대주주가 양도한 주식으로서 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부

심판청구번호 국심2004중 2371(2005.04.06) >1. 처분개요 청구인은 주식회사 ○○○(협회등록법인)가 발행한 주식 200,000주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 1999.10.4. 취득(664,000천원)하여 2000.4.27. 양도(4,003,986천원)하고 양도소득세는 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구인이 쟁점주식을 양도한 직전사업연도의 종료일(1999.12.31.) 현재 소유주식의 시가총액이 100억원 이상인 대주주에 해당하여 쟁점주식 양도의 경우 양도소득세 과세대상이라고 보아 2004.6.15. 청구인에게 2000년 귀속분 양도소득세 544,852,010원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.6.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점주식을 취득할 당시에는 동 주식발행법인의 대주주에 해당하지 아니하였는데 그 후 소득세법령의 개정으로 양도 당시에는 대주주에 해당한다는 이유로 쟁점주식의 양도에 대하여 과세 하였는 바, 이와 같이 소득세법령상 대주주의 범위를 개정하면서 양도일을 기준으로 하는 것은 이미 취득하여 보유하고 있는 경우에까지 적용하게 되는 불합리한 결과를 가져와 소급과세금지원칙에 위배되는 것으로 볼 수 있으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점주식을 양도할 당시에는 그 당시 소득세법령상 동 주식발행법인의 대주주에 해당하며, 소급과세금지의 원칙은 이 건의 경우처럼 새로운 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 금지하는 것이 아니므로 이 건 양도소득세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식 양도의 경우 대주주가 양도한 주식으로서 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법시행령(1999.12.31. 개정전의 것) 제157조【토지 등의 범위】④ 법 제94조 제3호에서 "한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)의 합계액 중 100분의 5 이상에 해당하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 1이상(유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 주식 등을 포함한다)을 양도하는 경우의 당해 주식 등을 말한다. 이 경우 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다. 소득세법시행령(1999.12.31. 개정분) 제157조【토지 등의 범위】④ 법 제94조 제3호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주 등"이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 이 경우 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주

⑤ 법 제94조 제4호에서 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제158조 제1항 제1호·4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인 외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.

• 가. 신규로 유가증권시장에 상장하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
• 나. 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회 에 등록을 하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
• 다. 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 주권상장법인 외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식 등

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다. 부칙(1999.12.31. 대통령령 제16664호) 제1조【시행일】이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제25조 제2항 다목 및 제109조 제4호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행하고, 제25조 제1항 제1호·제53조 제1항·제187조 및 214조의 개정규정과 부칙 제8조의 규정은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 제7조【양도소득에 관한 적용례】① 이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주식을 1999.10.4. 취득하여 2000.4.27. 양도하였는바, 쟁점주식을 취득할 당시의 소득세법령으로는 청구인이 쟁점주식 발행법인의 대주주에 해당하지 아니한다.

(2) 처분청은 쟁점주식의 양도일이 속하는 직전사업연도의 종료일인 1999.12.31. 현재 쟁점주식의 시가총액이 100억원 이상이어서 청구인의 경우 쟁점주식의 양도당시 시행되던 소득세법 제94조 제4호 및 소득세법시행령 제157조 제4항 제2호 (1999.12.31. 개정되어 2000.1.1.부터 시행)의 규정에 의해 대주주에 해당한다 하여 과세하였다.

(3) 청구인은 이 건 처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 주장이나, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로, 법규 등의 변경으로 과거에는 과세대상이 되지 않던 것에 대하여 부과처분을 하게 되었다고 하여 헌법규정에 위반된 소급과세라거나 재산권의 부당한 침해라고 할 수 없다○○○.

(4) 따라서, 청구인이 쟁점주식을 취득할 당시에는 쟁점주식 발행법인의 대주주에 해당하지 아니하였다 하더라도 양도 당시에는 1999.12.31. 개정된 소득세법시행령 제157조 제4항 제2호 의 규정에 의하여 대주주에 해당하여 과세요건이 충족된다 할 것이므로 쟁점주식의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.