토지 및 건물의 기준시가에 의해 건물분 부가가치세 과세표준을 안분계산한 처분의 당부

심판청구번호 국심2004중 2846(2004. 12. 23) >1. 처분개요 청구법인은 1981.2.1 개업한 이래 운수업(택시)을 영위하는 법인으로, 2002.5.30 ○○○ 토지(잡종지 2,335㎡) 및 건물(철골조 및 경량철골조 스레트 및 샌드위치 판넬지붕 단층 자동차 관련시설 ; 주차장 가동 138.18㎡, 사무실 나동 129,60㎡ 합계 267.78㎡ ; 1994.9.24 소유권보존등기되었음 ; 이하 "쟁점건물"이라 하고 토지와 합하여 "쟁점부동산"이라 한다)을 (주)○○○에 건물가액은 없이 토지가액만으로 450백만원에 양도하였다. 처분청은 쟁점부동산의 양도가액 450백만원에는 토지가액 뿐만 아니라 건물가액이 포함되어 있으나 그 구분이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 제1호의 규정에 의한 기준시가로 안분하여 건물분 부가가치세 과세표준을 52,303,979원으로 하여, 2004.7.5 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 8,648,500원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.16 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점건물은 견고한 건물이 아닌 단층 스레트지붕으로 내구연한이 짧은 가건물 형태이며, 양도 당시 사용이 불가능하여 방치된 상태의 건물로, 건물가액은 없는 것으로 하고 매매대금 전체를 토지대금으로 하는 내용을 부동산매매계약서상 특약사항으로 명기하여 쟁점건물의 부가가치세 과세표준은 없음에도 양도가액을 토지·건물의 기준시가로 안분하여 건물분에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 양도가액중 건물가액이 없는 것으로 특약하였으나, 양도일이 속하는 2002사업연도의 재무제표상 쟁점건물의 취득가액은 107,434,385원(감가상각누계액 2,685,859원)으로 미상각잔액이 100백만원을 초과하며, 청구일 현재까지도 멸실되지 아니한 채 소유권이 변동되었는 바, 매매당시 쟁점건물은 재산적 가치가 있는 것으로 확인되고 토지 및 건물의 가액이 불분명하므로 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항에 의하여 쟁점부동산의 양도 당시 기준시가에 의해 안분계산하여 건물분 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 양도하면서 건물의 양도가액을 없는 것으로 하고 전액 토지의 양도가액으로 한 데 대하여 토지 및 건물의 기준시가에 의해 건물분 부가가치세 과세표준을 안분계산한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ① 재화 또는 요역의 공급에 대한 부가가치세의 가세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가 부가가치세법시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】 ④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. (단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 매수인 (주)○○○간에 2002.4.30 체결된 쟁점부동산의 매매계약서에는 청구법인은 쟁점부동산을 (주)○○○에 매매대금 450백만원에 양도하면서 계약금 300백만원은 계약시 지불하고 나머지 150백만원은 2002.5.30 지급하는 것으로 하고, 특약사항으로 '건물은 사용할 수 없으므로 가격에 산정치 않았으며 철거는 매수인이 부담하여 철거키로 한다'고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 양도가액 전액을 토지가액으로 하여 유형자산처분이익 127,395,703원을 장부에 계상하였으며, 쟁점건물의 취득가액은 107,434,385원으로 계상되어 있었는 바, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액 450백만원을 토지의 기준시가(399,285,000원)와 쟁점건물의 기준시가(53,212,800원)에 의해 안분계산하여 쟁점건물분 부가가치세 과세표준을 52,303,979원으로 하여 이 건 과세한 사실이 결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 쟁점부동산의 등기부등본 및 일반건축물관리대장(갑)에 의하면, 소유권이 2002.5.30(등기원인 2002.4.30 매매) 청구법인에서 (주)○○○으로 이전등기되었다가, 2002.10.16(등기원인 2002.9.10 매매) 다시 양○○○으로 이전등기되었으며, 쟁점건물은 공부상 멸실되지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 국세청 전산자료에 의하면 쟁점부동산의 소재지에는 ○○○(2000.11.1 개업, 도·소매 타이어, 수출입), ○○타이어(2004.2.11 개업, 도·소매 타이어), ○○○(2003.6.1 개업, 도·소매 중기부품), ○○○[2004.7.10 개업, 제조 창호(프라스틱샤시)] 4개 업체가 사업을 영위하고 있는 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 청구법인이 2002.5.30 쟁점부동산을 양도한 후 매수자인 (주)○○○은 2002.10.16 쟁점부동산을 양○○○에게 양도하였으며, 심판청구 심리일 현재 쟁점건물은 공부상 멸실되지 아니하였고, 임차인들이 쟁점부동산 소재지에서 사업을 계속하고 있으며, 토지 및 건물을 양도함에 있어 나대지 상태로 양도하는 것을 원칙으로 하고 건물을 철거하지 않은 경우 건물의 양도가액은 없는 것으로 계약했다 하더라도 양도당시 건물이 철거되지 않은 경우에는 건물에 대한 과세표준을 안분계산하는 것이므로(재정경제부 재소비46015-31, 2000.1.18 같은 뜻), 쟁점부동산 중 건물부분의 가액이 없다는 청구주장은 받아들일 수 없고, 쟁점부동산의 매매계약서상에 기재된 양도가액이 실지거래가액이기는 하지만 토지와 건물의 가액을 구분하지 않고 있으므로, 처분청이 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가를 기준으로 안분계산하여 건물의 공급가액에 대해 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다