매출액 중 반품・이중계산분・착오계산이 포함되어 있는지 여부

심판청구를 일부인용, 재조사한다.

• 가. 청구인과 청구외 ○○○은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 192 ○○○○○○○ 201-702호에서 ○○○○은행(의료업/○○은행, 이하 “○○사업장”이라 한다)이라는 상호로 인체조직을 기증받아 제조가공된 조직이식재를 전국의 병․의원에 공급하는 공동사업자로서 2001년 2기에 100,105,447원, 2002년 1기에 29,107,000원을 과세표준으로 부가가치세를 신고납부하였다.
• 나. ○○세무서장은 2002.12.24. 청구인 및 ○○○을 수입금액 누락 및 가공원가 계상 등 조세포탈혐의로 관할 검찰청에 고발하였고, 2003년 9월 ○○사업장의 2001년 1기~2002년 1기 과세기간에 대한 세무조사를 실시하여 매출누락 합계 382,890,142원(2001.1기 61,995,264원, 2001.2기 78,136,547원, 2002.1기 242,758,331원으로 이하 “쟁점매출누락액”이라 한다) 및 ○○○주식회사(이하 “○○○”이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 24매의 공급가액 합계 178,130,000원(2001년 1기 151,280,000원, 2001년 2기 26,850,000원으로 이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)을 가공매입으로 보아 청구인의 지분 1/2에 해당하는 금액을 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 2003.11.7. 청구인에게 종합소득세 2001년 귀속분 3,277,100원 및 2002년 귀속분 39,137,370원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2004.1.31. 이의신청을 거쳐 2004.10.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)처분청은 청구인의 장부기장 상태 및 금융계좌 입금내역 등에 대한 사실 확인조사를 하지 아니하고 구체적인 과세근거없이 ○○지방검찰청의 공소자료인 분배명세서에 근거하여 매출누락을 산정하였는 바, 조직이식재 판매는 시용조건부 방식으로 병의원에게 인도된 후 이를 검수 시험 사용하여 본 후 구입의사를 표시하는 시점에 재화의 공급가액이 확정되는 것이어서 반품된 금액 15,854,179원, 하나의 공급거래에 대하여 검찰분배명세서 복사과정에서 이중으로 복사되거나 이중으로 집계된 이중계산 및 착오계산분 54,026,908원, 무상으로 제공한 견본품 1,560,000원, 분배명세서상 분배 근거가 없이 착오계산된 40,986,607원 합계 112,427,694원은 실질적인 매출누락이 아니므로 이를 쟁점매출누락액에서 제외하여야 한다. (2)청구인의 매출재화인 조직이식재를 제조가공하는 과정에서 가공처리용역과 원재료의 냉장보관용역은 필수적으로 투입되어야만 하는 바, 청구인이 ○○○으로부터 Processing 가공용역(시신에서 조직을 채취하고 처리하는 작업)과 ○○○이 소유한 공기청정실 시설제공용역(조직이식재 원료의 제조과정에서 저장 및 보관시설 이용)을 제공받고 쟁점매입세금계산서 24매(2001.1기 151,280,000원, 2001.2기 26,850,000원으로 이하“쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받았으므로 쟁점매입세금계산서는 가공매입에 의한 것이 아니라 실제로 용역을 제공받고 교부받은 세금계산서이므로 청구인들의 매입세액으로 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)청구인은 매출방식이 시용조건부 판매방식이므로 제품의 분배명세서만을 근거한 매출누락 산정은 부당하며, 검찰에서 인정받지 못한 반품․이중계산․견본품․착오계산한 금액을 매출누락에서 차감하여 줄 것을 주장하나, 이중에서 일부(반품 3,508천원, 이중계산 2,380천원)만 인정될 뿐이며, 나머지 금액에 대해서는 ○○지방검찰청이 작성한 분배명세서 리스트는 근거있는 과세자료로서 착오계산분의 분배명세서 발행번호가 전체적인 발행번호 구조 등과 거의 일치한 점 등으로 보아 청구주장은 이유가 없다. (2)청구인은 조직이식재를 제조가공․보관하기 위하여는 ○○○으로부터 제조가공 및 보관용역을 제공받을 수밖에 없으므로 쟁점매입세금계산서는 정상적인 매입세금계산서라고 주장하나, 공소장․검찰수사기록에 의하면 ○○○은 ○○○이 설립운영한 법인으로서 ○○○○은행과 거의 동체인 사업체이며 직원 ○○○ 등을 통하여 가공 및 보관용역료를 ○○○에게 지급한 사실이 없음이 확인되었고, 2001년 2기분 매입세금계산서와 용역계약서상의 가공용역의 단가가 상이한 점, 공기청정실 사용료가 세금계산서상의 금액과 계약서상의 금액이 다른 점, 2002년중 분배명세서상 매출은 있으나 ○○○으로부터 제조가공용역을 제공받지 아니한 것으로 나타나는 점, 이의신청에 결과에 따라 ○○○에 대하여 재조사한 결과 ○○○은 의료 및 의학관련 총 책임자로, 청구인 ○○○은 시신해체 및 조직이식재 생산 실무자로 업무분담하였다고 진술함으로써 ○○○에 외주가공하였다는 청구주장과 달리 청구인들이 직접적으로 시신해체 및 조직이식재 생산에 참여한 점 등으로 보아 ○○○으로부터 용역을 제공받고 쟁점매입세금계산서를 수취하였다는 청구주장을 인정하기는 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 (1)처분청이 분배명세서에 의하여 매출누락으로 집계한 금액중 반품․이중계산분․견본품․착오계산이 포함되어 있으므로 이에 해당하는 금액은 매출누락에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부 (2)쟁점매입세금계산서가 실물거래없이 수취한 가공의 세금계산서인지의 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.

