재료비는 설계내역서를 기준으로 하여 과대계상된 것으로 추정하고 기타 경비는 법인의 기장내용으로 하여 과세한 처분은 추계결정기준이나 실지조사 결정에도 위배되는 처분임
재료비는 설계내역서를 기준으로 하여 과대계상된 것으로 추정하고 기타 경비는 법인의 기장내용으로 하여 과세한 처분은 추계결정기준이나 실지조사 결정에도 위배되는 처분임
심판청구번호 국심2005광 2370(2006.2.20) 1∼2002.12.31사업연도 법인세 2,365,150원의 부과처분과 2005.5.1 청구법인에게 한 2000.1.1∼2000.12.31사업연도 법인세 69,917,700원, 2001.1.1∼2001.12.31사업연도 법인세 29,189,120원, 2002.1.1∼2002.12.31사업연도 법인세 18,905,260원, 2003.1.1∼2003.12.31사업연도 법인세 △15,348,070원의 부과처분은, ○○○아파트의 전기공사와 관련하여 청구법인이 신고한 수입금액과 공사원가는 처분내용과 같이 작업진행율에 따라 그 귀속사업연도를 조정하여 각 사업연도별 해당 소득금액을 경정하고, 이를 제외한 ○○○ 등의 전기공사와 관련한 재료비 등의 공사원가는 청구법인이 신고한 장부와 증빙에 의한 가액을 적용하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
청구법인은 ○○○ 소재에서 1993.11.20부터 건설업/전기공사업을 영위하는 법인사업자로서 2000년 2기∼2002년 1기 부가가치세 과세기간중 주식회사 ○○○로부터 공급가액 합계액 926,208천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 신고하였는 바, 주식회사 ○○○의 사업장 관할 ○○○세무서장은 주식회사 ○○○에 대한 자료상 조사를 실시하여 주식회사 ○○○가 발행한 쟁점세금계산서를 가공혐의자료로 처분청에 통보하였다. 이에 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 공제부인하고 2004.5.15 청구법인에게 각 부가가치세 과세기간별 부가가치세액 합계 164,354,350원을 결정고지하고, 청구법인의 소득금액을 추계조사 결정하여 2000사업연도 법인세 42,951,640원, 2001사업연도 법인세 68,707,350원, 2002사업연도 법인세 2,365,150원을 결정고지하면서 당해 추계소득금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지하였다. 이에 청구법인은 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서임을 주장하며 2004.8.7 처분청에 이의신청을 제기하였고, 처분청은 2004.12.16 이의신청결정에서 청구법인의 주장이 이유가 있다 하여 재조사결정을 하였는 바, 처분청은 이와 같은 이의신청결정에 따라 재조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 실지거래에 의한 매입세금계산서로 인정하고 당초 청구법인에게 고지한 부가가치세 164,354,350원을 취소하였다. 그런데, 처분청은 당초 부가가치세 경정조사시에는 청구법인의 재료비의 기장내역이 허위라 하여 법인세를 표준소득율 등을 적용한 추계결정에 의하여 과세하였으나, 이의신청결정에 따른 재조사과정에서는 청구법인이 투입한 재료비를 처분청이 산정한 재료비사용추계정산내역이라는 방식을 적용하여 추계한 금액을 적용하여 산출한 후 동 금액만을 재료비로 원가인정(장부상의 재료비와의 차액은 공사원가 과대계상으로 보아 손금부인)하고, 재료비를 제외한 나머지 원가(노무비 및 기타경비 등)는 청구법인의 장부상 기장내용을 그대로 적용하여, 청구법인의 각 사업연도별 공사원가(손금)를 산출한 후 2005.5.1 청구법인에게 다음과 같이 법인세를 추가로 경정고지하였다.
