과세사업에 사용되고 있지 아니한 준공된 건물의 공통매입세액의 정산시기 도래 여부

심판청구번호 국심2004서 3006(2005. 5. 27.) LE="size-font:18pt;">이 유

청구법인은 부가가치세 면세사업인 금융업과 과세사업인 주택신축판매업(국민주택 규모 초과)을 영위하기 위하여 ○○○ 79 및 79-1 번지 소재 지하5층, 지상29층인 주상복합건물(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 2000.9.22 착공하여 2003.12.20 이를 준공하였으며, 2000년 2기 부가가치세 확정신고분부터 매입세액을 과세사업과 면세사업에 안분계산하여 신고하였다. 청구법인은 2001.6.15 ○○○지방법원의 파산선고로 금융업을 영위할 수 없게 되어 당초 금융업에 사용하기로 한 지상 1층 및 2층(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 매각하기로 하고 2003.4.22 ○○○지방법원 제2파산부로부터 공매허가를 받은 후 2003.12.20 쟁점부동산이 준공되어 공매가 가능해짐에 따라 쟁점부동산의 준공일을 기 신고한 면세분 매입세액에 대한 정산시기로 하여 2003년 2기 부가가치세 확정신고시 면세분 매입세액 불공제분을 전액 환급신청하였다. 처분청은 이에 대하여 공통매입세액의 정산시기가 도래하지 아니한 것으로 보아 관련매입세액을 불공제하여 2004.8.6 청구법인에게 2003년 2기분 부가가치세 147,853,140원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.8.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2000.12.9 금융감독원으로부터 신용금고업 영업정지명령을 받았고, 2001.6.15 ○○○지방법원 제2판사부로부터 파산선고를 받아 현재 파산절차가 진행중인 법인으로 사실상 파산선고를 받은 이후부터는 금고업을 영위할 수 없게 되었고, 쟁점건물이 2003.12.20 준공되어 공매가 가능해짐에 따라 사실상 이때부터 쟁점부동산의 면세사용면적이 없는 것으로 확정된 것이므로 쟁점건물의 사용승인일인 2003.12.20이 속한 2003년 2기분 부가가치세 과세기간을 정산시기로 보아 당해 매입세액을 공제하여 환급하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 공통매입세액의 정산시기는 부가가치세법시행령 제61조의2 에 "과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하는 것"으로 규정되어 있고, 여기서 확정되는 과세기간이란 국세청예규 부○○○에 "당해 재화를 실제로 과세사업과 면세사업에 사용하여 총사용면적에 대한 면세사용면적비율이 발생하는 과세기간"을 말하는 것인 바, 쟁점건물은 아직 과세사업에 사용되지 아니하였으므로 공통매입세액의 정산시기가 도래하지 아니하였다.

• 가. 쟁점 쟁점건물이 준공되었으나 과세사업에 사용되고 있지 아니하고 있다하여 공통매입세액의 정산시기가 도래하지 아니한 것으로 본 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 부가가치세법시행령 제61조 의 2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (각호 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 다툼이 없는 사실관계 (가) 청구법인은 1973.1.1 주택신축판매, 부동산임대, 금융업으로 개업하였으며, 2000.12.9 당국으로부터 신용금고업 영업정지명령을 받았고, 2001.6.15 ○○○지방법원 제2파산부로부터 파산선고 결정을 받아 파산절차가 진행중인 법인이며, 2003.12.31 ○○○세무서장이 발행한 사업자등록증에는 신용금고업이 제외되어 있고, 현재는 여신 및 수신업무를 수행하지 못하나, 신용금고업이 영업정지되기 전의 대출금에 대한 이자수입 및 대출금 회수업무만 수행하고 있는 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 당초 금융업에 사용하기로 한 쟁점건물을 공매하기 위하여 2003.4.19 ○○○지방법원 제2파산부에 공매를 위한 보유부동산 감정평가 실시허가신청을 하였고, 2003.4.22 ○○○지방법원 제2파산부로부터 허가를 받아 2003.5.2 감정평가를 실시하였다. (다) 쟁점부동산의 사용승인일은 2003.12.20이다. (라) 쟁점건물은 2004.10.22 및 2004.11.26 매매계약을 체결하였으며, 잔금지급일은 2005.1.22 및 2005.1.26임이 부동산매매계약서에 의하여 확인되며, 건물분에 대한 부가가치세는 매수자가 별도 부담하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 위의 사실관계 및 전시법령을 종합해 보면, 청구법인은 2000.12.9 금융감독원으로부터 금고업영업정지명령을 받은 이후부터 현재까지 기왕에 대출된 자금의 회수관련 업무만 수행하고 있음이 확인되고 있고, 2001.6.15 파산선고되어 사실상 쟁점건물을 면세사업인 금융업에 공할 수 없는 상태였음이 인정되고, 2003.12.20 쟁점건물이 준공되어 2003.4.22 ○○○지방법원 제2파산부가 쟁점건물을 공매하기로 결정한 바 대로 공매를 실시한 점 등에 비추어 보아 이 건의 경우에는 쟁점건물의 준공일이 속한 과세기간을 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간으로 보아 공통매입세액을 정산함이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점건물은 아직 과세사업에 사용되지 아니하였으므로 공통매입세액의 정산시기가 도래하지 아니하였다하여 공통매입세액을 정산하지 아니하고 부가가치세를 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

• 라. 결 론 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.