○ 소득세법 제80조 【결정과 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인과 ○○○은 인체조직에서 추출한 조직이식재를 처리 및 가공하는 용역을 ○○○에 의뢰하여 이에 따라 완성된 조직이식체를 전국병의원에 공급하는 사업자로서 ○○사업장과 ○○○의 사업자 등록사항은 다음과 같다. 청구인 사업장(○○사업장) (주)○○○ 개업일(폐업일) 2001.1.2.(2003.7.1) 2000.8.12.(2004.12.23) 사업장 주소

○○ ○○시 ○○구 ○○동 192

○○테크노파크 201-702 같은 곳 201-804 대표

○○○

○○○ 업태(종목) 의료(○○은행, 병리실험) 서비스(단백질합성기술개발업) (2)○○○은 골형성 단백질 추출 및 합성기술개발 및 뼈이식 대체물질 개발업 등을 영위하기 위하여 2000.8.9. 설립되었으며, 청구인들은 ○○○의 임원 및 주주로 등재된 사실이 없는 것으로 나타난다. (3)처분청의 전산자료에 의하면 ○○사업장과 ○○○ 쌍방은 쟁점매입세금계산서 24매(2001년 1기 세금계산서 20매 151,280천원, 2001년 2기 세금계산서 4매 26,850천원)에 대하여 상호 매입과 매출로 신고한 것으로 확인된다 (4)○○세무서장은 ○○사업장이 조직이식체를 각 병의원에 분배한 기록(분배명세서)를 근거로 ○○사업장의 기 신고금액 및 반품금액 등을 차감한 금액 382,890,142원(2001년 1기 61,995,264원, 2001년 2기 78,136,547원, 2002년 1기 242,758,331원)을 매출누락액으로 보았고, ○○○으로부터 수취한 쟁점매입세금계산서를 실물거래없는 가공의 세금계산서로 조사하여 청구인들을 조세범처벌법 위반으로 ○○지방검찰청장에게 고발하였으며, ○○지방검찰청장은 청구인 및 ○○○을 조세범처벌법 위반 등으로 기소하였다. (5)한편, ○○지방검찰청장이 조세범처벌법 위반 등으로 기소한 소송결과에 의하면, ○○지방법원 제2형사부(2005노547,2006.11.24.) 2심판결에서는 아래와 같은 사유로 청구인들에게 무죄를 선고하였고, 대법원에서는 사실심 심리대상이라 하여 상고(2006도9317, 2009.1.15.)를 기각하였음이 판결문으로 확인된다. (가)매출액 중 상당한 분량이 반품된 것으로 보이는 점 〔청구인은 2000년 1기~2002년 1기 중 52,729,085원 상당이 반품되었다고 주장하였는데 수사과정에 참여한 세무서기 ○○○은 2000년 1기~2002년 1기 중 36,450,363원 상당만 반품으로 인정하였는 바, ○○○은 실제로 반품이 되었는지 여부를 조사하지는 않았고 반품여부 인정의 기준이 명확하지도 않으며 ○○○이 반품으로 인정하지 않은 부분에 대해 실제로 반품된 사실을 인정할 수 있는 자료(수사기록, 검토명세서상에도 반품이 있는 것으로 볼 여지가 있음)가 많다〕, ○○사업장에서 종합병원에 이식재를 판매하는 경우에는 우선 병원에 물건을 인도하되 병원측에서 직접 이를 구입하는 방식이 아니라 환자가 이식재 구입을 원하는 경우에 환자 개인이 이를 확정적으로 구입하는 방식(시용품 판매방식)을 취하였던 것으로 보이고 이 경우 비록 물건이 반출되었다 하더라도 환자가 구입을 결정하지 않아 매출이 확정되지 않은 수량이 상당액에 이르는 것으로 보이는 점 등에 비춰보면 청구인이 세무신고를 할 때 매출을 누락하였다는 사실을 인정하기 어려우며, 총 매출액 중 일부 금액을 줄여서 신고하였다는 것 외에 다른 어떠한 적극적인 행위를 하였다는 내용이 포함되어 있지 않고 사건기록을 보아도 청구인이 달리 부정한 적극적인 행위를 하였다는 자료를 찾아볼 수 없는 점 등에 비춰보면 일부 매출을 누락하여 신고한 사실이 인정된다하더라도 그것만으로는 피고인들이 사기 기타 인정하기에는 부족하다. (나)○○○ 발행의 세금계산서 24장이 실제 거래없이 이루어진 허위의 세금계산서인지 여부에 관하여 보건대, 검찰은 ○○○이 ○○사업장 및 ○○○을 실질적으로 운영한 것으로 보아 ○○○이 ○○○에게 지시하여 ○○○ 명의의 허위 매출세금계산서를 작성하도록 하였다고 주장하나, ○○○이 ○○○의 설립 및 운영과정에 일정부분 역할을 한 것은 인정되지만 그렇다고 ○○○을 실질적으로 운영하였다고 볼 근거가 없는 점(○○○은 ○○○과 친분관계가 있는 ○○○ 등 4인이 각 1억원 이상의 자금으로 설립하였을 뿐 ○○○은 전혀 투자하지 않았고 이사 등 회사의 운영에 관여할 지위에 있지도 않았으며, ○○사업장이 2002년 8월 경 ○○○을 배제하고 주식회사 ○○○○○과 판매대리점 계약을 체결하자 ○○○의 대표이사 ○○○은 검찰에 ○○○이 허위의 매출세금계산서를 발행하게 하였다는 진정서를 제출하고 청구인들에게 컴퓨터․실험기구 등 집기의 반환을 요청하는 내용증명을 발송도 하였는 바 이런 사정으로 보아 ○○○이 ○○○을 실질적으로 운영하였다고 보기 어렵다), ○○사업장은 ○○○의 작업장․설비․인력 등을 이용하여 인체조직을 가공처리하기로 하고 그 비용(임대표,사용료,시약대금 등을 포괄하여 processing fee로 지칭)을 ○○○에 지급하기로 하였던 것으로 보이고, 실제로 청구인 ○○○이 ○○○에 적지않은 돈을 송금한 점, ○○○은 공소사실에서 허위라고 적시된 매출세금계산서를 근거로 결산보고서 등 세무관련자료를 작성하였을 뿐 아니라 실제로 그와 같은 매출액을 세무서에 신고하여 부가가치세를 납부한 것으로 보이는 점에 비춰보면 ○○○ 명의의 매출세금계산서가 허위의 세금계산서라고 단정하기 어렵다. (6)한편, 청구인은 ○○세무서장의 조사시 반품분․이중착오계산 등 오류계산을 하였을 뿐 아니라 ○○사업장에 대한 조사시 ○○사업장이 2002년 1기 확정신고시 포함시킨 예정신고누락분도 오류계산하였다며 아래와 같은 금액을 매출누락에서 차감하여야 한다고 주장한다. 과세기간 구분

