매입세액공제 여부

심판청구번호 국심2004구4195(2005. 10. 21.) 行션Α莫�세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2002.12.23. 개업하여 ○○○라는 상호로 제조업(조립금속)을 영위하는 법인으로, 2003.2.25. ○○○(이하"청구외법인"이라 한다)로부터 ○○○ 외 1필지 공장용지 17,939㎡ 및 건물 6,832.18㎡와 기계장치 등을 33억원에 취득(토지 15억원, 건물 2억원, 기계장치 16억원)한 것으로 하고 2003.3.25. 건물분 및 기계장치분에 대하여 각각 2억원 및 16억원의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 1억 8000만원을 부가가치세 매입세액으로 공제하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 취득한 건물 등의 실지 거래가액을 2,932,810,308원(토지 1,621,301,890원, 건물 818,294,691원, 기계장치 493,213,727원)으로 산정하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 건물분의 경우 당초 신고분만을 매입세액 공제하고, 기계장치의 경우 과다수취분은 매입세액 불공제하여 2004.8.17. 청구법인에게 2003년 1기분 부가가치세 143,882,210원을 결정고지하고 실지 거래가액과의 차액 416,038,850원을 청구법인의 대표이사에게 상여로 소득처분하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 취득한 건물 등의 개별자산에 대한 매매가액이 불분명하여 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 의 규정에 따라 감정가액으로 취득가액을 안분하면 건물 818,294,691원, 기계장치 493,213,727원으로 산정되는 바, 건물과 기계장치를 합하여 과세분 공급가액이 1,311,508,418원이므로 당초 건물과 기계장치를 합한 쟁점세금계산서상 공급가액 18억원과의 차액 488,491,582원에 대하여만 매입세액을 불공제하여야 함에도 건물분에 대하여는 실지 취득한 공급가액을 인정하지 아니하고 당초 신고한 세금계산서상 공급가액에 대하여만 매입세액을 공제한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인이 건물 등을 청구외법인으로부터 구입하고 장부상에는 실지거래가액보다 과다하게 계상한 것은 사실이나, 당시 청구법인의 대표이사 이○○○으로부터 1,571,000,000원 상당의 가수금이 유입되어 동 법인의 사업용자산을 인수하는데 사용되었으며 가공자산 계상시 발생한 유출자금은 장부기표는 되지 않았으나 실제로 사업용자산 인수시 유입된 가수금을 변제하였으므로 416,038,850원을 청구법인의 대표이사에게 전액 상여처분한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 취득한 자산중 기계장치에 대한 안분가액은 493,213,727원으로, 당초 청구법인이 처분청에 신고한 16억원과의 차액은 매입세액 불공제대상이며, 건물분 안분가액은 818,294,691원이나 처분청에 신고한 세금계산서상 공급가액은 2억원이므로 세금계산서 미수취분 618,294,691원에 대하여 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2003사업연도 결산서상 청구법인의 대표이사 이○○○과 가수금에 대한 권리의무를 확정하였음에도, 변칙 유출한 자금을 가수반제라고 주장하면서 사후적, 임의적으로 채권채무를 변동시키는 것은 인정할 수 없으며 청구법인의 설립시에 발생한 가수금은 이미 반제된 사실이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 건물 및 기계장치를 함께 취득하고 각각 매입세금계산서를 교부받았으나 그 취득가액이 각각 사실과 다른 경우, 매입세액 공제를 교부받은 매입세금계산서의 합계액 범위 내에서 인정할 수 있는지 여부

② 사외유출된 금액이 대표자 가수금을 반제한 것으로 보아 상여처분 대상에서 제외할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 쟁점 ① 관련법령 (1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 (2) 부가가치세법시행령 제53조 【세금계산서】 ① 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호·성명·주소 2의 2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

