경정청구 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 계열법인인 ◯◯◯◯금융주식회사(이하󰡒관련1법인󰡓이라 한다)가 1997.6.30. 실시한 유상증자(발행주식 200만주, 1주당 발행가액 5,000원)시 대주주인 양◯◯ 등이 실권한 주시 1,010,029주중 70만주(이하󰡒쟁점1주식󰡓이라 한다를 1주당 5,000원에 배정받아 인수하였고, 다른 계열법인인 ◯◯◯◯보험주시회사(이하󰡒관련2법인󰡓이라 한다)가 1999.12.2. 실시한 유상증자(발행주식 906,878주, 1주당 발행가액 5,000원)시 관련법인의 대주주인 ◯◯◯◯통신주식회사 등이 실권한 주식 906,878주 중 876,878주(이하 󰡒쟁점2주식󰡓이라 한다)를 1주당 5,000원에 배정받아 인수하였으며, 2003.4.4.～2004.3.31.사업연도에 쟁점1주식 2,065주, 쟁점2주식 876,878주를 각각 양도하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 특수관계자인 관련1법인 및 관련2법인의 유상증자지 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 시가보다 높은 금액으로 인수하였다 하여 부당행위계산부인규정을 적용하면서, 쟁점1주식에 대하여는 상속세 및 증여세법 제63조 의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액 3,094원과 인수가액 1주당 5,000원의 차액을 산출하여, 관련1법인의 유상증자시 실권주 중 청구법인이 취득한 주식수와 신주인수를 포기한 주식의 양◯◯ 지분율(70만주×1,010,029주/200만주)을 반영한 후, 산출된 673,790,060원을 부당행위 △유보)하였고, 쟁점2주식에 대하여는 상속세 및 증여세법 제63조 의 규정에 의하여 평가한 1주당 가액 321.75원과 인수가액 1주당 5,000원의 차액을 산출하여, 관련2법인의 유상증자시 실권주 중 청구법인이 취득한 주식수와 신주인수를 포기한 주식의 대신정보통신주식회사의 지분율(876,878주/906,878주)]을 반영한 후, 산출된 4,102,254,078원을 부당행위계산부인하여 청구법인의 1999.4.1～2000.3.31.사업연도 소득금액을 조정(익금산입 투자유가증권<고가인수> 4,102,254,078원 기타사외유출, 손금산입 투자유가증권 4,1012,254,078원 △유보)하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 양도한 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도 법인세 신고시 시가초과액 4,104,242,036원(쟁점1주식 1,987,958원, 쟁점2주식 4,102,254,078원)을 손금불산입(유보)으로 세무조정하여 신고하였다가, 2004.7.20. 처분청에 시가초과액을 양도에 대응하는 취득가액으로 하여 손금산입(기타)하는 경정청구(법인세 1,108,145천원 감액)를 하였으며, 처분청은 2004.10.1. 청구법인의 위 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2004.10.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 쟁점1주식과 쟁점2주식은 특수관계자로부터 직접 매입한 것이 아니라 관련법인의 증자에 있어 신주를 높은 가액으로 인수한 자본거래로서, 상기 자본거래와 관련한 부당행위계산부인에 대하여 시가초과액을 취득가액에서 제외하도록 하는 법인세법시행령 제72조 제3항 제3호 의 규정이 2002.12.30. 개정되어 2003.11.이후 취득한 분부터 적용하도록 하였으므로, 1997년에 취득한 쟁점1주식와 1999년에 취득한 쟁점2주식에 대하여는 취득가액을 부인할 수 없으므로 쟁점주식을 양도한 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도에 양도에 대응하는 취득원가로서 손금으로 산입하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인의 자본거래로 인하여 시가보다 높은 가액으로 자산을 취득하는 경우 부당행위계산부인한 금액에 대하여 법인세법 기본통칙과 대법원판례 및 국세심판결정례 등에 의하여 취득가액에서 제외하였다가, 1998.12.31. 법인세법시행령 제72조제3항제3호 를 신설하였고, 자본거래에 의한 신주의 고가인수에 대하여는 2002.12.30. 법인세법시행령 제72조제3항제3호 를 개정하여 일반자산과 같은 방법으로 취득가액에서 제외하도록 명문화하였는 바, 재정경제부가 발간한 1997년 간추린 개정세법에 의하면 1998.12.31. 신설된 법인세법 시행령 제72조제3항제3호 는 종전의 해석으로 취득가액에서 제외하던 것을 명확히 하기 위한 것이라고 해설하고 있는 점을 볼 때, 2002.12.30. 개정된 법인세법 시행령 제72조제3항제3호 의 개정규정은 창설적 규정이 아니라 종래의 기본통칙 및 판례등에 의거 관행적으로 운용하던 사항을 법령으로 명확히 확인한 규정으로 보아야 하므로, 부당행위계산부인한 쟁점주식에 대하여 시가초과액을 자산의 취득가액에서 제외한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 2002.12.30. 법인세법 시행령이 개정되기 전에 청구법인이 관련법인의 유상증자에 따른 실권주를 취득한 것에 대하여 시가를 초과하여 매입하였다 하여 부당행위계산부인하는 경우 그 부인금액(시가초과액)은 취득가액에서 제외되는 것이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】

