쟁점 매입금액을 쟁점 토지의 취득원가로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지 여부

심판청구번호 국심2004중 4442(2005.3.29)

○○○(주)로부터 교부받은 공급가액 886,363,637원(2003년 제2기분 681,818,182원, 2004년 제1기분 204,545,455원)의 매입세금계산서에 대한 매입세액중 28,501,909원(2003년 제1기분 21,924,545원, 2004년 제1기분 6,577,363원)을 공제하여 각각 경정합니다.

청구법인은 2003.10.10. ○○○(주)와 ○○○에 도급금액을 15억원(공급가액 1,363,636,364원)으로 하는 공장부지공사(이하 "쟁점공장부지공사"라 한다)에 대한 도급계약을 체결하여 공장부지를 조성한 후 2003.5.17. 다시 ○○○(주)와 도급금액 3,344,000,000원으로 하는 공장건물공사에 대한 도급계약을 체결하여 공장건물을 신축하였다. 청구법인은 쟁점공장부지공사와 관련하여 2003년 제2기중 ○○○(주)로부터 공급가액 681,818,182원의 매입세금계산서(이하 "쟁점1세금계산서"라 한다)와 2004년 제1기중 공급가액 204,545,455원의 매입세금계산서(이하 "쟁점2세금계산서"라 한다)를 교부받고, 동 매입세금계산서의 공급가액이 모두 토지의 취득원가에 해당되는 것으로 보아 2003년 제2기 및 2004년 제1기 부가가치세 신고시 그 매입세액을 공제받지 아니하였다. 청구법인은 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)의 공급가액 886,363,637원중 72.4%인 641,727,273원(2003년제2기분 493,636,363원, 2004년제1기분 148,090,910원)(이하 "쟁점매입금액"이라 한다)을 감가상각대상자산인 구축물의 취득원가로 보고 2004.7.26. ○○○세무서장에게 쟁점매입금액에 대한 부가가치세 64,172,729원(2003년제1기분 49,363,638원, 2004년제1기분 14,809,091원)의 환급을 청구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 ○○○세무서장은 2004.8.27. 쟁점매입금액은 토지의 취득원가에 해당되므로 그 매입세액은 공제대상이 아니라고 보아 거부통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.11.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점매입금액은 감가상각대상인 구축물의 취득원가로 쟁점토지의 취득원가에 해당되지 아니하므로 이에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입금액은 임야를 공장용지로 형질변경하는 과정에서 필수적인 배수로공사, 옹벽공사, 진입도로공사비로 지급된 금액이고, 이는 쟁점토지의 이용편의와 가치를 증가시키기 위해 소요된 자본적 지출액으로 토지의 취득원가에 해당되므로 그 매입세액은 불공제함이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입금액을 쟁점토지의 취득원가로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분이 타당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정된 것)제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 같은 법 제60조 【매입세액의 범위) ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 같은 법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

(2) 부가가치세법(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정되기 전의 것)제60조 【매입세액의 범위)⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다. (3) 법인세법 시행규칙 [별표5] 건축물등의 기준내용연수 및 내용연수범위표. 2. 건물의 부속설비에는 당해 건물과 관련된 전기설비, 급배수·위생설비, 가스설비, 냉방·난방·통풍 및 보일러설비, 승강기설비등 모든 부속설비를 포함하고, 구축물에는 하수도, 국뚝, 경륜장, 포장도로, 교량, 도크, 방벽, 철탑, 터널 기타 토지에 정착한 모든 토목설비나 공작물을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 출판 및 인쇄업을 영위하는 법인으로 경기도 쟁점토지에 인쇄공장을 신축하기 위하여 2003.5.3. ○○○시장으로부터 아래 <표>와 같이 공장설립승인을 받고, 2003.7.19. 건축허가를 받았다.

