개량핵연료개발 지급 대가를 기술도입대가로 보아 연구인력개발비 세액공제 부인한 처분의 당부

청구법인은 원자력발전소용 핵연료를 생산하는 사업자로 핵연료를 개발하기 위하여

○○○으로 핵연료 ○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 1999.8.19. ○○ 3․4호기 및 한국표준형 원전용 1616 개량핵연료 공동개발계약, 2001.10.29. 개량형 1616 차세대 핵연료 공동개발 및 개량형 17*17 차세대 핵연료 공동개발계약, 총 3 건의 개량핵연료집합체 공동연구개발계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하면 서 청구법인이 소유권 및 실시권, 기술정보이전, 개발결과물 및 개발부품 이전 등의 명목으로 USD 9,095,526(이하 “계약금액”이라 한다)를 청구외법인에게 지급하기로 하고, 1999년부터 2002년까지 위 계약금액중 8,217,162,007원(1999.1.1.∼ 1999.12.31.사업연도 882,468,057원, 2000.1.1.∼2000.12.31.사업연도 1,381,477,796원, 2 001.1.1.∼2001.12.31.사업연도 3,194,816,535원, 2002.1.1.∼2002.12.31.사업연도 2,758,399,619원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구외법인에게 각각 지급한 후, 법인세 신고시 동 지급액을 공동기술개발 수행에 따른 공동연구개발비로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하여 공제받았다.

○○○은 청구법인에 대한 법인세 서면분석과정에서 청구법인이 청구외법인에게 지급한 쟁점금액을 연구 및 인력개발비로 보지 아니하고 핵연료의 원천기술인 기 반기술 정보이전의 대가로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 ○○○ 의 과세자료 내용에 따라 청구법인이 세액공제를 받은 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 2004.1.19. 청구법인에게 법인세 1999.1.1.∼1999.12.31.사업연도분 747,671,060원, 2000.1.1.∼2000.12.31.사업연도분 789,516,360원, 2001.1.1.∼ 2001.12.31.사업연도분 1,705,209,090원, 2002.1.1.∼2002.12.31.사업연도분 817, 844,180원을 각각 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.4.16. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인의 주장 쟁점계약내용은 ○○○에 사용되는 핵연료를 개발하여 상용화할 목적으로 청구 법인 과 청구외법인간에 공동연구개발 및 시험핵연료집합체 제작에 소요되는 경비를 공동으로 분담하기로 공동기술개발약정을 체결한 것으로, 계약내용은 청구외법인의 기술정보를 도입하는 것이 아니라 청구외법인이 보유하고 있는 기술정보를 기반으로 하여 고성능․고품질의 핵연료를 상용화하기 위한 새로운 기술을 공동 개발하는 것 이며, ○○○에 보고한 세부연구과제 사용명세서 및 청구외법인이 보낸 쟁점금액의 사용명세서에서도 쟁점금액이 공동설계 및 설계검증 시험비 등 공동연구개발비로 사용된 사실이 확인됨에도 불구하고 쟁점금액에 대하여 인력 및 연구개발비 세액공제를 부인하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점계약은 청구외법인과 공동으로 핵연료 개발을 위한 연구개발계약이 아니라 청 구외법인이 보유하고 있는 기술을 이전받는 계약으로 ○○○에게 기술도입계약 신고를 하였고, 쟁점계약에 따른 기반기술에 대한 소유권이 청구법인에게 주어지는 것이 아니라 사용권한(실시권)만 주어지고, 청구법인이 ○○○에 보고한 세부연구과제 사용명세서에도 ○○○에 지급한 쟁점금액을 국내외 훈련, 기술정보수집비, 기술도입비, 원자력분야 국제공동연구개발관련 분담금 등의 항목인 “기술정보활동비 ”로 분류하여 신고한 점 등으로 보아 쟁점금액은 기술이전사용료로 보아야 하므로 인력 및 연구개발비 세액공제를 부인하고 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 개량핵연료를 개발하면서 연구개발에 참여한 ○○○에 지급한 대가를 기술도입대가로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부
• 나. 관계법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제10조 【연구․인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외 한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 󰡒연구․인력개발비󰡓라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있

• 다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구․인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구․인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구․인력개발비의 연평균발생액의 계 산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제121조의 6 【기술도입대가에 대한 조세면제】

① 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통 령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해 계약의 내용에 따라 기술을 제공 하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초 로 그 대가를 지급하기로 한 날부터 5년 동안 이를 면제한다.

② 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 재정경제부장관에게 면제신청을 하여야 한다.

