매입세금계산서 상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하는지 여부(경정)

[주 문] OO세무서장이 2004.1.5. 청구인에게 한 2002.2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 청구인이 2002.2기 중 (주)OOOO에 5회에 걸쳐 전화텔레뱅킹으로 입금한 O,OOO,OOO원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOOOO에서 "OO"이라는 상호로 1991.1.3.부터 의류 등 도·소매업을 영위하는 사업자로서, 2002.2기 중 (주)OOOO(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO,OOO,OOO원의 세금계산서 3매(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 확정신고시 관련매입세액을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 청구외법인이 2002.2기분 부가가치세 무신고자로서 2002.6.30. 폐업되었다 하여 쟁점매입세금계산서와 관련한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 2004.1.5. 청구인에게 2002.2기분 부가가치세 OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.3.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구외법인이 OOOOO OOO OOO OOOOOOO에서 2002.12.25.까지 사업을 영위하였음은 건물 소유주인 OOOO가 임대료 수령에 따른 세금계산서를 교부한 사실로도 확인되고, 청구외법인 관할세무서장은 2003.5.2.자에 2002.6.30.로 소급하여 청구외법인을 직권폐업 조치하였으며, 청구인은 쟁점매입세금계산서상의 공급대가를 가계수표 등으로 결제한 바 있으므로 관련 매입세액을 불공제함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인은 2002.2기분 부가가치세 무신고자로서 청구인이 제시하는 거래명세표만으로는 객관적인 거래의 증빙으로 인정하기 어려우며, 청구외법인의 각 과세기간 평균 부가가치율은 28.7%인 반면 이 건과 관련된 2002.2기의 부가가치율은 62.5%에 이르고, 대금지급에 관한 증빙의 제시도 없어 쟁점매입세금계산서와 관련된 매입세액을 불공제함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구외법인이 직권폐업된 이후에 교부받은 쟁점매입세금계산서 상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 제21조【경정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2002.2기 중 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점매입세금계산서와 그에 대한 거래명세표는 아래와 같다.

(2) 청구외법인이 2002.2기 중 실제 폐업한 후에 쟁점매입세금계산서를 발행하였는지에 대하여 살펴본다. (가) 청구외법인 관할 OO세무서장은 청구외법인이 2002.2기분 부가가치세를 신고하지 아니하자 2003.5.2. 현지확인을 실시한 후 2002.6.30.에 소급하여 직권폐업시킨 사실이 처분청이 제시하는 자료에 의하여 확인되고 있다. (나) 청구외법인은 자신이 종전부터 임차하였던 OOOOO OOO OOOO OOOOOOO에서 2002년 9월～10월 건물소유주인 OOOO로부터 임대료 납부와 관련한 세금계산서(2002.9.30, 2002.10.31. 각 O,OOO,OOO원, 합계 O,OOO,OOO원)를 교부받았음이 청구인이 제시하는 자료에 의하여 확인되고 있다. (다) 청구외법인 명의의 통장(OO은행 OOOO지점 OOOOOOOOOOOOOOO)에 의하면 2002.2기 중 청구인과의 거래내역은 확인되지 않고 있으나, OOOO공업 등 다른 업체들이 10회에 걸쳐 OOO,OOO,OOO원을 입금하였고, 19회에 걸쳐 OOO,OOO,OOO원을 출금하였음이 확인되고 있다. (라) 위 사실을 종합하여 보면, 처분청의 청구외법인에 대한 현지확인은 청구외법인이 폐업된 이후에 실시한 것으로서 2002.2기 중 사업을 하였는지 확인한 바 없이 단순히 부가가치세 무신고를 사유로 소급하여 직권폐업시킨 것이라 할 수 있고, 청구인이 2002.2기 중에 사무실 임대료 지불 및 거래처와의 대금 입출금 등이 있었던 것으로 보아 청구외법인이 2002.2기 중에는 사업을 계속하고 있었다고 봄이 타당하다고 판단된다.

(3) 2002.2기 중 쟁점매입세금계산서와 관련하여 청구인과 청구외법인간에 거래가 있었는지에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점매입세금계산서 상의 매입액과 관련하여 청구인 명의의 OO은행 통장(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에서 청구외법인의 임원 및 직원들에게 전화텔레뱅킹으로 입금한 내역을 아래와 같이 제시하고 있다. (나) 청구인이 전화텔레뱅킹으로 입금하였다는 위 금액은 1회 입금액이 소액인 점, 청구인과 청구외법인의 업종이 의류도소매 및 의류제조로 관련성이 있는 점, 청구외법인은 2002.2기 중 사업을 하고 있었던 점 등에 비추어 청구인과 청구외법인간에 실지 거래관계가 있음에 따른 입금액이라고 할 것이다. (다) 다만, 위 금액은 2002.10.8부터 2003.3.14.까지 입금한 금액으로서 쟁점매입세금계산서는 2002.2기 중 발행된 세금계산서인 점 및 청구인 자신도 청구외법인이 2002.12.25.까지 사업을 하였다고 주장하고 있는 점 등 쟁점매입세금계산서와 관련되는 청구인의 입금액은 2002.10.8.부터 2002.11.6.까지 5회에 걸쳐 입금된 O,OOO,OOO원으로 보아야 함이 타당하다고 판단된다. (라) 쟁점매입세금계산서 상의 나머지 매입액은 청구인이 실제로 매입하였음을 뒷받침할 수 있는 자료를 제시하지 못하고 있을 뿐 아니라, 이 건과 관련된 2002.10월부터 12월까지는 청구외법인이 폐업 직전이었음에도 부가가치율이 62.5%에 이르러 2001.10월부터 2002.9월까지의 평균 부가가치율 28.7%에 비하여 급격히 상승한 점 등 청구외법인의 매출금액 전체를 정상적인 거래로 인정하기도 어려워 청구인에 대하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.