건설자금이자를 취득가액에서 제외하여야 하는지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 1994.1.1~1998.6.26 기간중 주택건설용지로 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 산 ○○번지외 29필지 81,534.0㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 15,840,920,268원에 취득하였다가 2000.3.7 한국토지공사에 28,274,972,370원에 양도하였다. 청구법인은 2000사업연도분 법인세 신고시 쟁점토지의 양도가액을 28,274,920,268원으로, 취득가액을 장부가액 15,840,920,268원과 취득자금에서 발생된 지급이자 4,925,095,025(이하 “쟁점건설자금이자”라 한다)의 합계액 20,766,015,293원으로 하여 특별부가세 1,126,343,561원을 신고 납부하였다.

○○지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 조사결과 청구법인이 2000.3.7 양도한 쟁점토지는 주택건설용 용지로 사업용 고정자산이 아니라 재고자산에 해당되므로 재고자산의 취득 자금에 사용된 차입금의 이자 4,925,095,025원을 취득가액에서 차감하여 특별부가세를 경정하도록 처분청에 특별부가세 결정결의서(안)을 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점건설자금이자를 취득가액에서 제외하여 2004.12.3 청구법인에게 2000사업연도분 법인세(특별부가세) 1,381,858,530원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.2.18 이 건 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)재고자산에 대한 건설자금이자를 특별부가세 과세표준 계산시 취득가액에 포함하는 것이 특별부가세 입법취지에 부합한다는 대법원 판례 ․ 감사원 심사결정례 ․ 국세심판원 심판결정례 등이 있으므로 판결취지를 존중하여야 한다.

(2) 1998.12.31 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령(이하 “개정 법인세법시행령”이라 한다) 제140조제2항에서 재고자산을 양도하여 특별부가세가 과세되는 경우 재고자산의 취득가액에서 같은 법 시행령 제72조의 규정을 준용하여 건설자금이자를 제외하도록 규정하고 부칙 제2조에서 1999.1.1 이후 양도분부터 적용하도록 규정하였으나, 부칙 제8조 제3항에서 동 제72조를 1999.1.1 이후 최초로 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 1998.12.31 이전에 취득한 쟁점토지의 튀득가액 계산시에는 개정 법인세법시행령 제140조제2항 의 규정을 적용할 수 없고, 종전의 제124조의2 제2항의 규정을 적용하여 쟁점건설자금이자를 취득가액에 포함하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 개정 법인세법시행령은 제140조제2항에 재고자산을 양도하여 특별부가세가 과세되는 경우 “양도자산의 취득가액을 제72조의 규정을 준용하여 계산한다” 한다고 규정하면서 그 적용시기를 부칙 제2조에서 1999.1.1이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였고, 동 규정에서 “양도자산의 취득가액계산시 제72조의 규정을 준용하여 계산한다” 는 의미는 제72조에 규정된 취득가액의 계산방법을 차용하여 계산한다“는 의미이며, 제72조는 재고자산의 취득가액에 건설자금이자를 제외한다고 규정하면서 그 시행일을 부칙 제1조에서 1999.1.1로 두었으므로 제72조의 시행일 이후인 2000.3.7 양도된 쟁점토지의 취득가액에는 제72조 및 제140조제2항의 규정을 적용하여 쟁점건설자금이자를 제외하여야 한다.

• 가. 쟁 점 1994~1998년 사이에 취득하여 2000년 3월에 양도한 주택건설용 토지인 재고자산에 대한 특별부가세 과세표준 계산시 건설자금이자를 취득가액에 포함하여 계산하는지 여부
• 나. 관련법령 (1)1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전 법인세법 및 1998.12.31 대통령령 15970호로 개정되기 전 법인세법 시행령

○ 법인세법 제16조 【손금불산입】 다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

11. 다음 각목의 1에 해당하는 차입금의 이자

• 가. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자

○ 법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】

② 내국법인의 매입 ․ 제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

○ 법인세법 제59조의2 【과세표준】

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다

1. 취득가액. (단서 생략)

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

○ 법인세법 시행령 제33조 【손금불산입되는 차입금의 이자등】

① 법 제16조 제11호 가목에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금” 의 이자라 함은 그 명목 여하에 불구하고 당해 사업용 고정자산의 매입 ․ 제작 ․ 건설(이하 이 조에서 “건설”이라한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이다 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.

② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지(토지매입의 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 사업에 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다.

○ 법인세법 시행령 제37조 【자산의 취득가액등】

① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세 ․ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

○ 법인세법 시행령 제124조의2 【특별부가세의 과세표준계산】

② 법 제59조의2 제3항에서 “취득가액” 이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다.

(2) 1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 법인세법 및 1998.12.31 대통령령 15970호로 개정된 법인세법 시행령

○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 1.~2. (생략)

3. 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자

○ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】

① 내국법인의 매입 ․ 제작 ․ 교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

○ 법인세법 제99조 【과세표준】

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액. (단서 생략)

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용.

○ 법인세법 시행령 제52조 【건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위】

① 법 제28조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자” 라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입 ․ 제작 또는 건설(이하 이 조에서 “건설등” 이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.

② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인의로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세 ․ 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2.~5. (생략)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하는 것으로 한다.

1. 법 제15조 제2항 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액

2. 제52조의 규정에 의한 건설자금에 충당한 차입금의 이자

○ 법인세법 시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】

② 법 제99조 제3항에서 “취득가액” 이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다.

1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다.

