사실과 다른 세금계산서

심판청구번호 국심2004중 3886(2005. 6. 24) P>1. 처분개요

• 가. ○○○에 사업장을 둔 화물운송주선업을 영위하는 사업자인 청구법인은 ○○○냉동주식회사〔이하 “○○○냉동(주)”라 한다〕로부터 1999년부터 2000년까지 세금계산서 24매 공급가액 1,085,815,037원(이하“쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 이를 공제대상매입세액으로 하여 부가가치세를 산출하고 손금산입하여 법인소득을 산출하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 ○○○냉동(주)로부터 수취한 쟁점세금계산서 중 공급가액 867,922,221원(이하“쟁점매입액”이라 한다)은 ○○○냉동(주) 지입차주들에게 직접 운송용역비를 지급하였다 하여 개인차주들로부터 운송용역을 공급받은 것으로 보아 쟁점매입액에 대하여 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액공제 부인하여 부가가치세를 산출하고 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 산출하여 2004.1.19. 청구법인에게 부가가치세 1999.1기 50,016,180, 1999.2기 30,063,760원, 2000.1기 33,981,240원 및 2000.2기 54,847,800원, 2000사업연도 법인세 52,699,650원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.31. 이의신청을 거쳐 2004.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○○냉동(주)에 화물운송을 의뢰하였으나 ○○○냉동(주) 대표이사 김○○○이 ○○○냉동(주) 소속 지입차주 중 이전 ○○○냉동주식회사〔이하 “○○○냉동(주)”라 한다〕지입차주들에게 운송료 중 일부를 직접 지급하여도 된다고 승낙하고, ○○○냉동(주) 대표이사 조○○○과 ○○○냉동(주) 직원대표 양○○○ 사이에 직원들이 ○○○냉동(주) 재산을 처분할 수 있다는 화해조서 내용에 따라 ○○○냉동(주)에 지급할 운송료 중 일부를 지입차주들에게 직접 송금하였을 뿐이므로 운송비를 청구법인으로부터 직접 송금받은 지입차주들을 실제운송용역을 공급한 것으로 본 처분은 잘못된 것이다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입액은 청구법인이 개인차주들에게 직접 운송비를 지급하였으며, 세금계산서를 발행한 ○○○냉동(주) 대표이사 김○○○도 쟁점매입액은 ○○○냉동(주)에서 운송용역을 제공하지 아니하였다고 진술한 사실로 보아 쟁점매입액은 운송용역은 개인차주들로부터 제공받고 ○○○냉동(주)로부터 세금계산서를 수취한 것이므로 쟁점매입액에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액불공제 및 법인세증빙불비가산세를 적용한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 지입차주들에게 직접 운송료를 지급한 쟁점매입상당의 운송용역에 대하여 세금계산서를 발행한 지입회사 ○○○냉동(주)가 아닌 지입차주들이 청구법인에게 제공한 것으로 보아 과세한 처분의 정당 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① (생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1(생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정) 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간?대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003. 12. 30. 개정) 1(생략)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (2) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① (생략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998. 12. 28 개정) 제76조 【가산세】

① ∼④(생략)

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. (1998. 12. 28 개정) 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다. (1998. 12. 28 신설)

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28 신설)

1. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우에는 그 증빙서류를 포함한다) (1998. 12. 28 신설)

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서 (1998. 12. 28 신설)

3. 제121조 및 소득세법 제163조 의 규정에 의한 계산서 (1998. 12. 28 신설) 부 칙 (1998. 12. 28 법률 제5581호) 제7조 【가산세 등에 관한 적용례】

① ∼②(생략)

③ 제76조 제5항의 개정규정은 2000년 1월 1일 이후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용하고, 제116조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 재화 또는 용역을 공급받는 분부터 적용한다. (3) 법인세법시행령 제158조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① 법 제116조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사업자”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 법인. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

• 가. 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인 (1998. 12. 31 개정)
• 나. 국가 및 지방자치단체 (1998. 12. 31 개정)
• 다. 금융보험업을 영위하는 법인 (1998. 12. 31 개정) 라. 국내사업장이 없는 외국법인 (1998. 12. 31 개정)

2. 부가가치세법 제2조 의 규정에 의한 사업자. 다만, 읍·면지역에 소재하는 부가가치세법 제25조 의 규정에 의한 간이과세자 또는 과세특례자로서 여신전문금융업법에 의한 신용카드가맹점이 아닌 사업자를 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

3. 소득세법 제28조 의 규정에 의한 사업자. 다만, 동법 제120조의 규정에 의한 국내사업장이 없는 비거주자를 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제116조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 10만원 미만인 경우 (1998. 12. 31 개정)

2. 농·어민(한국표준산업분류에 의한 농업 중 작물생산업·축산업·복합농업, 임업 또는 어업에 종사하는 자를 말하며，법인을 제외한다)으로부터 재화 또는 용역을 직접 공급받은 경우 (1998. 12. 31 개정)

3. 소득세법 제127조 제1항 제3호 에 규정된 원천징수대상 사업소득자로부터 용역을 공급받은 경우(원천징수한 것에 한한다) (1998. 12. 31 개정)

4. 기타 재정경제부령이 정하는 경우 (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제116조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 여신전문금융업법에 의한 직불카드와 외국에서 발행된 신용카드를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999년부터 2000년까지 ○○○냉동(주)로부터 공급가액 1,085,815,037원의 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액으로 공제하고 손금산입하여 법인소득을 산출하였으며, 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서 공급가액 중 운송비를 ○○○냉동(주)가 아닌 개인 지입차주들로부터 운송용역을 공급받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 증빙불비가산세를 적용하여 부가가치세 및 법인세를 각각 경정고지하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점매입액은 ○○○냉동(주)로부터 실제로 화물운송용역을 공급받은 것이라고 주장하며 그 증빙으로 ○○○냉동(주) 직영차량기사 등 직원들(42명)의 대표 양○○○·서○○○과 ○○○냉동(주) 대표 조○○○간의 화해조서 사본, ○○○냉동(주) 대표 조○○○이 양○○○에게 법인소유재산 처분을 위임한 위임장 사본 및 청구법인 대표 김○○○의 계좌(○○○) 입출금내역을 제출하므로 이에 대하여 본다.

(3) ○○○냉동(주) 대표이사 김○○○은 쟁점매입액은 개인차주들이 청구법인에게 운송용역을 공급하였고 ○○○냉동(주)에서는 세금계산서만 교부한 것이라고 확인하고 있으며, 청구법인이 ○○○냉동(주)에서 수취한 매입세금계산서 공급가액 중 867,992,221원의 운송료를 직접 개인차주들에게 지급한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. 그러나 청구법인이 제출한 ○○○냉동(주) 대표이사 조○○○과 직원대표 양○○○ 등과의 화해조서나 법인소유재산 처분 위임장 등의 내용을 보면 청구법인이 ○○○냉동(주)로부터 실제 운송용역을 제공받았다는 사실을 입증할 구체적인 내용은 확인되지 아니한다.

(4) 위 사실을 종합하면, 쟁점매입액은 청구법인이 ○○○냉동(주) 지입차주 등 개인차주들로부터 운송용역을 제공받고 매입세금계산서를 ○○○냉동(주)로부터 수취한 것으로 보인다. 따라서 ○○○냉동(주)에서 수취한 매입세금계산서 중 쟁점매입액에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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