조세심판원 심판청구 양도소득세

코스닥등록법인의 대주주의 범위에 규정되어 있지 않다는 주장의 당부

사건번호 국심-2004-서-4008 선고일 2005.01.20

부진정소급효의 입법으로 코스닥등록법인의 대주주의 범위에 포함됨

심판청구번호 국심2004서4008(2005.1.20) ONT SIZE=5>1. 처 분 개 요

○○○국세청장은 통신기기 제조업을 영위하는 ○○○(이하 "청구외법인"이라 한다)에 대한 ○○○조사를 실시하여 청구인이 1999.12.31. 현재 코스닥등록법인인 ○○○법인의 총발행주식 280천주 중 3.2%인 9천주를 소유하였고, 2000년 7월에 쟁점주식을 협회중개시장(코스닥시장)을 통하여 264,407,060원에 양도한 사실을 확인하고 소득세법시행령 제157조 제4항 및 같은 조 제5항 제2호 규정에 의한 대주주로서 양도소득세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 2003.12.29. 처분청에 그 과세자료를 통보하였다. 처분청은 위 과세자료를 근거로 청구인이 양도한 쟁점주식에 대해 2004.3.12. 청구인에게 2000년 귀속 양도소득세 38,541,900원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.5.21. 이의신청을 거쳐 2004.10.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인을 소득세법시행령 제157조 제5항 제2호 규정에 의한 주권상장법인외 법인의 대주주로 보아 쟁점주식 양도에 대해 양도소득세를 과세하였으나, 양도소득세 과세대상인 "주권상장법인외 법인"의 대주주는 위 조항에 규정만 되어 있을 뿐이지 그 범위가 법령 또는 규칙 어디에도 규정되어 있지 아니한 과세요건이 결여된 법조문으로 이를 근거로 한 과세는 당연무효이며, 소득세법 제94조 제3호 규정은 한국증권거래소에 상장된 주권상장법인의 대주주의 범위를 규정하고 있는 것이지 협회등록법인 대주주의 범위를 규정하고 있는 것은 아니다. 따라서 이 건의 경우 주권상장법인의 대주주에게 적용할 법령을 협회등록법인의 주주인 청구인에게 잘못 적용한 것으로서 부당한 처분이다.

(2) 양도소득의 범위를 정하고 있는 구 소득세법 제94조 제3호 의 규정은 법만 보아서는 양도소득의 범위를 전혀 예측할 수 없고 그 과세대상 범위를 포괄적으로 시행령에 위임하고 있기 때문에 행정부의 재량과 자의로 시행령을 만들고 이를 다시 개정함으로써 주식양도시 양도소득세가 과세되지 아니하던 지분율 3%에서 5% 사이에 있던 주식소유자들은 조세부담을 피할 길 없이 앉은 자리에서 날벼락을 맞게 되었는 바, 이는 국민생활의 법적안정성과 예측가능성을 현저히 저해시키고 있으므로 위 규정은 소급과세로서 헌법에 위배되는 무효의 과세처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인에 대한 양도소득세 부과처분의 근거법령이 헌법 및 법률에 위반되는지 여부에 대하여는 법 집행기관인 처분청에서 판단할 사항이 아니며, 청구인은 1999.12.31. 현재 ○○○법인인 ○○○법인의 총발행주식 280천주 중 3.2%인 9천주를 소유하였고 2000년 7월에 쟁점주식을 협회중개시장(코스닥시장)을 통하여 264,407,060원에 양도하였으므로 처분청이 구 소득세법 제94조 제3호 및 같은 법 시행령 제157조 제5항 제2호 규정에 의거 이 건 과세한 처분은 적법하다.

