창업벤처중소기업에 대한 세액감면 적용 여부

심판청구번호 국심2004구 3762(2006.3.10)

청구법인은 2002.7.1. ○○○에서 무선통신기기제조업으로 설립된 법인으로서 청구법인의 대표이사 이○○○의 개인사업체인 "○○○"에서 법인으로 전환한 업체이다. 청구법인은 이○○○로부터 동 사업장을 포괄적으로 양수하였다 하여 2002사업연도 및 2003사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제6조 규정의 창업중소기업에 대한 세액감면을 신고하였다. 이에 대하여 ○○○지방국세청장은 청구법인이 법인전환과 관련하여 개인이 적용 받던 조세특례제한법 제6조 의 세액감면을 잔존감면기간 동안 승계(적용) 받기 위하여는 조세특례제한법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조에 따라 그 법인설립일부터 3월이내에 신설법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양수하여야 함에도 사업장의 일부 자산이 양수되지 아니하여 동 세액감면규정을 적용할 수 없다 하여 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2002사업연도 및 2003사업연도에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 조세특례제한법 제7조 의 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 2004.6.22. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 38,010,990원, 2003사업연도 법인세 146,702,620원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.9.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 사업양수도계약서에 '사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도·양수한다' 고 기재되어 있고, 개인사업자이었던 이상호가 80%의 지분을 보유한 회사로서 사업을 양도양수함에 있어 권리와 의무의 일부를 제외할 이유가 없으며, 인적자원이나 물적설비, 생산품목과 기술 등도 모두 승계되었고 형태상으로 양도·양수되지 않았다고 하는 매출채권과 매입채무도 실질에 있어서는 양도양수계약을 통하여 승계되었으므로 청구법인이 위 사업장을 양수한 것은 사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄적으로 승계되어 조세특례제한법시행령 제29조 의 사업의 양도·양수로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 처분청의 2004.5.7. '보정할 사항' 안내를 받고 세무대리인 박○○○ 공인회계사에게 보정서류 제출을 일임하였고 동 세무대리인이 자의로 진실성이 없는 1차 서류를 제출하였다고 주장하나, 위 세무대리인이 자료를 제출하였다는 사실만으로 그 진실성을 부인할 수 없고 내용상으로도 제1차 제출서류 중 사업양수도계약서는 청구법인과 대리인의 인감이 날인된 것으로서 그 진실성을 의심할 이유가 없으며, 양도양수목록표만 제외하면 청구법인의 제2차 보정자료와도 다른 점을 발견할 수 없고 이 건 부과처분 이전에 청구법인의 신고서류와 현지확인 등을 거쳐 포괄적 양수도 여부를 판단하였다. 청구법인은 양수도계약서의 서두에 '사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수도 한다'고 명시되어 있고, 채권·채무가 사업의 양도양수시 청구법인에 양수되어 청구법인의 내부통제를 거쳐 장부에 반영한 후 회수와 변제가 이루어졌으므로 채권·채무가 청구법인에게 양수되지 아니하였다는 것은 사실관계를 오해한 것이라고 주장하나, 사업의 양도양수 전후 시점을 비교하였을 때 개인사업자인 이○○○의 사용인과 청구법인의 사용인이 같고 최종 결재권자인 대표이사도 같은 현실에서 단순히 지불결의서 등의 내부서류만으로 누구의 통제 하에 있었는지는 확인하기 곤란하고 또 청구법인이 제출한 지불결의서 사본내역은 2004.5.28. 청구법인이 임의로 제출한 출금전표 사본과 심사자 및 결정자의 서명은 동일하나 그 내용은 상이한 점에서 그 진실성이 의심되며, 사업양도양수여부는 계약서의 문구에 따라 형식적으로 판단하는 것이 아니라 기장내용과 양수시점 이후의 현금흐름 등을 종합하여 판단하는 것인 바, 당초 승계되어야 할 이○○○의 매출채권이 1,356백만원이고 매입채무가 1,941백만원으로 채무가 584백만원 더 많음에도 불구하고 이의 회수 및 변제 이후 이○○○와 청구법인간에 대금정산이 이루어지지 않은 점에서 당해 채권·채무가 승계되었다는 주장은 설득력이 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 개인사업자에서 법인으로 전환함에 있어 개인사업을 포괄적으로 양수도하여 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 잔여 감면기간까지 적용 받을 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

