청구법인이 법인세 면제신청을 하지 않았다 하더라도 영농조합법인으로서 법인세 면제요건에 해당하는 경우에는 법인세를 면제하여야 할 것이고, 경정청구기간이 경과하였다고 하더라도 환급결정을 하여야 함
청구법인이 법인세 면제신청을 하지 않았다 하더라도 영농조합법인으로서 법인세 면제요건에 해당하는 경우에는 법인세를 면제하여야 할 것이고, 경정청구기간이 경과하였다고 하더라도 환급결정을 하여야 함
심판청구번호 국심2004중 2993(2005. 4. 22) �1,803,530원, 합계 18,230,230원의 부과처분은,
1. 청구법인이 신고·납부한 1999사업연도분 법인세 3,550,445원과 2000사업연도분 법인세 2,672,136원, 2001사업연도분 법인세 2,534,786원에 대하여는 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 따라 법인세를 면제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
청구법인은 조합원에게 사료를 공급하기 위하여 축산농가 65가구와 사슴사육농가 6가구로 설립된 영농조합법인으로서, 2000년도 제1기부터 2002년도 제2기까지 조합원에게 사료를 공급하면서 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세 신고시 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였으며, 사료판매에 따른 이익금 66,802,119원으로 약품을 구입하여 출자자인 조합원에게 무상으로 분배하거나 여행경비 및 선물구입비로 사용하였으며, ○○○화재로부터 수령한 만기보험금 9,108,987원을 익금에 산입하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 조합원에게 사료를 공급하고 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하였다 하여 매출처별세금계산서합계표미제출 가산세를 부과하고, 조합원에게 무상배분한 약품 및 선물구입비와 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제하면서 조합원에 대한 배당으로 처분하고 만기보험금 수령액을 익금에 산입하여, 2004.7.1. 청구법인에게 2000년도 제1기분 부가가치세 3,432,300원, 2001년도 제2기분 부가가치세 12,994,400원, 2002년도 제2기분 부가가치세 1,803,530원, 합계 18,230,230원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.16. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 제공하는 재화는 영세율이 적용되고 법인세도 면제되며, 청구법인의 조합원들은 일부가 사업자등록이 있으나 농민들로서 최종소비자이므로 세금계산서 교부의무가 면제되는 것이며, 공동구매시 제출한 매출처별세금계산서합계표로서 과세자료의 활용이 가능함에도 활용가치가 없는 자료를 제출하지 않았다 하여 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
(2) 청구법인의 이익금으로 조합원에게 약품과 선물을 구입하여 배분한 것은 정상적으로 지출된 법인의 활동비로서 이익의 배당이 아니며, ○○○화재로부터 수령한 보험금은 조합의 계좌에 입금되었다가 지출된 경비이므로 익금에 산입할 수 없다.
(3) 청구법인은 조세특례제한법에 의하여 법인세가 면제됨을 알지 못하여 착오로 법인세를 납부하였음에도, 처분청이 2002사업연도와 2003사업연도분 법인세는 환급하면서 1999사업연도부터 2001사업연도분에 대하여는 경정청구기간이 경과하였다하여 법인세를 환급하지 않는 것은 부당하다.
(1) 청구법인이 축산농가인 조합원에게 공급하는 재화가 영세율이 적용되더라도 재화의 공급에 해당되며, 사료를 공급받는 조합원은 소득세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자이므로 청구법인은 부가가치세법의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니하여 가산세를 부과한 것은 정당하다.
(2) 출자자인 조합원에게 약품과 선물 등을 지급한 것은 조합원에게 이익을 배당한 것이므로 배당금으로 처리하고 업무와 무관한 물품의 구입과 관련한 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 정당하며, ○○○화재로부터 수령한 보험금은 익금에 산입되어야 한다.
(3) 청구법인은 법인세가 면제되는 영농조합법인에 해당되어 청구법인의 경정청구에 의하여 2002사업연도와 2003사업연도분에 대하여는 기 납부한 법인세를 환급하였으나, 1999사업연도부터 2001사업연도분은 국세기본법에 의한 경정청구기간이 경과하였고 조세특례제한법의 규정에 의하여 법인세 면제신청을 하지 않았으므로 청구법인이 기 납부한 법인세의 환급결정은 곤란하다.
(1) 청구법인이 조합원에게 사료를 공급시 세금계산서를 교부하지 아니하고 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하여 가산세를 부과한 처분의 당부
(2) 조합원에게 약품과 선물을 무상분배한 것을 이익금의 배당으로 처리하고 보험사로부터 수령한 보험금을 익금산입한 처분의 당부
(3) 조세특례제한법상 영농조합법인에 대한 법인세 면제신청을 하지 않았다고 하여 경정청구기간이 경과한 사업연도분에 대하여 법인세 면제를 하지 않은 처분의 당부
① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. (2) 부가가치세법 제16조 (세금계산서)
① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법 제17조 (납부세액)
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급 받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재산 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액 3의2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (4) 부가가치세법 시행령 제57조 (세금계산서 교부의무의 면제) 법 제16조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 재화 또는 용역을 공급하는 경우로 한다.
