1세대3주택 실가대상 판단시, 장기임대주택의 취급에 대하여

심판청구번호 국심2004중 1380(2005. 4. 1) > 1. 처분개요 청구인은 2003.6.27. ○○○ 다세대주택 6세대(이하 "다세대주택"라 한다)를 양도하고, 기준시가에 의하여 양도소득세 64,502,580원을 계산한 후, 조세특례제한법 제97조 에서 규정한 장기임대주택에 해당한다 하여 전액 감면신청을 하고, 이의 20%에 해당하는 12,900,510원을 농어촌특별세로 납부하였다. 처분청은 2004.2.10. 청구인이 양도한 다세대주택 6세대는 5년 이상 임대한 주택이므로 조세특례제한법 제97조 에 따라 양도소득세를 100%를 감면하여야 하지만, 소득세법 제96조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제162조의2 제5항에서 3주택 이상 소유자가 주택을 양도한 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 계산하도록 하고 있으므로 양도가액을 10억2천만원으로, 취득가액을 3억1천만원으로 인정하여 양도소득세 160,698,177원을 경정결정한 후, 청구인이 기준시가로 신고한 양도소득세 64,502,583원과의 차액 96,195,594원에 대한 농어촌특별세 19,239,110원(원미만절사)을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.4.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제97조 제2항 에서는 소득세법 제89조 제3호 (1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용함에 있어서 (장기)임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정한 것은 장기임대주택자에게 세부담이 증가하지 않도록 하기 위함이고, 청구인은 서민들의 주거안정을 도모한다는 정부시책에 부응하여 주택을 장기간 임대 하였는데도 3주택 이상 보유자라 하여 실지거래가액으로 중과세하는 것은 신의성실원칙에 반하며, 3주택 이상 보유자에게 실지거래가액으로 과세하는 것은 부동산 투기를 억제하기 위함인데, 청구인은 23년 이상 토지를 보유하였고 5년 이상 주택을 임대한 경우로 이를 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하였으므로, 투기목적으로 주택을 양도한 자와 세법을 달리 적용할 필요가 있다. 따라서, 소득세법시행령 제155조 제15항 에서 규정한 바와 같이 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도한 경우와 같이 기준시가로 양도소득세를 계산하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 양도한 다세대주택은 6세대가 각각 개별적으로 등기되어 있으므로 청구인 주장처럼 1주택으로 보는 다가구주택은 아니며, 조세특례제한법 제97조 제2항 의 "주택 수 불산입" 규정은 비과세 대상인 1세대 1주택 판정 시에만 적용될 뿐, 이 사건의 경우와 같이 1세대가 3주택 이상을 소유한 경우에는 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 과세하는 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 청구인이 다세대주택 6세대를 장기간 임대하다가 일괄적으로 양도한 것에 대하여, 3주택 이상 소유자의 양도소득에 해당한다 하여 실지거래가액으로 양도소득세를 계산할 것인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 사건 양도소득세 납세의무 성립당시 관련법령은 아래와 같다.

(1) 소득세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정된 것) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하“실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

7. 기타 당해 자산의 종류·보유기간·보유수·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (2)소득세법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제155조【1세대 1주택의 특례】⑮ 제154조(1세대 1주택의 범위) 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 다가구주택(이하 "다가구주택"이라 한다)을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다. 제162조의 2【양도가액】⑤ 법 제96조 제1항 제7호에서“대통령령이 정하는 경우”라 함은 3주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다.

(3) 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것) 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자가 국민주택을 5년 이상 임대하다 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1998.5.12. 다세대주택 6세대를 취득하여 각각 등기하고 청구외 이○○○ 외 5인에게 임대하였으며, 1998.6.26. 처분청에 주택임대에 관한 사업자등록을 하였고, 2003.6.27. 다세대주택 6세대를 양도하고, 기준시가에 의한 양도소득세 64,502,580원을 계산하여 2003.10.14. 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면신청을 하였으며, 감면신청서에는 양도물건을 "다세대주택 6호"라고 기재하였음이 확인된다.

(2) 청구인은 과세관청이 실지거래가액으로 적용한 양도가액 1,020,000,000원, 취득가액 311,646,180원에 대하여 다툼이 없다.

(3) 청구인은 정부시책에 부응하여 23년 이상 토지를 보유하였고 5년 이상 장기간 주택을 임대하다가 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하였는데도 단순히 3주택 이상 소유자라 하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 신의성실에 반하며, 조세특례제한법 제99조 제2항 에서 임대주택을 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정한 것은 장기간 주택을 임대한 자에게 세부담이 증가하지 않도록 하기 위함이며, 다가구주택를 하나의 매매단위로 하여 양도한 경우에 기준시가로 과세하는 것과 같이 청구인에게도 기준시가로 과세하여야 한다고 주장하므로, 이에 대하여 본다.

(4) 살피건대, 조세특례제한법 제97조 제2항 에는 소득세법 제89조 제3호 (1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용함에 있어서 (장기)임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 이는 거주자가 양도한 주택이 양도소득세를 비과세하는 1세대 1주택에 해당하는지를 판정하는 경우에, 거주자가 보유하고 있는 주택 중장기임대주택(A)을 주택으로 보지 아니하고 다른 주택(B)만으로 1세대 1주택에 해당하는지를 판정한다는 뜻이지, 청구인과 같이 다세대주택 6세대를 장기간 임대하여 오다가 양도한 경우에 장기임대주택이 곧바로 1세대1주택에 해당한다거나 청구인 소유주택으로 보지 않는다는 뜻은 아니다.

(5) 또한, 3주택 이상 소유자에게 기준시가가 아닌 실지거래가액으로 양도소득세를 과세하도록 한 것은 그 동안 기준시가가 시가의 70∼80%밖에 반영하지 못하는 관계로 주택양도에 따른 실제 세부담이 작아 투기억제 효과가 미흡하다는 판단 하에 3주택 이상 소유자에게 실지거래가액으로 양도소득세를 과세함으로써 주택에 대한 투기수요를 억제함은 물론, 실수요자의 주택마련을 지원하기 위해 마련한 제도로, 여기에는 장기임대주택에 대하여 기준시가로 과세할 수 있다는 예외규정은 두지 아니한 것으로 확인된다.

(6) 따라서, 청구인과 같이 다세대주택 6세대를 장기간 임대하다가 양도한 경우에, 조세특례제한법 제97조 에 따라 양도소득세를 감면하여야 하지만 소득세법시행령 제162조의2 제5항 에 따라 3주택 이상을 소유한 자가 주택을 양도한 경우에 해당한다 하여 실지거래가액으로 과세하여야 할 것이므로 기준시가로 과세하여야 한다는 청구주장은 관련법령을 잘못 이해한 주장에 불과하여 받아들일 수 없다고 판단된다.

이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.