(3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 쟁점② 관련법령 (1) 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우 에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처 분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제 외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 사업용 자산을 33억원에 취득(토지 15억원, 건물 2억원, 기계장치 16억원)한 것으로 하고 건물 및 기계장치에 대하여 각각 2억원 및 16억원의 세금계산서를 교부받아 1억 8000만원을 부가가치세 매입세액으로 공제하여 신고하였으나, 처분청은 사업용 자산의 실지거래가액을 2,932,810,308원(토지 1,621,301,890원, 건물 818,294,691원, 기계장치 493,213,727원)으로 산정하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 건물의 경우 당초 신고분만을 매입세액 공제하고 기계장치의 경우 과다수취분은 매입세액 불공제하여 2004.8.17. 청구법인에게 2003년 1기분 부가가치세 143,882,210원을 결정고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 사업용자산중 건물과 기계장치를 감정가액으로 안분한 과세분 공급가액의 합계액이 1,311,508,418원이므로 당초 신고한 건물 및 기계장치분에 대한 공급가액 18억원과의 차액 488,491,582원에 대하여만 매입세액을 불공제하여야 함에도 건물에 대하여는 실지 취득한 공급가액을 인정하지 아니하고 당초 신고한 세금계산서상 공급가액에 대하여만 매입세액을 공제한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (다) 부가가치세법 제16조 제1항 및 같은법시행령 제53조 제1항의 규정에 의하면 세금계산서에 기재할 사항 중 필요적 기재사항(부실기재시 매입세액불공제대상)과 임의적기재사항으로 구분하고 있으며, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 2 규정에서 재화 등을 공급받을 때 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 필요적기재사항(공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 임의적 기재사항(공급품목, 단가와 수량, 공급연월일, 거래의 종류 등)이 부실기재된 매입세금계산서는 매입세액불공제대상이 아님을 알 수 있다. (라) 이 건의 경우, 청구외법인과 토지 및 건물과 기계장치를 일괄거래하면서 사업자간의 거래편의를 위하여 토지 및 건물과 기계장치로 분리하여 세금계산서를 수수함으로써 사실상 공급품목과 단가가 사실과 다르게 기재되어 있는 것은 사실이나, 청구법인이 교부받은 매입세금계산서는 총매입금액 범위에서 각 품목별로 공급가액을 안분과정에서 착오가 발생되어 품목별로는 처분청이 안분한 공급가액과 청구법인이 교부받은 공급가액이 차이는 있으나 세금계산서 기재사항 중 공급품목의 착오는 임의적 기재사항의 부실기재사항으로 매입세액불공제대상이 아닌 점과 청구법인이 교부받은 쟁점세금계산서가 동일인으로부터 동일자에 교부받은 세금계산서라는 점에서 볼 때, 세금계산서 단위별로 구분하여 매입세액공제여부를 판단할 것이 아니라 청구법인이 청구외법인으로부터 토지와 건물 및 기계장치를 실지 매입하고 교부받은 매입세금계산서상 금액을 합계한 공급가액의 범위내에서 매입세액공제여부를 판단하여야 할 것이다. 따라서, 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 매입세금계산서 18억원(건물 2억원, 기계장치 16억원)중 매입세액으로 인정할 수 있는 세금계산서 가액을 1,311,508,418원(건물 818,294,691원, 기계장치 493,213,727원)으로 하여야 할 것이다

(2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인이 건물 및 기계장치 등을 청구외법인으로부터 구입하고 장부상에는 실지 거래가액보다 과다 계상한 것은 사실이나, 당시 청구법인의 대표이사 이○○○으로부터 1,571,000,000원 상당의 가수금이 유입되어 동 법인의 사업용자산을 인수하는데 사용되었으며 가공자산 계상시 발생한 유출자금으로 위 가수금을 변제하였으므로 청구법인의 대표이사에게 상여처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구법인은 ○○○ 외 1필지 공장용지 17,939㎡ 및 건물 6,832.18㎡와 기계장치를 취득하면서 실지취득가액 3,063,961,150원(공급대가)보다 416,038,850원(쟁점금액)이 과다한 3,480,000,000원(공급대가)으로 장부에 기장하였는 바, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) ○○○이 2004.10.27. 확인한 청구외법인의 계좌별거래명세표에 의하면 당시 청구법인의 대표이사 이○○○이 2003.1.16.∼2003.2.25.기간중 청구법인의 ○○○에 1,571,000,000원을 입금한 것으로 나타나나 동 입금액은 계정별 원장의 가수금 입금액과는 일치하지 아니한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 청구법인의 대표이사가 실지로 이○○○에서 송○○○로 변경(등기부상 대표이사 변경일은 2003.2.6.)된 2003.3.3. 현재 장부상 가수금 잔액은 1,233,213,700원이나 청구법인이 주장하는 실지 가수금잔액은 817,213,700원으로 차액 416,000,000은 청구외법인으로부터 건물 및 기계장치를 취득하면서 자산을 416,000,000원만큼 가공으로 계상하여 고정자산 취득대금을 지급한 것으로 처리하였으며 실지로는 이○○○에 대한 가수금반제로 사용되었다고 주장하고 있다. (라) 살피건대, 청구법인은 가공자산 계상시 발생한 유출자금은 장부기표는 되지 않았으나 실제로 사업용자산 인수시 유입된 가수금을 변제하였다고 주장하나, 당시 청구법인의 대표이사 이○○○이 2003.1.16.∼2003.2.25.기간중 청구법인에 1,571,000,000원을 입금한 것으로 나타나나 동 입금액은 계정별 원장의 가수금 입금액과는 일치하지 아니하여 가수금의 정확한 액수가 확인되지 아니할 뿐만 아니라, 청구법인이 쟁점금액을 반제한 사실을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있어, 청구법인이 쟁점금액을 대표이사에게 지급한 것으로 볼 수밖에 없다 할 것이다. 따라서, 청구법인이 과다계상한 쟁점금액이 사외유출된 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.