⑤ 제1항 및 제2항의 규정을 적용 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용 받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용 받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조제4항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】④ 제6조제1항 및 제2항의 규정에 의한 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조제1항의 규정에 의하여 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조의 규정을 적용 받을 수 있다. 다만, 제121조의 규정을 적용함에 있어서는 제1항의 규정에 의한 통합전에 취득한 사업용 재산에 한한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서“대통령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 개인사업자에서 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하였으므로 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 잔여기간까지 승계되어야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 관련 자료에 의하면, 이○○○는 ○○○에서 '○○○'이란 상호로 무선통신기기제조업을 개업하여 조세특례제한법 제6조 에 의한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용 받다가 2002.6.30. 이를 폐업하고 2002.7.1. 동일장소에서 상호는 '주식회사 ○○○'으로, 업종은 동일업종으로, 대표이사는 이○○○로 하여 법인으로 전환하였으며, 2002사업연도(2002.6.27.∼2002.12.31.) 주식및출자지분변동상황명세서에 의하면, 청구법인의 발행주식 30,000주 중 대표이사 이○○○가 24,000주(80%), 그의 아들 이○○○이 3,000주(10%)를 소유한 것으로 나타난다.

(2) 또, 처분청은 개인사업자인 이○○○가 청구법인으로 전환하면서, 업종, 거래처, 종업원, 기계장치 등의 고정자산 등을 모두 승계한 사실에 대하여는 인정하나, 개인사업자의 매출채권 1,356백만원 및 매입채무 1,941백만원(이하 "쟁점채권" 및 "쟁점채무"라 한다)를 승계하지 아니하였다 하여 청구법인에게 조세특례제한법 제6조 의 창업중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제하고 같은 법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면을 적용하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 사업양도양수계약서에 의하면, "갑○○○"이 경영하고 있는 ○○○ 3층에 소재하고 있는 '○○○(이하 "회사"라 함)'의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 "을(주식회사 ○○○)"이 포괄적으로 양도·양수함에 대하여 다음과 같이 계약을 체결한다. 제1조 (목적): 본 계약은 "갑"이 운영하고 있는 회사의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 "을"이 양수하고자 하는데 그 목적이 있다. 제2조(양도·양수방법): "갑"은 부가가치세법 제6조제6항 의 규정에 의한 사업양수도에 따른 부가가치세의 면제를 받기 위하여 2002.6.30. 현재의 장부상 사업용 자산 총액에서 부채 총액을 차감한 잔액을 대가로 하여 "을"에게 사업일체를 포괄적으로 양도한다. 제3조(자산, 부채의 평가): 양도·양수의 대상이 되는 자산 총액과 부채총액은 별첨 명세서와 같다. 제4조(자산, 부채의 인도, 인수) "갑"은 본 계약의 효력이 발생하는 날에 자산, 부채의 일체를 "을"에 인도하고 등기등록에 필요한 서류를 "을"에게 제출한다로 기재되어 있는 바, 개인사업체인 ○○○에서 청구법인에게 모든 권리와 의무를 양도양수하는 것으로 나타난다.

(4) ○○○지방국세청장이 조세감면의 적정여부에 대한 검토시 보정요구에 따라 청구법인이 2002.5.14. 제출한 위 양도양수계약서에 첨부된 양도양수목록표에는 토지 196,699천원, 기계장치 40,706천원, 차량운반구 62,471천원, 비품 52,802천원, 건설 중인 자산 213,670천원, 시설장치 922천원, 금형 10,894천원, 개발비 23,616천원 등 합계 601,783천원으로 기재되어 있으나 쟁점채권과 쟁점채무는 기재되지 않았다. 그 후 ○○○지방국세청장의 2차 보정요구에 따라 청구법인이2004.5.24. 제출한 동 양도양수계약서에 첨부된 양도양수목록표에는 외상매출금 440,923천원, 신용카드결제미수금 915,756천원 및 외상매입금 1,941,263천원이 계정별원장과 함께 쟁점채권 1,356백만원과 쟁점채무 1,941백만원이 추가된 것으로 나타난다.

