조세심판원 심판청구 법인세

감가상각자산의 내용 여부

사건번호 국심-2004-부-3597 선고일 2005.10.10

매립장의 감가상각비 계산에 있어 내용연수의 적용을 구축물로 본 사례

심판청구번호 국심2004부3597(2005. 10. 10.)

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 산업폐기물 재활용업을 영위하는 법인으로 1997.12.1. 개업한 이래 폐기물 매립장(면적 25,508㎡, 용량 783,518㎥)을 2차(1차 매립장 1,540,007천원, 2차 매립장 2,915,520천원, 계 4,455,527천원)에 걸쳐 건설하고 건설중의 건설가계정에 계상하였다가 준공후 시설장치계정으로 회계(대체)처리하였으며, 법인세법상 감가상각비의 내용연수를 적용함에 있어서 법인세법시행규칙 별표6의 구분 "1"에 규정한 업종별 자산에 해당한다고 보아 2000∼2002사업연도 법인세 신고시 신고내용연수를 4년(기준내용연수 5년)을 적용하여 감가상각비를 계상하고, 동 설비 투자가액을 기준으로 중소기업투자준비금(2001사업연도 279,772천원, 2002사업연도 132백만원)을 설정하여 손금산입하였다.
  • 나. 처분청은 위 폐기물 매립장의 시설장치에 대하여 감가상각비를 계상하는 내용연수를 적용함에 있어서 법인세법시행규칙 별표6에 해당하는 업종별 자산의 내용연수를 적용하는 자산이 아니라 동 규칙 별표5의 구분 "3"에서 규정한 자산(구축물)중 폐기물관련 구축물의 내용연수(10년)를 적용할 자산으로 보아 청구법인의 신고내용연수 4년을 부인하고 위 폐기물관련 기준내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 재계산하고 한도초과액을 손금부인하는 한편, 위매립장은 중소기업투자준비금 설정대상 자산에 해당하지 아니하므로 동 준비금을 손금부인하여 고지하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 2003.8.27. ○○○에게 과세전적부심사청구를 하였고, 이에 대하여 ○○○은 위 매립장 공사비 4,455,527천원중 토 공사비, 혼합층 및 차수막 공사비, 천공 및 발파 작업비, 시트부수 공사비 등 토지에 정착된 공작물과 관련된 공사비 4,258,194천원(이하 "쟁점매립장"이라 한다)은 법인세법시행규칙 별표5의 구분 "3"에 해당하는 폐기물관련 구축물로, 당해 폐기물관련 구축물과 구분이 가능한 수전시설, 계근대, 지하수개발, 세륜기, CCTV, 수중펌프 및 모타, 압축기 등 처리시설과 관련된 공사비 197,333천원은 동 규칙 별표6의 구분 "1"에 해당하는 업종별 자산으로 구분하여 일부를 인용하도록 결정하였다.
  • 라. 이에 처분청은 쟁점매립장에 대하여 법인세법시행규칙 별표5의 구분 "3"에 해당하는 폐기물관련 구축물의 기준내용연수(10년)를 적용하여 감가상각비를 재계산하고 청구법인이 과다계상한 감가상각비 2,522,557천원(2000사업연도 1,142,800천원, 2001사업연도 1,095,549천원, 2002사업연도 284,208천원)을 손금부인하였으며, 법인세법시행규칙 별표5에 해당하는 구축물은 중소기업투자준비금 설정대상 자산이 아니라고 보아 청구법인이 손금산입한 중소기업투자준비금중 쟁점매립장의 해당분 395,761천원(2001사업연도 268,895천원, 2002사업연도 126,866천원)을 손금부인하여 2004.1.2. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 547,598,340원, 2001사업연도 법인세 428,113,210원, 2002사업연도 법인세 109,544,890원, 합계 1,085,256,440원을 결정고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.30. 이의신청을 거쳐 2004.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점매립장의 감가상각비를 계산함에 있어서 법인세법시행규칙 별표5의 내용연수를 적용받는 구축물로 볼 것인지, 아니면 동 규칙 별표6의 내용연수를 적용받는 업종별자산으로 볼 것인지 여부 등 감가상각비를 계산하는 내용연수를 적용함에 있어서 세법은 구축물과 업종별자산의 정의를 하지 아니하였으므로 구축물은 특정 업종에 관계없이 범용성을 가진 것으로 보아야 하고, 업종별자산은 당해 기업이 영위하는 업종과 유기적 관련성이 있는 자산으로 보아야 타당한 바, 쟁점매립장의 경우 건물이나 토지 등의 효용과 관련된 종속물이 아니라 결정적이고 독자적인 역할을 하는 하나의 설비에 해당하므로 법인세법시행규칙 별표5의 내용연수를 적용받는 구축물이 아니라 동 규칙 별표6의 내용연수를 적용받는 업종별자산에 해당한다고 봄이 타당하다. 청구법인의 폐기물처리업은 조세특례제한법에서 규정하는 중소기업투자준비금 등의 투자관련 조세감면대상 업종에 해당하고, 쟁점매립장은 사업용 자산에 해당하며, 4년에 걸쳐 매립이 완료되었으므로 감가상각비를 계산할 내용연수도 4년으로 함이 수익과 비용이 대응되어 감가상각비의 정의에도 부합된다. 쟁점매립장의 투자자금을 추천한 ○○○의 추천서에서 보듯이 동 설비는 조세특례제한법 제25조 (환경·안전설비투자 등에 대한 세액공제)의 규정 등에 의한 환경·안전설비로서 법인세법시행규칙 별표5에서 규정한 구축물이 아니라 법인세법시행규칙 별표6에서 규정한 업종별(사업용)자산에 해당하므로 이 건 부과처분은 부당하다. 쟁점매립장의 경우 토목, 옹벽공사 및 침출수 처리시설(혼합층 및 차수막 공사)로 이루어져 있는 바, 이를 업종별자산으로 볼 수 없다면 그 중 침출수 처리시설은 청구법인의 업종에만 존재하는 특수시설로서 소모성 자재(특수시트, 파우다, 부직포 등)와 관으로 이루어져 있으므로, 쟁점매립장의 설비중 침출수 처리시설은 업종별자산으로 인정하여야 한다. 특히, 청구법인은 쟁점매립장에 대하여 조기에 상각(업종별 자산의 경우 내용연수가 5년이나 25% 차감한 4년으로 신고)하겠다는 의사를 명백히 하였으므로 이를 구축물로 보더라도 기준내용연수 10년에서 25%를 차감한 8년을 적용하여야 하며, 조세특례제한법에서 폐기물매립 처리시설업은 중소기업투자준비금 설정대상업종으로 규정하고 있고, 쟁점매립장은 청구법인이 투자할 수 있는 단 하나의 유형자산에 해당하므로 중소기업투자준비금 설정대상 자산으로 보아야 한다.

