책임연구원의 기타소득 해당 여부

심판청구번호 국심2004중 2705(2005.1.19) 000년귀속분 6,625,010원)의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1999.3.1.∼2000.2.28. 기간중 정부출연연구기관등 193개기관으로부터 연구용역대가 6,824,668,353원을 지급받아 학교회계의 수입금액으로 계상하고, 동 연구용역의 제공과정에서 발생된 총연구비를 학교회계의 비용으로 계상하면서 연구비중 연구보조원에 대한 인건비 2,209,927,375원등 직접경비 4,485,756,108원은 대상자에게 직접 지급하고, 위탁연구비·정보수집비·인쇄비·도서구입비·시제품제작비 및 공과금등 2,327,579,846원의 간접경비(이하 "쟁점간접경비"라 한다)는 연구과제별로 선정된 193명의 책임연구원에게 일괄지급하여 책임연구원의 관리하에 사용하게 하고, 책임연구원으로부터 청구법인명의로 된 지급영수증을 수취하였으며, 직접경비중 연구보조원등에 대한 인건비 2,209,927,375원에 대하여 기타소득세를 원천징수납부하였다. 처분청은 쟁점간접경비를 책임연구원 193명의 기타소득 수입금액으로 보고 20%의 원천징수세율을 적용하여 2004.4.22. 청구법인에게 원천분 기타소득세 139,451,380원(1999년 귀속분 132,826,370원, 2000년 귀속분 기타소득세 6,625,010원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 모든 연구용역과제에 대하여 대학교 총장명의로 용역계약을 체결하고 연구용역대가와 연구비지출액을 전액 학교회계의 수익과 비용으로 계상하는 연구용역의 중앙관리방식을 채택하고 있고, 청구법인에게 연구용역을 의뢰한 단체는 사후에 청구법인이 지출한 연구비를 실사하여 부당하게 집행된 금액은 책임연구원등으로부터 반환조치하고 있어 연구비가 부당하게 책임연구원에게 귀속될 여지가 없으며, 쟁점간접경비는 청구법인이 책임연구원으로부터 제출받아 보관하고 있는 지급증빙에 의해 실제 연구과정에서 발생된 위탁연구비, 정보수집비, 인쇄비, 도서구입비, 시제품제작비, 공과금등으로 지급되었음이 확인되고 있으므로 쟁점간접경비를 책임연구원의 기타소득수입금액으로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제21조 제19호 라목의 규정은 기타소득의 범위를 고용관계없이 일시적으로 인적용역을 제공하고 수당 또는 이와 유사한 성격의 대가로 받는 금액으로 규정하고 있고, 청구법인의 책임연구원은 연구용역을 의뢰한 기관에 고용관계없이 연구용역을 제공하고 그 대가로 쟁점간접경비를 지급받았으므로 쟁점간접비는 소득세법 제21조 제19호 라목의 규정에 따라 책임연구원의 기타소득으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 책임연구원이 청구법인으로부터 수령하여 연구비로 사용한 쟁점간접경비가 당해 책임연구원의 기타소득에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제21조 【기타소득】 ① 기타소득은 이자소득·배당소득·부동산임대소득·사업소득·근로소득·일시재산소득·연금소득·퇴직소득·양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

19. 다음 각목의 1에 해당하는 인적용역(제15호 내지 제17호의 규정을 적용받는 용역을 제외한다)을 일시적으로 제공하고 지급받는 대가

• 가. 고용관계 없이 다수인에게 강연을 하고 강연료 등의 대가를 받는 용역
