조세심판원 심판청구 부가가치세

면세대상인 학술연구용역 해당 여부

사건번호 국심-2004-서-3131 선고일 2005.04.14

한국의 환경정책변화에 따른 개별기업의 환경투자 및 전략을 연구하여 필리핀에 이를 전파하는 방법론을 연구한 점에서 면세대상인 학술연구용역으로 보아야 함

심판청구번호 국심2004서 3131(2005. 4. 14.) �1,779,540원, 2001년 1기분 1,696,810원, 2001년 2기분 32,074,520원, 2002년 1기분 17,224,210원, 2002년 2기분 2,811,810원의 부과처분은 이를 취소합니다.

1. 처분개요

청구법인은 ① ○○○기술연구원에 “국내 환경관리 회계방법론 및 산업계 적용 확산사업연구”용역(이하 “쟁점①용역”이라 한다), ② ㅇㅇㅇㅇ재단에 “대규모 기계설비의 효율적 운영을 위한 지식관리시스템 개발에 대한 연구”용역(이하 “쟁점②용역”이라 한다), ③ 환경부에 “폐기물 분야를 중심으로 한 한국기업의 환경관리정책분석 및 대 필리핀 환경경영 전파방법론 개발에 대한 연구”용역(이하 “쟁점③용역”이라 하며, 전체를 “쟁점용역”이라 한다)을 각 제공하고 아래〈표〉와 같이 이를 면세용역으로 보아 계산서를 발행하였다.

○○○ 처분청은 쟁점용역의 공급을 부가가치세 과세대상 용역의 공급으로 보아 2004.6.3. 청구법인에게 부가가치세 2000년 2기분 1,779,540원, 2001년 1기분 1,696,810원, 2001년 2기분 32,074,520원, 2002년 1기분 17,224,210원, 2002년 2기분 2,811,810원 합계 55,586,890원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점용역이 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행한 연구용역이 아니므로 면세인 학술연구용역이 아니라고 하였으나, 대부분의 국내 신제품의 개발이나 제품의 성능, 질, 용도를 개선시키는 연구는 외국의 선진기술과 이론을 응용하거나 연구하여 국내의 제품이나 환경에 맞도록 개선시키는 것이다. 쟁점용역을 각 용역별로 보면, 쟁점①용역은 국책사업으로 선진국에서 시행하고 있으나 국내에서는 시행하고 있지 않은 환경관리회계를 도입하기 위한 학술연구이며, 쟁점②용역은 대규모 설비를 운전하는 공장에서 체계적으로 관리되어야 하는 숙련된 전문가의 지식과 기계설비에 대한 운영 매뉴얼 및 수학적 모형과 같은 이론·지식을 통합 관리하는 지식관리시스템을 국내기업이 공유할 수 있는 프로그램을 개발하는 학술연구이고, 쟁점③용역은 한국의 환경정책 변화과정을 연구하여 필리핀 환경정책에 반영할 수 있는 학술연구용역으로 모두 부가가치세가 면세대상인 학술연구용역이다.

(2) 쟁점용역이 부가가치세 면세대상 학술연구용역이 아니라면, 쟁점①용역과 쟁점②용역은 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업출연금인 국고보조금을 받아 연구를 한 것이므로 동 국고보조금은 과세표준에서 제외하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점용역을 각 용역별로 보면, 쟁점①용역은 미국 등 선진기업의 환경관리회계 사례를 분석하고 국내 적용 가능한 환경관리회계 지침 및 방법론을 작성한 후, 주요 대표업종의 기업을 선정하여 환경회계 정보를 활용하는 단계로 나누어 시범사업을 추진하도록 하여 정책적 대안을 제시하는 연구용역이며, 쟁점②용역은 기존의 국내외 지식관리 관련 자료 및 사례를 검토하고, 대규모 기계설비를 운영하고 있는 특정 기업의 지식경영 사례를 중심으로 지식관리 시스템을 어떻게 개발하여 운영하고 있는지를 살핀 후 구체적인 컴퓨터 프로그램을 통한 시스템을 개발하는 연구용역이고, 쟁점③용역은 한국의 환경정책 변화 과정 등을 연구하고 필리핀의 환경정책 등에 대한 조사를 실시하여 필리핀과의 환경협력을 활성화하는 연구용역인 바, 이들 연구용역은 새로운 기술, 학술을 개발하기 위하여 새로운 이론 등을 연구하는 것이 아니므로 부가가치세가 면세 대상인 학술연구용역이 아니다.