(2) 가산세 적용여부 청구법인은 동종 업계가 통상적으로 채택하고 있는 방법으로 쟁점매립장을 감가상각하였고, 세법 해석상 견해의 대립이 있을 수 있어 전문가로부터 자문을 받아 신고한 사정 등에 비추어 만약 세법상 적용이 잘못 되었다 하더라도 그 잘못은 전적으로 납세자의 부담으로 돌려 가산세를 부과함은 부당하며, 이 건 부과결정이 정당하다고 하더라도 소규모 중소기업인 청구법인이 조세탈루의 의사도 없이 단순한 손익의 귀속시기의 차이에 따라 거액의 가산세(365,687천원)을 부과함은 너무 가혹하므로 가산세 부과처분을 취소하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점매립장의 감가상각비를 계산함에 있어서 법인세법시행규칙 별표5의 내용연수를 적용받는 구축물로 볼 것인지, 아니면 동 규칙 별표6의 내용연수를 적용받는 업종별자산으로 볼 것인지 여부 등 쟁점매립장은 산허리를 깎은 평지에 대형 구덩이를 파서 침출수 방지시설 등을 한 후, 산업폐기물(산업폐기물을 태운 재가 대부분)을 매립하는 시설로서, 주공사비로는 토 공사비, 차수막 공사비, 천공 및 발파작업비 등으로 구성되어 건축법에서 정의하고 있는 건축물중 구축물에 해당된다 할 것이고, 산업폐기물의 경우 수십 년을 매립 및 사후관리되어야 하는 것이므로 내용연수상 4년 내지 5년을 적용할 수 없다 할 것이다. 청구법인의 경우 법인세 신고시 쟁점매립장을 포함한 전체 폐기물 매립장에 대하여 감가상각비를 계상함에 있어서 법인세법시행규칙 별표5에서 규정한 구축물의 내용연수(10년)를 적용하여 신고한 것이 아니라 동 규칙 별표6의 업종별자산에 대한 내용연수를 적용하여 신고내용연수 4년을 적용하였는 바, 쟁점매립장의 경우 법인세법시행규칙 별표5에서 규정하는 구축물에 해당하므로 당해 자산의 기준내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 재계산하여 과세한 처분은 정당하다. 또한, 조세특례제한법의 규정에 의하면, 법인세법시행규칙 별표5에 해당하는 자산(구축물)은 중소기업투자준비금 설정대상이 아니므로 신고시 손금산입한 중소기업투자준비금을 손금부인한 처분도 정당하다.

