매입세액공제 여부

심판청구번호 국심2004중 2037(2004. 10. 27) � 2003년 2기분 부가가치세 489,440,581원 합계 742,990,275원의 환급 거부처분은 청구법인이 ○○○번지 대지 2,922.4㎡ 지상에 신축하여 ○○○시에 기부채납한 청소년수련관 신축관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정한다.

청구법인은 '주택 신축판매업'을 영위하는 법인으로 2002∼2003사업연도 중 ○○○번지 대지 2,922.4㎡ 지상에 연면적 7,328.89㎡의 청소년수련관을 신축하여 2004.5.3 ○○○시에 기부채납하고, 관련 부가가치세 신고당시 동 청소년수련관 신축관련 매입세액을 면세관련 매입세액으로 분류하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하였다가, 2004.1.19 동 매입세액을 과세관련 매입세액으로 재분류하여 2002년 1기분 부가가치세 7,478,048원, 2002년 2기분 부가가치세 205,104,318원, 2003년 1기분 부가가치세 40,967,328원, 2003년 2기분 부가가치세 489,440,581원 합계 742,990,275원의 환급을 요청하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 당초부터 기부채납 의사를 밝히고 자기의 사업과 관련이 없는 청소년수련관을 신축하였으므로 동 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다 하여 2004.3.8 청구법인에게 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.6.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 위 청소년수련관은 청구법인이 ○○○번지 일대 대지 99,744㎡ 지상에 연면적 437,728.85㎡ 규모의 주상복합아파트를 신축하는 과정에서, ○○○시가 건축허가조건으로 청소년수련관을 신축하여 기부채납하도록 한 것으로 청구법인은 자발적으로 청소년수련관을 신축하여 기부채납한 것이 아니라 건축허가조건을 이행하기 위하여 청소년수련관을 신축하여 기부채납한 것이므로 동 청소년수련관 신축관련 매입세액은 청구법인의 업무와 직접 관련있는 매입세액으로 청구법인의 매출세액에서 공제하여야 함에도 처분청이 위 청소년수련관을 업무와 직접 관련이 없는 시설로 보아 관련 매입세액을 공제배제한 것이므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법기본통칙 17-0-9에 의하면, 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 처음부터 기부채납의 의사를 밝히고 자기의 사업과 관련없는 청소년수련관을 신축하였으므로 동 청소년수련관은 자기의 사업과 관련없이 취득한 재화에 해당되어 동 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 건축한 청소년수련관 신축관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2003.12.30 법률 제7007호로 개정되기 이전의 것) 제12조【면세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 제17조【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 관련없는 지출에 대한 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

(2) 부가가치세법시행령(2003.13.30 대통령령 제18175호로 개정되기 이전의 것) 제60조 【매입세액의 범위】 ③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

(3) 법인세법(2003.12.30 법률 제7005호로 개정되기 이전의 것) 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

(4) 법인세법시행령(2003.12.30 대통령령 제18174호로 개정되기 이전의 것) 제49조【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】① 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간중에 있는 부동산을 제외한다.
• 나. 유예기간중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】 법 제27조 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 규정하는 것을 말한다.

1. 당해 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원 및 사용인을 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 중소기업의사업영역보호및기업간협력증진에관한법률 제9조 의 규정에 의한 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에게 이양하기 위하여 무상으로 당해 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등을 제외한다.

2. 당해 법인의 주주등(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주를 제외한다) 또는 출연자인 임원 또는 그 친족(국세기본법시행령 제20조제1호 내지 제8호에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)이 사용하고 있는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993.10.17부터 '주택 신축판매업'을 영위하는 법인으로 ○○○번지 대지 99,744㎡의 지상에 '주상복합 공동주택'을 신축하기 위하여 2000.6.8 ○○○시장에게 건축허가신청을 하였는 바, ○○○시장은 2000.7.5 위 건축계획에 대한 지방건축위원회 심의결과, 동 건축계획은 청소년 수련시설(부지면적 1,500∼2,000평) 건립등의 조건부로 가결되었음을 청구법인에게 통지하였고, 청구법인은 2000.7.12 ○○○시에 도시계획설계 협의요청을 하면서, 청소년 수련시설의 기부채납과 관련하여 추가 인센티브가 없을 경우 동 시설을 건설할 수 없다고 통보하였다.

