조세심판원 심판청구 부가가치세

토지관련 매입세액 해당 여부

사건번호 국심-2004-서-3045 선고일 2004.11.16

건물을 신축하기 위하여 철거한 종전 건물의 철거비용에 관련된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제함

심판청구번호 국심국심 2004서 3045(2004.11.16)

처분개요

청구법인은 도심재개발사업시행을 위한 조합으로서 ○○○소재에 오피스텔용 건물(지하6층∼ 지상24층 연면적 63,985㎡, 이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 신축·분양하고 2002.7.25. 2002년 1기 부가가치세를 신고하면서 건물신축 관련 매입세액에 대하여 공통매입세액을 안분계산하지 아니하고 매입세액으로 신고하였다. 처분청은 2002년 8월 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 청구법인의 매입세액에 대하여 토지(면세) 및 건물(과세)에 대한 공통매입세액을 안분계산하여 부가가치세를 경정결정하면서 ○○○(주)에 지급한 건물철거비용 267,120천원에 대하여 공통매입세액 안분계산 대상에서 제외하여 관련 매입세액을 전액 공제하였다. 그 후 청구법인은 2003년 1기 및 2기 부가가치세를 신고하면서 2003년 1기분 건물철거비용 43,000천원 및 2003년 2기분 건물철거비용 102,680천원에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 2003년 1기에 1,765,017원, 2003년 2기에 4,227,799원을 각각 매입세액 불공제하여 신고하였다. 처분청은 ○○○지방국세청 정기감사시 감사지적에 따라 건물철거비용 관련 매입세액으로 공제한 35,288,184원(2002.1기 26,712,000원, 2003.1기 2,534,983원, 2003.2기 6,040,201원, 이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 불공제하여 2004.7.8 청구법인에게 2002년 1기분 부가가치세 29,383,200원, 2003년 1기분 부가가치세 1,602,510원, 2003년 2기분 부가가치세 6,644,220원을 각각 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.2 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 도심재개발사업시행을 위한 조합으로서 ○○○라는 오피스텔을 신축하기 위하여 쟁점부동산위에 있던 종전 건물을 철거하였는 바 "토지만을 사용"하는 경우가 아니므로 건물철거비용에 관한 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액불공제한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 세무공무원의 설명에 따라 건물철거비용에 관한 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 신고하였음에도 불구하고 가산세까지 부과하는 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 신축분양하기 위하여 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 철거하였으므로 동 건물철거비용에 관한 매입세액은 토지관련 매입세액이므로 관련법령에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 정당하다.

(2) 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 건물철거비용에 대한 매입세액을 안분계산하여 일부만 매입세액 불공제하여 신고하였다고 하더라도 건물철거비용에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 의거 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액에 해당됨이 명백하므로 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

(1) 건물을 신축하기 위하여 철거한 종전 건물의 철거비용에 관련된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제한 처분의 당부

(2) 세무공무원이 설명한 내용에 따라 건물철거비용에 관한 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하여 신고한데 대하여 가산세를 부과한 처분의 당부

  • 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 같은법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 같은 법 제22조【가산세】

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 『부가가치세가 면제되는 대통령령이 정하는 토지관련매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조 제6항 제2호에서는 『건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하고 있다. 한편, 청구법인이 쟁점부동산 위의 종전 건물을 매입한 것은 동 건물을 활용하기 위해서가 아니라 쟁점부동산의 토지상에 새로운 건물을 신축하기 위하여 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 철거하였는 바, 청구법인은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하였으므로 쟁점부동산의 종전건물의 철거비용에 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액으로 공제대상이 아니라 할 것이다.○○○ 따라서, 처분청이 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없고, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이다○○○ 이 건의 경우, 청구법인은 2002.1기 부가가치세 신고시 공통매입세액에 대한 안분계산을 하지 아니하고 신고하였다가 처분청의 세무공무원이 공통매입세액을 안분계산하도록 알려주어 이에 따라 공통매입세액으로 안분계산하여 신고하였다는 것이나, 2001.12.31 부가가치세법시행령 제60조 제6항 을 개정하면서 매입세액이 불공제되는 토지관련 매입세액의 범위를 명확히 하여 이 건과 같이 건물을 신축하기 위하여 건축물이 있는 토지를 취득하고, 그 건축물을 철거하는 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용에 관련된 매입세액은 불공제되는 것으로 규정하고 있으므로 설사 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그에 따라 신고하였다 하더라도 이러한 사유만으로 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하면서 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)