인력개발비의 손금항목을 세액공제 전환하여 경정청구 가능함

심판청구번호 국심2004서 2389(2005. 7. 4) 연구·인력개발비로 지출한 3,991,382,792원 중 연구 및 인력개발준비금 사용분으로 처리한 946,825,942원을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제로 전환하여 법인세과세표준 및 세액을 재경정한다.

• 가. 청구법인은 ○○○에서 설탕·사료 등 제조업을 하는 법인으로서, 2002.7.1∼2002.12.31사업연도(이하“쟁점사업연도”라 한다) 의 법인세를 산출하면서 연구·인력개발비로 지출한 3,991,382,792원에 대하여 946,825,942원을 조세특례제한법 제9조 의 연구 및 인력개발준비금 사용 분(이하 “준비금사용분”이라 한다)으로 3,044,556,850원을 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 분(이하“세액공제분”이라 한다)으로 하여 연구·인력개발비에 대한 감면세액을 산출하였으며, 연구·인력개발비지출액 중 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에서 제외하여 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균 발생액(이하 “연평균발생액”이라 한다)을 산출하였다.
• 나. 감사원에서 처분청에 대하여“청구법인이 쟁점사업연도 법인세를 산출하면서 기 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에서 제외하여 직전 4년간 연구·인력개발비 연평균발생액을 산출한 것은 부당하다”며 시정요구함에 따라 청구법인은 쟁점사업연도에 준비금사용분으로 처리한 946,825,942원을 세액공제대상으로 전환하여 세액공제분을 3,991,382,792원으로 기 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에 포함하여 연평균발생액을 산출한 후 쟁점사업연도에 대한 법인세를 산출하여 2004.3.17. 처분청에 법인세 185,447,470원을 경정청구하였으며, 처분청은 준비금의 손금산입은 결산조정사항으로 경정청구의 대상이 아니라는 이유로 세액공제분을 3,044,556,850원으로 하고 기 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에 포함하여 연평균발생액을 산출하여 연구·인력개발비세액공제를 산출하여 2004.3.17. 청구법인에게 쟁점사업연도 분 법인세 369,301,120원을 결정 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004. 6. 12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 연구·인력개발비에 대한 세액공제액을 계산함에 있어서 연구 및 인력개발준비금사용분으로 처리한 비용은 연평균발생액에서 제외하는 것으로 잘못 인식하여 쟁점사업연도에는 연구·인력개발비 발생액 중 일부를 준비금사용분으로 처리하는 것이 청구법인에게 유리한 것으로 오해하여 연구·인력개발비 중 946,825,942원을 준비금사용분으로 신고하였으나, 직전 4년간 준비금사용분으로 처리한 연구인력개발비를 연구·인력개발비 발생액에 포함하여 연평균발생액을 산출하는 경우에는 쟁점사업연도에 발생한 연구·인력개발비 전액을 세액공제방법으로 적용하는 것이 청구법인에게 유리하므로 청구법인은 쟁점사업연도에 준비금사용분으로 처리한 946,825,942원을 세액공제대상으로 전환하여 경정청구하였다. 연구·인력개발비에 대하여 납세자에게 준비금제도를 선택하거나 세액공제제도를 선택하도록 위임한 것은 연구·인력개발을 촉진하기 위하여 납세자가 유리한 제도를 선택하도록 한 것으로 한 것임에도 정당한 경정청구가 아니라고 하여 준비금사용분을 당초대로 하여 법인세를 경정한 처분은 잘못된 것이다.
• 나. 처분청 의견 준비금의 손금산입은 결산조정사항으로 경정청구의 대상이 아니므로 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다

• 가. 쟁점 쟁점사업연도에 연구 및 인력개발준비금 사용분으로 하여 기 신고한 연구·인력개발비를 연구·인력개발비세액공제대상으로 전환하여 적용한 경정청구의 정당 여부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 2년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (2) 조세특례제한법 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】 ① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 연구 및 인력개발 등에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 연구 및 인력개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 대통령령이 정하는 부품·소재산업, 자본재산업 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5 (2001. 12. 29 개정)

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3 (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다. (3) 조세특례제한법시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】

① 삭 제 (2002. 12. 30 개정)

② 법 제9조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 부품·소재산업, 자본재산업 및 기술집약적인 산업”이라 함은 각각 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 제2조 제1호의 규정에 의한 부품·소재를 생산하는 산업, 별표 3 및 별표 4의 산업을 말한다.