(2) 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금은 재화 또는 용역을 공급하고 공급받는 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 공공단체로부터 보전받는 보조금을 말하는 것인 바, 이건 쟁점용역의 대가는 용역을 공급받는 자가 국고보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급한 것이므로 이는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

(1) 쟁점용역이 부가가치세 면세 대상인 학술연구용역인지 여부 (2)쟁점용역이 부가가치세 면세 대상이 아니라고 할 경우, 쟁점①용역과 쟁점②용역의 대가로 받은 대금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하는지 여부

  • 나. 관련법령 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

13. 저술가·작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 동법시행령 제35조 【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 학술연구용역·기술연구용역과 잔자계산조직을 이용한 시스템분석을 통하여 공급하는 프로그램 개발용역(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) (라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 동법령 부칙(2000.12.29. 대통령령 제17041호) 제4조【주사업장총괄납부 등에 관한 적용례】⑧ 제35조 제2호 (라)의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 용역의 제공이 개시되는 분부터 적용한다. 동법시행규칙 제11조의 3 【인적용역의 범위】③ 영 제35조 제2호 라목에서 “재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. 부가가치세법 제13조 조 【과세표준】② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 쟁점용역이 부가가치세 면세대상인 학술연구용역에 해당하는지 여부에 대하여 각 용역별로 살펴본다. (가) 쟁점①용역은 2001.10.29. 산업자원부의 산하기관인 ○○○기술원과 체결한 청정생산기술사업 세부사업 협약서에 의하면, 정부출연금 270,000천원을 사업비로 하여 2001.10월부터 2004.9월까지 연구용역을 제공하기로 협약하였음이 확인된다. 청구법인은 위 협약에 의하여 2002.8월에 1차년도 보고서, 2003.9월에 2차년도 보고서를 제출하였는 바, 동 2차년도 연구보고서를 중심으로 연구내용을 보면,

1. 연구배경에서 선진국의 환경회계 사례 및 방법론을 분석하고, 시범사업을 통해 시사점을 도출하여 국내 기업에 환경회계를 도입·확산함으로써 기업이 기업활동에 따른 환경영향을 최소화하는 반면 환경성과는 극대화하는 소위 Eco-efficiency를 제고하는데 기여하고자 한다고 하고 있으며,