③ 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청기한 경과후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제9조 【연구․인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업”이라 함은 제130조 제2항의 규정에 해당하는 사업을 말한다.

② 법 제10조 제1항 본문에서 󰡒대통령령이 정하는 비용󰡓이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발 생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도 개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

④ (생 략)

⑤ 제3항의 산식을 적용함에 있어서 월수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 1월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1월 미만인 경우에는 이를 산입하지 아니한다.

⑥ 법 제10조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 연구및인력개발비발생에관한명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 【별표 6】연구․인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품부품원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구시험용시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술 개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국공립 연구기관 ㉰ 정부출연 연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 ㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원

② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용

• 다. ～ 하. (생 략)

2. 인력개발(생 략) (3) 조세특례제한법시행규칙(2003.3.24. 재정경제부령 제308호로 개정되기 전의 것) 제7조 【연구․인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 󰡒재정경제부령이 정하는 자󰡓라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

② ～ ⑪ (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 청구외법인과의 쟁점계약내용에 따른 쟁점금액을 청구외법인에게 지급한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점금액의 경우 ○○○에 사용되는 핵연료를 개발하여 상용화할 목적으로 청구외법인과 공동연구개발 및 시험핵연료집합체 제작에 소요되는 경비를 공동 분담하기로 하고 이에 따른 연구 및 인력개발비를 지급한 것임에도 불구하고 기술이전사용료로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하면서, 쟁점계약서, 쟁점계약서 내용에 대한 ○○○ 의견, 쟁점금액의 사용내역 및 사용명세서 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 청구법인과 청구외법인간에 체결된 쟁점계약서의 주요내용을 살펴보면, 청구법인이 청구외법인과 차세대 개량핵연료를 공동연구개발하면서 기술소유권, 실시권, 개발역무 분담, 기반기술정보사용(access), 개발결과물 및 개발부품의 제공 등을 고려하여 산정한 공동연구개발비 USD 9,095,526를 계약일로부터 약 3년에 걸쳐 분할 하여 지급하기로 되어 있고, 청구법인은 개량핵연료 개발프로그램 제조기술을 포함한 핵연료집합체설계와 개발 결과물에 대해 독점적소유권 내지 공동소유권을 가지는 것으로 되어 있으며, 연구개발 결과물에 대한 실시권은 청구법인은 ○○○에, 청구외법인은 ○○○ 내에서 가지는 것으로 되어 있고, 공동연구개발에 따른 개발역무 분담은 아래 표와 같이 개발역무 내용에 따라 청구법인과 청구외법인이 주업무 또는 보조업무를 맡는 것으로 되어 있다. 쟁점계약내용에 대한 ○○○의 의견서를 살펴보면, ○○○의 의견(2006년 3월)의 경우 청구법인은 ○○○의 원자력 연구개발 중장기계획사업에 의한 연구개발과제의 선정․평가업무를 정부로부터 위탁받아 수행하는 사업자로 쟁점계약은 국내에 핵연 료 개발에 따른 필수적인 기초기술이 부족하고, 노외 실증시험시설이 없어 기초기술 및 시설을 자체적으로 확보하는데 거액의 투자비가 소요될 뿐만 아니라 개발기간이 길어지는 것을 고려하여 청구외법인과 개량핵연료 개발업무를 공동으로 분담하여 개발하는 내용으로 연구결과의 우수성을 인정받아 2005년 대표적 우수 연구성과 50선에 선정된 것으로 되어 있으며, ○○○의 의견(2006.2.9)에서는 쟁점계약은 청 구법인과 청구외법인이 개량핵연료를 공동으로 개발하여 국내 및 ○○○에서 상용화할 목적으로 ○○○의 연구개발승인을 얻어 공동연구개발계약을 체결한 것으로 국내 에는 핵연료개량에 필요한 기반기술이 축적되지 않아 청구외법인의 기반기술을 도입 하여 공동으로 새로운 개량핵연료를 연구개발하는 내용으로 볼 수 있다고 되어 있다. 청구법인이 쟁점계약내용과 관련하여 ○○○에 보고한 세부연구과제 사용명세서를 보면, “기술정보활동비(2002년 이전에는 “국제협력연구비”)”항목으로 보고를 하면서 세부보고서의 ”사용목적“란에는 한국표준형원자료 공동개발에 따른 국제협력연구 비를 청구외법인에게 지급한 것으로 되어 있으며, 1999년부터 2004년까지 매년