○○사업장

○○사업장 2001.1기 반품 5,728,000원 이중,착오계산 7,824,545원 견본품 1,200,000원 분배명세서 없는분 574,545원 〔소계〕 15,327,090원 2001.2기 반품 4,200,270원 이중,착오계산 1,786,363원 견본품 360,000원 분배명세서 없는분 5,280,000원 〔소계〕 11,626,633원 2002.1기 반품 5,925,909원 이중,착오계산 -이중 2,618,000원 -종로,예정누락확정신고분 41,798,000원 소계:44,416,000원 견본품

• 분배명세서 없는분 35,132,062원 〔소계〕 85,473,971원 2001.2기- 2002.1기 반품 4,200,270원 5,925,909원 이중,착오계산 1,786,363원 44,416,000원 견본품 360,000원

• 분배명세서 없는분 5,280,000원 35,132,062원 〔소계〕 11,626,633원 85,473,971원 (7)위 내용들을 종합하여 살펴보건대, 쟁점매출누락액에 대해서는 처분청도 일부의 금액이나마 매출누락에서 차감하여야 함을 인정하고 있을 뿐 아니라 법원의 판결에서도 쟁점매출누락액 전부를 누락하였다고 볼 수 없는 다수의 증거자료가 있음을 판시하고 있으므로 실제로 매출누락한 금액을 재조사하여야 할 필요성이 있으므로 실제로 매출누락한 금액을 재조사하여야 할 필요성이 있다고 판단되며, 쟁점가공매입세금계산서에 대해서도 법원은 가공의 세금계산서로 볼 수 없는 것으로 판시하였고 거래세인 부가가치세에 대해 상호간 매입세액 및 매출세액으로 신고납부한 이 건에 대해 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 보기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.