1. 택시운송·노점·행상 기타 재정경제부령이 정하는 사업(무인판매기)을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역 1의2. 소매업 또는 목욕·이발·미용업을 영위하는 자가 공급하는 재화 또는 용역. 다만, 소매업의 경우에는 공급받는 자가 세금계산서의 교부를 요구하지 아니하는 경우에 한한다(이하생략) (5) 부가가치세법 제18조 (예정신고와 납부)
① 사업자는 각 과세기간 중 다음에 규정하는 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)의 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하거나 개시하고자 하는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업개시일 또는 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 날로부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다. 제1기분 예정신고기간: 1월 1일부터 3월 31일까지 제2기분 예정신고기간: 7월 1일부터 9월 30일까지
② ∼ ③ 이하생략
④ 사업자는 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의한 신고(이하 "예정신고"라 한다)와 함께 그 예정신고기간의 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다. (6) 부가가치세법 제19조 (확정신고와 납부)
① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.
② 사업자는 제1항의 규정에 의한 신고(이하 "확정신고"라 한다)와 함께 그 과세기간에 대한 납부세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 납부하여야 한다. (7) 부가가치세법 제20조 (세금계산서합계표의 제출)
① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 "매출·매입처별세금계산서합계표"라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조 제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다.
1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
4. 거래기간동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액
5. 제1호 내지 제4호외에 대통령령이 정하는 사항 (8) 조세특례제한법 105조 (부가가치세 영세율의 적용) 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.
1. ∼ 4. 이하생략
5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법·엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것
① 이하생략
② 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부하지 아니한 때 또는 교부한 분에 대한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때
2. 삭제<1993.12.31>
3. 제32조의2 제3항의 규정에 의한 신용카드매출전표 등을 교부받아 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하는 때에 정부에 제출하여 매입세액을 공제 받지 아니하고 대통령령이 정하는 사유로 매입세액을 공제받는 때
③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 1천분의 5, 법인에 있어서는 1천분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때
2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우
④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다. (10) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (11) 조세특례제한법 제66조 (영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)
① 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제198조 제1항 의 규정에 의한 소득(이하 "농지소득"이라 한다)의 전액과 농지소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위 안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2003년 12월 31일까지 지급 받는 배당소득 중 농지소득에서 발생한 배당소득 전액과 농지소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령이 정하는 범위 안의 금액에 대하여는 소득세를 면제한다. 이 경우 농지소득에서 발생한 배당소득과 농지소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다.
③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2003년 12월 31일까지 지급 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 소득세법 제129조 의 규정에 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대하여는 주민세를 부과하지 아니하며, 당해 배당소득에 대하여는 소득세법 제14조 제4항 의 규정을 적용하지 아니한다.
④ 대통령령이 정하는 농업인이 2003년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 의한 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다.
⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.
⑦ 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의한 면제를 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 면제신청을 하여야 한다. (12) 조세특례제한법 시행령 제63조 (영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)
① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농지소득 외의 소득 중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. 사업연도월수 1천200만원 × 조합원 수 × ------------ 12
② 법 제66조 제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천 200만원이하의 금액으로 한다.
