분양권양도시 장기보유특별공제액의 계산

심판청구번호 국심2004서 1077(2004.11.19) 양도소득세 20,178,400원은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○○(이하 “기존주택”이라 한다)를 1983.3.7. 취득하여 거주하다가 기존주택이 1999.6.3. 재건축사업단지로 승인됨에 따라 2000.5.9. 재건축조합과 분담금 210,382천원을 추가로 납부하기로 하고 조합원 자격으로 ○○○아파트 ○○동 1502호(전용면적 146.44㎡)의 분양권(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 배정받아 분담금을 납부하던 중 2003.4.3. 쟁점분양권을 양도하고, 기존주택 취득시부터 쟁점분양권 양도시까지 발생한 총 양도차익 619,854,814원 중 고가주택에 해당하는 양도차익 160,311,450원에 대하여 장기보유특별공제율 50%(고가주택에 해당하는 경우로서 10년 이상 보유시 적용률)를 적용하여 계산한 80,155,725원을 장기보유특별공제하여 양도소득세를 신고납부하였다. 처분청은 고가주택에 해당하는 양도차익을 기존주택의 양도차익과 재건축사업승인일 이후 분양권의 양도차익을 구분하고, 분양권의 양도차익 112,485,081원에 대한 장기보유특별공제액 56,637,192원을 불공제하여 2004.2.5. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 20,178,400원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 3. 9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법시행령 제155조 에서 재건축조합 사업계획의 승인일 현재 1세대1주택을 소유한자가 기존주택을 제공하고 취득한 분양권을 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우, 동 분양권은 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 보고, 분양권 양도금액을 기준으로 하여 6억원을 초과하는 경우 고가주택으로 판단하여 고가주택 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세(고가주택이 아니면 비과세)하는 바, 장기보유특별공제도 쟁점분양권을 주택으로 보아 과세대상인 고가주택에 해당하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제율을 적용하여 공제하여야 한다
• 나. 처분청 의견 장기보유특별공제는 토지 및 건물의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여만 적용하는 것이며, 쟁점분양권의 양도차익에는 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익이 함께 포함되어 있는 바, 먼저 총 양도차익을 고가주택에 대한 양도차익과 비과세되는 양도차익으로 구분하고, 고가주택에 해당하는 양도차익을 다시 소득세법시행령 제166조 제1항 에 의하여 기존주택의 양도차익과 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익으로 구분한 다음, 기존주택의 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하고, 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 배제하여야 한다.

• 가. 쟁 점 기존주택 소유자가 재건축으로 아파트 분양권을 취득하여 양도하고, 양도일 현재 다른 주택이 없어 이를 1세대1주택으로 보는 경우로서 고가주택에 해당하여 양도소득세를 과세할 경우, 장기보유특별공제를 총 양도차익 중 고가주택에 해당하는 양도차익에 대하여 적용할 것인지, 아니면 고가주택에 해당하는 양도차익을 다시 기존주택의 양도차익과 분양권의 양도차익으로 구분하고, 기존주택의 양도차익에 대하여만 적용할 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 (2002.12.18, 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.∼2(생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 같은법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각혹의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 같은법 제95조 【양도소득금액】② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. 1.∼2(생략)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것: 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

③ 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략) 소득세법시행령(2002.12.30, 대통령령 제17825호로 개정된 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(단서 생략) 같은법시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】?? 도시재개발법에 의한 재개발조합 또는 주택건설촉진법에 의한 재건축조합의 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일, 그 전에 기존주택이 철거되는 경우에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택으로 본다. 같은법시행령 제156조 【고급주택의 범위】 제156조 【고가주택의 범위】 (2002. 12. 30 제목개정) ① 법 제89조 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다. 같은법시행령 제160조제【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】 ① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 양도가액―6억원 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × ─────── 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 양도가액―6억원 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액 × ───── 양도가액 같은법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우: ［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］

• 다. 사실관계

(1) 청구인은 쟁점분양권 양도일 현재 다른주택을 소유하고 있지 않은 경우로서 쟁점분양권은 소득세법 시행령 제155조 제16호 에 의한 1세대1주택에 해당하며, 양도가액이 6억원을 초과하여 고가주택에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 기존주택의 등기부등본에 의하면, 청구인은 기존주택(건물 전용면적 67.49㎡, 옥탑 1.26㎡)을 1983.3.7. 취득하여 1999.8.27. ○○아파트재건축주택조합에 신탁을 원인으로 소유권이전한 사실이 확인된다.

(3) 조합원분담금납부계약서에 의하면, 청구인은 ○○○ ○○○아파트재건축조합 조합장 유○○○과 2000.5.9. 조합원분담금납부계약을 체결하고 전용면적 146.44㎡(44.30평형)의 신규 아파트인 쟁점분양권(○○○ ○○○아파트 ○○동 1502호)을 취득하였으며, 분담금으로 210,382천원을 2000.11.10일부터 2003.1.10.일까지 6회에 걸쳐 납부하기로 약정되어 있다.

• 라. 판단 관계법령을 종합하여 보면, 소득세법 제94조 (양도소득의 범위) 제1항에서 제1호에 토지 또는 건물, 제2호 가목에 부동산을 취득할 수 있는 권리를 구분하여 규정해 놓고 있으며, 같은법시행령 제155조 제16항에서 1세대1주택자인 재건축조합원이 기존주택을 제공하고 당해 조합을 통하여 취득한 분양권은 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 부동산을 취득할 수 있는 권리임에도 불구하고 이를 1세대1주택으로 본다고 규정하고 있고, 분양권을 1세대1주택으로 의제하는 경우에 동 분양권 양도가액을 기준으로 6억원을 초과하면 이를 고가주택으로 판단하여 6억원을 초과하는 부분의 양도차익에 대하여 양도소득세를 과세하고 있는 바, 이건과 같이 분양권이 1세대1주택으로 의제되고 고가주택에 해당되어 양도소득세를 과세하는 경우에는 장기보유특별공제를 함에 있어서도 분양권을 주택으로 의제하여 양도소득세 과세대상인 고가주택 부분의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 합당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.