(2) 가산세 적용여부 과다 계상된 감가상각비 등에 대하여 손금부인하여 신고 누락된 각 사업연도 소득금액에 대한 경정시 가산세를 적용한 것과 관련하여 청구법인이 주장하는 것과 같이 법인세 신고시 전문가로부터 자문을 받는 등 논란의 소지가 있어 정당한 의무를 다할 수 있었음에도 이를 이행하지 아니한 사항이므로 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점매립장의 시설장치에 대하여 감가상각비를 계산함에 있어서 법인세법시행규칙 별표5의 구분 "3"에 해당하는 구축물중 폐기물관련 구축물의 내용연수를 적용할 자산으로 볼 것인지, 아니면 동 규칙 별표6에 해당하는 업종별자산의 내용연수를 적용할 자산으로 볼 것인지 여부 및 쟁점매립장에 대하여 조세특례제한법의 규정에 의한 중소기업투자준비금 설정대상 자산에 해당한다고 볼 것인지 여부

② 과다 계상된 감가상각비 등에 대하여 손금부인하고 경정하면서 가산세를 적용한 처분의 당부

  • 나. 관련법령 (1) 법인세법 제23조 【감가상각비의 손금불산입】① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 이를 손금으로 계상(결산을 확정함에 있어서 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다)한 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 “상각범위액”이라 한다)의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. (2) 법인세법시행령 제28조 【내용연수와 상각률】① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다.

1. 재정경제부령이 정하는 시험연구용 자산과 제24조 제1항 제2호의 규정에 의한 무형고정자산 재정경제부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 재정경제부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 “상각률”이라 한다)

2. 제1호외의 감가상각자산 구조 또는 자산별·업종별로 재정경제부령이 정하는 기준내용연수(이하 “기준내용연수”라 한다)에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 재정경제부령이 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위" 라 한다)안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 “신고내용연수”라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각호의 신고기한내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다. (3) 법인세법시행규칙 제15조 【내용연수와 상각률】③ 영 제28조 제1항 제2호에서 “재정경제부령이 정하는 기준내용연수” 및 “재정경제부령이 정하는 내용연수범위”라 함은 각각 별표 5 및 별표 6에 규정된 기준내용연수 및 내용연수범위를 말한다. 〔별표 5〕○○○

3. 구분 3과 구분 4를 적용함에 있어서 건물중 변전소, 발전소, 공장, 창고, 정거장·정류장·차고용 건물,폐수 및 폐기물처리용 건물, 유통산업발전법시행령에 의한 대형점용 건물(당해 건물의 지상층에 주차장이 있는 경우에 한한다), 구축물중 하수도, 굴뚝,경륜장, 포장도로와 폐수 및 폐기물처리용 구축물과 기타 진동이 심하거나 부식성 물질에 심하게 노출된 것은 기준내용연수를 각각 10년, 20년으로 하고, 내용연수범위를 각각 (8년∼12년), (15년∼25년)으로 하여 신고내용연수를 선택적용할 수 있다. 〔별표 6〕○○○

1. 이 내용연수는 별표 3 및 별표 5의 적용을 받는 자산을 제외한 모든 감가상각자산에 대하여 적용한다. (4) 조세특례제한법 제4조 【중소기업투자준비금의 손금산입】① 대통령령이 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 “사업용자산”이라 한다)의 개체 또는 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용자산가액에 100분의 20을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (5) 조세특례제한법시행령 제3조 【중소기업투자준비금의 범위 등】① 법 제4조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용자산”이라 함은 사업용 고정자산 중 재정경제부령이 정하는 것을 말한다. (6) 조세특례제한법시행규칙 제3조 【사업용자산의 범위】① 영 제3조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 법인세법시행규칙 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산을 말한다. (단서 생략) (7) 법인세법 제76조 【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

  • 가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
  • 나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항·제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다. (가) 이 건 폐기물 매립장의 매립허가 용량에 대한 허가내역은 아래<표1>과 같다.○○○ (나) 청구법인은 위 폐기물 매립장을 건설하고 동 매립장을 조성하기 위하여 발생한 토목공사, 차수막공사 등 폐기물 매립장조성비 4,455,527천원(1차 1,540,007천원, 2차 2,915,520천원)을 건설가계정에 계상하였다가 준공후 시설장치계정으로 회계(대체)처리한 후, 감가상각비를 계산함에 있어서 법인세법시행규칙 별표6의 구분 "1"에 해당하는 업종별 자산으로 보아 신고내용연수 4년(기준연수 5년)을 적용하여 계산한 감가상각비를 손금산입하였으며, 이에 대한 중소기업투자준비금을 설정하여 손금산입하였다. (다) 처분청은 1차 매립장 조성비 및 2차 매립장 조성비에 대한 감가상각비를 계산함에 있어서 아래 <표2>와 같이 법인세법시행규칙 별표6의 구분 "1"에 해당하는 업종별 자산 및 동 규칙 별표5의 구분 "3"에 해당하는 폐기물관련 구축물로 구분한 후, 구축물에 대하여는 신고내용연수 4년을 부인하고 기준내용연수 10년을 적용하여 감가상각비를 재계산하여 아래 <표3>와 같이 한도초과액을 손금부인하고 중소기업투자준비금 설정대상이 아니라는 이유로 동 준비금도 손금부인하였다.○○○