○○○ (나) 청구법인은 2003.10.10. ○○○(주)와 공사기간을 2003.11.1.∼ 2004.6.30.으로 하고, 도급금액을 15억원(부가가치세 포함가액)으로 하며, 공사내역을 쟁점토지의 정지작업, 진입로공사 및 구조물공사 등으로 하는 내용의 도급계약(이하 "쟁점도급계약"이라 하다)을 체결하여 공장부지를 조성하고, 2004.5.17. 다시 ○○○(주)와 공사기간을 2004.5.17.∼2004.10.31. 기간으로 하고, 도급금액 3,344,000,000원으로 하며, 쟁점토지상에 공장건물 9,616㎡를 신축하는 내용의 건물도급계약을 체결하여 공장건물을 신축하였다. (다) 청구법인은 쟁점도급계약과 관련하여 ○○○주)로부터 2003년 제2기 확정과세기간중 쟁점1세금계산서와 2004년제1기 예정과세기간중 쟁점2세금계산서를 교부받아 총공급가액이 토지의 취득원가에 해당되는 것으로 보고 각각 2003년 제2기 및 2004년 제1기분 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받지 아니하였다. (라) 청구법인은 2004.7.24. 쟁점도급계약과 관련하여 지출한 총공사비중 72.4%가 구축물등의 취득원가라고 주장하면서 쟁점1세금계산서와 쟁점2세금계산서의 총매입세액 88,636,363원중 72.4%인 64,172,720원(2003년 제1기 확정분 49,363,638원, 2004년 제1기 예정분 14,809,091원)의 환급을 청구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점도급계약과 관련하여 지출한 공사비총액이 모두 토지의 취득원가에 해당된다고 보아 2004.11.24. 거부통지하였고, 청구법인은 다시 쟁점도급계약과 관련하여 구축물 등 취득원가를 총공사비의 65.95%로 낮추어 이 건 심판청구를 제기하였다. (마) 이러한 사실은 청구법인과 처분청이 제출한 쟁점토지의 토지대장, ○○○시장의 공장설립신고서 및 건축허가서, 쟁점도급계약서, 청구법인의 2003년 제2기분 및 2004년 제1기분 부가가치세 신고서 및 부가가치세 경정청구서, 이에 대한 처분청의 거부통지서등에 의해 확인되고, 이에 대하여 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 판 단 (가) 처분청은 임야를 공장용지로 형질변경하는 과정에서 배수로공사, 옹벽공사, 진입도로공사는 필수적인 공사이므로 이를 위하여 지출한 쟁점금액은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출액에 해당된다고 주장하였으나, 공장부지 조성공사과정에 발생되는 공사비는 그 성격에 따라 구분하여 토지의 취득원가를 구성하는 것은 토지에 대한 자본적 지출액으로 보아 매입세액을 불공제하되, 도로공사, 배수로 공사, 옹벽공사 등 토지의 취득원가로 볼 수 없는 공사비는 구축물 등의 취득원가로 구분하여 매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 판단되며○○○, 처분청과 같이 임야를 공장용지로 개발하는 과정에서 발생된 모든 공사비를 토지의 취득원가로 보는 것은 지출비용의 실질성격에 불부합되고, 공장용지의 취득원가가 과대계상되어 기업회계기준 및 법인세법 규정과도 부조화되므로 그 타당성을 인정하기 어렵다고 판단된다. (나)청구법인은 쟁점도급계약에 의한 총공사비 1,363,636,364원중 65.95%인 899,311,789원이 감가상각대상 구축물 등의 취득원가이므로 쟁점세금계산서의 공급가액 886,363,637원중 65.95%에 해당하는 584,556,818원을 구축물의 취득원가로 보아 그 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하면서 ○○○(주)가 쟁점공장부지공사를 시공하면서 실제 투입하였던 원가를 아래 <표2>의 기준에 따라 분류하여 토지원가와 구축물원가로 구분하여 작성한 아래 <표1>의 쟁점공장부지공사의 원가명세를 제출하였는 바, 공사종류별로 구축물원가로 분류된 금액이 타당한지 여부를 살펴본다.

○○○

1. 먼저 청구법인이 제시한 ○○○(주)의 쟁점공장부지공사의 원가자료에 대한 신빙성 여부를 살펴본다. 청구법인이 제시한 쟁점공장부지공사의 원가자료는 시공자 ○○○(주)가 쟁점부지조성공사를 수행하는 과정에서 실제 투입된 원가 등에 대한 자료이고, 공종별로 단가·수량 및 금액이 구체적으로 표시되어 있으며, 그 기재내용도 타당성이 있다고 판단되고, 달리 쟁점공장부지공사의 원가자료로 인정할 만한 다른 원가자료 가 발견되지 아니하고 있으므로 청구법인이 제시한 쟁점공장부지공사의 원가자료는 신빙성이 있다고 판단된다.