(2) 청구인은 양도소득의 범위를 정하고 있는 구 소득세법 제94조 제3호 의 규정이 국민생활의 법적안정성과 예측가능성을 현저히 저해시키고 있는 바, 헌법에 위반된 법률이므로 이에 근거한 과세처분은 무효임을 주장하나, 2003.4.24. 헌법재판소는 위 규정이 "부진정소급효의 입법"으로 소급과세금지에 위반되지 않아 위헌이 아니라고 결정한 바 있으므로 당초 과세처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 (1) 소득세법시행령 제157조 제5항 제2호 규정이 대주주의 범위가 규정되어 있지 아니한 당연무효의 규정인지 여부 및 처분청이 소득세법 제94조 제3호 규정(주권상장법인 주식 양도에 대한 규정)을 협회등록법인의 주주에게 적용한 것으로 보아 부당한 처분으로 볼 수 있는지 여부

(2) 1999.12.31. 개정된 법령[ 소득세법시행령 §157④(1)]이 소급과세로서 헌법에 위배되는지 여부

  • 나. 관련법령 (1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】→ 2000.12.29. 개정 전 규정 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. 3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 자산(이하 “기타 자산”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】→ 2000.12.29. 개정 후 규정

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

  • 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장" 이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
  • 나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 “협회등록법인”이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 “협회중개시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
  • 다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등 4. 이하생략 (3) 소득세법시행령 제157조 【토지등의 범위】→2000.12.29. 개정 전 규정

④ 법 제94조 제3호에서 "대통령령이 정하는 것" 이라 함은 증권거래법 제2조 제12항 의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식 등" 이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가 양도하는 주식 등을 말한다. 다만, 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해 법인의 주식 등의 시가총액이 100억원이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주

⑤ 법 제94조 제4호에서 “한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 등으로서 유가증권시장에 상장되지 아니한 것 중 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 주권상장법인외의 법인의 주식 등을 양도하는 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한다.

  • 가. 신규로 유가증권시장에 상장하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
  • 나. 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록을 하기 위하여 증권거래법 제2조 제4항 의 규정에 의한 매출의 방식에 의하여 양도하는 것
  • 다. 협회중개시장을 통하여 양도하는 것

2. 제1호 각목의 1에 해당하는 것으로서 주권상장법인외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식 등

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다.

2. 제1호외의 주식 등의 경우에는 제165조 제1항 제2호의 규정에 의한 평가액 (4) 소득세법시행령 제157조 【대주주의 범위】→2000.12.29.개정 후 규정

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령이 정하는 대주주”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함하며, 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타 주주" 라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3(종전 규정 100분의 5) 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타 주주를 포함한다.

2. 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 당해법인의 주식등의 시가총액이 100억원 이상인 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주

⑥ 제4항 제2호의 규정에 의한 시가총액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식 등의 경우에는 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액. 다만, 직전사업연도 종료일 현재의 최종시세가액이 없는 경우에는 직전거래일의 최종시세가액에 의한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 < 쟁점(1)에 대하여 본다 >

(1) 청구인이 1999.12.31. 현재 ○○○법인의 총주식 280천주 중 3.2%인 9천주를 소유하였고 2000년 7월에 쟁점주식을 협회중개시장(코스닥시장)을 통하여 264,407,060원에 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구인은 소득세법시행령 제157조 제5항 제2호 규정이 대주주 범위가 규정되어 있지 아니한 당연무효의 규정이며, 처분청이 소득세법 제94조 제3호 의 규정을 협회등록법인의 주주에게 적용하는 것은 부당하다고 주장한다. (가) 먼저, 소득세법시행령 제157조 제5항 제2호 규정을 대주주 범위가 규정되어 있지 아니한 당연무효의 규정으로 볼 수 있는지 여부를 살펴본다.

1. 같은 조 제4항의 규정은 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “대주주 등”이라 한다)가 양도하는 주식 등을 과세대상으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에서 주주 또는 출자자 1인 및 그와 국세기본법시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3 이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타 주주를 말한다고 규정하고 있다.

2. 또한 같은 조 제5항은 "법 제94조 제4호에서 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 협회중개시장을 통하여 양도하는 것으로서 주권상장법인외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식 등"을 규정하고 있다.