(2) 쟁점①에 대하여 (가) 이 건 폐기물 매립장 조성비와 관련하여 처분청이 위 <표2>와 같이 구축물 및 업종별 자산으로 구분한 세부내역은 아래 <표4> 및 <표5>와 같다.○○○ (나) 먼저, 위 <표4> 및 <표5>에서 쟁점매립장과 관련된 토공사, 토목공사, 혼합층 및 차수막 공사비 등을 법인세법시행규칙 별표5에서 규정하는 자산(구축물)과 관련된 것으로 볼 것인지, 아니면 법인세법시행규칙 별표6에서 규정하는 업종별자산과 관련된 것으로 볼 것인지 이에 대하여 본다. 폐기물처리법에 의한 폐기물처리업의 사업용 자산으로 보는 법인세법시행규칙 별표6에는 옹벽은 포함되지 아니하고 구축물에 포함하는 것인 바(제도 46012-10278, 2001.3.26. 참조), 이 건 쟁점매립장과 관련된 것은 위에서 보듯이 폐기물 매립을 위한 옹벽공사 및 바닥공사(혼합층 및 차수막 공사) 등을 위한 것으로 되어 있어 법인세법시행규칙 별표6에 해당되는 업종별 자산과 관련된 것으로 보기보다는 법인세법시행규칙 별표5에 해당되는 구축물과 관련된 것으로 봄이 타당하다. 법인세법시행규칙 별표5의 구분 "3"에 의하면, 이에 해당하는 자산(구축물)중 폐수 및 폐기물 처리용 구축물은 기준내용연수를 10년으로 하고 신고내용연수 범위를 8년∼12년을 선택 적용할 수 있도록 규정하고 있고, 청구법인의 경우 법인세법시행규칙 별표6의 자산에 대해서만 감가상각방법 및 감가상각내용연수를 신고한 사실이 있을 뿐 법인세법시행규칙 별표5의 자산(구축물)에 대하여는 이를 신고한 사실이 없으므로 신고하지 아니한 구축물에 대하여는 이에 해당하는 기준내용연수(10년)를 적용하여 감가상각비를 재계산함이 타당하다고 판단되므로, 기준내용연수에서 25%를 차감한 8년을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다. (다) 다음, 쟁점매립장을 중소기업투자준비금의 설정대상인 사업용 자산으로 볼 수 있는지 이에 대하여 본다. 조세특례제한법 제4조 제1항 의 규정에 의하면, 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용 자산의 신규취득에 소요되는 자금에 충당하기 위하여 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도 종료일 현재의 사업용 자산가액의 100분의 20 범위 내에서 손금에 산입할 수 있다고 규정하고 있고, 조세특례제한법시행령 제3조 및 동 시행규칙 제3조의 규정에서 대통령령이 정하는 사업용 자산이란 법인세법시행규칙 별표6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산을 말한다고 규정하고 있다. 쟁점매립장의 경우 위에서 보듯이 법인세법시행규칙 별표6의 구분 "1"에 해당하는 업종별 자산이 아니라 법인세법시행규칙 별표5의 구분 "3"에 해당하는 자산(구축물)중 폐기물관련 구축물에 해당하고, 별표5에 해당하는 구축물은 중소기업투자준비금의 설정대상인 사업용 자산에 해당한다고 보기는 어려우므로, 청구법인이 중소기업투자준비금을 설정하여 손금산입한 금액중 법인세법시행규칙 별표6의 업종별 자산에 상당하는 금액만 손금으로 인정하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 법인세법상 과소신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라 할 것이고, 이와 같은 제재는 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(○○○). 법인세법시행규칙 별표5에 의하면, 구축물은 기준내용연수가 20년으로 되어 있고, 구축물중 폐기물 처리용 구축물은 기준내용연수를 10년을 적용할 수 있도록 규정되어 있는 점을 감안할 때, 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 이 건 과소신고 등에 대하여 관련 가산세를 가산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)