• 나. 라디오·텔레비전방송 등을 통하여 해설·계몽 또는 연기의 심사 등을 하고 보수 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받는 용역
• 다. 변호사·공인회계사·세무사·건축사·측량사·변리사 기타 전문적 지식 또는 특별한 기능을 가진 자가 당해 지식 또는 기능을 활용하여 보수 또는 기타 대가를 받고 제공하는 용역
• 라. 가목 내지 다목외의 용역으로서 고용관계 없이 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 받고 제공하는 용역 같은 법 시행령 제87조 【기타소득 등의 필요경비계산】 다음 각호의 1에 해당하는 기타소득 또는 일시재산소득에 대하여는 거주자가 받은 금액의 100분의 75(제3호 및 제4호의 경우에는 100분의 80)에 상당하는 금액을 필요경비로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제1호의 기타소득 중 공익법인의 설립·운영에 관한 법률의 적용을 받는 공익법인이 주무관청의 승인을 얻어 시상하는 상금과 부상

2. 법 제21조 제1항 제9호·제18호 및 제19호의 기타소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 연구용역과제의 효율적 관리를 위하여 별도조직으로 연구처를 설치하고, 연구용역대가와 연구비집행의 관리를 위한 연구비관리규정등을 마련하여 소속교수들이 수행하는 모든 연구용역들에 대하여 연구처에서 대학교총장명의로 용역계약을 체결하고 용역대가를 전액 교비회계의 수익으로 계상한 후, 연구비의 지출에 대하여는 인건비, 기자재구입비, 재료비등 직접경비는 청구법인이 대상자에게 직접 지출하고, 기타 정보수집비등 간접경비는 책임연구원에게 일괄지급한 후 책임연구원으로부터 청구법인명의로 된 지급영수증을 제출받아 관리하는 연구용역비 중앙관리방식을 채택하고 있으며, 이에 따라 교수들은 연구비지출과 관련하여 연구처에 연구수행에 필요한 연구비를 신청하고 결재절차를 거쳐 사무처로부터 연구비를 지급받고, 연구기간이 종료되면 연구처를 통하여 연구용역의뢰기관에 연구결과보고서와 연구비증빙을 첨부한 연구비사용내역서 제출하며, 연구용역의뢰기관은 이를 실사하여 부적정하게 지출된 연구비를 책임연구원으로부터 반납조치하고 있다. (나) 청구법인의 연구처는 1999.3.1. ∼2000.2.28. 기간중 정부출연연구기관등 193개기관과 대학교 총장명의로 용역계약을 체결하여 연구용역을 제공하고, 연구용역대가 6,824,668,353원을 지급받아 학교회계의 수입금액에 계상하면서, 직접경비 4,485,756,108원(연구보조원등에 대한 인건비 2,209,927,375원, 관리간접비 394,552,379원 기자재구입비 590,082,417원, 연구재료구입비 1,291,193,937원)은 청구법인이 지급대상자에게 계좌이체방식으로 직접 지급하였고, 쟁점간접경비 2,327,579,846원(1999년 지급분 2,207,125,006원, 2000년지급분 120,454,840원)는 연구과제별 책임연구원으로부터 지급청구서 및 예금계좌를 제출받아 책임연구원에게 계좌이체방식으로 지급하고, 책임연구원이 이를 위탁연구비, 정보수집비(참고문헌비, 특허검색비, 자문비, 정보검색비, 연구회의비), 인쇄비, 도서구입비, 시제품제작비, 공과금등으로 지급하였으며, 청구법인은 책임연구원으로부터 쟁점간접경비지출액에 대하여 청구법인명의로 된 지급증빙을 제출받고, 직접경비와 간접경비 전액을 연구용역대가에 대응된 학교회계의 비용으로 계상하였으며, 직접경비중 연구보조원에 대한 인건비 2,209,927,375원에 대하여 기타소득세를 원천징수하여 납부하였다. (다) 처분청은 쟁점간접경비를 책임연구원 193명에게 