[요지] 기계장치가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 임대차계약일을 기준으로 판단하는 것으로, 계약시점의 과세사업연도에 시행된 부당행위계산부인규정에 의해 산정한 시가를 그 이후 사업연도에도 적용하여 하는 것인바 그러지 않은 것은 부당함
[요지] 기계장치가 부당행위계산에 해당하는지 여부는 임대차계약일을 기준으로 판단하는 것으로, 계약시점의 과세사업연도에 시행된 부당행위계산부인규정에 의해 산정한 시가를 그 이후 사업연도에도 적용하여 하는 것인바 그러지 않은 것은 부당함
[주 문] OOO세무서장이 2004.8.10 청구법인에게 한 법인세 2,066,908,530원(1999사업연도 264,912,880원, 2000사업연도 406,104,890원, 2001사업연도 651,410,160원, 2002사업연도 394,797,470원 2003사업연도 349,683,130원)의 부과처분은 증빙불비가산세(2000년 97,205,020원, 2001년 21,651,159원, 2002년 21,335,388원, 합계 140,191,567원)의 적용을 배제하고, 청구법인이 OOO 주식회사로부터 임차한 U-CELL LINE 1식 및 자절기 9대에 대한 2001사업연도부터 2003사업연도까지의 임차료 시가를 1998.12.31 개정된 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 산정한 금액을 기준으로 부당행위계산부인하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 부가가치세 597,055,260원(1999년 2기 77,981,010원, 2000년 1기 85,901,170원, 2000년 2기 89,984,350원, 2001년 1기 88,041,520원, 2001년 2기 96,381,760원, 2002년 1기 98,101,140원, 2002년 2기 60,664,310원)의 부과처분은 청구법인이 OOO, 주식회사 OOO 및 OOO 주식회사 등 3개 업체로부터 1999년 2기～2002년 2기까지 과세기간중 수취한 세금계산서상의 공급가액 3,203,809,979원(1999년 2기 366,194000원, 2000년 1기 421,394,000원, 2000년 2기 462,288,000원, 2001년 1기 437,761,678원, 2001년 2기 546,381,919원, 2002년 1기 586,203,172원, 2002년 2기 383,587,210원)과 관련한 매입세액을 당해 과세기간의 매출세액에서 공제하여 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 1997.12.30 설립되어 자동차 부품인 Harness 및 Junction Box를 제조하여 OOO 주식회사에 주로 납품하는 법인으로서 1998.1.17 청구법인과 특수관계자인 청구외 OOO 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 Harness 및 Junction Box 제조에 필수적인 기계장치인 U-CELL LINE 1식 및 자절기 9대(이하 “쟁점기계장치”라 한다)를 임차하는 계약을 체결하고, 1999년부터 2003년까지 기간 중 청구외법인에게 지급한 임차료를 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였다. 또한, 청구법인은 청구외 OOO, 주식회사 OOO 및 OOO 주식회사 등 3개 업체(이하 “협력업체들”이라 한다)와 각각 제품공급협정을 체결한 후, 1999년 2기～2002년 2기까지 기간중 협력업체들로부터 물품을 공급받고 3,203,809,979원(공급가액) 상당액의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 신고·납부하였다. OOO지방국세청장은 청구법인의 1999～2003사업연도 법인세에 대한 세무조사를 실시하여 다음 표와 같이 청구법인이 특수관계자인 청구외법인으로부터 쟁점기계장치를 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 산출한 적정임차료(시가)보다 고가로 임차한 것으로 보아 부당행위계산부인하는 한편, OOO 협력업체들이 청구법인의 공장 일부(이하 “쟁점공장”이라 한다) 및 시설을 무상임차하여 사용인을 상시 주재시키고, 별도의 독립된 자격으로 자기 책임하에 제품을 제조하여 청구법인에게 공급하면서도 쟁점공장에 대하여 별도의 사업자등록을 하지 아니하고 본점 명의로 쟁점세금계산서를 교부하였다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다. 