장기보유특별공제

심판청구번호 국심2005부 2788(2006.02.07) 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구인은 1995.9.20 취득한 ○○○ 소재 ○○○호(이하 "기존주택"이라 한다)를 2004.4.10 오○○○외 1인에게 790,000천원에 양도하고 이를 일반 부동산의 양도로 보아 양도가액 6억원을 초과하는 고가주택의 양도차익에 대하여 2004.5.18 양도소득세 16,737,740원을 예정신고·납부 하였다. 처분청은 쟁점아파트가 양도일 이전인 2003.3.11 재건축사업승인을 받아 재건축사업시행 중에 양도된 것으로서 소득세법시행령 제166조 제1항 의 규정에 의거 기존주택의 양도차익과 입주권의 양도차익으로 구분하고 기존주택의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 2005.7.13 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 25,824,580원 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.7.25 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점아파트의 양도가액 790,000천원을 기존 부동산의 양도가액 282,800천원과 입주권의 양도가액 507,200천원으로 구분한 후 양도차익계산시 기존부동산에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하고, 입주권에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 아니하였으나, 이 건과 같이 입주권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세가 과세되는 경우에는 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항 및 제3항, 소득세법시행령 제166조 제1항 제2호 에서 고가주택의 장기보유특별공제는 소득세법 제94조 제1항 제1호 의 토지 및 건물에 대하여 적용한다고 규정하고 있고, 또한 ○○○예규○○○에서도 1세대1주택이나 고가주택에 해당하여 양도소득세가 과세되는 재건축아파트 입주권을 양도한 경우, 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있다고 유권해석하고 있으므로 쟁점아파트의 양도차익계산시 기존부동산에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축아파트입주권 양도시 기존부동산의 양도차익뿐만 아니라 입주권의 양도차익에 대하여도 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지정공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 소득세법 제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15 {제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만의 주택(이하 이 항에서 "기준면적 미만 고가주택"이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25}

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 소득세법시행령 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액 - 6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 ×--------------- 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액 - 6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액×------------- 양도가액 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}

{양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금)-법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비} + {(기존건물과 그 부수토지의 평가액- 기존건물과 그 부수토지의 취득가액)-법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비}×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 -지급받은 청산금) ÷ 기존건물과 그 부수토지의 평가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1995.9.20 취득한 기존주택을 재건축사업계획승인일(2003.3.11) 이후인 2004.4.10 청구외 오○○○외 1인에게 790,000천원에 양도한 사실, 위 기존주택이 고가주택에 해당된다는 사실 및 위 기존주택의 양도차익 계산시 부동산과 입주권의 양도로 구분하여 과세된다는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 이 건의 양도차익 계산시 부동산과 분양권의 양도로 구분하여 부동산의 양도 부분에 대하여만 장기보유특별공제를 적용한 데 대하여 청구인은 부동산 뿐만 아니라 입주권의 양도에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있으므로 이를 살펴본다.

(3) 처분청이 심리자료로 제시하는 양도소득세 조사복명서에 의하면, 이 건은 기존주택에 대한 재건축사업계획승인일(2003.3.11) 이후인 2004.4.10 기존주택 및 재건축조합원으로서의 입주자 지위를 함께 양도한 것이고, 주택건설촉진법에 의한 재건축조합원이 입주자의 지위를 양도하는 경우 기존부동산과 입주자 지위(분양권프리미엄) 각각의 양도차익을 합하여 양도차익을 산정(소득세법시행령 제166조 제1항) 신고하여야 하나, 청구인은 일반 부동산의 경우와 동일하게 양도차익을 산정하여 신고하였음이 확인된다하여 양도가액은 청구인의 신고금액인 790,000천원으로, 취득가액은 108,769,300원으로 결정한 후 당해 부동산 양도는 양도가액 6억원이 초과되고 전용면적 76.36㎡로서 기준면적미만고가주택의 양도에 해당된다하여 전체 양도차익 677,030천원중 기존주택의 부동산 양도차익 169,830원에 대하여만 장기보유특별공제율 25%(10,211천원)를 적용한 사실이 확인되고 있다.

(4) 기존주택의 등기부등본에 의하면 기존주택의 건물 전용면적이 76.36㎡이고, 대지지분은 총 9,426.3㎡중 4,059분의 27.06이며, 청구인이 1995.9.20 취득하였다가 2004.4.10 오○○○외 1인에게 양도한 사실이 확인된다.

(5) 살피건대, 이 건의 경우 처분청은 기존주택의 부동산 양도부분에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하였으나, 관계법령을 종합하여 보면, 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있고, 분양권을 1세대1주택으로 의제하는 경우에 동 분양권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이건과 같이 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 분양권을 주택으로 의제하여 양도소득세 과세대상인 고가주택 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 합당하다고 판단된다○○○.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.