입주권의 장기보유특별공제의 기간 적용

심판청구번호 국심2004서 2375(2004. 9. 24)

청구인은 1993.3.15 ○○○번지 외에 소재하는 ○○○아파트 ○○○호(이하 "기존주택"이라 한다)를 취득하여 거주하던 중 2002.4.12 ○○○구청장의 사업계획승인으로 주택건설촉진법에 의한 재건축을 하게 되었으며 청구인은 2002.9.28 신규아파트인 ○○○동 ○○○아파트 ○○○호를 배정(이하 "쟁점입주권"이라 한다)받은 후 계약금만 납부한 상태에서 2003.12.9 쟁점입주권을 양도하고 양도차익 전체를 장기보유특별공제 대상으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 처분청은 소득세법시행령 제166조 의 입주권에 대한 계산방법에 따라 양도차익 전체를 장기보유특별공제 대상으로 하지 않고 기존주택과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분한 후 기존주택에 대하여만 장기보유특별공제를 하고, 보유기간도 기존주택의 취득일(1993.3.15)부터 쟁점입주권의 양도일(2003.12.9)이 아닌 사업계획승인일(2002.4.12)까지로 보아 5년이상 10년 미만에 해당하는 공제율(25/100)를 적용하여 2004.4.7 청구인에게 2003년도분 양도소득세 9,857,160원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.7.5 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점입주권 양도는 소득세법 시행령 제155조 제16항 에 따른 주택의 양도이므로 기존주택의 양도차익 뿐만 아니라 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익도 합하여 전체 양도차익을 장기보유특별공제 대상으로 하여야 하고, 보유기간도 기존주택의 취득일부터 사업승인일이 아닌 쟁점입주권 양도일까지를 보유기간으로 하여 장기보유특별공제율 50/100을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법시행령 제166조 에 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우, 그 조합원의 양도차익은 기존주택부분 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리부분의 양도차익으로 구분하여 계산하도록 되어 있고, 소득세법 제95조 제2항 에 의하면 장기보유특별공제 대상은 토지와 건물(미등기 양도자산 제외)로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것으로 되어 있으므로 부동산을 취득할 수 있는 권리는 그 대상이 아니며, 보유기간의 계산도 부동산을 취득할 수 있는 권리부분의 보유기간은 제외하여야 하므로, 처분청이 기존주택의 양도차익만 장기보유특별공제 대상으로 하고 그 기간도 기존주택의 보유기간만 대상인 것으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하여 이 건 과세한 처분에는 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 재건축아파트 입주권을 사업계획승인일 이후에 양도한 것에 대하여 장기보유특별공제 대상을 기존주택의 양도차익만으로 하고 그 공제율도 기존주택의 보유기간에 해당하는 비율만 적용하여 장기보유특별공제를 한 처분의 당부
• 나. 관련법령 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 1년 이상인 것)을 말한다.(단서 생략)

③ 법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다. 소득세법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】(16) 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일 현재 이 법 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 기존건물과 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 그 부수토지 × ──────────────────────── 의 평가액 관리처분계획인가일 또는 사업시행인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것: 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50] 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점입주권의 양도차익 전체를 장기보유특별공제 대상으로 하고 장기보유특별공제율도 기존주택의 취득일부터 쟁점입주권의 양도일까지의 보유기간에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였고, 처분청은 기존주택의 양도차익만을 대상으로 하고 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간(취득일부터 사업계획승인일까지)에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용하여 이 건 과세하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 1993.3.15 기존주택을 취득하였고, 2002.4.12 ○○○구청장은 기존주택 등에 대하여 주택건설촉진법에 의한 재건축 사업계획승인을 하였으며, 청구인은 2002.9.28 쟁점입주권을 배정받아 2003.12.9 양도하였는 바, 위 사실관계에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 살피건대, 소득세법시행령 제166조 에 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분하여 계산하도록되어 있고, 이 건과 같이 주택재건축조합에 종전부동산을 제공하고 취득하게 되는 분양받을 권리(쟁점입주권)를 양도하는 경우 종전토지 및 건축물이 사업계획승인에 의하여 그때부터 외형상 부동산을 취득할 수 있는 권리로 변환되었을 뿐 그 실질에 있어서는 종전의 토지 및 건축물에 대한 권리도 체화되어 있다고 할 것이므로, 동 양도차익을 계산함에 있어서는 사업계획승인일을 전후로 구분하여 사업계획승인일 이전까지는 종전부동산을 양도한 것으로, 사업계획승인일 이후 쟁점입주권 양도일까지는 부동산을 취득할 권리의 양도로 보아 각각 양도차익을 계산하여 이를 합산하여 결정(국심 99○○○, 합동회의, 2000. 11. 23 같은 뜻)하여야 할 것이다. 또한 소득세법 제95조 제2항 에 장기보유특별공제 대상은 토지 및 건물로 되어 있어 부동산을 취득할 수 있는 권리는 해당하지 아니하는 것으로 되어 있으므로 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간에 따른 장기보유특별공제율이 적용되어야 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점입주권의 양도에 대하여 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리로 양도차익을 구분하여 계산한 후 기존주택의 양도차익만 장기보유특별공제 대상으로 하고, 장기보유특별공제율도 기존주택의 보유기간(취득일부터 사업계획승인일까지)에 해당하는 장기보유특별공제율을 적용한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.