○○○ 청구법인은 이에 불복하여 2005.6.18 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 이의신청결정에 따라 재조사를 실시하고 마치 장부와 증빙자료에 의하여 법인세를 결정하는 것처럼 하고 있으나, 처분청이 임의로 조정산식을 만들어 재료비를 추계하여 소득금액을 계산하는 또 다른 추계방법을 사용하였는 바, 이는 법인세법시행령 제104조 제2항 에서 규정하는 추계방법도 아닐 뿐 아니라, 청구법인은 세법에서 규정한 대로 성실하게 장부를 비치기장하고 있어 추계사유에 해당되지도 아니하므로 처분청이 임의로 산정한 재료비사용추정액을 근거로 청구법인의 소득금액을 결정하는 것은 국세기본법 제16조 에서 규정하는 근거과세원칙을 위반한 처분이며, 재료비 사용 추계정산시 원용한 ○○○의 재료비 단가는 입찰과정에서 ○○○가 책정한 단가일 뿐 실제 소요된 재료비보다도 훨씬 적게 계산될 수밖에 없음에도 청구법인의 장부상 계상된 재료비가 ○○○의 설계상 내정금액보다 과다하다고 하여 과세하면서, ○○○의 준공설계 내역서 중 재료비만을 채택하고 함께 계산되어 있는 노무비나 기타경비 등은 ○○○ 설계서상의 내정금액이 청구법인의 장부상 계상금액보다도 높은 금액임에도 이를 반영하지 아니한 채 처분청의 편의에 따라 일방적으로 소득금액을 산출하여 과세하는 것은 부당하다. (2) 국세기본법 제81조 의 3 제1항에서는 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위내에서 세무조사를 행하여야 하며 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다고 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 당초처분에 불복한 내용이 쟁점세금계산서가 실지거래에 의한 정당한 세금계산서인지 여부에 대한 것이었으며, 이의신청결정내용도 청구법인의 주장이 이유있음을 이유로 재조사하는 결정이었으므로 이에 대한 재조사는 이의신청결정에 포함된 사실에 관한 조사에 한정되어야 할 것인 바, 처분청은 재조사에 의하여 쟁점세금계산서가 실지거래에 의한 세금계산서의 수취로 보아 관련 부가가치세를 취소하면서도 이와 관련한 법인세는 취소하지 않고 마치 청구법인의 법인세 신고의 적정성을 조사하는 것과 같이 청구법인의 매출거래처인 ○○○와 청구법인이 공사계약시 ○○○에서 작성한 예정가격조서상의 재료비를 기초로 작성된 준공설계내역서상 재료비를 추정하여 환산하는 임의적인 계산방법으로 과세한 처분은 세무조사권의 남용에 의한 과세이며, 당초 결정내용에도 없었고 청구법인이 이의신청시 청구하지도 아니한 사항을 조사하여 당초 과세처분에 더하여 과세하는 것은 그 정당성을 인정받기 어려울 뿐 아니라 불고불리원칙과 불이익변경금지원칙을 위반한 위법·부당한 처분이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 장부에 의한 정확한 소득금액 산정이 어려우나 업체의 특성상 ○○○부분이 수입금액의 90%이상을 점유하고 있고, ○○○의 정산서와 청구법인이 주장하는 재료비 산정방식에 의해 투입된 재료비를 산정할 수 있으므로 장부에 의하여 소득금액을 결정하는 것이 타당하다고 보아 추계에 의한 소득금액 결정을 취소하고 재조사과정에서 확인된 재고자산 추정금액과 장기도급공사의 손익의 귀속시기 왜곡부분 및 매입할인누락금액에 대하여 장부에 의한 소득금액을 산정한 것이며, 재료비 환산추정방법에 의하여 쟁점세금계산서의 금액을 사실거래로 인정하였으므로 당연히 환산재료비를 근거로 재료비와 재고자산을 추정하고 장부에 의한 소득금액을 계상함은 정당하므로 재료비환산방법에 의한 소득금액계산방식이 인정될 수 없다면 쟁점세금계산서의 거래도 사실거래로 인정할 수 없다.
(2) 이의신청에 대한 재조사결정에 따라 재조사한 결과 당초 고지세액을 추가하여 증액 경정되었다 하더라도 불이익변경금지의 원칙에 위배되는 것은 아니므로 당초처분은 정당하다.
(1) 쟁점세금계산서를 실지거래에 의한 세금계산서임을 인정하였으나, 청구법인의 공사원가 중 재료비는 ○○○의 준공설계내역서를 기준으로 재료비를 추정하여 환산한 가액을 적용하고 노무비와 기타경비는 청구법인의 기장가액으로 하여 과세한 처분의 당부
(2) 불고불리원칙과 불이익변경금지원칙에 위반되는지 여부
(1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28 개정) 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28 개정)
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998. 12. 28 개정)
③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다. (1998. 12. 28 개정) 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (1998. 12. 28 개정) 제68조 【추계에 의한 과세표준 및 세액계산의 특례】 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 추계하는 경우에는 제13조 제1호 및 제57조의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재·지변 등으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 대통령령이 정하는 바에 따라 추계하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28 개정)
(2) 법인세법시행령 제104조 【추계결정 및 경정】 ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우 (1998. 12. 31 개정)
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우 (1998. 12. 31 개정)
3. 기장의 내용이 원자재사용량·전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 (1998. 12. 31 개정)
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 1의 방법에 의한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. (2001. 12. 31 개정)
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. (2001. 12. 31 개정)
(3) 국세기본법 제19조 【세무공무원의 재량의 한계】 세무공무원이 그 재량에 의하여 직무를 수행함에 있어서는 과세의 형평과 당해 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다. 【참고】 국세기본법 통칙 55-0…12【불이익변경금지원칙】 ① 이의신청 또는 심사청구에 있어서는 청구인이 주장하지 아니한 내용에 대하여도 불이익한 변경이 아닌 한도내에서 심리·결정할 수 있다.