• 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세‧등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

5. 제1호 내지 제4호외의 방범으로 취득한 자산: 취득당시의 시가

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

3. 제88조 제1항 제1호의 규정에 의한 시가초과액 (1998.12.31. 개정)

3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 (2002.12.31.개정) * 부칙제8조 【손익의 귀속사업연도 등에 관한 적용례】

③ 제72조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 취득하는 분부터 적용한다.

○ 법인세법 l시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

• 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전면 개정된 것

① 법 제52조 제1항에서 󰡒조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우󰡓라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

• 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가 증권거래법 제2조 제3항 의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점1주식과 관련하여 1997.6.30. 관련1법인의 유상증자시 양◯◯와 그 친족(양◯◯, 양◯◯)은 관련법인의 최대주주(50.5% 지분)로서 양◯◯등이 청구법인과 관련법인의 특수관계자에 해당되고, 쟁점2주식과 관련하여 1999.12.2. 관련2법인의 유상증자시 ◯◯◯◯통신주식회사 등이 관련법인의 최대주주로서 청구법인과 관련법인의 특수관계자에 해당되며, 청구법인 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 1주당 5,000원에 각각 취득하여 2003.4.1.～2004.3.31.사업연도에 양도한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 취득한 것이 법인세법 시행령 제88조제1항제8호 나목에 규정된 󰡒관련법인의 증자에 있어서 신주(쟁점주식)를 시가 보다 높은 가액으로 인수하여 다른 주주들에게 이익을 분여한 경우󰡓에 해당되고, 2002.12.31. 대통령령 15970호로 개정되기 전 법인세법 시행령 제72조제3항제3호 에서 취득가액에 제외되는 경우를 󰡒 법인세법시행령 제88조 제1항제1호 의 규정에 의한 시가초과액󰡓으로 규정하고 있으므로, 이 건 자본거래로 인하여 관련법인의 주식을 취득한 것은 1997년 및 1999년으로서 2002.12.31. 개정전의 관련규정에 의하면 취득가액 부인대상이 아니므로 동 시가초과액을 취득가액에 포함하여야 한다는 주장이다.

(3) 위 사실관계와 관련법령을 종합해 보면, 자산을 시가보다 초과하여 취득하는 경우 시가초과액을 부당행위계산부인하는 때에는 취득시점에서 취득가액에서 시가초과액을 차감하였다가 당해 자산을 처분하는 시점에서 과세하는 것이 부당행위계산부인의 논리라 할 것이다. 그렇다면, 청구법인이 1997.6.30. 및 1999.12.2. 실권주인 쟁점1주식 및 쟁점2주식을 1주당 5,000원에 각각 관련법인들로부터 유상증자받은 것은 법인세법시행령 제88조제1항제8호 나목에 규정된 신주의 고가인수를 통한 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우에 해당된다고 할 것이고, 2002.12.31. 법인세법시행령 제72조제3항제3호 를 개정한 것은 창설적 효력을 지닌 규정이 아니라 종래에 부당행위계산부인에 관한 기본적 논리를 법령으로 명확하게 확인한 규정으로 해석하는 것이 합리적이라고 보여지므로, 청구법인이 시가보다 높은 가액으로 취득한 쟁점1주식 및 점점2주식의 시가초과액은 손금불산입(취득가액에서 제외)대상이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.