이에 처분청은 과세자료통보 내용에 따라 2004.8.10 청구법인에게 쟁점세금계산서에 대한 증빙불비가산세 140,191,567원(2000사업연도 97,205,020원, 2001사업연도 21,651,159원, 2002사업연도 21,335,388원)을 포함하여 법인세 2,066,908,530원(1999사업연도 264,912,880원, 2000사업연도 406,104,890원, 2001사업연도 651,410,160원, 2002사업연도 394,797,470원, 2003사업연도 349,683,130원)을 경정고지하는 한편, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 등 매입세액 324,040,996원을 불공제하여 부가가치세 597,055,260원(1999년 2기 77,981,010원, 2000년 1기 85,901,170원, 2000년 2기 89,984,350원, 2001년 1기 88,041,520원, 2001년 2기 96,381,760원, 2002년 1기 98,101,140원, 2002년 2기 60,664,310원)을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.11.4 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법인세법상 부당행위판정기준이 되는 ‘적정임차료’란 건전한 사회통념 및 상관행과 제3자간의 정상적인 거래가액 등에 따라 판단하여야 하고, 비교가능한 임대실례가액이 없는 경우에는 그 자산의 위치·입지조건·시설규모·노후정도 등 당해 자산의 특성 또는 개별요인 등을 참작하여 합리적으로 산정된 금액을 기준으로 하여야 할 것임에도 처분청은 쟁점기계장치의 임대실례가액을 확인할 수 없다 하여 법인세법시행령 제89조 제4항의 규정에 의하여 산정한 가액을 적정임차료로 보아 부당행위계산부인하였으나, 처분청이 산정한 적정임차료의 경우 2000년도에는 1,100,105,730원이었다가 2001년도에는 167,291,977원으로 임차료가 약 932백만원 이상 차이가 나는데서 알 수 있는 바와 같이 불합리한 기준에 의한 것일 뿐만 아니라, 처분청이 적용한 적정임차료의 산정방법은 부동산임대거래에 유의적 일뿐 경제적인 실질을 반영하지 못하고 있어 임대물건이 동산인 이 건 쟁점기계장치의 경우 임대차거래에 있어서 범용성이 없는 점등을 감안하여 청구외법인의 투하자본을 회수하는 방식으로 임차료를 산정하는 것이 사회통념상 더욱 타당한 방법이므로 청구법인이 청구외법인으로부터 쟁점기계장치를 적정임차료보다 고가로 임차한 것으로 보아 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.
(2) 협력업체들의 직원이 쟁점공장에서 제공하는 용역은 청구법인 소속의 직원들이 직접 제공하는 근로용역과 하등 차이가 없는 단순용역에 불과하여 이를 협력업체들의 사업활동중 중요한 부분으로 볼 수 없고, 쟁점공장은 협력업체들이 계약된 용역을 제공하는 ‘공급처’일 뿐 거래행위가 이루어지는 사업장이 아니며, 협력업체들의 직원이 상주하고 있다 하나 당해 직원은 계약된 용역을 제공하기 위한 것이지 영업행위 즉 거래를 위하여 상주하는 것은 아닌 바, 쟁점공장을 부가가치세법상의 매출거래가 직접 이루어지는 사업장으로 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 설사, 쟁점공장을 별도의 사업장으로 본다고 하더라도 청구법인이 협력업체들의 쟁점공장에 대한 사업자등록여부의 적격성까지를 심사하여 협력업체들로부터 세금계산서를 수취할 의무가 있는 것은 아니라 할 것이고, 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로 청구법인이 협력업체들로부터 물품을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취한 데 대하여 주의의무를 다하지 아니한 과실이 있다고 할 수 없으므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 또한, 법인세법 제116조의 규정에 의한 정규증빙비치제도는 기업의 경비지출에 대한 투명성을 제고하고 불건전한 소비지출을 규제하며 아울러 수입금액이 양성화되지 않는 업종의 수입금액의 양성화를 촉진하는데 그 입법취지가 있으므로 청구법인의 경우 공급자의 사업장이 비록 다르다고 하더라도 그 용역을 공급한 실제사업자(법인)는 쟁점세금계산서 기재사항으로도 분명히 밝혀지고 있는 점에서 법인세법상 정규증빙비치제도의 입법취지는 충분히 달성되었다고 보아야 하므로 쟁점세금계산서를 수취한데 대하여 증빙불비가산세를 부과한 처분은 부당하다
(1) 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점기계장치를 적정임차료 보다 고가로 임차한 것은 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이므로 법인세법 제52조 및 동법시행령 제88조의 규정에 의하여 부당행위부인대상으로 시가평가규정이 없는 자산의 임대차용역 제공등에 대한 시가산정 기준을 마련하기 위해 1998.12.31 법인세법시행령 제89조 제4항이 개정신설되었는 바, 동 개정법령의 규정에 의하여 쟁점기계장치의 적정임차료를 산정하여 부당행위계산부인한 처분은 정당하다.
