신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 해당 여부

심판청구번호 국심2004서 4127(2005. 5. 16)

청구인은 1975.10.4.부터 소유하던 ○○○ 토지 10.94㎡와 같은 곳 ○○○ 토지 38.42㎡를 ○○○ 주택재개발조합에 제공하고 관리처분계획인가에 따라 조합원의 자격으로 취득한 ○○○(1/2지분, 이하 "쟁점주택"이라 한다)를 2004.4.27. 양도하고 조세특례제한법 제99조 의 3 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 아파트로 보아 2004.4.30. 처분청에 양도소득과세표준예정신고시 감면신청을 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 주택재개발조합원의 자격으로 취득하였고 신축주택취득기간(2001.5.23∼2003.6.30)이 경과한 2003.12.17. 사용승인되었다 하여 양도소득세 감면을 배제하고, 2004.8.10. 청구인에게 2004년도 귀속분 양도소득세 4,777,290원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.10.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택이 주택재개발사업에 의하여 신축되고 2003.12.17. 사용승인된 아파트라 하더라도 청구인은 쟁점주택을 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택이므로 신축주택취득기간 중에 주택조합 등과 직접매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 확인되므로 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 주택으로서 주택신축취득기간 이후에 사용검사를 받은 경우에는 양도소득세 감면이 배제되는 것이므로 당초 결정은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 주택재개발조합의 조합원으로서 쟁점주택을 취득하였으나 신축주택취득기간(2001.5.23∼2003.6.30)이 경과한 2003.12.17. 사용승인 되었다 하여 양도소득세를 과세한 처분의 정당여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 의 3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득 기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합 등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 2004.4.27. 양도하고 양도소득세 감면대상 주택으로 보아 양도소득세 감면신청을 하였으며, 처분청은 청구인이 도시환경정비법에 의한 주택재개발조합의 조합원으로서 사용승인일이 2003.12.17.인 쟁점주택을 취득하였다 하여 쟁점주택이 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세하였다.

(2) 이에 대하여 청구인은 쟁점주택을 신축주택취득기간(2001.5.23∼2003.6.30.) 중 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 확인되어 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 주택에 해당되므로 쟁점주택의 사용승인이 2003.12.17. 되었다 하더라도 쟁점주택에 대하여는 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 본다.

(3) 청구인이 2004.4.27. 양도한 쟁점주택은 청구인이 소유한 ○○○ 토지 10.94㎡와 같은 곳 ○○○번지 토지 38.42㎡를 ○○○ 주택재개발조합에 제공하고 관리처분계획인가에 따라 조합원의 자격으로 취득한 ○○○(1/2지분, 이하 "쟁점주택"이라 한다)인 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (4) 조세특례제한법 제99조 의 3에서 규정하고 있는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례는 같은 법 제1항 제1호에서 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)과 같은 법 제1항 제2호에서 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택의 경우에는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있다. 그러므로, 쟁점주택의 경우와 같이 조합원의 자격으로 취득한 주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호에서 규정하는 주택에 해당되므로 신축주택취득기간내에 사용승인을 받아야 양도소득세가 감면되는 것이다.

(5) 따라서, 조합원의 자격으로 취득하여 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호에 해당되는 쟁점주택을 같은 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 해당되는 주택으로 보아 신축주택취득기간이 경과한 이후에 사용승인이 되었더라도 양도소득세가 감면되어야 한다는 청구인의 주장은 세법의 규정을 잘못 해석한 것으로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.