기업합리화적립금의 적립의무로 인한 감면세액추징 여부

심판청구번호 국심2004서 1521(2006. 3. 24) ">1. 처분개요 청구법인은 1998사업연도에 ○○○ 및 ○○○의 양도소득에 대한 특별부가세 554,145,814원을 구 조세감면규제법 제40조의 3의 규정에 의거 감면받았으나, 처분가능이익이 존재하지 아니하여 동 법의 규정에 의한 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 처분가능이익이 최초 발생한 2001사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 사실이 확인된다는 이유로 감면세액에 이자상당액을 가산하여 2004.1.20. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 864,217,370원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.4.19. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 기업합리화적립금은 당해 사업연도 이익금처분시 감면세액상당액을 적립하는 것이 원칙이나, 감면사업연도에 처분가능이익이 없어 적립하지 못할 경우 최초로 처분가능이익이 발생한 사업연도의 이익금처분시 적립하도록 되어 있고, 처분가능이익이 있음에도 당해 연도에 적립하지 아니하고 익년도의 이익금처분시 적립하는 경우에는 미적립분의 20%를 법인세에 가산하여 납부하도록 되어 있는 바, 청구법인은 감면사업연도(1998)에는 처분가능이익이 없었고, 2001사업연도에 최초로 처분가능이익이 발생하였으므로 정상적인 적립기한은 2002년 3월이나 이를 적립하지 못한 경우 20%의 가산세를 적용받고 익사업연도의 이익금처분시까지 적립할 수 있는 것이므로 2002사업연도 이익금처분시(2003.3.15. 주주총회 및 결산확정일)까지 기업합리화적립금을 적립할 수 있고, 동 기한까지 적립하지 못할 경우 추징사유가 발생하게 된다. 그러나, 이 건의 경우 추징사유가 발생하기 전인 2002.12.11. 기업합리화적립금의 적립의무 조항이 삭제되어 적립의무 자체가 소멸되었을 뿐 아니라, 2002.12.11. 이후 추징사유 발생분부터 가산세 적용도 배제하고 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1998사업연도에 특별부가세 554,145,814원을 구 조세감면규제법 제○○○조의 ○○○ 재무구조개선을 위한 특별부가세 면제규정에 의하여 감면받았으며, 감면이후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 정기주주총회 의사록에 의하면 이익잉여금 중 법정적립금만 적립하고 나머지는 차기이월한다고 명시되어 있다. 청구법인의 경우 구 조세특례제한법 제○○○조의 규정에 의거 2001사업연도의 이익금처분시까지 기업합리화적립금을 적립하고, 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 함에도 불구하고 위 규정을 이행하지 아니하였음이 명백하므로 구 조세특례제한법 제○○○조의 규정에 의거 감면세액에 이자상당액을 가산하여 법인세를 결정고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익잉여금 처분시(2002년 2월)까지 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우, 추징요건이 2002년 2월에 성립되었다고 보아야 하는지, 아니면 2002.12.11. 삭제된 조세특례제한법 제○○○조에 의거 동 적립의무가 소멸되고 미적립가산세의 적용도 면제되는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(1997.12.13. 법률 제5317호로 개정된 것) 제40조의 3【법인의 재무구조개선지원등을 위한 특별부가세의 면제】① 대통령령이 정하는 법인이 재무구조를 개선하기 위하여 대통령령이 정하는 재무구조개선계획에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 부동산을 양도하는 경우에는 당해 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세에 상당하는 세액을 면제한다. 다만, 대통령령이 정하는 금융기관이 저당권 실행으로 인하여 취득한 부동산, 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 부동산 또는 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 금융기관의 감독기관의 장의 승인을 얻은 자구계획에 의하여 양도하는 경우에는 다음 각호의 요건을 적용하지 아니한다.

1. 1997년 6월 30일 이전에 취득한 대통령령이 정하는 사업용 부동산을 양도할 것

2. 당해 법인에 대하여 채권을 가지는 금융기관 등으로 구성되는 기구(이하 “금융기관협의회”라 한다)에 재무구조개선계획을 제출하여 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다)을 얻을 것

3. 부동산 양도대금을 대통령령이 정하는 바에 의하여 부채상환적립금으로 적립할 것

(2) 조세감면규제법(1997.12.13. 법률 제5317호로 개정된 것) 제123조【기업합리화적립금의 적립등】① 제5조 내지 제7조·제9조 내지 제11조·제25조 내지 제27조·제31조 제7항 내지 제9항·제32조 제8항·제34조·제37조·제40조의 3·제45조·제46조·제50조·제51조·제53조·제54조·제88조·제93조·제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 당해 공제받고자 하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 최초로 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하는 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다.

(3) 조세감면규제법(1997.12.13. 법률 제5317호로 개정되기 전의 것) 제123조【기업합리화적립금의 적립등】① 생략

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 조세감면규제법시행령(1997.12.31. 대통령령 제15562호로 개정된 것) 제108조【기업합리화적립금의 적립등】② 법 제123조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

③ 법 제123조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제123조 제1항에서 규정하는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

(5) 조세감면규제법시행령(1997.12.31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제108조【기업합리화적립금의 적립등】① 법 제123조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

(6) 조세감면규제법(1997.12.13. 법률 제5317호로 개정된 것) 제124조【감면세액의 추징】제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제·세액공제 또는 세액감면을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 대한 법인세상당액)에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다.