③ 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 재료·제품·기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비·기술정보비 등의 비용으로서 별표 5의 비용을 말한다. (4) 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2000. 12. 29 개정)

② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (5) 조세특례제한법시행령 제9조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】

① 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업”이라 함은 제130조 제2항의 규정에 해당하는 사업을 말한다.

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고시 연구·인력개발비세액공제 한도액 계산의 연평균발생액 산출시 연구·인력개발비 중에서 직전 4년간 준비금사용분으로 기 처리한 금액을 제외하는 것으로 잘못 인식하여 연구·인력개발비 중 일부를 준비금 사용분으로 적용하는 것이 청구법인에게 유리한 것으로 알고 연구·인력개발비 중 946,825,942원을 준비금사용분으로 하여 법인세를 산출하여 신고하였다. 그런데 연평균발생액 산출시 직전 4년간 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에 포함하여야 하는 것이고 이러한 경우 청구법인은 연구·인력개발비 발생액 전액을 세액공제대상으로 적용하는 것이 유리하여 쟁점사업연도에 준비금사용분으로 처리한 946,825,942원을 세액공제대상으로 전환하여 경정청구하였는 데도 처분청에서는 직전 4년간 준비금사용분을 연구·인력개발비 발생액에 포함하여 연평균발생액을 산출하면서 세액공제대상 연구·인력개발비는 정정하지 아니한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 청구법인은 쟁점사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 연구·인력개발비 발생액을 3,991,382,792원으로 하고 그 중 946,825,942원은 준비금사용분으로, 3,044,556,850원은 세액공제대상으로 하면서 연평균발생액은 직전 4년간 준비금사용분으로 처리한 금액은 포함하지 않고 세액공제분으로 처리한 금액만으로 계산한 2,375,229,942원으로 하여 연구·인력개발비 세액공제액을 334,663,454원을 산출한 사실이 아래 표와 같이 확인된다.

○○○

(3) 감사원은 처분청에 대한 업무감사 중 청구법인이 연구·인력개발비세액공제액을 산출시 연평균발생액을 총발생액에서 준비금사용분을 제외하여 계산한 사실을 확인하고 연간 총발생분으로 연평균사용액을 산출하는 것이 정당한 것이라며 처분청에 시정요구하였으며, 처분청은 감사원 시정요구에 따라 세액공제대상 연구·인력개발비를 청구법인이 당초 신고한 3,044,556,850원으로 하고 연평균발생액은 기 준비금사용분을 포함한 3,657,707,422원으로 하여 세액공제액이 발생하지 아니하는 것으로 하여 2004.3.17. 청구법인에게 쟁점사업연도분 법인세 369,301,120원을 경정 고지한 사실이 확인된다. 그러나 청구법인은 처분청에서 경정 고지한 법인세 369,301,120원을 납부하지 않고 감사원의 시정요구에 따라 연평균발생액에 직전 4년간 준비금사용분을 포함하여 계산한 3,657,707,422원으로 하되, 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고시 준비금사용분으로 처리한 946,825,942원을 세액공제대상으로 전환하여 세액공제대상 연구·인력개발비 발생액을 3,991,382,792원으로 하여 연구·인력개발비세액공제액을 166,837,685원으로 산출하여 2004.3.17. 처분청에 법인세 185,447,470원을 수정신고납부한 사실이 확인된다.

(4) 세법에 연구·인력개발비에 대한 감면제도로 연구 및 인력개발준비금에 대한 손금산입(조세특레제한법 제9조)제도와 연구·인력개발비 세액공제(조세특레제한법 제10조)제도를 두고 조세특례제한법시행령 별표5와 별표6에 모두 해당되는 연구·인력개발비가 발생할 경우 납세자가 임의로 선택할 수 있도록 한 것은 연구·인력개발비 투자에 대하여 납세자에게 보다 많은 세액감면 혜택을 줌으로써 연구·인력개발을 촉진하려는 데 있는 것으로 볼 때 청구법인이 당초 법인세 신고시 준비금사용분으로 선택한 연구·인력개발비에 대하여 이를 연구·인력개발비 세액공제대상으로 전환하여 경정청구할 수 있는 것으로 보인다. 따라서 연구 및 인력개발준비금의 손금산입은 결산조정사항으로 수정신고대상이 아니라고 주장하며 청구법인의 경정청구(수정신고를 하였지만 실질내용은 경정청구)를 거부한 처분청의 거부처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.