2. 다음으로 청구법인이 쟁점공장부지공사의 총공사비중 구축물등의 원가로 분류한 금액의 타당성여부를 살펴본다.

• 가) 청구법인은 ①토공사비 386,911,868원중 131,864,525원을 구축물등의 원가로 분류하였는 바, 구축물등의 취득원가로 분류된 토공사비중 공장부지의 조경식재공사비 44,451,000원은 토지의 가치를 실질적으로 증가시키는 비용으로 감가상각대상자산이 아니므로 구축물등의 취득원가보다는 토지의 취득원가로 분류함이 타당하다고 하겠으며, 나머지 공사비 87,413,525원은 타인소유의 토지상에 공장건물 신축을 위한 사전공사의 일환으로 도로포장 등에 투입된 공사비이므로 토지의 취득원가에서 제외함이 타당하다고 판단된다.
• 나) 청구법인은 ②배수관공사비 267,680,019원중 207,133,133원을 구축물등의 취득원가로 분류하였는 바, 구축물등의 취득원가로 분류된 배수관공사비 60,546,886원은 임야절개지 배수로공사비로 이는 공장부지의 유지를 위해 필수적인 시설공사비이므로 토지의 취득원가로 분류함이 타당하다고 보여지나, 기타 공장건물주변에 설치된 하수 및 배수로등의 설치비 207,133,133원은 동시설이 공장건물의 설치 및 이용시에 필수적인 시설인 점등으로 보아 토지의 취득원가로 보기는 어렵다고 판단된다○○○. (다) 청구법인은 옹벽공사비중 측면과 후면의 공사비는 토지의 취득원가로 분류하면서 ③전면옹벽공사비 308,663,298원을 구축물등의 취득원가로 분류하였는 바, 전면옹벽공사비 308,663,298원은 동옹벽이 공장부지의 전면의 붕괴방지 등 공장부지의 유지를 위한 필수적인 시설이고, 전면옹벽은 측면 및 후면의 옹벽과 기능상의 차이가 없으므로 이들의 공사비용과 함께 토지원가로 분류함이 동 비용의 성격에 부합된다고 판단된다.
• 라) 청구법인은 ④포장공사비 141,004,682원을 전액 구축물 등의 취득원가로 분류하였는 바, 포장도로는 토지와 분리된 별도의 시설물이고, 법인세법시행규칙 별표[5]에서 감가상각대상 구축물로 규정하고 있으므로 포장도로 공사비는 토지의 취득원가에서 제외함이 타당하다고 판단된다○○○.
• 마) 청구법인은 ⑤부대공사비 2,940,336원을 전액 구축물 등의 취득원가로 분류하였는 바, 부대공사비는 그 내용이 차선도색비등이므로 공장부지의 취득원가와는 직접적인 관련이 없다고 판단되며, ⑥기타공사비 ⑦기타 부대비용은 간접비용으로 공장부지의 취득과의 관련성을 부인하기 어렵다고 판단된다.
• 바) 위 가) 내지 마)에서 살펴본 바와 같이 쟁점공장부지공사비 1,363,633,364원중 ① 진입도로 공사비 87,413,525원, ②공장건물주변에 설치된 하수 및 배수로 등의 설치비 207,133,133원, ④포장공사비 141,004,682원, ⑤부대공사비 2,940,336원 합계 438,491,676원은 토지의 취득원가에서 제외하여 구축물등의 취득원가로 분류함이 타당하다고 판단된다.

3. 따라서, 청구법인이 쟁점공장부지공사와 관련하여 지급한 매입세액은 그 중 구축물 등의 취득원가상당액 438,491,676원이 쟁점공장부지의 총공사비 1,363,636,364원에서 차지하는 비율인 32.156%에 해당하는 금액을 매출세액에서 공제받을 수 있다고 판단되며, 이에 따라 쟁점세금계산서의 공급가액 886,363,637원(2003년 제2기분 681,818,182원, 2004년 제1기분 204,545,455원)중 32.156%에 해당하는 공급가액에 대한 매입세액 28,501,909원(2003년 제1기분 21,924,545원, 2004년 제1기분 6,577,363원)은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.