금융기관부채를 상환한 후 3년의 기간 중 법인의 1.2차 연도의 부채비율이 기준부채비율을 초과하는 경우, 2차연도 추징세액 계산시 1차 연도의 추징세액을 차감할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심 2004중3486(2005.6.28) 냄� 청구법인은 1998사업연도중에 양도한 부동산에 대하여 조세특례제한법 제37조 규정에 의한 특별부가세 감면규정을 적용받았으나, 같은 법 제37조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제34조 제14항 제2호의 규정에 의한 부채비율이 부동산 양도 후 3년이내의 기간중 기준부채비율보다 증가하였으므로 그 초과비율에 상당하는 감면세액 상당액을 특별부가세로 납부하여야 함에도 2차년도 추징세액 계산시 1차년도 추징세액을 차감하는 방법으로 계산함으로써 과소납부하였다. 처분청은 부동산 양도 및 금융기관부채 상환에 따른 기준부채비율과 각 사업연도별 부채비율을 재계산하여 당초 감면신청세액중 기준부채비율을 초과하는 부채비율에 상당하는 감면세액을 추징하는 것으로 하여 2004.8.27. 청구법인에게 1999∼2001사업연도 법인세(특별부가세) 1,140,534,080원(1999사업연도 568,981,520원, 2000사업연도 579,343,500원, 2001사업연도 -7,790,940원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 조세특례제한법 제37조 제2항 제2호 규정에서 "부채비율이 부동산 양도 후 3년 이내의 기간중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우" 라 함은 매사업연도마다의 부채비율이 기준부채비율을 초과하는지 여부를 판단하여 그 초과비율 만큼만을 감면세액중 추징세액으로 계산하는 것이나 부동산을 양도한 후 1차 년도에 감면세액에 대한 추징세액이 있을 경우에는 2차년도 이후 부채비율이 1차년도의 부채비율을 초과하여야만 당초 감면세액에 대한 추가적인 추징세액이 있을 수 있다고 보는 것이 입법취지에 합당하다고 보아 부동산을 양도한 1998사업연도에 감면세액(1,308,542,852원)을 계산하고 추징세액(414,375,586원)을 신고납부한 후, 1999, 2000사업연도 각각의 추징세액에서 1998사업연도에 기추징세액을 차감하여 추가적인 추징세액은 없는 것으로 계산하였다. 청구법인이 1998.3.19., 1998.7.22.에 각각 승인받은 재무구조개선계획에 의하면 각사업연도의 부채비율이 기준부채비율보다 높게 나타나 있어서 처분청의 과세처분대로 계산하자면 부동산양도 사업연도에만 일부 감면효과가 나타나고 그 이후 사후관리 기간에는 항상 추징세액이 발생하여 기업구조조정 제도의 도입이라는 본래의 취지가 퇴색해지는 결과를 초래하게 된다. 이 건의 경우 당해 조세특례제한법 규정을 해석·적용함에 있어 동조항이 외환위기라는 국가위기와 그 위기극복 차원에서 도입된 제도라는 입법취지에 맞추어 합당한 해석을 하여야 할 것으로 사료되는 바, 국세기본법상 세법의 해석 및 적용은 합목적성을 중요시하여야 하므로 처분청이 이 건 과세한 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제37조 의 규정은 법인이 보유하는 부동산을 처분하여 그 양도대금으로 법인이 부담하고 있는 금융기관부채를 상환하게 되면 법인의 부채비율이 감소하여 재무구조개선 효과를 가져오며 동시에 법인의 향후 이자비용 부담이 감소하게 되어 기업의 건전성 확보나 경쟁력 제고를 기할 수 있게 하는 것이 입법취지인 바, 부동산 양도대금을 금융기관부채 상환에 사용하고 별도의 조세지원제도가 부여되지 않는다면 그 양도차익에 대하여 부과되는 조세징수액만큼 현금부족 현상이 발생하여 재무구조개선 노력의 효과를 감소시키게 되므로 특별부가세를 면제하여 법인세 부담을 해소시키고자 하는 것이다. 같은 법 제37조 제2항의 규정에 의하여 부동산 양도 후 3년 이내의 기간중 기준부채비율보다 부채비율이 초과한 경우는 대통령령이 정하는 바에 따라 납부세액을 계산하게 되는 바, 같은 조항의 규정에 의하여 특별부가세를 감면받은 법인은 금융기관협의회의 승인을 거친 재무구조개선 계획을 이행하고 소정의 기간(사후관리 3년)동안 그 계획을 유지하여야 할 의무가 있는 것으로, 1차년도의 부채비율이 기준부채비율을 초과하여 감면세액을 배제하였다 하더라도 이후 각사업연도의 부채비율을 기준부채비율까지 적정수준으로 유지하는 것이 기업의 재무구조개선을 위한 노력으로 보는 것이 입법취지에 부합하므로, 추가납부세액 계산시 직전사업연도에 기납부한 추징세액을 차감하여 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 법 규정을 잘못 해석한 것으로 보인다. 따라서 매사업연도마다 부채비율이 기준부채비율을 초과하는지 여부를 판단하여 각각 그 초과비율 만큼의 감면세액을 추징한 당초처분은 정당하다

• 가. 쟁점 금융기관으로부터 승인된 재무구조개선계획에 따라 쟁점부동산을 양도하고 특별부가세를 면제받은 경우로서 금융기관부채를 상환한 후, 3년의 기간중 당해 법인의 1, 2차년도의 부채비율이 기준부채비율을 초과하는 경우, 2차년도 추징세액 계산시 1차년도의 추징세액을 차감할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제37조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제 등】

① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획(제45조 제1항의 규정에 의한 기업개선계획을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 따라 2000년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조와 제39조 내지 제42조·제44조 및 제45조에서 “금융기관”이라 한다)이 저당권실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 기타 대통령령이 정하는 사업용부동산을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.

