수정신고 가능 여부

심판청구번호 국심2004서 3290(2005.3.10). 처분개요 청구인은 ○○○번지 394㎡외 12필지 합계 15,868㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1979.7.28.과 1983.7.7.에 각각 취득하여 2003.6.27. 양도하고 2004.5.30. 기준시가로 하여 2003년 귀속 양도소득세 확정신고 및 양도소득세 감면신청서를 제출한 후, 2004.6.30. 양도차익 신고방법을 변경('기준시가'를 '실지거래 가액'으로)하는 수정신고를 한 것에 대하여, 처분청은 신고 방법의 변경은 수정신고 대상이 되지 않는다고 판단하여 당초 신고내용에 따라 2004.7.21. 2003년 귀속 농어촌특별세 239,989,600원을 과세하고 2004.8.4. 청구인의 수정신고를 거부처분 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.9.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세기본법 제45조 에 의해 과세표준 신고기한 내에 적법한 신고를 한 납세자가 당해 과세표준과 세액을 결정받기 이전에 수정신고 할 수 있고, 현행 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준 시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있음에도 납세자가 과세표준 확정신고시 기준시가로 신고 하였다는 이유만으로 실지거래가액으로 한 청구인의 수정신고를 거부하고 기준시가로 과세하는 것은 과세형평상 타당하지 아니하므로 청구인의 수정신고에 대한 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 국세기본법 제45조 의 근거하여 과세표준 신고기한 내에 적법한 신고를 한 납세자가 당해 과세표준과 세액을 결정받기 이전에 수정신고 할 수 있으며, 납세자에게 유리한 실지거래가액으로 계산을 변경한 것은 양도차액의 계산방법을 선택할 수 있도록 한 취지에 적합하므로 타당하다고 주장 하고 있으나, 실지거래가액으로 신고 할 경우는 증빙서류와 함께 확정신고 기한까지 신고한 경우에만 인정되는 것인 바, 청구인은 2004년 5월 확정신고시 기준시가로 신고하면서 실지거래가액에 의한 증빙을 제출하지 않았으므로 기준시가에 의한 양도차익 계산이 원칙일 뿐만 아니라, 양도차익 계산방법의 변경은 수정신고 대상이 되지 않는다는 ○○○예규○○○에 의해서도 확인되므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지 양도차액을 기준시가로 확정신고를 하였다가 실지거래가액으로 신고방법을 변경하여 한 수정신고를 인정 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의 하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세 법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통 령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

1. 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하 는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득 할 수 있는 권리인 경우

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우 (1999. 12. 28 개정)

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방 법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령 이 정하는 기준에 해당하는 경우

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서 류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까 지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (3) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 납세지 관할세무서장은 제5항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 그 보정을 요구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 2003.6.27. 양도하고 2004.5.30. 2003년 귀속 양도소득세 확정신고시, 양도차익을 기준시가로 신고하면서 조세 특례제한법시행령 제78조 제5항 의 규정에 의하여 양도소득세 감면신고서를 제출하였고, 2004.6.30.에는 양도차익 신고방법을 변경('기준시가'를 '실지거래가액'으로)하는 수정신고를 한 것에 대하여, 처분청은 신고방법의 변경은 수정신고 대상이 되지 않는다고 하여 당초 신고내용에 의해 과세하고 2004.8.4. 이 건 처분을 하였음이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 청구인은 국세기본법 제45조 에 의해 과세표준 신고기한 내에 적법한 신고를 한 납세자가 당해 과세표준과 세액을 결정받기 이전에 수정신고 할 수 있고, 현행 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있음에도 청구인이 과세표준 확정신고시 기준시가로 신고 하였다는 이유만으로 수정신고를 거부처분 한 것은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (3) 소득세법 제96조 제1항 6호 에 의하면, 양도가액은 기준시가에 의하되, 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지 거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고 기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우는 실지거래가액으로 한다고 규정하고 있다.

(4) 위와 같은 사정아래서, 청구인과 같이 양도차익을 기준시가로 신고하여 결정한 후, 실지거래가액에 의하여 양도차익을 결정하여야 한다는 수정신고를 적법한 것으로 받아 들인다면, 소득세법상 예외적으로 양도소득세를 실지거래가액으로 결정할 수 있도록 규정한 법령(소득세법 제96조 제1항)이 사문화 되는 문제점이 있을 뿐만 아니라, 양도차익 결정이 상당기간 확정되지 아니하여 법적 안정성을 저해할 것으로 판단된다○○○.

(6) 따라서, 처분청이 청구인의 수정신고에 관하여 적법한 수정신고로 볼 수 없다하여 이를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.