② 동일한 처분내용에 대한 불복청구인 경우 이의신청과정에서 주장하지 아니한 불복의 이유를 추가하여 심사청구를 하였을 경우에도 그 추가이유를 심리하여야 한다. 제81조의 3 【세무조사권 남용 금지】 (2002. 12. 18 제목개정) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다. (2002. 12. 18 신설)
② 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. (2003. 12. 30. 개정)
(1) 이 건 과세경위를 살펴본다. (가) ○○○세무서장으로부터 자료상으로 고발된 주식회사 ○○○로부터 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서(공급가액 합계액 926,208천원)에 대한 가공혐의자료 통보에 의하여 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 경정확인조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 공제부인하여 부가가치세를 과세하고, 청구법인의 공사원가를 구성하는 재료비가 허위임이 명백하여 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 산출하기 어렵다는 사유로 법인세법상 기준경비율(표준소득율)을 적용하는 추계결정방법에 의하여 법인세를 경정한 것으로 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 위와 같은 처분청의 당초처분에 대하여 청구법인은 쟁점세금계산서가 실지거래에 의하여 교부받은 세금계산서라고 주장하며 처분청에 이의신청을 하였고, 처분청은 이의신청결정에서 청구법인의 주장이 이유있다 하여 재조사결정을 한 바, 이에 처분청은 이의신청결정에 따른 재조사를 실시한 조사결과, 쟁점세금계산서의 거래를 실제거래로 인정하여 기 고지한 부가가치세를 취소하였으나, 동 조사시 처분청이 산출한재료비 환산추정액과 청구법인이 결산서에 반영한 재료비 공사원가의 차액을 공사원가 과대계상분으로 손금불산입 유보처분하고, 재료비 대금지급과정에서 10%정도의 매입할인이 있었던 것으로 보아 매입할인 추정액을 손금불산입하고 대표자상여로 처분한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 위와 같은 처분외에도 처분청은 청구법인이 발주한 전기공사는 대부분 단기공사로 작업진행율을 감안하지 않고 수입금액 및 공사원가를 계상하여 당해연도 익금 및 손금으로 법인세를 신고하였으나, 청구법인이 수행한 2002년 전라남도 순천시 소재 ○○○아파트 전기공사의 경우는 건설기간이 2002.4.1∼2003.12.31까지의 장기 도급공사임에도 공사원가 전액인 193,816천원을 2002년도 손금으로 처리하였고, 면세수입금액 합계액 354,000천원은 대금수취와 함께 계산서 발행시점인 2003년도 265,000천원과 2004년도 89,000천원을 수입금액으로 계상하였음을 확인하고, 청구법인의 재료비(2002년 결산서상 재료비 193,816,563원)를 공사기간중의 작업진행률(2002년 42.85%, 2003년 57.15%)에 따라 안분하고, 수입금액도 작업진행률에 따라 안분하여 각각 그 귀속연도를 조정하면서 손금불산입(공사원가) 및 손금산입(공사원가), 익금불산입(수입금액) 및 익금산입(수입금액)하여 유보로 처분한 사실이 확인된다. (라) 위와 같이 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 해당 부가가치세 매입세액공제를 부인하고 부가가치세를 과세하고 법인세를 추계결정하였다가, 이의신청결정에 따라 이를 재조사하면서 쟁점세금계산서를 실지거래에 의한 세금계산서로 보아 해당 부가가치세의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 부가가치세를 취소하였으나, 추계결정한 당초의 법인세 부과처분은 이를 취소하지 아니하고 재료비사용 추계정산이라는 새로운 추계방법과 실지조사방법을 적용하여 청구법인의 소득금액을 산정하고, 이의신청한 처분에 추가하여 2000.1.1∼2002.12.31사업연도 법인세 합계 118,012,080원을 추가로 경정고지한 것으로 나타나고 있다.
