주거지역으로 편입된 지 3년 경과한 후 토지를 양도 하였으나 매수자에게 있는 경우에 매매계약일로 하여 8년 자경농지로 감면할 수 있는지 여부(기각)

[참조결정] OOOOOOOOOO /

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOOOOOO번지 답 5,765㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1972.2.18. 취득하고 2004.1.30. 양도하여 8년 자경농지로 양도소득세 감면 신고한 것에 대하여, 처분청은 쟁점토지가 도시계획법에 의한 주거 지역에 편입된지 3년이 경과 하였으므로 8년 자경농지 감면을 배제하고 2004.6.14. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 100,00,010원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 처분청은 쟁점토지에 대하여 주거지역 편입일자가 양도시점 기준 3년이 경과한 것으로 오해하여 과세하였으나, 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 단서에 의하면, 현재 시에 있는 농지 중 주거지역 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 8년 이상 재촌자경하였다 하여도 감면에서 제외한다고 규정하고 있으며, 여기서 3년 유무 판단시점은 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있으므로, 당초처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 근거규정으로 제시한 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 단서는 매매계약일에는 농지였으나, 양도당시는 농지가 아닌 사유가 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경·건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지현황을 기준으로 하여 8년 자경 요건(거주기간·자경·농지)을 인정하는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 단서임에도, 쟁점토지 감면 근거법령은 조세특례제한법 시행령 66조 제4항 1호 규정(양도일 현재 특별시·광역시 또는 시 지역에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역·공업지역에 편입된지 3년이 지난 농지는 제외한다)에 적용한 것이므로 청구인의 농지(조세특례제한법 시행령 66조 제4항 1호)에 까지 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 단서 조항을 적용하는 것은 부당하므로 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주거지역으로 편입된지 3년 경과한 후 쟁점토지를 양도 하였으나, 지연양도 사유가 매매계약내용에 따라 매수자에게 있는 경우에 매매계약일로 하여 8년 자경농지로 감면할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등" 이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년(농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 “농업기반공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31 신설)

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 농업ㆍ농촌기본법 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다.

③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금”이라 함은 농산물의 생산자를 위한 직접지불제도시행규정 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다.

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

• 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역
• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 1972.2.18. 취득하고 2004.1.30. 양도하여 8년 자경농지로 양도소득세 감면 신고한 것에 대하여, 처분청은 쟁점토지의 양도가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역에 편입된지 3년이 경과 하였으므로 8년 자경농지 감면을 배제하고 이 건 과세를 하였음이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 청구인은 처분청이 쟁점토지 양도일이 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 것으로 오해하여 과세하였으나, 조세 특례제한법 시행령 제66조에 의하면, 현재 시에 있는 농지 중 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지는 8년 이상 재촌 자경하였다 하여도 감면에서 제외한다고 규정하고 있지만, 여기서 3년 유무 판단시점은 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 매매계약일을 기준으로 하여 과세하여야 한다는 주장과 함께 그에 따른 증빙으로 쟁점토지 매매계약서·계약금 수령 금융거래내역·쟁점토지 농지원부·OO지방법원 조정조서·국세종합센타 질의 회신문 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구인이 제시한 쟁점토지 매매계약서와 금융거래내역 및 OO지방법원 조정조서에 의하면, 2002.3.7. 청구인과 주택조합 추진회사인 OOOOOO(주) 외 2개사는 쟁점토지 매매계약을 매매대금 3,488,000천원에 체결하고 계약금 348,000천원(매매대금의 10%)을 수령하였고, 양수자가 쟁점 토지 등을 부지로 하여 주택조합아파트 사업승인을 받는 과정에서 사업계획부지 중 일부분이 도시계획에 의해 도로 부지로 편입이 확정·추진됨에 따라 당초의 주택조합 사업 승인 추진을 할 수 없으므로, 양수자는 매매계약 조건에 매매계약 해제 또는 해지통보를 청구인 등 토지소유자들에게 하였어야 함에도 사업계획 변경추진 등으로 토지소유자들과의 분쟁과 법원조정을 거친후인 2004.1.30(계약일로부터 1년 10월 경과)에야 쟁점토지의 잔금을 청산하여 쟁점토지 양도가 주택지역 편입일로부터 약 3년 7월이 경과 한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 쟁점토지의 양도가 주거지역으로 편입 후 3년(2002.6.23)이 경과한 사유가 청구인의 귀책사유 없이 양수자가 주택조합아파트 사업승인 지연에 따른 것이므로 조세특례제한법 시행령 제66조 제5항 단서의 취지로 보아 매매계약일을 기준으로 하여 양도소득세를 감면적용 하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제69조와 같은법 시행령 66조 제1항·제4항을 종합하여 보면, 8년 자경요건(거주기간·자경·농지)을 갖춘 자경농으로서, 양도일 현재 특별시·광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거 지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들지역에 편입된 날부터 3년이 안된 농지에 한하여 양도소득세를 감면대상으로 하되, 다만, 대규모 개발사업지역안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지와 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지에 대해서는 예외적으로 인정하고 있음을 알 수 있다. (다) 위의 법령내용으로 보아 청구인이 쟁점토지의 감면근거 조항으로 주장하고 있는 조세특례제한법 시행령 66조 제5항 단서는 조세특례제한법 시행령 제66조에 제4항의 양도당시 농지요건에 대한 규정이라고 할 것이다(OO O, OO OOOOOOOO, OOOOOOOO)O (라) 따라서, 청구인의 쟁점토지 양도계약은 쟁점토지가 주거지역으로 편입일로부터 3년 이내에 체결되었으나, 양도일은 주거지역 편입일로부터 3년이 경과 후에 이루어졌고, 지연 양도 사유가 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 1·2호에 해당되지 않는 것으로 보인다.

(3) 위의 사항을 종합하여 볼 때, 청구인의 쟁점토지 양도일이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 편입일로부터 3년이 경과한 후 양도 하였으므로 8년 자경농지 감면규정 적용을 배제하고 처분청이 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.