사용인에 대한 학자금의 대여액에 대하여 인정이자를 계산하지 않는다고 신고.안내하고도, 인정이자를 계산한 처분을 경정한 사례
사용인에 대한 학자금의 대여액에 대하여 인정이자를 계산하지 않는다고 신고.안내하고도, 인정이자를 계산한 처분을 경정한 사례
심판청구번호 국심 2004중4639(2006.03.21) У�219,799,280원)의 부과처분은 인정이자 상당액 1,450,322,522원(1999사업연도 66,209,760원, 2000사업연도 178,757,821원, 2001사업연도 314,778,720원, 2002사업연도 376,385,135원, 2003사업연도 514,201,086원)을 익금에서 제외하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하고,
2. ○○○세무서장이 2004.10.1 청구법인에게 한 소득금액변동통지 5건 합계 1,543,221,382원(1999년도 109,454,906원, 2000년도 206,903,491원, 2001년도 336,276,764원, 2002년도 376,385,135원, 2003년도 514,201,086원)은 1,450,322,522원(1999년도 66,209,760원, 2000년도 178,757,821원, 2001년도 314,778,720원, 2002년도 376,385,135원, 2003년도 514,201,086원)을 임직원의 상여처분에서 제외하여 소득금액변동통지금액을 경정하며,
3. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
처분청은 청구법인에 대한 세무조사에서, ① 청구법인이 임직원의 자녀중 대학에 입학한 자녀가 있는 경우 임직원에게 등록금을 무상으로 대여한 데 대하여 1999∼2003사업연도중 임직원에게 무상으로 대여한 학자금(이하 "쟁점학자금"이라 한다)에 대해 부당행위계산을 부인하고 동 금액을 업무무관 가지급금으로 보아 당좌대월이자율로 계산한 이자 상당액 1,450,322,522원(1999사업연도 66,209,760원, 2000사업연도 178,757,821원, 2001사업연도 314,778,720원, 2002사업연도 376,385,135원, 2003사업연도 514,201,086원, 이하 "쟁점인정이자"라 한다)을 가지급금 인정이자로 보아 익금산입하고, 이들 임직원에게 상여로 소득처분하고, ② 청구법인이 ○○○로부터 ○○○과제를 수탁받아 수행하면서 수령한 출연금(이하 "쟁점출연금"이라 한다)을 지급받는 시점에 선수금으로 회계처리하였다가 비용 지출시 그 지출금액을 선수금에서 차감하고 수익과 비용으로 동시에 처리한 데 대하여 1999∼2003사업연도중 청구법인이 ○○○로부터 수령한 쟁점출연금을 지급받은 사업연도인 1999사업연도 300,977,434원, 2000사업연도 548,366,191원, 2001사업연도 829,736,470원, 2002사업연도 1,743,465,014원, 2003사업연도 1,449,201,741원을 익금산입(유보)하고, 청구법인이 수익으로 계상한 사업연도인 2000사업연도 300,977,434원, 2001사업연도 548,366,191원, 2002사업연도 829,736,470원, 2003사업연도 1,743,465,014원을 손금산입(⁘유보)하는 등 하여, 2004.10.1 청구법인에게 법인세 5건 1,936,257,160원(1999사업연도 600,998,180원, 2000사업연도 345,713,990원, 2001사업연도 305,712,480원, 2002사업연도 464,033,230원, 2003사업연도 219,799,280원)을 결정고지하고, 쟁점인정이자 등 1,543,221,382원(1999년도 109,454,906원, 2000년도 206,903,491원, 2001년도 336,276,764원, 2002년도 376,385,135원, 2003년도 514,201,086원)을 임직원에게 상여처분하고 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.11.18 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점학자금은 법인세법시행규칙 제44조 에서 인정이자계산 대상에서 제외되는 것으로 규정하고 있지는 않았으나, ○○○ 및 2000년 1월에 발행된 ○○○ 법인세신고안내책자에서는 쟁점학자금을 인정이자 계산대상에서 제외하도록 되어 있고, 청구법인은 동 ○○○ 및 법인세신고안내책자의 기술내용에 따라 인정이자를 계산하지 않았으므로 쟁점학자금에 대한 쟁점인정이자를 익금산입하고 동 금액을 임직원들에게 상여로 소득처분하는 것은 신의성실의 원칙에도 위배되므로 부당하다.