1. 제123조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 받은 법인이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 때

(7) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호에 의거 삭제되기 전의 것) 제145조【기업합리화적립금의 적립】① 제5조 내지 제7조, 제7조의 2, 제7조의 3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조，제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면 등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익”이라 한다)이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

(8) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호에 의거 삭제되기 전의 것) 제146조【감면세액의 추징】제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.

1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)이 동조 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우: 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액

(9) 조세특례제한법시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정되기 전의 것) 제137조【기업합리화적립금의 적립 등】② 법 제145조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 최초로 처분가능이익이 발생한 과세연도에 그 처분가능이익이 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달하여 당해 과세연도에 기업합리화적립금을 적립하지 못한 자는 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

③ 법 제145조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 제145조 제1항의 규정에 의한 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 과세연도의 처분가능이익이 당해 연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 적용받은 법인이 당해 과세연도에 대한 결산확정일 이후 과세표준확정신고 또는 국세기본법에 의한 수정신고시에 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우(재정경제부령이 정하는 한도내의 금액이 있는 경우에 한한다)

(10) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조의 2 제3항 제1호 단서, 제94조 제4항, 제145조 및 제146조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제106조의 3의 개정규정은 2003년 7월 1일부터 시행하며, 제126조의 2의 개정규정은 2002년 12월 1일부터 시행한다. 제25조【기업합리화적립금의 적립 등에 관한 적용례】① 제145조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도에 감면 등을 받는 분부터 적용한다.

② 제146조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 추징사유가 발생하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 1998사업연도에 ○○○공장 토지 48,340㎡ 및 진해공장 토지 26,981㎡를 양도하고 양도소득(양도가액 7,322,641,884원)에 대한 특별부가세 554,145,814원을 감면받았으나, 1998사업연도에 처분가능이익(△29,083,756,543원)이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다. (나) 청구법인은 2001사업연도에 처분가능이익 5,060,948,961원이 최초로 발생하였으므로, 2002년 2월 청구법인의 2001사업연도 이익금처분시 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하나 적립하지 아니하고 사내유보하였다. (다) 처분청은 청구법인이 조세특례제한법 제146조 의 규정에 따라 당해 미적립 금액에 이자상당액을 가산하여 추징사유가 발생한 2002년 2월이 속하는 2002사업연도의 법인세 과세표준신고시 이를 납부하여야 한다고 보아 이 건 법인세를 부과하였다.

(2) 조세감면에 따른 기업합리화적립금을 처분가능이익이 최초로 발생한 사업연도의 이익금처분시(2002년 2월)까지 적립하지 아니한 이 건에 대하여, 처분가능이익이 최초로 발생한 사업연도의 이익금처분시(2002년 2월)에 감면세액의 추징요건이 성립되었다고 볼 것인지(처분청 과세), 아니면 그 다음 과세연도의 이익금처분시(2003년 2월)에 추징요건이 성립되었다고 보아 2002.12.11. 삭제된 조세특례제한법 제145조 의 규정을 청구법인에게 적용가능한지(청구법인 주장)에 대하여 본다. (가) 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 조세감면규제법 제123조 및 1997.12.29. 대통령령 제○○○호로 개정된 조세감면규제법시행령 제108조의 규정에 의하면, 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제 받고자 하는 세액에서 공제 받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하“감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하도록 규정하고 있고, 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립하도록 규정하고 있으며, 동 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 징수하도록 규정하고 있다. 다만, 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 과세연도의 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우와 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용 받은 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 따라서 청구법인과 같이 1998사업연도에 특별부가세 감면을 받았으나 당해 사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 경우에는 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금 처분시(2002년 2월)까지 기업합리화 적립금을 적립할 수 있고, 이러한 경우 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액도 징수하지 아니함을 알 수 있다. (나) 구 조세감면규제법 제124조 및 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제146조 의 규정에 의하면, 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하도록 규정하고 있으며, 동 적립의무 및 감면세액 추징규정 등의 사후관리제도는 2002.12.11. 폐지되었는 바, 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제25조는 적립의무에 대한 개정규정은 2002.12.11.이 속하는 과세연도에 감면 받는 분부터 적용되고, 감면세액 추징에 대한 개정규정은 2002.12.11. 이후에 추징사유가 발생하는 분부터 적용되는 것으로 규정하고 있다. (다) 위의 법령 및 사실관계를 종합하여 보면, 특별부가세를 감면 받았으나 1998사업연도에 처분가능이익이 없어 기업합리화적립금을 적립하지 못한 청구법인은 당해 사업연도 후 최초로 처분가능이익이 발생한 2001사업연도의 이익금 처분시(2002년 2월)까지 이를 적립하여야 하였는데, 청구법인의 경우 2002년 2월까지 적립하지 아니함으로써 동 적립의무 위반으로 인하여 감면세액에 대한 추징사유가 발생하였다고 보여지며, 그럴 경우 2002.12.11. 폐지된 감면세액에 대한 추징제도는 2002.12.11. 이후 추징사유가 발생하는 분부터 적용되는 것이므로 그 이전에 추징사유가 발생한 이 건에 대하여 처분청이 감면세액을 추징한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의의 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.