개인기업의 사업을 포괄양수한 경우 창업벤처중소기업 세액감면을 적용할지 여부

심판청구번호 국심2004서 4098(2005. 4. 8) IGN=CENTER>이 유

• 가. 청구법인은 대표이사인 김○○○이 ○○○에서 '○○○'라는 상호로 1999.1.9. 사업자등록하고 홈네트워킹장비제조업을 영위하던 개인기업(이하 "○○○"라 한다)을 사업양수도 방법에 의하여 법인으로 전환하기 위하여 1999.12.22. 설립한 법인으로 1999.12.29. ○○○ 김○○○으로부터 사업을 양수하고 2000.4.29. ○○○으로부터 벤처기업으로 확인 받은 후 청구법인이 조세특례제한법(이하“조특법”이라 한다) 제6조 제2항 및 제3항에 의하여 법인세가 감면되는 제조업 등을 영위하는 창업벤처중소기업에 해당되는 것으로 보아 2000사업연도 법인세 298,973,368원 2002사업연도 법인세 88,975,809원을 감면하여 법인세를 산출하여 처분청에 2000사업연도 및 2002사업연도 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 ○○○로부터 사업을 양수하고 ○○○가 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 ○○○으로부터 벤처기업으로 확인을 받았으나 ○○○로부터 사업을 시작한 날부터 1년에 미달하여 사업을 양수하였다 하여 청구법인은 조특법 제6조 제2항에 규정하는 창업벤처중소기업에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2004.8.16. 청구법인에게 창업벤처중소기업 세액감면을 배제하고 2000사업연도 법인세 481,197,630원, 2002사업연도 법인세 69,806,960원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2004.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 김○○○이 1999.1.9. 홈네트워킹장비제조업으로 창업한 개인기업인 ○○○를 법인으로 전환하기 위하여 1999.12.22. 설립한 법인으로, 1999.12.29. ○○○로부터 사업을 양수하고 2000.4.25. ○○○으로부터 벤처기업으로 확인 받은 사실이 있으므로 청구법인은 조특법 제6조 제2항 및 제3항 "창업후 2년 이내에 벤처기업으로 확인 받은 제조업을 영위하는 중소기업"의 요건을 갖춘 것으로 보아야 한다.

(2) 또한, 김○○○은 ○○○에 대하여 1999.1.9. 사업자등록 신청하였으나 실제로는 1998.10.14.부터 사업(홈네트워킹장비제조)을 시작하였으므로 김○○○은 사업을 시작한 날부터 1년이 지난 개인기업을 청구법인에게 양도한 것으로 보아야 하며, 이에 대한 증빙으로는 1998.10.14. 김○○○이 ○○○와 초고속 인터넷장비 공급계약을 체결하였고 1998.12.16. 및 1998.12.22. 김○○○이 3개의 제품(○○○)을 개발하여 정부공인 시험기관에서 시험하고 1998.12.29. 전파연구소에서 형식승인 받은 사실과 주식회사 ○○○가 1998.12.28. 출원하여 2002.1.4. 특허를 취득한 'DSL방식의 랜모뎀을 이용한 고속가입자 데이터 전송시스템'의 개발과 관련하여 김○○○이 ○○○로부터 1998.12.5.부터 1999.3.13.까지 10회에 걸쳐 90,200천원을 수령한 사실이 있다 따라서, 사업을 시작한 날부터 1년이 경과한 사업을 양수한 경우에만 창업벤처중소기업으로 보아 세액을 감면한다는 처분청의 의견에 따르더라도, 청구법인이 창업벤처중소기업에 해당되지 아니하는 것으로 보아 법인세 감면을 배제한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조특법 제6조 제4항 제2호에서 “개인사업자가 법인전환하는 경우 창업으로 보지 않는다”고 규정하고 있으며 재정경제부에서도 개인사업을 1년이상 영위하던 사업자가 법인전환시에만 감면적용한다(재조예46019-200,2001.12.1 및 재조예-444,'04.6.29)는 내용의 업무지시를 한 사실이있는 바, 사업자등록증상의 사업개시일인 1999.1.9.부터 기산시 법인설립일인 1999.12.22.까지 개인사업영위기간이 1년 미만인 청구법인에 대한 감면배제는 정당하다.

(2) 임대인의 사실확인서만으로 1998.10.5.부터 사업장을 임차하여 실질적인 사업을 영위하였다 하나, 사회통념상 3개월 이상 임대차계약없이 사업장을 사용한다는 것은 인정하기 어려우며, 제품개발을 위한 자재매입 증거서류로 제출한 매입세금계산서의 공급받는 자, 제품실험결과로 제출한 확인서상의 제품소유주 및 형식승인취득 수수료와 면허세 납부영수증상의 납부자 모두 김○○○이 아닌‘○○○’이고, ○○○에 납품하고 제품판매대금 입금증빙으로 제시한 김○○○의 예금통장 입금내용이 법인전환전 사업과 관련된 납품대금으로 인정할 만한 현금출납부 등 구체적 증빙이 없어 1998.10.5.부터 사업을 시작하였다는 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다.