(2) 청구법인이 정부로부터 지급받은 쟁점출연금은 ○○○과제의 완료시까지 ○○○로부터 위탁받은 것이고, 상환의무가 있으므로 쟁점출연금과 관련된 ○○○사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것이 타당함에도 쟁점출연금을 청구법인이 지급받은 사업연도에 익금산입하는 것은 부당하다.
(2) 청구법인이 수령한 쟁점출연금은 ○○○에 반환할 의무가 없으므로 이를 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점학자금에 대하여 부당행위계산을 부인하여 쟁점인정이자를 익금산입하여 법인세를 과세하고 동 금액을 임직원에게 상여로 소득처분한 처분의 당부
(2) ○○○에 따라 정부로부터 지급받는 쟁점출연금의 귀속시기를 동 금액을 지급받은 사업연도의 익금으로 보아 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점(1) 관련법령 (가) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】 ① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 금전의 대여 또는 차용에 있어서는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 재정경제부령이 정하는 당좌대월이자율(이하 “당좌대월이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 당해 법인에게 당좌대월이자율보다 높은 이자율의 차입금이 있는 경우 그 차입금에 상당하는 금액의 대여금(법인 또는 사업을 영위하는 개인에게 대여한 경우로서 상환기간을 정하여 당좌대월이자율로 이자를 수수하기로 약정한 경우의 그 대여금을 제외한다)에 대하여는 당해 이자율을 시가로 본다.
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. 법인세법시행규칙 제44조 【인정이자 계산의 특례】 영 제89조 제5항 단서에서 “재정경제부령이 정하는 금전의 대여”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 소득세법 제132조 제1항 및 동법 제135조 제3항의 규정에 의하여 지급한 것으로 보는 배당소득 및 상여금(이하 이 조에서 “미지급소득”이라 한다)에 대한 소득세(소득할 주민세와 미지급소득으로 인한 중간예납세액상당액을 포함하며, 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 한도로 한다)를 법인이 납부하고 이를 가지급금 등으로 계상한 금액(당해 소득을 실지로 지급할 때까지의 기간에 상당하는 금액에 한한다) 미지급소득 미지급소득에 대한 소득세액 = 종합소득 총결정세액 × ────── 종합소득금액
2. 정부의 허가를 받아 국외에 자본을 투자한 내국법인이 당해 국외투자법인에 종사하거나 종사할 자의 여비·급료 기타 비용을 대신하여 부담하고 이를 가지급금 등으로 계상한 금액(그 금액을 실지로 환부받을 때까지의 기간에 상당하는 금액에 한한다)
증권거래법 제2조 제18항 의 규정에 의한 우리사주조합 또는 그 조합원에게 당해 법인의 주식취득(조합원간의 주식매매를 포함한다)에 소요되는 자금을 대여한 금액(상환할 때까지의 기간에 상당하는 금액에 한한다)
4. 국민연금법에 의하여 근로자가 지급받은 것으로 보는 퇴직금전환금(당해 근로자가 퇴직할 때까지의 기간에 상당하는 금액에 한한다)
5. 영 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에게 상여처분한 금액에 대한 소득세를 법인이 납부하고 이를 가지급금으로 계상한 금액(특수관계가 소멸될 때까지의 기간에 상당하는 금액에 한한다) (나) 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
1. 제44조의 규정에 의하여 인정이자를 계산하지 아니하는 금액
2. 사용인에 대한 월정급여액의 범위안에서의 일시적인 급료의 가불금
3. 사용인에 대한 경조사비의 대여액
4. 사용인(사용인의 자녀를 포함한다)에 대한 학자금의 대여액 (다) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(2) 쟁점(2) 관련법령 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】 ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 법인세법 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다.