1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용부동산을 양도할 것. 다만, 제41조의 규정에 의하여 증여받은 부동산을 양도하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것. 다만, 제45조 제1항의 규정에 의한 기업개선계획에 따라 부동산을 매각하는 경우와 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사에 부동산을 양도하고 한국토지공사가 그 대금을 직접 금융기관에 지급하는 방법으로 금융기관부채를 상환하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인(금융기관을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.

1. 제1항 제2호의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획에 따라 당해 부동산을 양도한 날(장기할부조건인 경우에는 대통령령이 정하는 날을 말하며，대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 종료된 날)부터 대통령령이 정하는 기한내에 부동산 양도대금으로 금융기관부채를 상환하지 아니한 경우

2. 부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 3년 이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우

3. 당해 부동산을 양도한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하거나 해산한 경우. 다만, 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 당해 사업을 승계하거나 파산 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우를 제외한다.

③ 제1항 단서의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 금융기관이 승인을 얻은 자구계획에 따라 부동산의 양도대금을 사용하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항 또는 제3항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.

⑤ 이하생략 (2) 조세특례제한법 제33조 【사업전환중소기업 등에 대한 양도소득세 등의 감면 등】

④ 제1항의 규정에 의하여 감면받거나 과세이연을 받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 징수한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제34조 【법인의 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세의 면제】

⑭ 법 제37조 제2항의 규정에 의하여 재무구조개선법인으로부터 추징할 세액은 다음 각호에 의하여 계산한다.

2. 법 제37조 제2항 제2호의 경우: 당해 법인의 부채비율이 금융기관부채를 상환한 후 3년의 기간 중 기준부채비율을 초과하는 경우 그 초과비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 제10항 제1호의 규정에 의한 면제세액의 합계액에 곱하여 계산한 세액(동 세액이 면제세액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 없는 것으로 본다). 이 경우 사업연도 중에 금융기관부채를 상환한 경우에는 그 부채상환일부터 당해 사업연도 종료일까지의 기간을 1년으로 보아 3년의 기간을 계산한다.

3. 법 제37조 제2항 제3호의 경우: 면제세액 전액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998사업연도중에 양도한 부동산에 대하여 조세특례제한법 제37조 의 규정에 의한 특별부가세 감면규정을 적용받았으나 부동산 양도 후 3년이내의 기간중 부채비율이 기준부채비율보다 증가한 사실, 추징세액 계산시 그 초과비율에 상당하는 감면세액 상당액을 특별부가세로 납부하지 아니하고 2차연도 추징세액에서 1차연도 추징세액을 차감하는 방법으로 계산하여 납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 부동산 양도 및 금융기관부채 상환에 따른 기준부채비율과 각 사업연도별 부채비율을 재계산하여 매사업연도마다 감면신청세액중 기준부채비율을 초과하는 부채비율에 상당하는 감면세액에 대해 경정고지하였는 바, 청구법인의 주장과 같이 2차연도 추징세액에서 1차연도 추징세액을 차감할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제37조 제2항 및 같은 법 시행령 제34조의 규정은 "부동산을 양도한 법인의 부채비율이 부동산 양도후 3년 이내의 기간 중 기준부채비율보다 증가하게 된 경우"는 그 초과비율이 기준부채비율에서 차지하는 비율을 면제세액의 합계액에 곱하여 계산한 세액(동 세액이 면제세액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 없는 것으로 본다)을 추징한다고 규정하고 있을 뿐, 직전 사업연도의 추징세액을 다음 사업연도 추징세액에서 차감한다는 내용은 규정한바 없으며, 이는 부동산 양도 후 3년 이내의 기간중 매사업연도의 부채비율이 기준부채비율을 초과할 경우에는 매사업연도마다 그 초과비율에 해당하는 면제세액 전액을 추징한다는 의미로 새겨야 할 것이다. (나) 또한 위 규정에서 감면세액 추징 한도에 대하여 "동 세액이 면제세액의 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액은 없는 것으로 본다"는 규정의 취지는 위 감면세액에 대한 추징세액을 계산함에 있어서 당해 사업연도의 추징세액에서 직전사업연도 추징세액을 차감하는 것이 아니라, 그 한도액(면제세액 총액)에 달할 때까지 누적적으로 추징하다가 그 한도액이 초과할 때, 그 초과금액에 대하여는 추징하지 아니한다는 취지로 해석된다.

(3) 따라서 금융기관부채를 상환한 후 3년의 기간중 당해 법인의 1, 2차연도의 부채비율이 기준부채비율을 초과하는 경우, 2차연도 추징세액 계산시 1차연도의 추징세액을 차감할 수 없다고 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.