(2) 처분청의 재조사에 따른 결정내용을 구체적으로 살펴보면 다음과 같다. (가) 다음과 같이 처분청은 연도별 재료비 사용 추계정산내역을 산출하고 청구법인의 재료비 사용액을 동 자료에 의하여 산출한 후 결산서상의 재료비와 위와 같은 방법에 의하여 산출된 재료비와의 차이를 재료비(공사원가) 과다계상으로 보아 손금부인하여 법인세를 경정하였다.
○○○ (나) 위와 같은 처분외에도 처분청은 청구법인이 시행한 ○○○ 발주공사외에 ○○○ 소재 ○○○아파트 전기공사의 수입금액 및 공사원가를 작업진행률에 따라 다음과 같이 조정하여 청구법인의 각 사업연도별 소득금액을 산출하였다.
○○○ 다 음
• 건설기간: 2002.4.1∼2003.12.31
• 청구법인의 공사원가 반영: 193,816,563원(2002사업연도)
• 청구법인의 수입금액 반영 둁2003년도 265,000천원, 2004년도 89,000천원 합계 354,000천원
(3) 이 건 심리자료에 의하여 구체적인 사실관계를 살펴본다. (가) 청구법인은 매출액의 대부분(90%이상)을 ○○○의 전기공사를 입찰하여 시행하고 있고, 이 건 과세기간(2000년∼2002년)중에 시행한 공사는 2000년 499건 2,372백만원, 2001년 658건 3,807백만원, 2002년 438건 2,304백만원이며, 각 공사별 수입금액은 최저 4만원에서 3천만원까지에 이르고 있으나, 대부분의 공사는 수백만원의 소규모 공사로서 재료비에 비하여 노무비와 장비사용료 등 다른 경비의 비중이 큰 것으로 나타나고 있고 청구법인의 공사별 수입금액은 ○○○의 낙찰가액 보다도 공사원가가 더 높은 경우도 있는 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 제시하고 있는 재료비의 대표품목(41개 품목)에 대한 ○○○ 설계서상의 단가와 청구법인이 실제 구입한 단가를 비교하여 보면, 실 구입단가가 설계서상의 단가에 비하여 품목별로 112%∼968%까지 높은 것으로 나타나고 있고, 청구법인이 신고한 연도별 공사원가와 ○○○의 설계서상 공사원가를 비교하여 보면 다음과 같다.
○○○ (다) 위와 같은 공사원가의 항목별 차이에 대하여, 청구법인은 ○○○ 설계서상의 재료비는 시중 재료 구입가격과 차이가 클 뿐 아니라 청구법인이 실제 투입하는 재료물량에 훨씬 미치지 못하는 관계로 청구법인은 ○○○로부터 전기공사를 낙찰받은 후 수주금액의 범위내에서 항목조정(기타경비를 절감하여 재료비로 대체하는 방법)을 하는 방법으로 공사를 시행하고 있으며, 따라서 실제로 투입되는 재료비는 설계서상의 재료비보다도 훨씬 높을 수밖에 없고, 설계서상의 재료비와 차이가 나는 부분은 기타경비(장비사용료의 비중이 가장 큼)를 절감하여 보충하고 있으므로 ○○○ 설계서상의 비용보다 청구법인의 장부상 기장금액이 재료비는 더 높게 나타나고 있고 기타경비는 더 낮게 나타나게 된다는 주장이며, 이러한 사정이 있음에도 처분청이 청구법인의 장부 기장내용보다 훨씬 낮은 금액인 ○○○ 설계서상의 재료비만을 채택하여 이를 기초로 재료비를 추정하고, 장비사용료 등의 기타경비에 대하여는 청구법인의 기장내용보다도 높은 ○○○ 설계서상의 금액은 채택하지 않고 청구법인의 기장내용을 그대로 적용하여 청구법인의 소득금액을 산출한 것은 부당하다는 주장이다.