(2) 협력업체들의 경우 청구법인으로부터 공장·기계설비를 제공받아 제품을 자기 책임하에 제조하여 주고 그 대가를 받는 소사장제에 해당하는 바, 청구법인이 협력업체들과 체결한 거래계약서에 의하면 청구법인의 발주의뢰에 의하여 제품제조공급이 이루어지고, 제조물품에 대한 책임과 비용은 협력업체들에게 지우며, 협력업체들의 직원에 대한 식대정산이 이루어진 점 및 위 협력업체들 중 OOO 주식회사의 경우 2001.4.1부터 2002.12.24까지 쟁점공장을 지점으로 하여 사업자등록을 한 점등에 비추어 볼 때 쟁점공장은 협력업체들의 미등록사업장에 해당하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분은 정당하고, OOO 주식회사의 경우 쟁점공장을 지점으로 사업자등록하였고, 청구외 OOO의 후속업체인 주식회사 OOO가 2002.10.16부터 2004.8.27까지 쟁점공장을 OOO지점으로 하여 사업자등록을 하는 등 협력업체들의 지점법인이 등록되어 있었는 바, 협력업체들과 계속적·반복적인 거래를 하여온 청구법인이 위와 같은 정황을 알 수 있었을 것으로 보이므로 청구법인을 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의로 거래당사자로도 볼 수 없다. 또한, 법인세법 기본통칙 116-158…1에서 실제 거래처와 다른 사업자의 명의로 교부된 세금계산서 등은 정규증빙으로 보지 아니하므로 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 정규증빙으로 보지 아니한 것은 법리에 어긋나지 아니하고, 실거래처와 다른 사업자의 명의로 교부된 세금계산서를 정규증빙으로 허용한다면 의도적으로 세금계산서를 발행할 소지가 있어 집행상의 문제로 인해 정규증빙으로 인정하지 아니하고 있는 바, 법인세법상의 증빙불비가산세규정과 부가가치세법상의 매입세액불공제규정은 별개의 사항으로서 형평에 어긋난다거나 중복제재의 문제는 없으므로 쟁점세금계산서에 대하여 증빙불비가산세를 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인이 특수관계자인 청구외법인으로부터 쟁점기계장치를 적정임차료(시가)보다 고가로 임차한 것으로 보아 부당행위부인하여 과세한 처분의 당부
(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 법인세법상 증빙불비가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. 같은법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우 (단서 생략) 같은법시행령 제89조 【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.(
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다. (1998.12.31 개정)
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액(1998.12.31 개정)
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
(2) 부가가치세법 제4조【납세지】
① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.
④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다. 같은법시행령 제4조 【사업장의 범위】
① 법 제4조 제1항에 규정하는 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각호의 사업에 있어서는 당해 각호에 규정하는 장소를 사업장으로 한다.
2. 제조업에 있어서는 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품의 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소는 제외한다. 같은법 제5조 【등 록】
① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다. 법인세법 제76조【가산세】
⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용 받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 10(2001.12.31 개정, 100분의2)에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. 같은법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】
① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
2. 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서