2. ․ 3. (생략)

○ 대통령령 15970호(1998.2.31) 부칙 제1조(시행일) 이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 청산소득에 관한 법인세에 관한 개정 규정은 이 영 시행 후 최초로 해산 또는 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용하고, 특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제8조(손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례) ③ 제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1985.1.24 설립되어 주택건설업과 분양공급업 및 토목공사업등을 주업으로 영위하고 있는 법인으로 1994.1.1~1998.6.26 기간중 주택건설용에 사용할 목적으로 이○○외 20인으로부터 쟁점토지를 15,302,344,840원에 취득하고, 자본적 지출액등으로 538,575,428원을 지출하여 장부가액을 15,840,920,268원으로 기장하였으나, 쟁점토지를 취득하는 과정에서 취득자금에 대하여 지급된 쟁점지급이자를 지급일이 속하는 사업연도의 영업외비용으로 손금산입 하였다. (나) 청구법인은 2000.3.7 쟁점토지가 한국토지공사에 수용되고 수용보상금으로 28,274,972,370원을 지급받음에 따라 2000사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 취득가액을 장부가액 15,840,920,268원과 쟁점건설자금이자의 합계액 20,766,015,293원으로 하여 특별부가세 1,126,343,561원을 신고 납부하였다. (다) 처분청은 쟁점토지는 주택건설용 재고자산으로 법인세법 시행령 제52조 의 규정에 의한 건설자금이자 계산대상이 아니므로 같은 법 시행령 제72조 및 제140조의 규정에 의해 정점건설자금이자가 취득가액에서 제외된다고 보아 쟁점건설자금이자를 취득가액에서 제외하여 특별부가세를 과세하였다. (라) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 쟁점토지의 취득가액계산 및 회계처리내역, 쟁점건설자금이자의 계산명세, 쟁점토지의 양도차익에 대한 특별부가세의 신고 및 경정내역등에 의해 확인된다.

(2) 판 단 청구법인은 재고자산에 대한 건설자금이자를 특별부가세 과세표준계산시 취득가액에 포함하는 것이 대법원 판례(대법86누787,1989.11.14)에 부합되고, 사업용고정자산에 대한 건설자금이자만 자산의 취득가액에 포함한다는 법인세법 시행령 제72조 의 규정은 동 시행령 부칙 제8조 제3항에서 1999.1.1이후 취득하는 분부터 적용한다고 규정하고 있어, 특별부가세의 과세표준계산에 관한 개정 법인세법 시행령 제140조 제2항 의 규정은 적용할 수 없으며, 1999.1.1이전 시행중이던 특별부가세 과세표준에 관한 구 법인세법 시행령 제124조의2 제2항 의 규정을 적용하여 이 건 재고용 자산에 관한 건설자금이자도 특별부가세 과세표준계산시 취득가액에 포함하여야 한다는 주장이다. 살피건대, 재고자산에 관한 건설자금이자는 특별부가세 과세표준계산시 취득가액에 포함하여야 한다는 대법원 판례(대법원86누787,1989.11.14선고)는 양도자산의 취득가액에 관한 구 법인세법 시행령(1999.1.1이전 시행)제124조의2 제2항의 규정에서 “취득가액이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액 ․ 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합한 금액을 말한다”라고 규정하여 특별부가세 과세표준계산시 건설자금에 충당한 금액의 이자를 사업용 고정자산에 충당한 건설자금의 이자로 명시적으로 제한하고 있지 아니하다 하여 재고자산에 대한 건설자금이자도 취득가액에 포함하는 것으로 판단하고 있으나(비록 법인세법 시행령 제33조 제1항 에서 손금불산입되는 건설자금의 이자를 사업용 고정자산에 충당하는 건설자금이 이자로 제한하고 있기는 하나 이는 사업용 고정자산도 그감가상각비에 대하여 손비로 산입하고 있으므로 재고용 자산에 대한 건설자금이자를 당기 영업외비용으로 인정받을 수 있다하여 달리 볼것이 아니라고 판단하였다), 특별부가세 과세표준 계산에 관한 1998.12.31 개정 법인세법 시행령 제140조 제2항 에서는 사업용 고정자산에 대한 건설자금의 이자만을 양도자산의 취득가액에 포함한다고 규정하여 이 부분 달리 해석할 여지가 없는 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 1999.1.1 이전 취득분에 대하여는 구 법인세법 시행령 제124조의2 제2항 의 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 특별부가세 과세표준계산에 관한 1998.12.31 개정 법인세법 시행령 제140조 제2항 에서는 취득가액에 제72조 제2항 제2호의 사업용 고정자산에 충당한 건설자금이자를 포함한다고 규정하여 특별부가세 과세표준계산시에 취득가액은 제72조 제2항 제2호의 사업용고정자산에 대한 건설자금이자를 포함하는 것으로 규정한 바, 동 조항은 같은 법 시행령 부칙 제2조의 규정에 의하여 1999.1.1 이후 양도하는 분부터 적용하도록 규정하고 있다. 따라서, 1999.1.1 이전에 취득한 자산에 대하여도 당연히 개정된 법인세법 시행령 제140조 제2항 의 규정을 적용하여야 하고, 특별부가세와 같은 양도소득세는 양도 당시를 기준으로 과세요건을 판별하여야하므로(대법원99두8269, 2001.7.27선고. 같은 뜻), 비록 사업용 고정자산에 대한 건설자금이자를 취득가액에 포함한다는 법인세법 시행령 제72조 의 규정이 1999.1.1 이후 취득분부터 적용된다고 하여 개정전 법인세법 시행령 제124조의2 제2항 의 규정을 적용하여 재고용자산에 대한 건설자금이자를 취득가액에 포함하여야 할 것은 아니라고 판단된다. 그렇다면, 비록 청구법인이 취득한 재고용 자산의 취득일자가 1999.1.1 이전이라 하더라도 개정된 법인세법 시행령 제140조 제2항 의 규정에 의하여 특별부가세 과세표준을 계산하여야 하므로 이 건 처분청의 경정고지처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다