토지조성 및 면세관련 매입세액에 해당되는지 여부

심판청구번호 국심2004전 2804(2005.8.11)

청구법인은 2003.4.15. 농산물 도·소매업 및 농산물창고 서비스업 사업자등록을 하고, 사업개시 전인 2003.2.3. ○○○를 매입하여 그 지상에 농산물 보관창고를 신축할 목적으로 2003년 4월 건축허가 후, 청구외 ○○○주식회사와 건설공사도급계약을 체결하여 공사를 진행하였으며, 2003년 2기중 공사기성분 매입금액 10억원에 대한 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 2004.1.25. 부가가치신고시 매입세액 1억원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 환급조사를 실시하고 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 상의 매입세액이 토지조성 및 면세관련 매입세액에 해당한다 하여 쟁점매입세액의 공제를 배제하고 가산세를 부과하여 2004.3.11. 청구법인에게 2003년 2기분 부가가치세 10,000,000원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.18. 이의신청을 거쳐 2004.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농·수산물 보관창고업을 하기 위해 설립되었고, 사업자등록증 교부당시에도 과세사업인 서비스·보관업으로 발급받았으며, 쟁점매입세액은 토지조성공사가 끝난 후의 창고시설 공사비 매입세액이므로 공제대상 매입세액이고, 설령 건물이 준공되어 당초 설립목적과 달리 과세·면세 겸업으로 사용될 경우에도 우선은 부가가치세법 제24조, 같은 법 시행령 제72조 제1항 및 제73조 제1항의 규정에 의하여 조기환급대상이므로 우선 환급하고, 추후 확정된 과세·면세의 수입금액에 따라 부가가치세법 제17조 제5항 및 같은 법 시행령 제63조의 규정에 의하여 납부세액을 재계산하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 농산물 도·소매를 주업으로 하는 면세사업관련 법인으로 과세사업 여부를 검토한 바, 사업계획서에는 별도의 과세사업계획이 없이 청구법인 직영으로 농산물을 매입·보관하였다가 비수기에 판매하는 형태로 확인이 되며 아울러 환급 현지확인시 대표자 본인의 확인서에서도 청구법인이 직영으로 운영할 농산물 보관창고 관련 토지조성공사 및 건축공사를 한 것으로 확인되므로 쟁점매입세액은 공제배제되어야 한다.

• 가. 쟁 점 농산물 보관창고 신축공사와 관련하여 수취한 쟁점세금계산서 상의 매입세액을 토지조성 및 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액공제를 배제하고 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 부가가치세법 제24조 【환 급】① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

2. 사업설비를 신설·취득·확장 또는 증축하는 때 부가가치세법 시행령 제73조 【조기환급】① 법 제24조 제2항에서 규정하는 환급세액은 각 예정신고기간별로 그 예정신고기한경과후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.

가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100 ×경과된 과세기간의 수) × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 등기부등본상 사업목적에 농산물보관 및 임대업이 포함되어 있고, 사업자등록상 사업의 종류에 서비스/농산물창고업이 포함되어 있으며, 2003.5.20. ○○○로부터 농산물포장유통 및 냉동창고부지 조성목적으로 한 산림형질변경 및 복구준공 통지를 받은 사실이 있고, 2003.8.18. 청구외 ○○○주식회사와 청구법인간에 체결된 공사도급계약서 첨부서류인 공사별내역서 상에 사무동, 작업장, 냉동창고, 설비·전기공사로 되어 있어 별도의 토지조성공사가 없는 것으로 되어있다.

(2) 그러나, 처분청의 이 건 조사당시 청구법인으로부터 징취하여 제시하고 있는 2004.1.19.자 제1회 기성검사원, 견적서, 기성내역서 상에는 토지조성에 관련된 비용(토목공사, 조경공사, 우수공사) 5억원이 포함되어 있어 쟁점매입세액이 토지조성공사가 종료된 이후의 건축공사비 매입세액이라는 주장을 신뢰하기 어렵고, 청구법인이 작성하여 보관중인 사업계획서를 보면, 사업목적은 인근지역에서 생산되는 과일 및 기타 농산물을 냉동 및 저온 보관하여 비수기철에 판매함은 물론 가격의 유동에 따라 내수 수출하여 농가소득에 기여함을 목적으로 한다고 되어 있으며, 사업방법은 창고동 1층∼4층 모두를 과일 기타 농산물을 수입 또는 보관하였다가 적기에 출하한다고 되어있으며, 단순히 보관창고로서의 역할이 아닌 포장, 직영판매, 백화점납품 및 해외 수출한다고 되어 있어 과세사업이 있다 하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인 대표이사 스스로 쟁점세금계산서 수취분은 전액 토지개량을 위한 토지관련 매입세액이며, 또한 직영으로 운영하는 농산물 보관창고 관련 공사분으로 청구인이 착오로 부당환급 신청한 사실이 있다고 확인한 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점매입세액을 토지조성 및 면세관련 매입세액으로 보아 매입세액공제를 배제하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.