임시투자세액공제기한 경과 후 투자금액에 대해 중소기업투자세액공제를 적용할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2004중 1019(2004. 7. 2) 5,681,350원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ○○○에서 "○○○"이라는 전기기계기구 제조업을 영위하는 사업자로서 2000년 귀속분 종합소득세 과세표준확정신고시 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제 4,690,000원과 조세특례제한법 제5조 의 규정에 의한 중소기업투자세액공제 6,310,918원을 세액공제하여 종합소득세 과세표준 및 세액을 신고·납부하였다. 처분청은 청구인이 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제와 조세특례제한법 제5조 의 규정에 의한 중소기업투자세액공제를 중복적용하였다 하여 조세특례제한법 제127조 제2항 의 규정에 의하여 임시투자세액공제 4,690,000원을 감면배제하여 2004.3.3. 청구인에게 2000년 귀속 종합소득세 5,681,350원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.3.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 제26조 의 임시투자세액공제와 이 법에 의한 다른 투자세액공제가 모두 적용되는 경우 임시투자세액공제를 적용받는 기간외에 투자되는 금액에 대하여는 다른 투자세액공제를 적용받을 수 있으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 동일 투자자산에 대하여 중소기업투자세액공제와 임시투자세액공제를 동시에 적용받을 수 없으므로 임시투자세액공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 임시투자세액공제기한 전까지의 투자금액에 대하여 임시투자세액공제를 적용하고, 임시투자세액공제기한 경과후 투자금액에 대하여 중소기업투자세액공제를 적용하는 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다. 조세특례제한법 제5조 【중소기업투자세액공제】

① 중소기업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일까지 사업용 자산을 새로이 취득하여 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)한 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날 이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또 는 법인세에서 공제한다. 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위 안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하 여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 조세특례제한법 시행령 제23조 【임시투자세액공제】

① 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자 를 제외한다)를 한 금액"이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업, 소 매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 공업디자인서비스업, 포장 및 충 전업, 패션디자인업, 영화제작 및 배급업, 라디오방송업, 텔레비전방 송업, 유선방송업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박 업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업을 영위하는 내국인 이 2000.6.30까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시 설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 100분의 7을 말한다. 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

② 내국인이 이 법에 의하여 투자한 자산에 대하여 제5조(중소기업투자 세액공제), 제11조, 제24조 내지 제27조(제26조 임시투자세액공제) 제62조 제1항·제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 이 법 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정이 동시에 적 용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 그 적용을 받을 수 있다.

• 다. 심리 및 판단

(1) 청구인의 2000년도 중 사업용자산 투자내역 및 투자세액공제내역은 다음과 같다.

○○○

(2) 청구인은 2000.1.1.∼2000.6.30.기간 중 투자한 사업용자산 67백만원에 대하여는 조세특례제한법 제26조 및 동 법 시행령 제23조의 규정에 의하여 임시투자세액 4,690,000원을, 2000.7.1.∼2000.12.31. 기간 중 투자한 사업용자산 569,713,332원에 대하여는 조세특례제한법 제5조 의 규정에 의하여 중소기업투자세액 6,310,948원(공제가능세액은 17,091,399원이나 최저한세 적용에 따라 10,780,451원은 미공제)을 세액공제하였음이 청구인의 2000년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서 및 그 부속명세서에 의하여 확인된다. (3) 조세특례제한법 제26조 의 임시투자세액공제와 이 법에 의한 다른 투자세액공제가 모두 적용되는 경우, 법 제26조 및 동 법 시행령 제23조의 규정에 의하여 임시투자세액공제가 적용되는 기간외에 투자되는 금액에 대하여는 다른 투자세액공제를 적용받을 수 있는 것인 바, 청구인이 2000.2.7. 투자한 기계장치는 2000.7.12. 이후 투자한 기계장치와 구분되는 별개의 것으로 보이며, 법 제26조 및 동 법 시행령 제23조 제1항에 규정하는 2000.6.30.까지 사업용자산에 투자한 경우에 해당되므로 임시투자세액공제(7/100)를 적용하는 것은 정당한 것으로 보인다.

(4) 그렇다면, 청구인이 2000.6.30. 이전 투자한 기계장치 67백만원에 대하여 임시투자세액공제를 적용하고, 임시투자세액공제가 적용되는 기한이 경과한 후 투자한 별도의 기계장치에 대하여 중소기업투자세액공제를 한 것은 투자세액공제를 이중으로 적용한 경우에 해당되지 아니하는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.