2. 사업내용 및 범위에서, 첫째, 1차 시범사업 기업을 대상으로 환경원가 파악 및 측정에 대한 실제 적용 경험과 이론적 서베이를 바탕으로 다양한 관리목적의 환경회계 정보 활용 방안과 환경효익 산출기준 및 방법론을 적용한다. 둘째, 환경원가 정보를 활용한 의사결정 지원방법을 수립한다. 셋째, 환경효익 측정기준 및 방법론을 수립한다. 넷째, 환경관리회계 도입 및 적용대상 기업을 확대함으로써 환경관리회계에 대한 산업계의 활용범위를 확대하고, 내부 역량을 제고한다. 다섯째, 이러한 성과를 통해 경제성과 환경성을 효과적으로 제고할 수 있는 소위 Eco-effciency를 향상시킴으로써 결국 국내 산업계의 청정생산 및 환경경영을 촉진한다.라고 약술하고 있다. 위 연구보고서에서 보는 바와 같이 본 연구는 선진국의 환경회계를 새로 도입하여 국내기업에 적용·확산시키기 위한 연구인 점에서 부가가치세 면세 대상인 학술연구용역으로 봄이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점②용역은 2000.8.31. ㅇㅇㅇㅇ재단의 2000년 목적기초연구사업 신규과제로 선정되었으며, 연구기간은 3년으로 하고, 2000년도 연구기간은 2000.9.1.∼2001.8.31.로 하고 있음이 ㅇㅇㅇㅇ재단에서 통보한 공문(연관 2110-3304, 2000.8.31) 및 2000년 목적기초연구과제 수행 및 관리요령에 의하여 확인되고, 청구법인은 동 관리요령에 의하여 2003.10.31. 연구보고서를 제출하였는 바, 본 연구보고서의 연구결과 요약문을 보면, 연구성과에서 본 연구결과는 일회성 모델 개발에 한정되지 않는 대규모 기계설비 기술 지식관리 시스템을 개발하는 방법론의 체계적 구축 및 관련되는 모듈을 개발함으로써 다양한 환경에서 운영될 수 있는 지식관리시스템 개발시 확대 적용 가능하다. 기존의 지식관리시스템 개발사례에서 나타나고 있는 한계인 단면적인 측면에 대해 초점을 두는 한계를 극복하고 총체적인 관점에서 시스템을 어떻게 개발해야 하는지에 대한 방법론을 제공하고 있다. 또한 대규모 기계설비를 운영하는 기업에서 기계설비와 관련되는 제반 지식을 관리하는 과정에서 사용자의 요구사항을 획득하고 체계적으로 축적, 구현하는 지식관리시스템 개발 방법론을 제공한다.라고 약술하고 있다. 위 연구보고서의 내용에서 보는 바와 같이 본 연구는 대규모 기계설의 효율적인 지식관리시스템을 기존의 단면적인 측면에서 초점을 두는 한계를 극복하고 총체적인 관점에서 개발하는 방법론을 제공하고, 이러한 지식을 체계적으로 축적·구현하여 상호 공유할 수 있는 프로그램을 개발한 점에서 부가가치치 면세대상인 학술연구용역으로 봄이 타당하다고 판단된다. (다) 쟁점③용역은 환경부에서 추진하는 환경친화기업 활성화 등에 관한 연구의 세부과제로 시행되었으며, 연구기간은 2001.8.30.∼2001.11.29.이고, 청구법인은 환경부의 결과보고서 목차 및 발주자 과업지시서에 의하여 2001.11. 연구보고서를 제출하였는 바, 과업지시서의 내용을 보면,

1. 연구목적으로 ① 필리핀은 현재 한국과의 환경협력 및 교류가 미미한 상황인 바, 동 사업을 통하여 민간주도의 환경협력 분위기를 조성하고, 향후 정부차원의 공식적 환경협력을 활성화하는 계기 마련 ② 지난 20년간 기업의 입장에서 한국의 환경정책을 조망함으로써 국내적으로 정부, 기업, 시민의 공동협력에 의한 합리적 환경정책을 도출할 수 있는 계기 마련 ③ 1980년대 이후 환경조직 개편, 환경정책의 변화 등에 따른 기업의 대응책으로서의 환경경영전략의 발전과정을 파악하는데 있다고 약술하고 있으며,

2. 연구의 주요내용으로 ① 한국의 환경정책 변화과정 연구 ② 환경정책변화에 따른 개별기업의 환경투자 및 전략 연구 ③ 한국형 환경경영 매뉴얼 제작(영문) ④ 환경경영지식전파 방법론 개발(국·영문) 등을 열거하고 있다. 따라서 본 연구는 한국의 환경정책변화에 따른 개별기업의 환경투자 및 전략을 연구하여 필리핀에 이를 전파하는 방법론을 연구한 점에서 부가가치세 면세대상인 학술연구용역으로 봄이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여는 쟁점(1)에서 쟁점용역이 모두 부가가치세 면세대상인 학술연구용역으로 판단되어 심리할 필요가 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)