발행한 수정세금계산서가 일방적으로 발행되었는지 아니면 거래당사자간 합의하에 발행되었는지 여부

심판청구번호 국심2004전2501(2003.05.22),480원의 환급거부처분은 이를 취소합니다.

청구인은 2002.10월∼2002.12월중 ○○○에 594,968,319원의 철강 등을 납품하고 이에 따른 매출세금계산서를 발행하였으나, ○○○이 자재대금으로 부가가치세를 포함하여 5억원만을 지급한다는 통보에 따라 미회수된 금액 94,968,319원에 대하여 2002.12.31.감액된 수정세금계산서 86,334,835원 (이하"쟁점수정세금계산서"라 한다)를 발행하고, 2003.9.29. 수정신고하여 부가가치세 8,633,480원을 환급요구하였다. 처분청은 쟁점수정세금계산서를 청구인이 일방적으로 발행한 세금계산서로 보아, 적법한 수정세금계산서의 효력이 없다며 2002.2기 쟁점수정세금계산서에 대한 부가가치세 8,633,480원을 2003.12.10. 환급거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.2.17. 이의신청을 거쳐, 2004.7.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 ○○○에 철강 등을 납품하고 세금계산서 594,968,319원 을 발행한 데 대하여 ○○○에서 그 대금을 5억원으로 산정하여 통보해 옴에 따라, 통보받은 내용대로 거래상대방으로부터 쌍방합의하에 5억원만 지급받고 거래가 종료되었으므로 이는 쌍방합의가 되었다 고 보아야 하며, 그 차액 94,968,319원에 대하여서도 감액세금계산서를 발행하고 경정청구를 하였다. 또한, 청구인이 납품대금 5억원을 지급받은 사실은 청구인의 예금통장에서 확인되고 있으며, ○○○도 5억원을 지급하기로 하였다는 사실이 처분청의 문답서에서도 확인되고 있다.
• 나. 처분청 의견 청구외 ○○○은 당초 발행된 세금계산서에 의하여 종합소득세 신고가 끝난 상태이므로 수정세금계산서가 발행될 경우 세부담이 커지게 되는 것을 우려하여 수정세금계산서의 발행을 만류하였고, 과세관청에 제출한 수정신고를 취하해 줄 것을 요구하였음이 확인되므로, 쌍방합의하에 수정세금계산서를 발행하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 발행한 쟁점수정세금계산서가 일방적으로 발행되었는지 아니면 거래당사자간 쌍방합의하에 발행되었는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정 에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고 하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (3) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 물품매출에 따른 매출세금계산서를 ○○○에게 594,968,319원으로 발행하였으나, ○○○이 물품가액이 5억원 정도밖에 안된다며 자재대금으로 부가가치세를 포함하여 5억원만을 지급한다는 통보에 따라 미회수된 94,968천원(부가가치세 포함)에 대하여 쟁점감액수정세금계산서를 발행하고, ○○○에 부가가치세 수정신고를 요구한 사실에 대해 처분청이 쟁점수정세금계산서는 청구인이 일방적으로 발행한 세금계산서이므로 적법한 수정세금계산서의 효력이 없다 하여 부가가치세 8,633,480원을 환급거부한 사실에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 거래상대방인 ○○○으로부터 납품대금 5억원을 지급받은 사실이 청구인의 예금통장○○○ 및 자기앞수표 3매 (○○○) 등으로 확인되므로 쟁점수정세금계산서는 쌍방합의하에 발행된 적법한 수정세금계산서에 해당된다 할 것이고 이에 따른 부가가치세 8,633,480원은 환급되어야 한다는 주장이므로, 이에 대해 살펴본다. (가) 부가가치세법 제59조 에 의하면, 같은 법 제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 같은 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있으므로, 청구인이 처분청의 경정통지 이전에 수정세금계산서를 발행하였으므로 이는 적법한 수정세금계산서로 보여진다. (나) 처분청은 청구인이 발행한 수정세금계산서가 거래당사간의 쌍방합의에 의한 수정세금계산서가 아니라, 청구인이 일방적으로 발행한 수정세금계산서에 해당되어 수정세금계산서의 효력이 없다는 주장이나, 청구인이 거래상대방인 ○○○에게 물품매출에 따른 매출세금계산서 594,968,319원을 발행한 데 대하여, ○○○으로부터 물품가액이 5억원 밖에 안된다는 통보를 해옴에 따라 청구인이 수정세금계산서를 발행하고 이에 따른 수정신고와 함께 거래대금도 5억원만 수령하였음이 청구인의 예금통장 및 자기앞수표 등에서 확인되고, ○○○의 대표 임○○○과 친구이며 경리업무를 총괄하는 신○○○이 진술한 문답서를 보면, 먼저 ○○○측에서 물품의 거래대금이 5억원임을 통보하였음을 알 수 있다.

(3) 관련법령 및 위 사실관계의 전후를 살펴볼 때, 청구인과 ○○○간에는 물품거래대금에 대한 쌍방간에 합의가 있었던 것으로 보이고 이는 객관적인 금융자료에 의해서도 확인되고 있으므로, 청구인이 발행한 쟁점수정세금계산서를 일방적으로 발행된 수정세금계산서로 볼 것이 아니라 쌍방합의하에 발행된 적법한 수정세금계산로 보아야 할 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인의 쟁점수정세금계산서 발행에 따른 부가가치세 환급청구를 거부함은 부당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.