지방자치단체에 기부채납하는 경우 매입세액공제 여부

심판청구번호 국심2004서 2679(2005.3.29) "> 1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2003.4.23. 음식물쓰레기재활용업으로 사업자등록을 한 법인으로, 2004.1.6. ○○○시와 민간투자사업 실시협약을 체결하고 ○○○을 건설하여 준공 즉시 ○○○시에 기부채납하고 향후 15년간 동 시설에 대한 운영권을 부여받기로 약정하였으며, 2004년 제1기 과세기간에 쟁점시설의 공사와 관련 매입처인 (주)○○○ 및 (주)○○○과의 거래분(선급금)에 대한 공급가액 1,118,181천원 및 745,454천원 등의 매입세액 187,871천원을 조기환급 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 영위하는 사업이 음식물쓰레기를 처리하는 생활폐기물 처리용역으로 이는 부가가치세법 제12조 의 면세사업과 관련된 매입세액이므로 2004.6.8. 당해 매입세액의 환급불가를 통보하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.7.27. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구인이 쟁점시설에 대하여 조기환급을 신청한 것은 조세특례제한법 제105조 에 쟁점시설과 같이 기부채납을 하는 건설용역 등에 대하여 부가가치세를 면세한다고 규정되어 있지 아니하여 과세사업으로 보아 매입세액을 신청한 것으로 쟁점시설 공사와 관련된 사업이 부가가치세 과세대상에 해당됨에도 처분청이 이 건 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 면세사업인 음식물쓰레기처리업을 영위하는 청구법인이 자원화시설(쟁점시설)을 신축해 준공과 동시에 지자체에 기부채납(귀속)시키고, 무상사용수익권을 얻어 면세사업에 사용시 쟁점시설의 신축관련 매입세액을 불공제하는 것이므로 이 건 처분은 적법한 처분이다.

• 가. 쟁 점 면세사업을 영위하는 사업자가 사업과 관련한 사회간접시설을 신축하여 지자체에 기부체납시 시설투자와 관련한 부가가치세를 공제받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제26조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집·운반 및 처리용역과 동법 제30조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 제48조【과세표준의 계산】⑤ 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 한다. (3) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2005년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. 3의 2. 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

(4) 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 자방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식

2. 사회간접자본시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간 만료시 시설소유권이 국가 또는 자방자치단체에 귀속되는 방식

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2004.1.6. ○○○시와 쟁점시설에 대한 민간투자사업 실시협약을 체결한 주요내용을 보면, 청구법인은 ○○○시와 ○○○ 소재지에 ○○○시 음식물쓰레기 자원화시설사업을 민간투자법 목적에 따라 시행하기로 하면서 총사업비 82억원중 ○○○시 지원금 41억원, 청구법인이 민자자금 41억원을 부담하고, 청구법인이 총사업비 범위내에서 건설한 쟁점시설 등은 준공과 동시에 청주시에 귀속되고 ○○○시로부터 준공필증을 교부받아 운영을 개시한 날부터 15년이 되는 날까지 청구법인이 무상 관리운영권을 갖으며, 사업시행자는 (주)○○○, (주)○○○, 시설관리운영에 참여하는 ○○○(주)을 선정하였다.

(2) 청구법인은 2003.12.30. 쟁점시설의 사업시행자인 (주)○○○ 및 (주)○○○과 공사도급계약을 약정하였는 바, 동 공사도급계약서에는 2003.12.30.부터 쟁점시설의 건설공사를 착공하여 2004.7.26. 준공하는 조건이며 계약금액은 7,096,682,728원(VAT 별도)으로 기재되어 있다.

(3) 한편, 청구법인은 2004.4.25. 처분청에 쟁점시설 신축 등과 관련하여 매입처인 (주)○○○ 및 (주)○○○ 등과의 거래분(선급금)에 대한 공급가액 1,118,181천원 및 745,454천원 등의 매입세액 187,871천원의 조기환급을 신고하였다. (4) 부가가치세법 제12조 제1항 및 같은법시행령 제29조에 청구법인이 영위하는 음식물쓰레기재활용사업은 부가가치세가 면세되는 의료보건위생용역에 해당되고, 같은법 제17조 제2항에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함)은 불공제하도록 규정하고 있으며, 같은법시행령 제48조 제5항에는 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 기부채납의 경우에는 당해 기부채납의 근거가 되는 법률에 의하여 기부채납된 가액(부가가치세가 포함된 경우에는 이를 제외한다)을 과세표준으로 하도록 규정되어 있다.

(5) 이 건의 경우, 부가가치세가 면제되는 음식물쓰레기재활용사업을 영위하는 청구법인이 쟁점시설을 신축하여 준공과 동시에 지방자치단체인 ○○○시에 귀속(기부채납)시키고 동 시설에 대한 무상사용수익권을 얻어 면세사업에 사용하는 경우 당해 쟁점시설의 기부채납에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이고, 건물 신축시에 부담한 부가가치세는 공제되지 아니하는 것○○○이므로 청구법인이 쟁점시설을 신축하면서 사업시행자인 (주)○○○ 등으로부터 교부받은 매입세액을 환급거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.