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 종업원에 대한 복리후생의 일환으로 임직원의 자녀중 대학에 입학한 자녀가 있는 경우 등록금을 무상으로 대여해주고 있는 바, 청구법인이 임직원에게 대여한 쟁점학자금은 아래 표와 같고 동 학자금은 수혜학생이 대학 졸업 후 3년 거치 4년간 균등으로 회수하고 있다.
○○○ (나) 처분청은 위 (가)의 쟁점학자금에 대해 부당행위계산부인규정을 적용하여 이를 업무무관 가지급금으로 보아 당좌대월이자율로 계산한 쟁점인정이자 1,450,322,522원(1999년 66,209,760원, 2000년 178,757,821원, 2001년 314,778,720원, 2002년 376,385,135원, 2003년 514,201,086원)을 각 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세하고, 동 금액을 임직원에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 쟁점학자금은 국세청 예규나 법인세신고안내책자에서 인정이자계산대상에서 제외하도록 되어 있고, 이와 같은 공시내용에 따라 인정이자를 계산하지 않았으므로 쟁점학자금에 대한 쟁점인정이자를 익금산입하고 임직원들에게 상여로 소득처분하는 것은 신의성실의 원칙에도 위배되므로 부당하다고 주장하는 반면, 처분청은 특수관계자에게 금전을 무상으로 대여한 경우 인정이자를 계산하여야 하고 관련법령에서 쟁점학자금을 인정이자계산대상에서 제외하고 있지 아니하므로 쟁점인정이자를 계산하여 각 사업연도의 익금에 산입하고 그 귀속자인 임직원에게 상여처분하는 것은 당연하다고 주장하고 있다. (라) 전시 관련법령을 보면, 법인세법 제52조, 같은법 시행령 제88조 제1항 제6호 및 같은법 시행령 제89조 제5항에서 특수관계자에게 금전을 무상으로 대여한 경우 인정이자를 계산하도록 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제44조에서는 인정이자계산대상에서 제외되는 사유를 규정하고 있으나, 쟁점학자금에 대하여는 구체적으로 규정하고 있지 아니하고 있다. 한편, 법인세법 제28조, 같은법 시행령 제53조에서 가지급금등이 있는 경우에 지급이자를 손금부인하도록 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제28조 제1항에서는 지급이자 손금부인대상 가지급금등에서 제외되는 사유를 규정하면서 '사용인(사용인의 자녀를 포함한다)에 대한 학자금의 대여액'을 규정하고 있다. 또한, 국세청도 내국법인이 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어서 사용인(사용인의 자녀를 포함)에 대한 학자금의 대여액은 법인세법 제28조 및 같은법 시행령 제88조 제1항 제6호의 규정을 적용하지 아니하는 것이라고 해석○○○하고 있고, ○○○이 법인의 법인세신고안내를 하기 위하여 매년 발행하는 '법인세 신고안내'책자에도 '가지급금에 대한 인정이자의 익금조정'항목에서 '사용인(사용인의 자녀를 포함)에 대한 학자금의 대여액'을 인정이자를 계산하지 아니하는 사유라고 열거·기술하고 있다가 2003.1월에 발행한 책자에서는 동 내용을 삭제하였다. (마) 살피건대, 쟁점학자금과 관련하여 청구법인이 인용하는 법인세법 관련조문과 처분청이 처분근거로 내세우는 관련조문이 상이한 바, 동일한 성격의 학자금이라 하더라도 관련조문(부당행위계산의 부인, 지급이자의 손금불산입)의 입법목적이나 취지에 따라 달리 해석할 수 있는 것이고, 쟁점학자금과 유사한 성격의 대여금으로 청구법인이 임직원에게 대여한 주택자금에 대하여 매년 당좌대월이자율과 실제 이자율과의 차액에 상당하는 금액을 인정이자로 계산하여 익금산입하고 있는 것을 보아도 쟁점학자금이 인정이자 계산대상이라면 청구법인이 이를 회피할 특별한 이유도 없어 보이고, 임직원에 대한 복리후생의 일환으로 대학에 재학하고 있는 자녀가 있는 임직원에게 일정기간이 지난 후에 회수하기로 약정하여 대여한 학자금은 경제적 합리성이 인정되므로 쟁점학자금에 대하여는 인정이자 