(2) ○○○시장은 2000.7.27 청구법인의 도시계획설계 협의요청에 대하여 관련자료 보완을 요구하면서, 청소년 수련시설(부지면적 1,500∼2,000평) 건립절차등 건축계획에 대하여 심의내용에 부합되게 재계획후 관련자료를 2000.8.5까지 제출하도록 하였고, 2000.9.8 위 '청소년 수련시설'의 평면계획 등에 대한 지방건축위원회의 심의결과, 부결되었음을 통지하면서, 지방건축위원회 심의는 건축법 제4조 에 의한 도시미관 및 건축계획의 기술적 심사에 불과하므로 제규정에 부합되게 세부설계를 하여 건축허가를 받으라고 안내하는 한편, 청소년 수련시설 기부채납에 따른 용적율 인센티브는 ○○○시와 별도로 협의하라고 통보하였다.

(3) 청구법인은 2001.2.23 ○○○시장에게 위 주상복합 공동주택에 대한 건축허가신청서를 접수하여 2001.6.5 건축허가를 받았는 바, 동 건축허가서상 허가조건 제1항에 의하면, 청구법인은 건축허가일로부터 3개월 이내에 청소년 수련시설에 대한 건축허가를 신청하여야 하며, 동 건축물은 2002.12.31까지 완공하여야 하고, 완공후 사용검사신청서 제출과 동시에 대지 및 건축물에 대하여는 ○○○시(재산관리부서)에 무상양여(기부채납)등의 절차를 이행하여야 한다고 기재되어 있고, 허가조건 제2항에는 학교용지 조성에 관한 사항이 기재되어 있으며, 허가조건 불이행시 행정적인 불이익(허가취소, 공사중지, 사용승인 거부등)을 감수하여야 한다고 기재되어 있다.

(4) 위 청소년 수련시설 기부체납에 따른 용적율 인센티브 적용과 관련하여, ○○○시장은 2001.5.15 건설교통부장관으로부터 '도시설계지침 적용 관련' 질의회신(건설교통부 도시58407-449)을 받는 한편, 2001.5.15 ○○○대학교 환경대학원 부속 환경계획연구소로부터 '○○○지구 특별설계구역 용적율 산정에 관한 검토의견'을 받아 위 주상복합건물의 용적율을 학교용지 제공에 대한 보상에 따른 최대용적율 300%보다 높은 355.99%로 허가하였음이 확인된다.

(5) ○○○시장은 2001.9.10 청구법인에게 허가조건 부여사항인 청소년 수련시설에 대하여 허가조건의 이행을 촉구하는 내용의 공문을 발송하였고, 청구법인은 2001.10.24 ○○○시장에게 위 청소년수련관 건축허가신청서를 접수하여 2002.1.29 ○○○시장으로부터 위 청소년수련관에 대한 건축허가를 받았는 바, 동 건축허가서에 의하면, 청구법인은 ○○○번지 대지 2,922.4㎡ 지상에 연면적 7,328.89㎡의 청소년수련관을 신축하기로 한 내역이 나타난다.

(6) 청구법인은 2002.10. 위 청소년수련관의 대지 2,922.4㎡(개별공시지가 6,137,040천원)를 ○○○시에 기부채납하고, 2004.5.3 신축한 청소년수련관 건물 7,328.89㎡을 ○○○시에 기부채납하였다.

(7) 청구법인은 위 청소년수련관을 신축하는 과정에서 2002년 1기∼2003년 2기 중 아래 <표>와 같이 과세관련 매입세액을 면세관련 매입세액으로 잘못 분류하여 742,990,275원을 공제받지 못할 매입세액으로 잘못 신고하였다고 주장하고 있다. <표> 공제받지 못할 매입세액 신고 및 경정청구 내역○○○

(8) 살피건대, 사업자가 자기사업과 관련없이 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기부하기로 하고 준공 즉시 기부채납하는 경우에는 당해 조건없는 무상기부채납은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 기부채납 대상 재화의 취득과 관련하여 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다 할 것이나, 사업자가 자기의 사업을 위하여 그 사업의 승인조건에 따라, 취득한 재화를 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 기부하기로 하고 준공 즉시 기부채납하는 경우에는 그 재화의 취득관련 매입세액은 자기의 사업과 관련된 매입세액으로 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다(부가가치세법기본통칙 17-0-9 참조).

(9) 이 건의 경우, 청구법인은 ○○○번지 대지 99,744㎡의 지상에 '주상복합 공동주택'을 신축하기 위하여 ○○○시장으로부터 건축허가를 받는 과정에서 ○○○시장이 건축허가조건으로 청소년수련관을 신축하여 기부채납하도록 함에 따라, 청구법인은 건축허가조건 이행을 위하여 위 청소년수련관을 신축하여 ○○○시에 기부채납한 것이므로 위 청소년수련관 신축관련 매입세액은 청구법인의 업무와 직접 관련이 있는 매입세액으로 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다.

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.