(5) ○○○지방국세청의 현지확인출장복명서에 의하면, 1차 제출서류(2004.5.14.)와 2차 제출서류(2004.5.24.)의 내용이 상이함에 따라 법인의 회계장부 및 전표 등의 실지 확인을 통해 보정서류의 진실성을 확인한 바, 회사내 기장 및 장부비치 현황은 별도의 경리담당부서가 없고 여직원 2명이 기본적인 전표처리작업 등을 수행하고 회사에서 작성한 전표 및 증빙서류는 월2회 기장대리를 하고 있는 회계사무소(공인회계사 박○○○)에 보내 정리하며, 법인의 대표이사 이○○○와 지원그룹장 이○○○은 모두 ○○○주식회사의 엔지니어링 출신으로 회계에 대한 전문적인 지식이 없어 경리업무전반을 회계사무소에 의존하고 있는 형편으로서 법인전환과 관련한 업무처리는 회사의 전문지식 부족에 따라 회계사에 일임하여 정확하게 기억하지 못하고 당해 건과 관련하여 제출된 보정서류의 구체적인 내용에 대하여도 전혀 모르는 상황이었음. 또 법인전환 당시 존재하였던 개인사업자의 삼성전자에 대한 외상매출금, 신용카드결재미수금 및 매입처에 대한 외상매입금의 승계여부를 확인하기 위하여 회사에 보관 중인 법인통장을 확인한 바, 외상매출금의 입금 및 외상매입금의 출금이 법인통장에서 이루어지지 아니하고 개인사업자(이○○○) 명의의 통장에서 결제가 이루어졌으며, 동행한 회계사무소 사무장 윤○○○에게 관련 가수금계정원장 사본을 요구하였으나 경력직원들의 퇴사로 찾기 어렵다고 하는 등 '이미 과세하기로 결정난 것 같은데 무슨 자료를 더 요구하느냐'며 회계사무실로 동행을 거부해 가수금계정을 확인하지 못함으로 기재되어 있다.

(6) 청구법인이 2002.6.30. 사업양수도 당시의 재무상태를 소급하여정리한 개시대차대조표에 의하면, 인수된 자산은 2,054백만원이고(총자산 2,354백만원 중 별단예금 3억원은 자본금임), 인수된 부채는 2,017백만원으로서 차액 37백만원은 2002.9.2. 지급(주주임원·종업원단기차입금계정별원장에 639,082,539원이 나간 것으로 나타나고 여기에 포함되어 반제된 것이라고 주장함)하였으며, 별단예금 3억원은 ○○○지점(○○○)에 유가증권청약증거금으로 2002.6.27. 입금한 것으로 나타난다. 또한, 처분청에 신고된 개인사업자 이○○○(상호: ○○○)의 최종 대차대조표(2002.12.31. 현재로 나타나나 2002.6.30. 현재로 사료됨)에 의하면, 매출채권 1,356,680,609원(외상매출금 440,923,640원, 받을 어음 915,756,969원)과 외상매입금 1,941,263,496원이 계상된 사실이 나타나는 바, 이○○○는 법인전환 직전에 쟁점채권 및 쟁점채무가 있었음을 처분청에 신고한 사실이 확인된다.

