조세특례제한법 제99조의 3에 규정한 감면대상 신축주택 해당 여부

심판청구번호 국심2004중 3726(2005.9.26) ">1. 처분개요 청구인은 ○○○층 소재 ○○○(이하 "○○○"이라 한다)에 2001.8.29. 주택조합원으로 가입한 바 있고, 조합원 자격으로 ○○○ 소재 연립주택 (대지권 ○○○, 건물 ○○○로 이하 "쟁점주택"이라 한다)을 취득한 후, 2004.1.13. 쟁점주택을 양도(양도가액 4억 9,000만원)하고, 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 양도소득세 감면신청을 하였다. 처분청은 자기가 건설한 신축주택이 감면되기 위해서는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 신축주택취득기간(2001.5.23∼2003.6.30) 내에 사용승인을 받아야 하나 쟁점주택은 2003.10.28.에 사용승인을 받았다 하여 청구인의 양도소득세 감면신청을 부인하고 기 신고·납부한 농어촌특별세 12,831,260원을 환급한 후, 2004.7.1. 청구인에게 2004년 귀속분 양도소득세 64,156,340원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.9.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 지역주택조합의 조합주택으로서 전용면적 25평형의 연립주택 159세대가 조합원취득분 152세대와 일반분양분 7세대로 구성되어 있으며, 일반분양분 7세대는 2002.7.18. 매매계약이 체결되었고, 2003.10.28. 사용승인이 되었다. 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호는 일반분양분에 대한 감면을 규정하고, 제2호는 조합원취득분에 대한 감면을 규정하고 있는 바, 쟁점주택과 같이 조합원취득분과 일반분양분이 함께 있는 경우에 일반분양분은 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항의 규정에 의거 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2003.6.30.) 경과 후에 사용승인을 받아도 감면을 인정하면서 조합원 분양분에 대하여 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받았다 하여 감면을 인정하지 않는 것은 형평에 맞지 아니한다. 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 일반분양분이 있는 경우에는 제99조의 3 제1항 제1호의 적용대상임이 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 명시되어 있고, 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호, 그 단서 및 2002.12.11. 개정한 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2003.6.30.)내인 2002.7.18. 일반분양분의 매매계약이 체결되었으므로 100% 감면대상에 해당함에도 쟁점주택의 양도에 대하여 감면을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 부칙(2002.12.11.) 제29조 제2항에 의하면, 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에 양도소득세 감면대상이 된다고 명시하고 있으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택조합 조합원이 취득한 신축주택에 대하여 당해 조합에서 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호 단서의 규정에 의한 일반분양을 한 사실이 있는 경우 같은 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정을 적용하여 양도소득세 감면특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 조세특례제한법시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② (생략)

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원【 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다】이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 법 부칙(2002. 12. 11 법률 제6762호) 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○○은 2001.9.24. 설립되어 ○○○를 매수하고, 지역주택조합으로 주택건설촉진법 제33조 및 같은 법 시행령 제32조의 규정에 의거 2002.1.8. 사업계획승인을 받아 2002.6.20. 건축공사에 착공하였으며, 2003.10.28. 쟁점주택 등에 대한 사용승인을 받았다. 쟁점주택은 그 위치가 ○○○시에 소재하고 있어 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 및 2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 같은 법 시행령 제99조의 3 제1항에서 규정한 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 양도소득세의 감면을 배제하는 지역 내의 신축주택에 해당한다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일인 2003.1.1. 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 같은 조 제2항의 규정에 의하여 2003.1.1. 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용하는 것으로 감면배제의 범위를 완화하는 규정을 두고 있다. 따라서, 쟁점주택의 경우는 2003.10.28.에 사용승인을 받은 감면배제지역 내의 신축주택에 해당하므로 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 양도소득세의 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.