사실과 다른 세금계산서 해당 여부

심판청구번호 국심2005부 2630(2006.6.22) 210원은 이를 취소한다.

청구법인은 ○○○ 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)과 관련하여 2004년 제1기 ～2004년 제2기중에 ○○○ 주식회사(이하 “○○○”이라 한다)로부터 공급가액 1,064,000천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제하는 것으로 부가가치세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점부동산의 건물은 배○○○의 책임하에 신축되었음에도 청구법인이 ○○○로부터 쟁점세금계산서를 수취하였다 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2005.4.18. 청구법인에게 2004년 제1기 부가가치세 25,759,470원, 2004년 제2기 부가가치세 60,873,210원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.7.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점부동산의 토지는 토지개발계획 및 실시계획 등 관련규정에 의하여 토지 소유주인 배○○○가 공장건물을 신축한 이후에야 소유권이전 등기가 가능하도록 되어 있는 산업시설용지로서, 청구법인은 배○○○로부터 토지만 매입하고 동 지상에 청구법인이 공장을 신축하였으나 위 관련 규정에 위배되지 않기 위하여 배○○○ 명의로 공장건물을 신축하여 청구법인에게 양도하는 형식을 취하였을 뿐임에도 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 토지는 취득자가 공장건물을 신축하여 완공하기 전에는 양도가 원천적으로 불가능하고, 공장건물 신축과 관련된 건축허가서, 건설공사도급계약서, 건물소유권보존등기신청서, 부동산매매계약서 등 관련서류에는 배○○○가 신축한 것으로 되어 있으며, 청구법인이 공장신축대금을 건설업자에게 지급한 것은 부동산매매대금을 배○○○에게 지불하지 않고 건설업자인 ○○○에 직접 지급한 것에 불과하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 고지한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 국세기본법 제14조 【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 세원건설로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 것에 대하여 처분청은 배○○○가 건물을 신축하고 청구법인에게 양도하였다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 2003.7.16. 배○○○가 ○○○으로부터 취득한 토지의 취득계약서 제6조에 “배○○○는 토지개발계획 및 실시계획, ○○○ 관리기본계획, 관계법령 및 조례 등이 정하는 바에 따라 시설물을 건립하여야 한다”라고 되어 있고, 동 계약서 제8조에 “배○○○가 위 제6조의 규정을 위반한 때에는 ○○○이 이 계약을 해지할 수 있다”고 되어 있다.

(3) 2004.5.3. 청구법인과 배○○○간에 체결된 계약서에, 청구법인은 배○○○로부터 쟁점부동산의 토지를 취득하는 것으로 되어 있고, 동 계약서 특약사항에 ‘청구법인이 건물을 신축완료한 후 등기와 소유권의 이전을 위하여 배○○○ 명의로 건물을 등기한 후 배○○○가 청구법인에게 처분하고 등기를 이전하는 형식으로 이전한다’라고 되어 있다.

(4) 처분청이 제시한 도급계약서에는 2004.6.10. 배○○○가 ○○○에 쟁점부동산의 건물신축을 도급준 것으로 되어 있고, 설계․감리계약서 및 건축허가서에 건축주가 배○○○로 되어 있으며, 등기필증에 2005.10.5. 신축건물을 배○○○ 명의로 소유권보존등기 하였다가 2005.10.8. 청구법인에게 매도한 것으로 되어 있다. 청구법인이 제시하고 있는 2004.6.10. 작성된 도급계약서에 의하면 착공․준공예정일․공사금액 등 모든 사항이 배○○○와 ○○○간에 작성된 도급계약서와 동일하게 기재되어 있는 바, 이는 ○○○이 작성하여 청구법인에게 제공한 공사원가계약서 등을 근거로 하였음이 확인되므로 배○○○와 ○○○간의 도급계약서는 배○○○가 ○○○으로부터 취득한 산업시설용지의 매입조건을 충족하기 위한 형식적인 계약서로 보인다.

(5) 쟁점부동산의 건물관련 대금 1,170,400천원은 청구법인이 ○○○에 지급하였고 위 금액의 지급사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(6) 쟁점부동산의 건물을 설계한 김창길은 ‘쟁점부동산의 건축물을 청구법인의 의뢰를 받아 설계하였다’라고 확인하고 있고, ○○○ 주식회사가 작성한 지질결과보고서에 ‘청구법인과 계약한 ○○○ 신축공사 평판재하시험을 설계도 등에 의하여 수행하고 그 결과를 종합하여 보고한다’라고 되어 있다.

(7) 살피건대, 쟁점부동산의 토지는 나대지 상태로는 매매가 불가능하고 공장건물을 신축한 이후에야 양도가 가능하도록 되어 있어 건축허가, 등기절차 등 절차상 배○○○가 건물을 신축한 것으로 할 수 밖에 없었던 것으로 보이고, 청구법인이 제시하는 도급계약서 특약사항에 청구법인이 건축물을 신축하고 형식만 배○○○로부터 취득하는 것으로 되어 있으며, 청구법인이 건축대금을 ○○○에 직접 지급하였고, 건축사 확인서 및 지질결과 보고서 등에 청구법인이 건물을 신축한 것으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 청구법인이 ○○○에 도급을 주어 건물을 신축하고 수취한 세금계산서임을 부인하기 어렵다. 따라서, 처분청이 형식상 작성한 것으로 보이는 배○○○ 명의의 계약서 등을 이유로 쟁점부동산의 건물을 배○○○가 신축한 것으로 임의판단하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 고지한 이 건 처분은 잘못으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.