○○

○에게 보고한 원자력연구개발과세 연차실적 및 계획서에는 청구외법인과 공동 개발에 따른 연구개발비 산출 및 지급내역 등이 보고되어 있다. 또한, 쟁점계약내용에 따라 2006.5.15. 청구외법인의 ○○○가 청구법인의 안○○○ 총무실장에게 보낸 쟁점금액의 사용내역서를 보면, 공동설계(설계도면과 시방서 작성, 시험용 공작기구 및 기계장치 설계 등)에 190만 달러, 원자재 구매(지르칼로이 4 튜브 및 스트립, 시험용 시료, 원전연료 집합체 등)에 90만 달러, 설계검증 시험(노외 실증시험, 지지격자 스프링과 딤플, 원전열료집합체 압력강하 시험, 연료봉 진동 시험, 원전연료집합체 장애 시험 등)에 300만 달러 등을 사용한 것으로 되어 있으며, 청구외법인이 청구법인에게 보낸 공동연구개발 작업일지인 주간 및 분기별 회의록 에는 매주 및 분기별 청구법인과 청구외법인의 연구개발 참여자들이 모여 연구개발 실적을 분석 및 토의하는 등 공동연구개발업무의 추진상황을 점검하여 문제점을 사전에 도출하여 개발업무가 원활하에 추진될 수 있도록 회의한 내용이 기록되어 있고, 2003.5.20. 작성한 개량형 차세대핵연료 최종설계 검토회의 보고서에는 핵연료 집합체의 모든 부품에 대한 설계기준과 설계검증 결과, 안전성 평과결과, 제조기술 개발결과 등이 기록되어 있으며, 공동개발 시험프로그램 및 시험보고서에는 연구개발 최종 검증용으로 수력적 시험보고 및 집합체 진동시험보고 내용이 기록되어 있다.

(3) 한편, 쟁점계약과 관련하여 청구법인이 신청한 기술도입계약 신고에 따른 ○○○의 수리{1999.9.7.(한국표준형 개량핵연료) 및 2001.11.7.(개량형 차세대핵연료)} 내용을 살펴보면, 쟁점계약이 ○○○에 의하여 1999.4.2. 원자력연구개발과제(한국표준형 개량핵연료) 및 2001.8.4. 원자력중장기계획사업 신규과제(개량형 차세대핵연료)로 선정됨에 따라 한국표준원전용 개량핵연료를 개발하기 위하여 해외협력사(청구외법인) 의 상용원자로에서 이미 검증된 개량핵연료의 설계개념을 참고로 하여 한국표준원전용 개량핵원료를 해외협력선과 공동으로 개발하기 위한 것으로 되어 있고, 이를 위하여 해외협력사의 개량핵연료 참조 설계자료를 제공받아 개량핵연료 부품 및 집합체를 해외협력사와 공동으로 설계하고, 시험용 개량핵연료 부품 및 집합체를 제작하여 노외실증시험을 공동으로 수행하여 기술 및 국제경쟁력을 확보하고 국내 시장개방에 대처하며, 해외시장진출을 적극 추진하기 위하여 차세대 핵연료를 개발하는 것으로 되어 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 핵연료의 개발 등과 같이 고도의 기 술을 연구개발하는 공동프로젝트의 경우 선진국의 기술을 기반으로 하여 연구개 발하는 것이 일반적인 연구개발의 관행으로, 이 건의 경우에도 쟁점계약내용에 기술도입의 성격이 일부 있었다고 하더라도 계약의 주내용이 청구외법인2의 기반기술을 바탕으로 하여 한국표준형 및 개량형 차세대핵연료를 공동으로 개발하는 것으로 되어 있을 뿐만 아니라 청구외법인 및 청구법인 연구원들이 공동으로 핵연료를 연구개발한 사실이 쟁점금액의 사용내역서, 주간 및 분기별 회의록, 시험보고서 등 에서 직․간접적으로 확인되고, ○○○도 쟁점계약의 주내용이 국내에 핵연료 개 발에 따른 필수적인 기초기술이 부족하고, 노외 실증시험시설이 없어 기초기술 및 시설을 자체적으로 확보하는데 거액의 투자비가 소요될 뿐만 아니라 개발기간이 길어지는 것을 고려하여 청구외법인과 개량핵연료 개발업무를 공동으로 분담하여 개발하는 내용이라고 의견을 제시하고 있으며, ○○○에 보고한 세부연구과제 사용 명세서 및 청구외법인이 제출한 쟁점금액의 사용내역서에도 쟁점금액을 원자로 개량 핵연료 공동개발비용으로 사용한 것으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점금액을 연구 및 인력개발비로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점금액을 기술이전사용료로 보아 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못되었다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.