(7) 청구법인의 신용카드결제미수금, 외상매출금 및 매입채무계정원장, 출금전표(담당, 팀장, 대표이사 날인 또는 싸인이 개인사업 당시의 출금전표와 동일한 것으로 보임), ○○○은행의 이체처리결과표(입금증), 이○○○ 명의의 ○○○은행 ○○○지점계좌○○○에 의하면, 주식회사 ○○○에서 2002.7.8.∼2002.8.21. 기간 중 9회에 걸쳐 1,356,680,609원이 이○○○ 명의의 계좌로 입금되었다가 2002.7.25.∼2002.8.26. 기간 중 63회에 걸쳐 주식회사 ○○○ 등 63개 업체에 1,941,263,496원이 송금된 사실이 확인된다. (8) 조세특례제한법 제6조 의 창업중소기업 등에 대한 세액감면의 준용규정인 같은 법 제32조제1항 및 제4항에 따라 같은 법 시행령 제29조제2항에서 ″법 제32조제1항에서 '대통령령이 정하는 사업양수도방법'이라 함은 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다″고 규정하고 있을 뿐 사업의 양수도에 관하여 별도로 정의된 바는 없지만, 부가가치세법시행령 제17조제2항 에 의하면, 부가가치세법 제6조제6항제2호 에서 사업을 양도하는 것이란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말하되 그 사업에 관한 권리와 의무 중 미수금이나 미지급금에 관한 것 등을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다고 규정하고 있다. 이는 사업과 직접 관련이 없거나 사업의 동질성을 상실하지 아니하는 범위내에서의 일부 권리·의무를 제외하여도 사업의 양도로 보는 것(같은 뜻: 부가가치세법 기본통칙 6-17-1, -2)이고, 사업용 재산을 비롯한 물적·인적설비 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동질성을 유지하면서 경영주체가 교체된 것을 의미하는 것으로 풀이된다○○○.

(9) 위의 사실과 관련법령을 종합하여 살펴보건대, 통상 개인사업자가 법인으로 전환할 경우, 부가가치세를 내지 아니하기 위하여도 포괄적 양수도가 일반적이며, 같은 장소에서 같은 상호와 같은 업종을 유지하고 부동산, 기계장치, 종업원, 거래처 등 인적 물적 설비를 모두 양수하였을 뿐만 아니라 사업양수도계약서 본문에 개인사업자의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양수도한다고 기재되어 있고, 이○○○는 쟁점채권 및 쟁점채무를 처분청에 최종 신고하였을 뿐만 아니라 채권·채무의 변제가 동일인의 경리직원이 법인전환 후에도 계속 관리한 사실이 장부에 나타나며, 비록 법인계좌가 아닌 개인 이○○○의 계좌이긴 하나 법인전환 이후 2개월 이내 단일 매출처인 주식회사 ○○○로부터 쟁점채권 상당액을 입금 받아 주식회사 ○○○ 등 63개 업체에 대한 쟁점채무 상당액을 갚은 사실이 송금증 등에 의하여 확인되는 바, 채무가 채권보다 많은데 동 채권·채무를 법인에게 넘기지 않을 별다른 이유가 없어 보이고 창업벤처중소기업의 세액감면은 잔존기간에 승계하는 경우임을 감안하면, 이○○○가 개인사업자에서 법인으로 전환하는 과정에서 세무대리인에게 쟁점채권·채무 관련 자료를 넘겨주지 아니한 관계로 세무대리인은 법인이 토지 등 6억여원 상당의 자산을 양수하고 동 금액을 개인 이○○○에게 주어야 하는 것으로 알고 당시 법인이 소유한 자금이 납입자본금 3억원만 있어 부족한 나머지 3억원을 대표자 가수금으로 처리한 것이지 실제는 동 자산 6억여원에 쟁점채권 13억여원을 합한 자산 19억여원과 쟁점채무 19억여원을 양수함으로써 사업의 양수도가 이루어졌다는 청구법인의 주장에 수긍이 간다. 그러하다면 청구법인이 개인사업자 이○○○로부터 쟁점채권과 쟁점채무를 사실상 양수한 것으로 인정함이 상당하므로 무선통신기기제조업의 동질성을 유지하면서 경영주체만을 교체시킨 것으로 개인기업을 포괄적으로 양수하였다고 봄이 타당하다. 따라서, 청구법인의 경우, 개인사업자 당시 감면 받던 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 법인으로 전환이후에도 그 잔존감면기간 동안 적용함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.