기 납부한 토지초과이득세에 대한 세액공제 여부

심판청구번호 국심2004서3979(2005. 5. 16.) 분개요

• 가. 청구인은 ○○○번지 대지 637.7㎡ 및 동소 ○○○번지 대지 623.7㎡ 합계 대지 1,261.4㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 2001.8.31 양도하고 기준시가에 의한 자산양도차익 예정신고를 하였으나, 당초 청구인이 기납부한 토지초과이득세 564,554,029원(이하 "쟁점토지초과이득세"라 한다)을 필요경비로 공제누락한 사실을 확인하여 2001.12.13 처분청에 경정청구 하여 2001년귀속 양도소득세 134,363,860원을 환급 받았다.
• 나. 청구인은 2003.8.2 처분청에 기 납부한 쟁점토지초과이득세를 필요경비가 아닌 기 납부세액으로 공제하여 줄 것을 재경정 청구하였으나 처분청은 2003.10.8 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 처분청의 위 거부통지는 청구인이 재외국민인 관계로 2003.10.18 수취인 불명으로 반송되었으며, 청구인은 2004.5.19 처분청을 방문하여 재경정 청구가 인정되지 아니한 사실을 알고 2004.5.26 이의신청을 거쳐 2004.10.22 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 토지초과이득세는 이미 헌법재판소에서 위헌판결로 폐지되었음에도 불구하고 부칙조항을 근거로 하여 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 계산시 쟁점토지의 토지초과이득세 결정일로부터 6년이 경과하였다는 사유로 기납부세액의 공제신청에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하면, 토지초과이득세가 부과된 토지를 세액 결정일로부터 6년 이내에 양도하는 경우 기부과된 토지초과이득세를 세액공제 할 수 있으며 6년을 경과한 후 양도하는 경우에는 필요경비로 공제할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다.

• 가. 쟁 점 토지초과이득세 결정 후 6년이 경과한 경우에도 기 납부한 토지초과이득세에 대하여 세액공제가 가능한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 1998.12.28 법률 제5586호로 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조 【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】 ① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 따라서 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년이내에 유휴토지 등을 양도하는 경우: 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴 토지 등을 양도하는 경우: 100분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조 의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다. (2) 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다. (3) 소득세법시행규칙 제84조 【예정신고납부세액공제】 ① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부하는 경우에 한한다.

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조 의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 자산양도차익 예정신고시 기 납부한 쟁점토지초과이득세에 대한 필요경비 공제를 누락한 사실을 확인하여 2001.12.13 처분청에 경정청구 하여 양도소득세 134,363,860원을 환급 받았으나, 청구인이 2003.8.2 다시 기 납부한 쟁점토지초과이득세를 필요경비가 아닌 기 납부세액으로 공제하여 줄 것을 재경정 청구하자 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다 하여 경정청구를 거부한 사실이 처분청의 답변서 및 처분청이 청구인에게 회신한 공문○○○ 등에 의하여 확인된다.

(2) 토지초과이득세가 위헌결정된 이후에 제정된 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조에서 “이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일(1992년)로부터 6년을 초과하여 쟁점토지를 양도(2001년)하였으므로 폐지법률 제26조 제4항의 규정에 의거 쟁점토지초과이득세를 필요경비로 공제함이 타당하다고 판단된다○○○. 따라서 처분청에서 이 건 양도소득세 결정시 청구인이 기납부한 쟁점토지초과이득세를 양도소득세의 필요경비에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.