협회등록법인인 청구법인이 주식등변동상황명세서(갑)은 정상적으로 기재하였으나, 동 ㅇㅇㅇ은 보유주식지분율 3% 이상인 주주의 주식변동상황을 구체적으로 기재하지 않고 제출하였다 하여 쟁점가산세를 과세한 처분의 당부(취소)

[참조결정] 국심2004서1544 /

[주 문] OO세무서장이 2004.7.7 청구법인에게 한 2000사업연도 법인세(가산세) 5,800,000원의 부과처분은 이를 취소합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 1990.3.22 전자제품외 제조도매업으로 사업자등록신청을 하고 1997.11.10 협회중개시장에 등록된 법인으로서, 2000사업연도 법인세 신고시 주식등변동상황명세서(갑)에 소액주주가 아닌 주주의 주식등변동상황을 정상적으로 기재하였으나, 동 (O)OO에 주주 남OO(기초보유주식 580,000주에 4.38%지분으로, 액면금액 290백만원)의 양도가액 및 취득가액 등을 구체적으로 기재하지 아니하고 제출하였다. 처분청은 청구법인이 보유주식지분율 3% 이상인 위 주주의 주식변동상황을 동 (O)OO에 구체적으로 기재하지 않고 제출하였다 하여 액면금액의 100분의 2에 상당한 주식등변동상황명세서 제출불성실가산세를 적용하고, 2004.7.7 청구법인에게 2000사업연도 법인세 5,800,000원(이하 “쟁점가산세”라 한다)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.12 이의신청을 거쳐 2004.11.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 협회등록법인으로서 협회중개시장을 통하여 이루어지는 주식거래의 경우, 금융감독위원회 및 증권거래소 신고기준에 해당하지 아니하는 발행주식총수의 5%미만 보유주식의 주주에 대한 주식증감사항은 증권거래법에 의거 그 취득가액과 양도가액 등을 사업연도 내에 확인할 방법이 없음에 따라 주주명부폐쇄일 이후에 제공받은 자료에 의하여 기초 및 기말의 주주별 보유주식수만을 기재하여 주식등변동상황명세서(을)을 제출하였는데, 청구법인이 파악할 수도 없는 주식양수도거래의 취득가액 및 양도가액을 기재하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제119조 및 동법시행령 제161조에 의거 주권상장법인이나 협회등록법인의 소액주주가 보유한 주식을 제외하고는 사업연도 중에 주식 또는 출자지분의 변동사항이 있을 때에는 법정신고기한 내에 주식등변동상황명세서를 제출하여야 하고, 같은법시행령 제120조 제5항에 의거 제출된 주식등변동상황명세서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우에는 가산세를 징수하도록 되어 있는 바, 청구법인은 2000사업연도의 변동상황명세서 제출시 4.38%의 주식을 보유한 주주 남OO의 주식변동상황에 대하여 취득가액 및 양도가액 등을 누락하고 변동주식수만을 기재하여 제출하였으므로 필요적 기재사항의 누락으로 인한 가산세과세대상이며, 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 협회등록법인인 청구법인이 주식등변동상황명세서(갑)은 정상적으로 기재하였으나, 동 OO(O)은 보유주식지분율 3% 이상인 주주의 주식변동상황을 구체적으로 기재하지 않고 제출하였다 하여 쟁점가산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 법인세법 제76조【가산세】⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식등변동상황명세서(이하 이 조에서 변동상황명세서 라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출된 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출 누락제출 및 불분명하게 제출한 주식 등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 같은법시행령 제120조【가산세의 적용】⑤ 법 제76조 제6항에서 대통령령이 정하는 불분명한 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식등의 변동상황을 확인할 수 있는 경우를 제외한다.

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거 나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없 는 경우

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등 의 변동상황을 확인할 수 없는 경우 같은법 제119조【주식 등 변동상황명세서의 제출】① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식 등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식 등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 같은법시행령 제161조【주식 등 변동상황명세서의 제출】② 법 제119조 제2항에서 대통령령이 정하는 주식 등 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다.

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식

2. 협회등록법인의 소액주주의 주식

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 소액주주 라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하고 그 주식의 시가(재정경제부령이 정하는 시가를 말한다)의 합계액이 100억원 미만인 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액출자자”라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다.

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 다음 각호의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호, 사업자등록 번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동상황

4. 소득세법 제165조 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의 한 기준시가.(양도일 취득일 전후 1월간의 한국증권거 래소 최종시세가액의 평균액)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1990.3.22 설립되고 1997.11.10 협회중개시장에 등록된 법인이며, 주식등변동상황명세서(갑)·(을) 등에 의하면, 2000사업연도에 소액주주(21,143명)를 제외하고 기초 또는 기말의 보유주식지분율이 1% 이상인 주주 29명에 대한 사업연도내의 변동상항(주식수·출자좌수)을 동 OO(O)에 기재하고, 동 OO(O)에는 그 주주 중 양도상황이 있는 주주 16명에 대한 구체적 양도내용(양도가액 및 취득가액 등)을 기재하지 않고 제출한 사실에 대하여는 다툼이 없다(최대주주와 특수관계가 없는 일반 주주로서 기초의 보유주식지분율 3% 미만 포함).

(2) 법인세법시행령 제120조 제5항의 규정에 의하면 필요적 기재사항이 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 잘못 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우 에는 가산세를 부과하는 것으로 규정하고, 같은법시행령 제161조 제5항 제1호 내지 제3호에서 필요적 기재사항으로 그 제1호에 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호, 사업자등록번호 또는 고유번호를, 제2호에 주주 등별 주식 등의 보유현황을 그리고 제3호에 사업연도 중의 주식 등의 변동상황으로 규정하고 있는 바, 위 필요적 기재사항 중 제1호는 (갑)서식의 (33) 내지 (35)란에, 제2호는 기초의 경우 (36) 내지 (38)란 및 기말의 경우 (51) 내지 (53)란에, 제3호는 (39) 내지 (50)란에 의하여 확인되고 있음을 알 수 있다.

(3) 이 건의 경우 주식등변동상황명세서(갑)에 주주별 주식변동상황 등 필요적 기재사항이 확인되고 있어 법인세법시행령 제120조 제5항에 규정하는 필요적 기재사항이 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 잘못 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우 에 해당하지 아니하고, 동 OO(O)에 구체적으로 대주주의 양도내용 및 취득내용을 기재하도록 하는 것은 양도소득세 등의 과세자료로 용이하게 활용하기 위하여 제출토록 한 것으로서 처분청이 OO(O)에 의하여 대주주의 주식변동상황을 충분히 파악할 수 있으며, 과세자료로 활용하기 위하여 주식변동상황에 대한 추가적인 자료가 필요한 경우에는 청구법인에게 그 자료의 제출을 요구하여 보완할 수 있는 것임에도, 그와 같은 요구를 하지 아니한 채 쟁점가산세를 부과한 처분은 협력의무불이행에 대한 제재조치로서는 형평상 무리하다 할 것이다(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO O OO OOO)O

(4) 그렇다면, 청구법인이 총발행주식의 1％ 이상 소유주주의 주식변동내용을 주식등변동상황명세서(갑)서식에 기재하여 정상적으로 제출하고 동 (O)OO에 총발행주식의 3% 이상의 주주에 대한 양도내용 등을 기재하지 않고 제출한 데 대하여, 처분청이 주식등변동상황명세서 미제출가산세(쟁점가산세)를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.