3. 따라서 "대주주 등"의 범위에 대하여는 같은 조 제4항 및 제5항 규정에 의한 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분 과 협회중개시장을 통하여 양도하는 것으로서 주권상장법인외의 법인의 대주주 등이 양도하는 주식 공히 모두 과세대상임을 규정하고 있는 바, 같은 조 제5항 제2호 규정이 대주주 범위가 규정되어 있지 아니한 당연무효의 규정임을 주장하는 청구인의 주장은 관련법령의 취지를 오해한 것으로 판단된다. (나) 또한 청구인은 소득세법 제94조 제3호 의 규정을 협회등록법인의 주주에게 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 우리 심판원에서 처분청 조사공무원의 진술 및 답변서 등에 의해 과세근거를 확인한 바에 의하면, 처분청이 쟁점주식을 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분"으로 보아 소득세법 제94조 제4호 및 같은 법 시행령 제157조 제5항 제2호 규정을 적용하여 과세한 사실이 확인되므로 당초처분은 적법한 것으로 판단된다. < 쟁점(2)에 대하여 본다 >

(1) 청구인은 구 소득세법 제94조 제3호 의 규정은 법만 보아서는 양도소득의 범위를 전혀 예측할 수 없고 그 과세대상 범위를 포괄적으로 시행령에 위임하고 있기 때문에 행정부의 재량과 자의로 시행령을 만들고 이를 다시 개정함으로써 주식 양도시 양도소득세가 과세되지 아니하던 지분율 3%에서 5% 사이에 있던 주식소유자들은 조세부담을 피할 길 없이 과세를 당하게 되었는 바, 이는 국민생활의 법적안정성과 예측가능성을 현저히 저해시키고 있으므로 구 소득세법 제94조 제3호 의 규정은 소급과세로서 헌법에 위배되는 무효의 과세처분임을 주장하고 있다. (가) 상장주식 또는 협회중개시장(KOSDAQ)등록 주식의 양도에 대한 양도소득세 과세제도는 1998.12.31. 세법 개정시 신설되어 1999.1.1. 이후 양도분부터 적용하는 것으로 상장주식을 이용한 변칙증여의 방지 및 다른 자산과의 과세형평을 기하기 위하여 대주주가 상장주식 등을 대량으로 양도하는 경우에도 양도소득세를 과세하기 위한 제도로서 양도소득세 과세요건(당해 법인 총발행주식의 5%이상 보유, 1%이상 양도)이 지나치게 높아 과세의 실효성이 떨어지는 문제점을 보완하고 그 과세요건을 명확히 하기 위하여 1999.12.31. 관련규정을 개정하면서 양도소득세 과세요건을 “당해 법인의 총발행주식의 3% 이상”으로 강화하였다. (나) 1999.12.31. 개정된 소득세법시행령에서는 상장주식 등의 양도에 대한 양도소득세 과세요건을 강화하면서 별도의 경과조치 등을 두고 있지 아니하므로 2000.1.1. 이후 상장주식을 양도한 이 건의 경우 1999.12.31. 개정된 소득세법시행령 제157조 규정에 의하여 양도소득세의 과세요건을 판단하는 것인 바, 처분청이 쟁점주식을 양도소득세 과세대상으로 보아 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 보인다. (다) 위 관련법령의 취지 등을 종합해 볼 때, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생 전에 종결된 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등의 적용을 제한하는 것은 아니라 할 것이므로 이 건의 경우와 같이 과거에는 과세대상이 되지 아니하던 것에 대하여 법규의 변경으로 부과처분이 이루어졌다고 하여 이를 신뢰보호의 원칙에 위배된다거나 소급과세 또는 재산권의 부당침해라고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 1999.12.31. 개정된 소득세법시행령 제157조 제4항 규정을 적용하는 것이 소급과세라는 청구인 주장은 관련법령의 법리를 오해한 주장이므로 위 개정된 법령에 의하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)