• 가. 쟁점

(1) 법인을 설립하여 창업 1년 미만 개인기업의 사업을 포괄양수하고 그 개인기업 창업일로부터 2년 이내 ○○○으로부터 벤처기업으로 승인받은 경우 창업벤처중소기업으로 보아 세액감면을 적용받을 수 있는지 여부

(2) 사업개시일을 사업자등록상의 개업일(1999.1.9)로 볼 것인지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2001.12.29.법률제6538호로 개정전) 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① (생략)

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. (2000. 12. 29 단서개정)

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업，연구 및 개발업, 방송업(방송법에 의한 종합유선방송사업 및 방송채널사용사업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업" 이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 “정보처리 및 컴퓨터운용관련업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다. (2000. 12. 29 신설) 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

① 제조업·광업·건설업 기타 대통령령이 정하는 사업(이하 이 조에서 “제조업등”이라 한다)을 영위하는 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 제조업등을 영위하는 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항 내지 제6항의 규정을 준용한다. (1998. 12. 28 개정)

(2) 조세특례제한법시행령(2000.12.29.대통령령 제17034호 개정전) 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다. (1999. 10. 30 개정)

1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제1호·제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업 (1998. 12. 31 개정)

2. 기술 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용 중 재정경제부령이 정하는 비용(이하 이 조에서 "연구개발비" 라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5 이상인 중소기업

⑤ 제4항 제2호의 규정은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의한 벤처기업 해당여부의 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발비가 동호의 규정에 의한 비율을 계속 유지하는 경우에 한하여 적용한다. (1999. 10. 30 개정) 제29조 【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】

② 법 제32조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1에 대하여 본다. (가) 청구법인은 대표이사 김○○○이 '○○○'라는 상호로 홈네트워크장비 제조업을 영위하던 개인기업을 법인으로 전환하기 위하여 1999.12.22. 설립한 법인으로 1999.12.29. 김○○○으로부터 ○○○에 대한 사업을 양수하여 2000.4.25. ○○○으로부터 벤처기업으로 확인 받고 청구법인이 조특법 제6조 제2항의 창업벤처기업에 해당되는 것으로 보아 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하여 2000사업연도 및 2002사업연도 법인세를 신고하였으며, 이에 대하여 처분청은 내국인이 합병 분할 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 종전기업이 1년 이상 영위하던 사업을 양도한 경우에만 창업벤처중소기업으로 보아 소득세 및 법인세를 감면하는 것이라 하여 청구법인에게 사업을 양도한 ○○○는 사업을 개시한 날부터 1년이 경과되지 아니하여 사업을 양도하였으므로 청구법인은 창업벤처중소기업 세액감면 대상에 해당되지 아니한다 하여 청구법인이 한 2000사업연도 및 2002사업연도 창업벤처중소기업 세액감면을 부인하였다. (나) 조특법 제6조의 규정을 보면 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제1호 제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업 등으로서 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 관할 관청으로부터 벤처기업으로 확인 받은 제조업 광업 부가통신업 연구 및 개발업 등을 영위하는 기업에 대하여는 그 확인을 받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 규정(제2항 및 제3항)되었으며, 창업벤처중소기업 세액감면을 적용함에 있어서 내국인이 합병 분할 현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니하는 것으로 규정(제4항)되어 있다. (다) “거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니하는 것”이라는 조특법 제6조 제4항의 규정은 일반적인 규정으로서, 동조 제1항 내지 제3항에 규정된 창업중소기업이외의 일반개인기업이 법인으로 전환하는 경우 창업중소기업 등으로 보지 않겠다는 규정으로서 당해 사례와 같이 창업벤처중소기업의 요건을 갖춘 개인기업이 법인으로 전환하는 경우까지 적용을 배제하는 것은 아니다. 이 경우 창업일은 법인설립일이 아니고 개인기업으로서의 개인기업으로의 사업자등록일이 되는 것이다. (라) 따라서 처분청은 청구법인이 ○○○가 사업을 시작한 날(1999.1.9.)부터 2년 이내인 2000.4.25. ○○○으로부터 벤처기업 확인을 받았는데도 청구법인이 김○○○으로부터 사업을 개시한 날부터 1년이 경과되지 아니한 ○○○의 사업을 양수하였다 하여 청구법인이 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한다 하여 청구법인에 대하여 창업벤처중소기업 세액감면을 배제한 당초 처분은 잘못된 것으로 보인다.

(2) 쟁점2에 대하여는 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.