간주공급에 대한 과세표준

심판청구번호 국심2005부2339(2006. 2. 3.) 섰喧쳬釋�제49조 제1항을 적용하여 계산한 금액을 시가로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 한의사로 ○○○의 토지를 청구외 ○○○와 공동구입하여 지하3층 및 지상15층의 근린생활시설 건물을 2004.1월 신축·준공한 후 공유물분할 계약에 의거 신축건물 중 7개 호실을 공유물분할등기로 취득(이하“쟁점건물”이라 한다)하여 부동산 매매업 및 임대업을 영위하는 과세사업자이다.
• 나. 청구인은 2004년 2기 과세기간 중 쟁점건물의 일부인 ○○○와 ○○○(이하“쟁점면세전용호실”이라 한다)를 청구인의 면세사업장인 한의원으로 면세전용하고 2004년 2기 부가가치세 신고시 쟁점면세전용호실의 사용면적을 기준으로 부가치세법시행령 제49조 제1항에 의한 감가상각자산의 자가공급으로 과세표준을 신고하였으나, 처분청은 부가가치세법 시행령 제49조 제2항 에 의한 공급가액기준으로 과세표준을 산정하여 2005.5.6. 청구인에게 2004년 2기 부가가치세 156,590,270원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2005.6.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 부동산 신축판매목적으로 2004.1.5. 쟁점건물을 신축준공하면서 건설관련 매입세액을 전액 공제(환급)받았으나, 준공시점까지 분양이 한 건이 이루어지지 않아 준공이후인 2004. 2월 및 3월에 쟁점건물 일부를 임대계약하였고 나머지는 공실인 상태에서 ○○○와 ○○○를 면세사업인 청구인의 한의원으로 직접사용하기 위하여 2004년 6월 인테리어 공사를 시작하여 2004.8월에 한의원 영업을 개시하고 자가공급에 해당하는 쟁점면세전용호실의 면적을 안분계산하여 부가가치세를 신고하였던 것인 바, 처분청의 주장처럼 부가가치세법시행령 제49조 제2항 을 적용하여 건물취득가액에 면세공급가액비율을 곱하여 과세표준을 산출할 경우 건물취득가액의 100%에서부터 0%까지의 극단적인 과세표준이 산출될 수 있으므로 구분등기(등재)에 의하여 쟁점면세전용건물의 자가공급면적이 확인되는 이 건과 같은 경우에는 부가가치세법시행령 제49조 제1항 을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제49조 제2항 에 의하면 과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우로서, 건물의 경우에는 예외없이 건물의 취득가액에 당해 과세기간중 면세공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율을 곱하여 그 과세표준을 게산하도록 규정되어 있으므로 면적기준으로 계산하여 신고한 것은 잘못된 계산이며, 과세표준의 안분계산기준으로 건물사용면적을 원용할 만한 아무런 근거도 없다고 판단된다.

• 가. 쟁 점 과세대상인 건물전체면적 중 구분등재된 일정면적을 면세전용으로 자가공급하였을 경우, 간주공급에 대한 과세표준을 산정함에 있어 부가가치세법시행령 제49조 제1항 을 적용하여야 하는지 아니면 동 시행령 제49조 제2항을 적용하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법시행령 제49조 【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】 ① 과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법시행령 제24조 에 규정된 감가상각자산(이하 “감가상각자산”이라 한다)에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제3조의 규정에 의한 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과하는 때에는 20으로, 기타의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과하는 때에는 4로 한다.

5 당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) ＝ 시가 100

② 과세사업에 공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 하되, 당해 면세사업에 의한 면세공급가액이 총공급가액 중 100분의 5 미만인 경우에는 과세표준이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

5 당해 재화의 취득가액 × (1 － ── × 경과된 과세기간의 수) 100 × (면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액 / 면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액) ＝ 과세표준

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 한의사인 청구인은 쟁점건물을 신축하면서 부동산업(신축판매 및 임대)으로 사업자등록하였고 쟁점건물 신축준공후 쟁점건물을 각층·각호실별로 구분하여 청구인 소유로 각 구분등기하였으며, 쟁점건물의 ○○○ 및 ○○○를 면세사업인 한의원으로 자가공급하면서 의료업(한의원)을 추가하였음과 쟁점건물의 사용현황 등에 대하여는 청구인과 처분청 사이에 다툼은 없다. 이에 관한 쟁점건물의 현황 등은 아래 표와 같다.

