월 쟁점기계를 분해하여 수리한 사실이 있으며, ○○○에 소재한 ○○○의 사업장에서 쟁점기계를 시운전한 사실이 있었다고 사실확인(2005.10.28)하고 있다.

(5) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서이고, 청구인이 쟁점기계를 매입하여 일부 수리·가공하여 ○○○에 판매한 사실이 있는 것으로 보이나 청구인이 ○○○에 190백만원 상당의 매출세금계산서를 교부하였으나 송금받은 금액은 152백만원으로 확인되어 나머지 금액의 수수여부가 확인되지 아니하여 청구인이 쟁점기계를 실제로 80백만원에 구입하였는지 여부도 확인할 수 없으나, 청구인이 금○○○의 처 김○○○에게 36백만원을 송금한 사실이 나타나는 점에서 최소한 36백만원은 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(6) 한편, 중소기업에 대한 특별세액감면액의 계산이 잘 되었는지 여부에 대하여 살펴보면, 조세특례제한법 제128조 의 규정에 의하여 부당과소신고금액은 중소기업특별세액감면을 배제하는 것이나, 감면세액 등의 계산에 대해 소득세법에는 규정이 없고 법인세법 제59조 제2항 에서 규정하고 있으므로, 동 규정의 계산방법에 따르면 당초 청구인이 감면대상으로 신고한 소득금액은 변동이 없으나 산출세액이 증가하였으므로 중소기업특별세액감면액은 다소 증가하게 된다. 따라서, 중소기업특별세액감면액은 경정후의 산출세액에 감면대상소득금액이 결정소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액에 다시 감면비율을 곱하는 방법으로 재계산하여야 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.