(1) 쟁점1에 대하여 살펴본다. 청구법인과 청구외법인이 특수관계자인 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다. 처분청의 자료에 의하면, 청구법인은 1998.1.7 청구외법인과 쟁점기계장치에 대한 임대차계약을 체결하여 쟁점기계장치를 1998.1.7부터 2004.1.7까지 72개월(6년)간 임차하고, 동 기간 동안 총 임차금액은 7,662,576,211원(U-CELL: 6,093,058,056원, 자절기: 1,569,518,155원)으로, 임차료지급방법은 1998년도는 이자만 지급하고, 1999년부터 2003년까지 5년간은 원금 및 이자(국세청이 고시하는 당좌대출이자율 13%를 기준금리로 하여 적용하기로 함)를 균등상환하는 것으로 하여 계약을 체결한 사실이 확인되고, 청구법인은 1998년부터 2003년까지 청구외법인에게 임차료 7,288,772,200원을 지급한 사실이 확인된다. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 청구외법인으로부터 쟁점기계장치를 임차한데 대하여 비교가능한 임대실례가액이 없다고 하여 1999년도 및 2000년도는 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 가목과 나목중 큰 금액을 적용하고, 2001년부터 2003년까지는 2000.12.29 개정된 동법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정(위 종전 규정의 나목이 삭제됨)을 적용하여 다음 표와 같이 적정임차료(시가)를 산정하여 청구법인이 쟁점기계장치를 적정임차료보다 고가로 임차하였다 하여 부당행위계산부인하였다. OOO 위 표를 보면, 처분청이 산정한 쟁점기계장치에 대한 2000년도의 적정임차료는 1,100,105,730원인데 반하여 2001년도 이후의 적정임차료는 그 보다 훨씬 적은 91,736,176원～167,291,977원으로서 2000년도에 비하여 1,008,369,554원～932,813,753원의 차이(감소비율 91.7%～84.8%)가 나는데서 알 수 있는 바와 같이 불합리한 기준에 의한 것일 뿐만 아니라, 처분청이 산정한 1999년～2003년 동안의 적정임차료 2,886,386,120원에 1998년도의 이자지급분 698,337,680원을 더하고, 쟁점기계장치 중 자절기 매입대금 370백만원(청구법인은 2002.8.14 당시 미상환 잔액 370,000,000원에 자절기를 매입함)을 더한다고 하더라도 그 합계액 3,954,723,800원은 청구외법인의 쟁점기계장치 취득가액 5,371,828,239원(U-CELL: 4,271,418,024원, 자절기: 1,100,410,215원)에 훨씬 못미치는 바, 청구외법인의 쟁점기계장치 임대료 산정방식을 보면 동 기계장치에 대한 투하자본 전액을 회수하기 위하여 위 취득가액에 기간이자를 감안하여 임대료를 산정하여 청구법인에게 임대한 것으로서 처분청이 산정한 적정임차료로는 쟁점기계장치의 임대기간 중 투하자본 전액을 회수하기가 어려워 불합리한 것으로 보인다. 위와 같이 2000년도의 적정임차료와 2001년도 이후의 적정임차료간에 차이가 나는 것은 처분청이 쟁점기계장치에 대한 적정임차료를 산정함에 있어서 1999년도 및 2000년도는 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호에 규정된 “당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액(가목)과 당해 자산의 감가상각비 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액(나목)” 중 큰 금액을 적용하였다가 2001년부터 2003년까지는 2000.12.29 개정된 동법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정(위 종전규정의 나목이 삭제됨)을 적용한데 기인한 것인 바, 위와 같은 관련법령의 개정에 따른 불합리한 점을 해소하기 위하여 재정경제부의 예규(법인세제과-72, 2005.1.28)에서 쟁점기계장치와 같은 경우 법인세법시행령 제88조 제1항 각호의 1의 규정에 의한 부당행위계산의 유형에 해당하는지 여부는 임대차 계약일을 기준으로 판단하는 것으로 임대차 계약체결시점에서 동법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정(2000.12.29 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)에 의하여 산출한 시가를 임대차계약기간에 속하는 사업연도에 계속하여 적용하는 것으로 해석한 바 있다. 따라서, 처분청이 쟁점기계장치에 대하여 계약시점의 과세사업연도인 1999년도에 시행된 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정(2000.12.29 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)에 의하여 산정한 적정임차료(시가)를 그 이후의 사업연도에도 적용하여 부당행위계산부인하여야 함에도 2001년도부터 2003년도까지의 적정임차료를 산정함에 있어서 2001.12.29 개정된 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호의 규정을 적용하여 시가를 산정한 처분은 잘못이므로 1998.12.31 개정된 위 법령의 규정에 의하여 산정한 시가를 적용하여 동 과세기간의 법인세를 경정함이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점2에 대하여 살펴본다. 