창업중소기업 세액감면 적용 여부

심판청구번호 국심 2004전 495(2004. 4. 27) 유

청구법인은 2001.2.13 ○○○번지(이하 "쟁점사업장"이라 한다.)에서 제조업(선박건조 및 수리)을 영위하는 중소기업으로 설립되어, 2002사업연도(2002.1.1 ∼12.31) 법인세 신고시 조세특례제한법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 창업중소기업에 해당하는 것으로 하여 동 사업연도 중 당해사업에서 발생된 소득금액에 대한 산출세액의 50％인 223,346,193원을 감면받았다.

○○○지방국세청장이 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인이 창업중소기업에 해당하지 않는다고 보아 조세특례제한법 제6조 제1항 의 감면을 배제하는 한편, 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 과다감면세액 95,578,170원을 추가징수하도록 처분청에 통보함에 따라, 처분청은 2003.11.3 청구법인에게 2002사업연도분 법인세 97,922,570원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.1.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 2001.2.13 (주)○○○(이하 "청구외법인"이라 한다.)의 폐업당시 본점소재지인 쟁점사업장에 동종 법인을 설립하여 사업을 영위한 것으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 인정하지 아니하였으나, 청구법인의 사실상 본점소재지는 ○○○, 공장소재지는 ○○○ 및 ○○○으로, 2001.11.8 청구법인의 법인등기부상 본점 주소지를 쟁점사업장에서 공장 소재지로 이전하였으므로 조세특례제한법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 취소되어야 하며, 처분청이 부득이 청구법인의 주장을 받아들이지 못할 경우, 조세특례제한법상 청구외법인에 적용되던 창업중소기업에 대한 세액감면의 잔존기간(1년)을 청구법인에 승계시켜 동 세액감면을 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 법무사 정○○○의 착오에 의하여 쟁점사업장을 법인소재지로 설립등기하고 사업자등록을 신청하여 동 사업을 영위하였다고 주장하고 있으나, 법인의 설립등기는 각종 법률관계에서 권리와 의무의 주체가 되므로 이를 착오에 의하여 신청하였다는 주장은 받아들이기 어려우며, 종전사업자가 폐업한 장소에서 동종 법인을 설립하여 종전 사업자와 동종의 사업을 영위한 것은 창업중소기업에 대한 세액감면요건에 해당되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 종전 사업자가 폐업한 사업장에서 법인을 설립하여 종전사업자와 동종의 사업을 영위한다 하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】 ① 2003년 12월 31일 이전에 대통령령이 정하는 수도권외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업지원법 제5조 제2항 의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

3. 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

(2) 조세특례제한법제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업，도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업，엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업”이라 한다)，대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업”이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다.

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인: 100분의 30(도매업，소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 청구외법인의 일반현황을 보면 아래 표와 같다.○○○

(2) 청구법인 및 청구외법인의 주주현황을 보면 아래 표와 같다.○○○

(3) 청구법인은 법인설립 당시부터 본점은 ○○○번지에 소재하였으나, 법무사가 등기신청을 하는 과정에서 지적도를 오인하여 쟁점사업장을 청구법인의 소재지로 잘못 등기하였으며, 청구법인은 창업중소기업에 해당한다고 주장하면서, 법무사 정○○○의 사실확인서(2003.12.1), ○○○지방해양수산청 ○○○출장소장의 사실조회회신문(2003.9.19), ○○○(주)의 사실확인원(2003.10.14) 등을 제시하고 있다.

○○○지방해양수산청 ○○○출장소장의 사실조회 회신문(2003.9.19) 및 ○○○(주)의 사실확인원(2003.10.14)에 의하면 쟁점사업장은 ○○○지방해양수산청 ○○○출장소에서 관리하고 있는 국유재산으로 청구법인에 임대한 사실이 없음을 확인하고 있으나, 청구법인의 사업자등록신청서에는 청구법인이 쟁점사업장을 한라시멘트로부터 임차한 것으로 기재되어 있다.

(4) 위 사실을 종합하건대, 청구외법인의 업종이 선박건조 및 수리업으로 청구법인의 업종과 같고, 청구외법인이 폐업한 후 청구법인이 설립되었으며, 법인등기부 및 사업자등록신청서상의 법인소재지가 청구외법인의 소재지와 같으며, 청구외법인이나 청구법인의 주주가 다같이 이○○○의 친인척으로 구성되고, 청구외법인의 대표이사로 있던 이○○○이 나중에 청구법인의 대표이사로 취임한 사실 등에 비추어 볼 때, 청구법인은 청구외법인의 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위한 경우에 해당한다고 판단되므로 조세특례제한법 제6조 제4항 제3호 의 규정에 따라 창업에 해당하지 아니한다 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 조세특례제한법 제6조제1항 에서 규정하고 있는 창업중소기업에 대한 조세특례적용을 배제한 당초 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.