계산대상으로 보지 않는 것이 사회통념상으로도 타당한 것으로 보이고, ○○○이 쟁점학자금에 대하여는 인정이자를 계산하지 아니하는 것으로 해석이나 책자에서 명백히 하고 있었던 바, 쟁점학자금에 대하여 인정이자를 계산하지 아니하는 사유에서 제외하기로 한 이후에는 인정이자를 계산하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도 이 건과 같이 변경되기 이전의 건에 대하여 까지 인정이자를 계산하는 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 ○○○와 ○○○을 약정하고 동 약정에 의하여 ○○○로부터 쟁점출연금을 보조받아 ○○○과제를 수행하고 연구개발성과가 있을 경우 연구개발결과를 실제로 활용하는 기업에서 기술료를 기술실시계약 체결시점 또는 매출액 발생시점부터 5∼8년간 징수하도록 하고 있으며, ○○○과제를 수탁받으면 별도 예금계좌를 개설하여 동 예금계좌로 쟁점출연금이 입금되며, ○○○ 제31조에 의거 다른 자금과 분리하여 별도의 계정으로 관리하고 있는 바, 쟁점출연금의 입금액과 동 출연금의 발생이자는 선수금계정의 증가로 처리하고 동 출연금을 집행하는 사업연도에 선수금계정을 감소함과 동시에 동 집행금액을 수익과 비용으로 인식하며, 수탁받은 ○○○과제가 완결되면 집행되지 않고 남은 선수금 잔액은 과학기술부에 반납하는 회계처리를 하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 한 위 (가)의 회계처리내역을 부인하고 청구법인이 쟁점출연금을 받은 시점의 사업연도의 수익으로 익금산입하고 동 출연금이 집행되는 시점의 사업연도의 비용으로 손금산입하여야 하는 것으로 보아 아래 표와 같이 손익의 귀속시기를 조정하여 이 건 법인세를 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
○○○ (다) 청구법인은 쟁점출연금은 ○○○과제의 완료시까지 ○○○로부터 위탁받은 것이고, 상환의무가 있으므로 쟁점출연금 관련 ○○○의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것이 타당하다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 수령한 쟁점출연금은 반환할 의무가 없으므로 이를 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여야 한다고 주장하고 있다. (라) 이 건 쟁점출연금 발생과 관련하여 청구법인이 ○○○와 체결한 ○○○를 보면, 연구비의 협약기간 종료후 발생한 집행잔액과 협약기간 종료 후에 발생한 이자를 협약 종료후 1개월 이내에 반환하고(제6조), 청구법인은 연구개발사업의 결과로 취득하는 연구시설·지적재산권·시작품 등의 소유권을 자신의 지분뿐만 아니라 정부출연금의 지분도 소유하고(제10조), 연구개발 성과를 활용하는 기업으로부터 기술료를 징수하고(제11조), 협약이 해지되는 경우에도 중대한 협약위반 등이 아닌 한 연구비 정산잔액 및 협약해지 이후 발생한 이자만 회수하는(제15조) 것으로 되어 있다. 한편, 법인세법 제40조 에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 규정하고 있다. (마) 위의 내용을 종합하여 보면, 정부출연금은 정부 부처 또는 부서별로 지급 목적, 이행조건, 결과물의 귀속, 기술료의 징수방법 등이 매우 다양하여 일률적으로 그 손익귀속시기를 판단할 수는 없는 것이고, 연구개발사업의 성공 또는 실패에 따라 전액 반환의무가 발생하는 경우에 그 성공여부가 확정되는 시기에 익금산입할 수 있는 것이나, 이 건의 경우 쟁점출연금은 청구법인이 인건비 등으로 위 협약서에 근거하여 지출하였으며, 위 협약서에 나타난 바와 같이 청구법인이 지출한 쟁점출연금은 청구법인이 수행한 연구개발사업의 성공여부에 관계없이 ○○○에 반환의무가 없는 것○○○으로 나타난다. 따라서 처분청이 쟁점출연금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다
결정 내용은 붙임과 같습니다.