(4) 위와 같은 사실관계에 기초하여 이 건 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 위의 사실관계에 의하면, 청구법인이 ○○○로부터 수주한 공사와 관련하여 수주금액과 청구법인이 신고하고 있는 수입금액이 동일한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 이와 같은 수입금액에 대응하는 ○○○의 설계서상의 공사원가는 청구법인이 기장하고 있는 공사원가의 총액과 큰 차이가 없는 것으로 나타나고 있는 점과 ○○○의 설계서상 재료비 품목의 단가보다도 동 품목의 실제 구입가격이 더 높은 것으로 나타나고 있는 점 및 ○○○의 설계서상 재료비는 기존 설비를 해체시 기존설비에 투입된 재료를 재활용하는 것을 감안한 비용이나 청구법인은 무정전공사를 위하여 기존설비에 투입된 재료를 재활용하는 것이 사실상 어려운 점에 비추어 볼 때, 설계서상의 재료비와 실제 투입된 재료비와의 차이가 발생하고 총 공사원가의 범위내에서 기타경비를 절감하여 이를 보전함으로써 설계서상의 재료비보다도 실제 투입된 재료비가 훨씬 클 뿐 아니라 기타경비는 설계서상의 금액보다도 실제 투입된 비용이 적게 된다는 청구법인의 주장이 일응 수긍이 가고, ○○○ 설계서상의 공사원가는 입찰가액과 발주금액을 위하여 산정하는 것으로 보이므로 동 공사를 수주받은 업체는 동 공사를 시행하면서 ○○○의 설계서상의 항목별 공사원가에 충실하여 이를 집행할 필요는 없는 것이며, 공사에 따른 이익실현이나 경제성 확보를 위하여 설계서상의 가액보다도 투입비용이 높은 실재료비에 설계서상의 가액보다도 투입비용이 낮은 기타경비 등을 전용하거나 자체적으로 대체(○○○의 설계서상 기타경비 항목에 포함된 비용중 절감이 가능한 금액을 재료비 부족분에 사용하는 경우 등을 말함)하여 사용함으로써 전체 공사원가가 수주금액을 넘지 않도록 하여 이익을 추구할 수 있는 것이므로 청구법인의 장부상 기장내용을 단지 한국전력공사 준공설계내역서의 일부를 근거로 부인하는 것은 타당하지 않는 것으로 보인다. (나) 또한, 청구법인이 쟁점세금계산서를 포함하여 부가가치세 과세기간 중 매입세액으로 신고하고 있는 세금계산서의 대부분을 재료비 구입으로 세금계산서를 첨부하여 신고하고 있으므로 처분청의 재조사결과 쟁점세금계산서를 실지거래에 의한 세금계산서로 인정하였다면 청구법인이 매입자료로 제시하고 있는 쟁점세금계산서외의 다른 세금계산서들이 가공거래에 의한 것임이 밝혀지지 않는 이상은 청구법인의 재료비 기장내용과 관련증빙의 진실성을 부인하기 어려운 것이고, 처분청의 판단과 같이 구체적이고 객관적인 증빙이나 사실도 없이 재료비의 기장내용만을 허위라고 볼 수는 없다고 할 것이다. (다) 그런데, 이 건의 경우에 있어서 처분청은 ○○○ 설계서상의 공사원가를 기준으로 하여 볼 때 청구법인의 재료비 기장내용이 과다계상된 혐의가 있다 하여 허위기장으로 판단하고 재료비 금액을 처분청이 산정한 기준에 따라 추정하여 산출하고는 청구법인의 수입금액(작업진행율에 따라 안분조정된 ○○○아파트의 공사원가와 수입금액을 제외한다)과 청구법인의 결산서상의 공사원가 중 ○○○의 설계서상의 금액보다도 더 낮은 금액으로 기장된 노무비나 기타경비에 대하여는 청구법인의 장부내용을 그대로 적용하면서 청구법인의 소득금액을 산정한 것은 법인세법상의 추계결정기준이나 실지조사결정에도 합당하지 않으므로 그 처분의 정당성을 인정하기도 어렵다. (라) 따라서, 이 건은 처분청이 이의신청결정에 따른 재조사결과 쟁점세금계산서를 실지거래에 의한 세금계산서로 인정하였고, 청구법인의 장부상 기장내용이 허위라고 보기도 어려운 경우이므로 청구법인이 신고한 장부와 증빙을 신뢰하여 그에 따라 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (마) 다만, ○○○아파트의 공사원가와 수입금액 배분에 대하여는 1년이상의 장기공사인 사실에 대하여 다툼이 없으므로 해당 수입금액과 공사원가는 처분청이 경정한 바와 같이 작업진행률에 의하여 배분되는 것이 타당한 것으로 판단된다.
(5) 위 쟁점(1)의 심리결과 쟁점(2)에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.