쟁점매입세금계산서를 가공자료로 보아 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심2004서 242(2004. 6. 8)

○○○세무서장이 2003.6.20. 청구법인에게 한 2000년 1기분 부가가치세 5,385,300원 및 2000사업연도분 법인세 8,393,300원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구법인은 전기공사업을 영위하는 사업자로 ○○○(주)[2000.6.12.부터 ○○○(주)로 상호 변경함]가 2000.4.4.부터 2000.6.7.까지 발행한 매입세금계산서 3매(공급가액 30,010,000원, 이하 "쟁점금액"이라 한다)를 교부받아 부가가치세 매입세액 공제 및 법인소득금액 계산시 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 ○○○(주)로부터 교부받은 쟁점금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인소득금액 계산시 손금부인하여, 2003.6.20. 청구법인에게 2000년 1기분 부가가치세 5,385,300원 및 2000사업연도분 법인세 8,393,300원, 합계 13,778,600원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2003.9.1. 이의신청을 거쳐 2004.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점금액 관련 공사는 ○○○ 신축 전기공사로, ○○○ 신축공사 감리단이 공사에 필요한 자재구입처를 ○○○(주)로 지정하고 또한 감리단의 지시에 따라 구입대금도 ○○○(주)에 직접 지급하였는 바, 청구법인은 ○○○(주)와 쟁점금액의 실물거래를 하고 대금을 지급한 사실이 틀림없으므로 쟁점금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인에게 쟁점금액의 세금계산서를 교부한 ○○○(주)는 자료상으로 판정되어 사법당국에 고발된 사실이 확인되므로, 동 법인으로부터 교부받은 쟁점금액의 세금계산서는 매입세액 불공제 및 법인소득금액 계산시 손금부인함이 타당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 ○○○(주)와 쟁점금액의 거래를 실지 하였는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략) (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (3) 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 ○○○세무서장이 2002.6.28. ○○○(주)를 자료상 혐의자로 검찰에 고발한 사실이 있으므로 청구법인이 ○○○(주)로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라는 의견이다.

(2) ○○○세무서 ○○○이 2002년 6월 작성한 자료상혐의자 조사 종결 복명서를 보면, ○○○(주)의 가공거래 내역은 아래와 같으며, 조사자 의견란에 "실거래로 확인된 법인이 상당수 있는 등 일부 실지거래를 하였을 것으로 보여지므로 자료파생시 이를 참고토록 자료 파생할 예정"이라고 되어 있음이 확인된다.

○○○(주)의 가공거래 내역 (단위: 천원, %)○○○

(3) 청구법인은 1999.8.5. ○○○으로부터 ○○○신축전기공사를 1,873백만원에 발주 받았으며, ○○○ 신축공사 감리단이 2000.3.7. 문서번호 ○○○로 청구법인에게 전선 납품업체로 ○○○(주)를 선정하여 통보한 사실이 확인된다.

(4) 또한, 2000.4.9. 동 감리단이 청구법인 등과 "○○○ 신축전기공사 제3차공사에 관하여 긴급회의"를 열고 청구법인에게 납품업체에 대한 대금 지불 방법을 "청구법인의 현장대리인이 공사대금 수령 후 납품사에 직접 지불하는 방법으로 한다"라고 구체적으로 지시한 사실이 확인되며, ○○○(주)[2000.6.12.부터 ○○○(주)로 상호 변경함]의 대표이사 박○○○도 거래사실을 인정한 확인서를 작성하여 제시하였음이 확인되고, ○○○ 신축전기공사는 준공이 완료된 사실도 확인된다.

(5) 한편, 청구법인이 제시한 청구법인의 ○○○ ○○○을 보면, 2000.6.23. ○○○으로부터 타행환현금 435,317,423원이 입금되었다가, 같은 날짜에 현금으로 233,419,140원, 2000.6.26. 현금으로 109,832,822원이 인출되었음이 나타나는 바, 청구법인이 ○○○ 신축공사 감리단의 지시내용에 따라 납품업체에 대하여 원자재 대금을 지급한 사실을 알 수 있다.

(6) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인에게 쟁점금액의 세금계산서를 교부한 ○○○(주)는 가공거래 비율이 50%에 미치지 못한 점, ○○○ 신축공사 감리단이 청구법인에게 전선 납품업체로 ○○○(주)를 선정하여 통보한 사실 및 납품업체에 대한 대금 지급 방법을 구체적으로 지시한 사실과 이에 따라 청구법인이 대금을 지급한 점 및 ○○○(주)가 청구법인과의 거래사실을 인정한 점 등을 감안하면 청구법인과 ○○○(주)의 쟁점금액의 거래가 사실이라고 인정되는 바, 단지 ○○○(주)가 검찰에 고발된 자료상이라는 이유만으로 ○○○(주)가 청구법인에게 교부한 쟁점금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.