③ ∼ ⑥ 이하생략
⑦ 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 쟁점1에 대하여 본다. (가) 처분청은 청구법인이 부가가치세법상 사업자에 해당되고 조합원에게 사료를 공급하는 것은 재화의 공급에 해당되므로 세금계산서를 교부하고 매출처별세금계산서합계표를 제출할 의무가 있음에도 이를 이행하지 않아 매출처별세금계산서합계표미제출가산세를 부과하였으나, 청구법인은 부가가치세 신고시 "농·축산·임·어업용 기자재 판매기록표"를 계속 제출하고 있었음에도 청구법인에게 사전지도나 교육 등을 실시하지 아니하였으며, 조합원 중 일부가 사업자등록이 되어 있다고 하더라도 소규모 농가에게 사료를 공급하기 위하여 공동구매에 일정부분 관여했을 따름이고 조합원들은 영세농민이므로 최종소비자에 해당되어 세금계산서를 교부할 필요가 없음에도 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (나) 청구법인은 1995.3.1. 영농조합법인 ○○○라는 상호로 조합원에게 사료를 공급하기 위하여 부가가치세법의 규정에 의한 과세사업자로 등록(125-81-14893)하고 조합원에게 계속 사료를 공급하여온 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. (다) 사업자란 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있으며(부가가치세법 제2조), 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록을 하여야 한다. 또한, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제9조 에 규정하는 시기에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성년월일 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부(부가가치세법 제16조)하여야 하며, 예정신고 및 확정신고시에는 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 거래기간, 작성일자, 거래기간동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액이 기재된 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 한다고 규정(부가가치세법 제20조)하고 있다. (라) 그러므로, 청구법인은 부가가치세법의 규정에 의한 사업자에 해당되고 청구법인이 조합원들에게 사료를 공급한 것은 재화의 공급에 해당되므로 청구법인이 사료를 공급받는 자에게 부가가치세법의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 할 의무가 있는 것이며, 부가가치세 예정신고 또는 확정신고서와 함께 매출처별세금계산서합계표를 제출하여야 의무가 있는 것이다. 또한, 청구법인이 제출한 월별판매액합계표는 조세특례제한법 제105조 제5호 및 제6호에 의하여 부가가치세 영세율이 적용되는 경우에 제출하는 것으로서 이를 매출처별세금계산서합계표로 대체할 수 없으며, 청구법인의 판단에 의하여 세법에 규정된 매출처별세금계산서합계표의 제출여부를 결정할 수는 없는 것이다. 따라서, 청구법인이 재화를 공급하면서 세금계산서를 교부하지 않았고 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 않아 매출처별세금계산서합계표미제출가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점2에 대하여 본다 (가) 처분청은 청구법인이 2001사업연도 중 이익금으로 약품 51,768,836원 상당을 구입하여 출자자인 조합원에게 배분한 사실에 대하여 이를 조합원에 대한 이익의 배당으로 처리하고 손금불산입 하였으며, 광고선전비 중 9,424,465원과 접대비 중 5,608,768원에 대하여는 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금불산입하였으며, ○○○화재로부터 만기 수령한 보험금을 익금에 산입하였다. (나) 이에 대하여, 청구법인은 조합원에게 이익금으로 약품과 선물을 구입하여 배분한 것은 정상적인 청구법인의 활동으로서 이익의 배당으로 볼 수 없으며, ○○○화재로부터 수령한 보험금은 조합의 계좌에 입금되었다가 지출된 경비로서 익금에 산입할 수 없다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (다) 청구법인이 약품과 선물을 구입하여 조합원들에게 분배하여 준 것은 청구법인의 정상적인 지출행위였다고 주장하고 있으나, 청구법인과 조합원은 출자관계로서 특수관계에 해당되고 조합원에게 무상으로 분배하였으므로 이는 조합원에 대한 배당금으로 보아야 할 것이므로 손금불산입하고 부가가치세 매입세액은 불공제하여야 하며, ○○○화재보험주식회사로부터 수령한 보험금은 청구법인이 가입한 보험금의 만기로 인하여 수령한 것으로 청구법인의 순자산을 증가시키는 것이므로 이를 익금에 산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 쟁점3에 대하여 본다 (가) 처분청은 청구법인이 조세특례제한법의 규정에 의하여 법인세가 면제되는 법인에는 해당되나 법인세 면제신청을 하지 않았으며, 1999사업연도부터 2001사업연도분은 국세기본법에 의한 경정청구기간이 경과하였다 하여 기 납부한 법인세를 환급할 수 없다고 하나, 청구법인은 조세특례제한법에 의하여 법인세가 면제됨을 알지 못하여 착오로 법인세를 납부한 것이므로 조세특례제한법의 규정에 의하여 법인세 면제신청을 하지 않았더라도 법인세를 면제하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (나) 처분청은 청구법인은 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 법인세가 면제되는 영농조합법인에 해당되어 2004.6.11. 청구법인이 경정청구한 2002사업연도와 2003사업연도분에 대하여 기 납부한 법인세를 2004.12.8. 환급결정을 하였으나 1999사업연도부터 2001사업연도분에 대하여는 경정청구기간이 경과하였다 하여 환급을 하지 아니한 사실이 확인된다. (다) 조세특례제한법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하면, 농업·농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제198조 제1항 의 규정에 의한 소득(이하 "농지소득"이라 한다)의 전액과 농지소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위 안의 금액에 대하여 법인세를 면제하도록 규정하고 있고, 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정(법 제66조 제7항 및 같은 법 시행령 제63조 제7항)하고 있으므로, 청구법인이 법인세 면제신청을 하지 않았다 하더라도 영농조합법인으로서 법인세 면제요건에 해당하는 경우에는 법인세를 면제하여야 할 것(○○○, 2001.7.6.)이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 1999사업연도부터 2001사업연도분에 대한 법인세에 대하여 경정청구기간이 경과하였다는 사유로 환급결정을 하지 아니한 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.