창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부.

심판청구번호 국심2004서 3920(2005. 4. 30.)

○○○세무서장이 2004.8.9. 청구법인에게 한 법인세 2001사업연도분 75,490,520원, 2002사업연도분 220,331,680원, 2003사업연도분 188,486,840원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 1998.8.13. 소프트웨어제작판매업을 영위하는 법인으로 설립된 후 1999.8.30. 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업육성에관한특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인받아 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의하여 2001사업연도∼2003사업연도에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 창업중소기업세액감면을 적용하여 법인세를 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 종전의 개인기업을 법인전환한 법인이라 하여 세액감면대상이 되는 창업법인에 해당되지 아니하는 것으로 보아 창업중소기업세액감면을 배제하여 2004.8.9. 청구법인에게 법인세 2001사업연도분 75,490,520원, 2002사업연도분 220,331,680원, 2003사업연도분 188,486,840원을 결정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 청구법인의 대표이사 한○○○가 영위하던 사업(이하 "종전의 개인사업"이라 한다)을 사업양수도의 방법으로 승계하였는 바, 조세특례제한법 제6조 제4항 의 규정은 종전의 개인사업을 법인전환한 것은 새로이 창업된 것으로 보지 아니한다는 취지이나 이는 같은 법 제6조 제2항의 감면을 배제한다는 취지가 아니라 법인전환의 경우 종전의 개인사업의 설립을 창업으로 본다는 취지이므로 종전의 개인사업의 개업일인 1998.5.15.을 창업일로 보아 창업 후 2년 이내에 벤처기업육성에관한특별조치법 제25조 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 청구법인은 조세특례제한법 제6조 제2항 에 규정하는 창업벤처중소기업세액감면 적용대상이다.
• 나. 처분청 의견 종전의 개인사업을 사업양수도의 방법으로 승계하여 법인으로 전환한 법인은 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조 제2항 및 제4항에 규정하는 법인전환 요건에 따라 법인으로 전환하고 종전의 개인사업의 창업일로부터 2년 이내에 벤처기업으로 확인받는 경우에 한하여 창업벤처중소기업세액감면을 받을 수 있는 것인 바, 청구법인은 종전의 개인사업 창업일로부터 1년 이내에 법인으로 전환하여 위 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조의 제2항의 규정을 충족하지 못하였으므로 창업벤처중소기업세액감면 적용을 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1998.5.15. 사업을 개시한 종전의 개인사업을 1998.8.13. 새로이 법인을 설립하여 사업양수도의 방법으로 승계하여 법인전환한 경우, 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분의 당부.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다. (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동 법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로서 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동 종의 사업을 영위하는 경우

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립 하는 경우 (2) 조세특례제한법 제32조 【법인전환에 대한 양도소득세 의 이월과세】① 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

(3) 같은 법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업양수도방법"이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 대표자 한○○○는 1998.5.15. ○○○ 409에서 "○○○소프트"라는 상호로 소프트웨어 자문개발 및 판매 등의 업종을 영위하는 개인사업을 개시하였고, 위 한○○○외 4인이 1998.8.13. 자본금 5000만원으로 위 개인사업을 영위하는 장소와 동일한 장소에서 동일한 상호의 청구법인를 설립한 사실 및 청구법인이 1999.2.28.자로 종전의 개인사업을 포괄적으로 양수하여 소프트웨어 제작판매 및 컴퓨터통신사업을 계속 영위하여 온 사실에 대하는 다툼이 없으며, 1999.8.30. 청구법인이 ○○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 사실이 ○○○지방중소기업청장이 발행한 벤처기업확인서(○○○)에 의하여 확인된다.

(2) 처분청이 이 건 창업벤처중소기업세액감면을 배제한 이유를 살펴보면, 개인이 조세특례제한법 제6조 제3항 에 해당하는 업종을 창업하고 같은 법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조 제2항·제4항에 규정하는 법인전환요건에 따라 중소기업인 법인으로 전환하여 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 따라 개인사업의 창업일로부터 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 경우 같은 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 받을 수 있는 것이나(○○○), 위 조세특례제한법시행령 제29조 제2항 에서 "법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 법인을 설립하고 그 법인 설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것"으로 규정하고 있는 바, 청구법인은 종전의 개인사업 개시일로부터 1년 이내에 법인으로 전환하여 이를 충족하지 못한 것으로 판단하고 있는 것으로 보인다.

(3) 이러한 사실을 종합하여 보면, 처분청은 단지, 청구법인이 종전의 개인사업을 개시한 1998.5.15.로부터 1년 이내에 법인을 설립하여 종전의 개인사업을 양수한 사실을 들어 조세특례제한법시행령 제29조 제2항 에 규정하는 법인전환요건 "1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 법인 전환한 경우"에 해당되지 아니한다고 보아 창업중소기업세액감면규정 적용을 배제하였는 바, 이의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 조세특례제한법 제6조 제2항 의 감면규정을 적용함에 있어서 이 건과 같이 "개인기업이 법인으로 전환한 경우"를 달리 규정한 바가 없어 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조를 준용하여 법인전환 요건을 판단한 것으로 보이나, 동 규정은 법인전환시 사업용고정자산 양도에 따른 양도소득세를 이월과세함으로써 기업의 구조조정 시점의 세부담을 완화하여 원활한 구조조정을 지원하는 것을 목적으로 하는 규정으로서 1년 이내의 단기간내에 법인전환하는 경우에는 사업용 고정자산의 양도에 따른 양도차익이 발생할 여지가 별로 없고, 구조조정의 실익도 없다는 점을 고려하여 "1년 이상 사업을 영위하던 자가 법인 전환한 경우"로 규정하여 "1년 이내에 법인전환한 경우"를 양도소득세 이월과세 대상에서 제외한 것으로 보인다. (나) 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정은 창업중소기업에 대한 지원을 목적으로 하는 규정이며, 같은 법 제32조 및 시행령 제29조의 규정은 법인전환에 따른 양도소득세 부담을 완화하여 구조조정 지원을 목적으로 하는 규정이라는 점에서 그 입법목적이 달라 비록, 조세특례제한법 제6조 제2항 의 감면규정을 적용함에 있어서 같은 법 시행령 제29조에 규정하는 법인전환 요건을 준용한다 하더라도 당초 입법 취지를 훼손하지 아니하는 범위내에서 그 요건을 준용하는 것이 타당하다 할 것이므로 벤처기업의 창업을 지원하면서 "1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 법인전환하는 경우"는 세액감면을 허용하면서 "1년 이내에 법인전환하는 경우"에는 세액감면을 배제하여야 할 어떠한 합리적인 이유도 없는 것으로 판단된다. (다) 그렇다면, 청구법인이 종전의 개인기업을 법인전환한 것으로 보더라도 개인기업의 창업일로부터 2년 이내에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 규정에 의하여 서울지방중소기업청장으로부터 벤처기업으로 확인받은 사실 등을 감안할 때, 조세특례제한법 제6조 제2항 에 의하여 "창업중소기업에 대한 세액감면을 허용하는 것이 타당한 것으로 판단된다(○○○)

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.