○○○

(2) 청구인은 2002.2기∼2004.1기 중에 쟁점건물을 신축하면서 매입가액 3,073,410,839원에 대하여 매입세액 307,341,081원을 공제(환급)받았음이 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(3) 과세 및 면세 겸업사업자인 청구인은 2004.10.25. 부가가치세 예정신고시 한의원 용도로 자가공급된 쟁점면세전용호실에 대한 과세표준을 부가가치세법시행령 제49조 제1항 에 근거하여 아래와 같이 계산하여 신고하였다. (가) 쟁점건물의 매입가액에 취득세 및 등록세 등을 포함한 3,181,995,159원을 쟁점건물의 취득가액으로 하여 쟁점면세전용호실의 취득가액을 아래와 같이 면적기준으로 안분계산하였다. 3,181,995,159원 × 〔1,187.12(한의원 면적) / 3,366.85(건물총면적)〕 = 1,121,941,902원 (나) 간주공급에 따른 쟁점면세전용호실의 시가를 부가가치세법시행령 제49조 제1항 을 적용하여 아래와 같이 1,065,844,806원으로 산정·신고하였다. 1,121,941,902원 × (1-5/100 ×1과세기간 경과) = 1,065,844,806원

(4) 이에 대해, 처분청은 부가가치세법시행령 제49조 제2항 에 의거 청구인의 2004.2기의 면세사업분 공급가액(한의원 수입금액) 252,860,500원과 과세사업분 공급가액(쟁점건물의 임대료) 63,000,000원을 기준으로 과세표준 2,419,963,378원을 아래와 같이 산정하여 부가가치세를 경정결의하였다. 3,181,995,159원(쟁점건물 취득가액) ×〔 252,860,500원(면세분, 한의원매출) / 315,860,500원(면세분 + 과세공급가액)〕= 2,547,329,871원 2,547,329,871원 × (1-5/100) = 2,419,963,378원

(5) 이 건의 경우와 같이 면세전용된 일부면적이 쟁점건물의 35.2%에 해당하고, 면세전용공급가액이 과세 및 면세분 합계 공급가액의 80%에 해당함에도 공급가액을 기준으로 과세표준을 산정시 아래와 같은 문제점 등이 나타날 수 있음을 알 수 있다. (가) 면세전용 면적을 제외한 나머지 건물면적 전부가 공실인 상태에서 공급가액 기준 적용시 건물전체가 면세전용된 효과가 나타난다. (나) 면세분에 대한 매출금액이 없을 경우 과세표준은 0이 될 수 있다. (다) 면세전용 면적을 제외한 나머지 건물면적이 모두 분양되었을 경우, 공급가액 기준 적용시 면세분에 대한 과세표준이 면적에 의한 과세표준보다 상대적으로 적게 나올 수 있다.

(6) 따라서, 부가가치세는 전단계매입세액공제제도에 의하여 최종소비자에게 부가가치세를 전가시켜 부담하도록 하는 소비세로서 매입(신축)단계에서 매입세액으로 공제받은 후, 다음 거래단계에서 세부담전가가 이루어지지 않는 재화의 소비가 없도록 하기 위한 취지에서 면세로 전용하는 경우에도 재화의 공급으로 간주하여 부가가치세를 부담시키는 제도로서, 이 건과 같이 쟁점건물이 각층·각호실별로 구분등기 되어 이 중 면세전용으로 사용되는 면적이 공부에 의하여 분명히 확인되는 경우에는 그 실지 귀속에 따라 면세전용부분의 과세표준을 실지 사용되는 면적별로 산정함이 타당하다 하겠으므로 처분청은 쟁점면세전용호실의 자가공급에 대한 과세표준을 산정함에 있어 부가가치세법 제49조 제1항 을 적용하여야 할 것이다. 다만 쟁점면세전용호실의 경우 쟁점건물 신축후 임대자산에 공하지 아니하다가 자가공급된 것이므로 부가가치세법 제49조 제1항 의 계산산식 중 경과된 과세기간의 수는 “0”으로 하여 과세표준을 산정하여야 할 것(부가 46015-4638, 1999.11.18., 같은 뜻)으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.