매입세액공제 가능 여부

심판청구번호 국심2005광 3712(2006.4.19) 냄� 2003.6.30 설립된 아파트재건축조합인 청구법인(당초 개인사업자에서 법인사업자로 변경됨)은 과세사업으로서 일반분양분인 국민주택규모 초과 아파트 및 상가와 면세사업에 해당하는 주택조합원 분양분인 국민주택규모 이하의 아파트를 신축·분양하면서, 기존아파트 철거공사비(이하“철거비용”이라 한다)와 교통영향평가·지구단위계획·안전진단 비용·토지신탁 등기비용(법무사수수료 포함)·매도청구소송과 관련한 변호사수임료(철거비용을 제외한 나머지 비용을 합하여 이하 “안전진단비용 등”이라 한다)의 부가가치세 매입세액을 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보고 총예정사용면적을 기준으로 안분하여, 과세사업에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 부가가치세 신고를 하였는바, 처분청은 위 철거비용과 안전진단비용 등을 토지관련 자본적지출로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 전액 불공제하여, 2005.3.14 청구법인에게 2003년도 2기분 부가가치세 45,709,670원, 2004년도 1기분 부가가치세 12,438,900원을 결정고지하고, 2004년도 2기분 부가가치세 환급세액 중 17,034,570원을 감액결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.6.13 이의신청을 거쳐 2005.10.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 재건축아파트는 신건물을 신축하기 위하여 기존건물이 있는 토지를 취득하고 기존건물을 철거하여 토지만을 사용하는 경우에 해당하는 것이 아니고, 신건물을 신축하기 위하여 사용중인 기존의 건물을 철거하는 경우에 해당하는 것이므로 기존 아파트 건물의 철거비용은 당기비용 또는 신축건물의 취득원가로 회계처리함이 정당하고, 이를 토지의 자본적 지출로 볼 수 없으므로 해당 부가가치세 매입세액은 재건축사업에 관련된 과세 및 면세사업의 공통매입세액에 해당된다. 따라서, 예정사용면적에 따라 안분산출되는 과세사업분은 부가가치세가 공제되는 매입세액으로 보아야 할 것이며, 안전진단비용 등은 아파트의 신축 및 분양을 위한 일련의 관련비용으로서 주택조합 사업시행업무비이므로 관련 부가가치세 매입세액도 과세사업과 면세사업으로 안분하여 과세사업 해당분에 대하여는 이를 매입세액으로 공제하여야 주어야 함에도 처분청이 철거비용과 안전진단비용 등을 토지의 자본적 지출로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법시행령 제60조 제6항 을 2001.12.31 개정하면서 이 건과 같이 건축물이 있는 토지를 취득하여 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 철거비용에 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지관련 매입세액으로 명시하고 있고 아파트 재건축을 위한 안전진단비용 등과 관련한 매입세액도 토지관련 매입세액에 해당하므로 이 건 매입세액 전부를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 공제부인하고 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 아파트 재건축사업을 위하여 지출한 기존 아파트의 철거비용과 안전진단비용 등에 대한 부가가치세 매입세액을 공통매입세액으로 하여 과세사업 해당분에 대하여는 해당 매입세액을 공제할 것인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1993. 12. 31 항번개정)

(2) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30 개정)

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30 개정)

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30 개정)

(3) 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. (1992. 12. 31 단서신설) 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 ×─────── 총공급가액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구법인은 기존아파트 건물철거비용, 정밀안전진단비용, 교통영향평가와 관련한 비용, 토지신탁등기비용(법무사수수료 포함), 기존아파트의 소유자 일부를 상대로 제기한 매도청구소송에 대한 변호사 선임료 등 재건축사업과 관련한 매입비용에 대한 부가가치세를 사업예정면적에 따라 과세(28.79%)와 면세(71.21%)의 공통매입세액으로 안분하여 과세분에 대하여 해당 매입세액을 공제신청한 것으로 나타나고 있고, 처분청은 위 비용 전부를 토지관련 자본적 지출로 보아 해당 부가가치세 매입세액 전부를 공제부인한 것으로 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 재건축아파트는 조합원들이 각자 소유하고 거주하던 종전의 토지와 건물을 재건축하는 것으로서 새로운 아파트를 신축하기 위하여 기존건축물이 있는 토지를 취득한 경우가 아니므로 철거비용은 토지의 자본적지출에 해당하지 아니하며, 이 건 안전진단비용 등도 새로운 아파트의 신축을 위한 건물의 자본적지출에 해당되므로 과세·면세분을 안분하여 과세사업 해당분에 대하여는 당연히 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (3) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 『부가가치세가 면제되는 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하면서, 같은법시행령 제60조 제6항 제2호에서는 『건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은 항 제3호에서는토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액으로 규정하고 있다. 이와 같은 법률의 규정을 토대로 철거비용에 대하여 살펴보면, 아파트 재건축조합인 청구법인은 새로운 아파트를 신축하기 위하여 기존아파트를 철거한 것이므로 기존아파트의 철거는 새로운 아파트의 신축을 위한 토지를 사용하기 위한 것이라 할 것이고 이는 토지만을 사용하기 위한 것이므로 종전아파트의 철거비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당된다 하겠다. 다음으로 재건축아파트의 신축과 관련하여 안전진단용역비·교통영향평가비용·신탁등기수수료 등의 비용과 관련한 매입세액은 새로운 아파트를 건축하기 위한 일련의 비용이기는 하나 새로운 아파트의 신축을 위한 토지사용을 위하여 구 건물의 철거여부를 판단하거나 조합원의 토지지분을 신탁등기하는 것이고, 소송과 관련한 변호사비용 등도 역시 건물신축을 위한 토지확보를 위해서 소요되는 비용으로 볼 수 있으므로 이와 같은 비용들에 대한 부가가치세 매입세액은 토지관련 매입세액으로 보는 것○○○이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 이 건 철거비용과 안전진단비용 등에 대한 부가가치세 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 공제부인하고 부가가치세를 경정한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.