귀속되는 기타소득수입금액으로 보아 그 75%를 필요경비로 공제하고 나머지 25%인 581,894,961원(581,894,961원(1999년분 551,781,251원, 2000년분 30,113,710원)에 대하여 20%의 원천징수세율을 적용하여 기타소득세를 부과하였다. (라) 이러한 사실은 처분청과 청구법인이 제출한 1999년분과 2000년분 연구과제별 연구용역계약의 주요내용과 연구용역대가 및 연구비지출내역, 1999년과 2000년분 기타소득세 결정결의서, 청구법인의 연구비관리규정과 관리비지침등에 의해 확인되며, 이에 대하여 쟁점간접경비의 기타소득해당여부에 관한 사항외에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 판 단 (가) 소득세법 제21조제1항제19호 라목은 고용관계 없이 일시적으로 용역을 제공하고 받은 수당 또는 이와 유사한 성질의 대가를 기타소득으로 규정하고 있고 있는 바, 대학교가 외부기관과 용역계약을 체결하여 용역대가를 지급받고 연구용역의 주체가 되어 연구비를 중앙관리하는 경우로서 교수등이 연구목적의 고용관계없이 대학교에 연구용역을 제공하고 연구활동의 대가로 지급받는 연구수당·연구활동비등은 당해 교수등의 기타소득에 포함된다고 판단된다○○○. (나) 청구법인은 연구용역업무를 총괄하는 연구처를 설치하고, 연구비관리규정과 관리비지침등을 마련하여 모든 연구용역과제에 대하여 대학교 총장명의로 용역계약을 체결하고 연구용역대가와 연구비지출액을 전액 학교회계에 계상하였으며, 연구비지출과 관련하여 위 사실관계 (나)에서 보는 바와 같이 인건비, 기자재구입비등 직접경비를 청구법인이 직접 지출하고, 기타 정보수집비등 간접경비도 책임연구원을 통하여 지출한 후 청구법인명의로 된 지급영수증을 제출받아 관리하고 있으므로 청구법인의 경우 대학교가 연구용역의 주체가 되어 연구비를 중앙관리하고 있음이 인정된다. (다) 청구법인이 제출한 1999년 및 2000년 연구용역비의 예산 및 지출내역에 의하면 쟁점간접경비는 책임연구원이 연구처에 구체적 지출대상을 명시하여 청구하고, 연구처가 청구내용을 확인한 후 책임연구원에게 지급하여 책임연구원은 당초 청구내용에 따라 연구비를 지출한 후 청구법인명의로 된 지급영수증을 수취하여 청구법인에게 제출하였으므로 책임연구원은 청구법인의 위임을 받아 쟁점간접경비를 지출하였다고 보여지며, 청구법인이 보관중인 지급증빙에 의해 쟁점간접경비는 실제 위탁연구비, 정보수집비(참고문헌비, 특허검색비, 자문비, 정보검색비, 연구회의비), 인쇄비, 도서구입비, 시제품제작비, 공과금등에 사용되었고, 그 후 청구법인에게 연구용역을 의뢰한 단체가 이를 실사하여 부당지출금액으로 확인된 5건 114,752,000원을 책임연구원으로부터 반환조치하고 나머지 지출액은 적정한 지출액으로 인정하였으며, 처분청도 쟁점간접경비의 지출내역 자체를 부인하고 있지 아니하였으므로 쟁점간접경비는 그 성격이 책임연구원에게 연구활동의 대가로 지급한 연구수당·연구활동비등이 아니며, 실제 책임연구원에게 귀속되지도 아니하였음이 확인된다. (라)이상 살펴 본바와 같이 청구법인의 경우 대학교가 연구주체가 되어 연구비를 중앙관리하고 있으나, 쟁점간접경비는 책임연구원이 청구법인의 위임을 받아 실제 각종 연구비용에 지출하여 책임연구원에게 귀속되지 아니하였음이 확인되므로 처분청이 쟁점간접경비를 책임연구원에게 귀속된 소득으로 보아 청구법인에게 쟁점간접경비에 대하여 원천분 기타소득세를 부과한 처분은 쟁점간접경비의 지출절차와 지출내역 및 그 귀속에 대한 사실관계를 오해한 처분이므로 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.