특별부가세 감면 배제의 적부

심판청구번호 국심2004서3847(2005.02.18)

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 상업용 인쇄 및 합성수지 제조업을 영위하는 법인으로서 1998사업연도(1998.7.1.∼1999.6.30) 법인세 신고시 ○○○ 소재 공장(이하 "쟁점공장"이라 한다)의 양도차익에 대한 특별부가세 27,420,640원에 대하여 조세특례제한법 제37조 (법인의 재무구조 개선지원 등을 위한 감면) 규정에 의거 감면신청하였다. 처분청은 청구법인이 재무구조 개선지원 등을 위한 특별부가세 감면신청시 조세특례제한법 제145조 규정에 의하여 감면세액 상당액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 함에도 이를 적립하지 아니한 사실을 확인하고 감면세액 추징사유에 해당하는 것으로 보아 청구법인이 당초 감면받은 세액 27,420,640원에 미납부가산세 24,651,150원을 추가하여 2004.9.1. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 52,071,790원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.10.11. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 구 조세감면규제법 제123조 제5항에서 기업합리화적립금은 이월결손금의 보전이나 자본에의 전입을 제외하고는 계속 적립하여야 한다고 규정하였는 바, 그 이유는 기업합리화적립금의 적립 목적이 조세감면세액을 회사의 잉여금으로 계속 보유하여 재무구조의 건전화에 기여하기 위한 것이며, 청구법인은 비록 기업합리화적립금을 적립하지는 아니 하였으나, 이익잉여금 전액을 유보하고 있을 뿐만 아니라, 다음 사업연도의 정기주주총회(2000.9.30)에서 재무구조의 건전화를 위하여 임의로 기업발전적립금 1,170백만원을 적립하는 등 외부로 유출된 잉여금은 없었으므로 위 감면규정의 입법취지에 반하는 것으로 볼 수는 없다할 것인 바, 중소기업의 세법지식이 미숙함을 감안하여 2000.12.19.자로 개정된 조세특례제한법 제145조 제1항 규정에서 적립금의 적립의무를 배제한 점 등을 감안하여 이 건 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 재무구조개선지원 등을 위한 특별부가세 감면신청시 조세특례제한법 제145조 규정에 의거 감면세액 상당액에 대하여 기업합리화적립금을 적립하여야 함에도 감면세액 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였으며 익 사업연도에 적립한 기업발전적립금은 임의적립금으로서 법정적립금과 그 성격이 다르므로 동 적립금을 적립하였음을 이유로 기업합리화적립금(법정적립금)을 적립할 의무가 배제되는 것으로 볼 수 없다. 따라서 처분청이 감면규정의 적용을 배제하고 이 건 과세한 처분은 적법하며, 2001.12.29. 개정된 조세특례제한법 제145조 규정에 의한 기업합리화 적립금 적립의무 면제규정은 2001.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용되는 바, 1998사업연도 귀속인 이 건의 경우는 적용되지 아니하므로 법인세 신고시 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 청구법인에 대하여 처분청이 감면규정의 적용을 배제하고 이 건 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 금융기관으로부터 승인된 재무구조개선계획에 따라 공장을 양도하고 특별부가세 감면신청을 하였으나, 구 조세감면규제법 제123조 규정에 의한 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에 대하여 특별부가세 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2000.12.29. 개정된 것) 제145조 【기업합리화적립금의 적립】 (2002.12.11. 폐지)

① 제5조 내지 제7조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조，제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

④ 제1항·제2항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다.

(2) 조세특례제한법(2000.12.29 법률제6297호) 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 제2조 【일반적 적용례】

① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

(3) 조세특례제한법제43조 【소기업 등에 대한 감면세액의 사후관리에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조 제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보아 제145조 제5항의 개정규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 기업합리화적립금의 적립 목적은 조세감면세액을 회사의 잉여금으로 계속 보유하여 재무구조의 건전화에 기여하기 위한 것이며, 청구법인은 비록 기업합리화적립금을 적립하지는 아니 하였으나, 다음 사업연도의 정기주주총회에서 재무구조의 건전화를 위하여 임의로 기업발전적립금을 적립하는 등 외부로 유출된 잉여금은 없었으므로 2000.12.19.자로 개정된 조세특례제한법 제145조 제1항 규정에서 적립금의 적립의무를 배제한 점 등을 감안하여 이 건 과세처분은 부당하다고 주장한다.

(2) 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 부칙 제1조【시행일】에서 "이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다"고 규정하고 있고, 제2조 【일반적 적용례】에서 "이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다"고 규정하고 있으며, 이 경우 최초로 개시하는 "과세연도분"이라 함은 2001.1.1.부터 개시하는 사업연도의 것을 말하는 것이므로(조세특례제한법 제2조 제1항 제2호 참조) 2000.12.31. 종료하는 사업연도분까지는 2000.12.29.자 개정전의 종전규정을 적용하여야 할 것이다.(국심 2004서28, 2004.4.27. 같은 뜻임)

(3) 따라서 청구법인이 1999.6.30. 종료하는 사업연도분에 대한 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없는 이 건의 경우 감면세액상당액을 종전의 같은 법 제145조의 규정에 의하여 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 그렇지 아니한 경우에는 같은 법 제146조 제1호의 규정에 의하여 감면세액상당액을 추징하는 것이므로 처분청이 위 감면규정의 적용을 배제하고 미납부가산세를 추가하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다