청구법인이 청구외 OOO, 주식회사 OOO 및 OOO 주식회사 등 협력업체들로부터 1999년 2기～2002년 2기까지 과세기간중 공급가액 3,203,809,979원(1999년 2기 366,194000원, 2000년 1기 421,394,000원, 2000년 2기 462,288,000원, 2001년 1기 437,761,678원, 2001년 2기 546,381,919원, 2002년 1기 586,203,172원, 2002년 2기 383,587,210원)상당액의 쟁점세금계산서를 수취하고 관련매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 사실과 협력업체들이 쟁점세금계산서상의 금액을 매출에 포함하여 부가가치세를 신고한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 처분청은 협력업체들이 청구법인의 공장 일부 및 시설을 무상으로 사용하고 있었음에도 쟁점공장 소재지를 지점으로 사업자등록을 하지 아니하고(OOO 주식회사의 경우에는 2001.4.1부터 2002.12.24까지 쟁점공장 소재지를 지점으로 사업자등록한 사실이 있음) 본점 명의로 쟁점세금계산서를 교부하였다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한데 대하여 청구법인은 쟁점공장에서 협력업체의 직원을 파견하고 제품을 공급하여 납품하도록 하였으나, 생산에 투입된 원재료는 청구법인이 모두 구입하여 구입가격 그대로 협력업체에 유상 또는 무상으로 사급하고 원재료 및 완제품에 대한 구매, 입고, 출고관리는 전적으로 청구법인의 소관이고, 실제 협력업체가 책임진 부분은 양질의 생산용역뿐이며, 제품개발, 설계 및 품질관리, 검사 등 완제품제조에 대한 책임은 모두 청구법인이 부담하고 협력업체의 작업을 지휘, 통제하였는 바, 협력업체들은 청구법인에게 인적 용역을 공급한 것으로 쟁점공장은 사업장에 해당하지 아니한다고 주장하고 있으나, 협력업체들이 청구법인과 체결한 기본거래계약서에 의하면 청구법인의 발주의뢰에 의해 협력업체들의 책임과 비용으로 물품을 제조하여 청구법인에게 납품하는 것으로 되어 있고, 협력업체들의 직원에 대한 식대정산이 이루어진 점등에 비추어 볼 때 쟁점공장은 협력업체들의 사업장이 아니라고 보기 어렵다. 한편, 쟁점공장을 협력업체들의 사업장으로 본다고 하더라도 청구법인의 경우 1998년 3월경 협력업체들과 기본거래계약을 체결하고 거래를 하였는 바 계약당시 협력업체들의 경우 쟁점공장을 사업장으로 사업자등록한 사실이 없을 뿐만 아니라, 협력업체들이 청구법인 소유의 공장중 일부(쟁점공장)를 사용하고 있고, 협력업체들의 제품생산에 투입되는 원재료를 청구법인이 주로 무상으로 제공하고 있으며, 협력업체들의 제품생산에 필요한 금형 및 기계 등 물적 시설을 청구법인이 협력업체들에게 양도 또는 대여하고 있고, 협력업체들은 단지 쟁점공장에 직원을 파견하여 제품을 생산하도록 한 사실 등을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점공장을 협력업체들의 본사와는 다른 별도의 사업장이라고 인식하였을 것으로 기대하기는 어려운 것으로 보인다. 따라서, 청구법인에게 쟁점공장에 대한 사업장 해당 여부까지 판단하여 협력업체들에게 쟁점공장에 대한 사업자등록을 하게 한 후에 동 공장을 사업장으로 한 세금계산서를 수취하도록 요구하거나 그러한 세금계산서를 수취할 의무가 있는 것으로는 보기 어렵고, 청구법인은 협력업체들과 거래계약을 체결하고 물품을 공급받으면서 협력업체들에게 거래대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였으며, 협력업체들 또한 쟁점세금계산서를 당 업체의 매출로 하여 부가가치세를 신고한 이 건의 경우 청구법인은 쟁점세금계산서를 정상적인 세금계산서라고 믿을 수밖에 없었던 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 볼 수 있다 하겠으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 또한, 처분청이 청구법인의 법인세를 경정하면서 쟁점세금계산서를 실제 거래처와 다른 사업자의 명의로 교부된 세금계산서라 하여 정규증빙으로 보지 아니하고, 증빙불비가산세 140,191,567원(2000년 97,205,020원, 2001년 21,651,159원, 2002년 21,335,388원)을 부과하였으나, 청구법인이 2004.7.5 OOO에 쟁점세금계산서에 대한 증빙불비가산세 적용여부에 대하여 질의하였고, OOO에서 OOO에 질의하여 회신을 받아 청구법인에게 회신한 문서OOO에 의하면, “법인(이하 "당해법인")이 다른 법인(이하 "乙법인")과 용역공급계약을 체결한 후 당해 법인의 공장에서 乙법인으로부터 노무를 제공받고 세금계산서를 교부받았으나 과세관청의 세무조사시 당해 법인의 공장부지의 일부분이 乙법인의 미등록사업장으로 확인되는 경우라 하더라도 乙법인의 본점 명의로 당초 교부받은 세금계산서에 대하여는 법인세법 제76조 제5항의 규정을 적용하지 아니하는 것”이라고 회신한 사실이 나타나고 있는 바, 증빙불비가산세 적용여부에 관한 위와 같은 해석은 달리 잘못이 없으므로 처분청이 이 건 법인세를 과세하면서 쟁점세금계산서에 대하여 증빙불비가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.