고유목적사업준비금 손금산입의 당부

심판청구번호 국심2004구 286(2006.3.14) 02.3.1∼2003.2.28사업연도 법인세 46,345,620원과 2001년도분 증여세 204,691,180원, 2002년도분 증여세 292,187,230원, 2003년도분 증여세 252,023,170원의 부과처분(이의신청결정에 따라 2003.12.3에 2001.3.1∼2002.2.28사업연도 법인세가 115,333,360원, 2002.3.1∼2003.2.28사업연도 법인세가 6,940,170원, 2001년 증여세가 86,891,180원, 2002년 증여세가 155,314,800원, 2003년 증여세가 46,100,900원으로 각각 경정결정됨)은, 청구법인이 2000.9.6 양도한 ○○○ 임야 6,336㎡, 2000.12.1 양도한 ○○○ 임야 949㎡, 2001.4.27 양도한 ○○○의 토지를 증여세 추징대상이 되는 출연재산이 아닌 것으로 보아 증여세를 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

사립학교법에 의한 학교법인인 청구법인은 1965.8.7 청구법인이 취득한 재산 중 ○○○ 임야 6,336㎡, 같은 곳 산29-5 임야 949㎡, 같은 곳 613-1 대 1,070.9㎡(이하 “쟁점양도토지”라 한다)외 3필지 토지를 2000.9.6, 2000.12.1, 2001.4.27 각각 양도하고, ○○○를 2001.3.5 매입하면서, 청구법인의 실제 운영자인 우○○○(출연자의 아들이면서 교장)가 쟁점양도토지의 양도와 관련하여 실제거래금액보다 계약금액을 과소하게 기재하는 방법으로 발생한 차액 404,890천원과 쟁점매입토지의 매입과 관련하여 실제 매입가액보다 계약금액을 과다 하게 기재하는 방법으로 발생한 차액 350,000천원 합계 754,890천원(이하 “쟁점횡령액”이라 한다)을 횡령하여 사용한 사실이 밝혀지자, 청구법인은 2003.7.9 쟁점횡령액 전액을 우○○○로부터 회수한 후, 동 횡령액을 당해사업연도 고정자산처분이익으로 익금산입하고, 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 2003.8.1 법인세를 수정신고하였다. 이에 처분청은 쟁점횡령액이 부당하게 유출되었다 하여, 청구법인이 한 수정신고내용을 인정하지 아니하고, 2003.9.15 청구법인에게 2000.3.1∼2001.2.28사업연도 법인세 199,959,400원, 2001.3.1∼2002.2.28사업연도 법인세 123,909,400원, 2002.3.1∼2003.2.28사업연도 법인세 46,345,620원(이상 특별부가세 포함 세액임)과 2001년도분 증여세 204,691,180원, 2002년도분 증여세 292,187,230원, 2003년도분 증여세 252,023,170원을 결정고지하였다가, 이의신청결정에 따라 분묘이장비 50,000천원과 소유권분쟁으로 인한 토지보상비 지급액 230,000천원을 교육사업용에 사용한 것으로 보아 2003.12.3에 2001.3.1∼2002.2.28사업연도 법인세를 115,333,360원으로, 2002.3.1∼2003.2.28사업연도 법인세를 6,940,170원으로, 2001년도분 증여세를 86,891,180원으로, 2002년도분 증여세를 155,314,800원으로, 2003년 도분 증여세를 46,100,900원으로 경정결정하였으며, 2003.12.16 인정이자에 대한 근로소득세로 2002년 귀속 갑종근로소득세 7,546,300원을 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.9.26 이의신청을 거쳐 2003.12.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 매출액 및 매출원가는 결산조정항목임에도 결산에 반영하지 아니한 매출누락액 및 대응부외원가는 수정신고시 세무조정으로 익금 및 손금산입하는 것이 허용되고 있을 뿐 아니라, 학교법인의 고유목적사업준비금은 법인세법 제61조 제1항 의 규정에 의거 세무조정으로 손금산입할 수 있는 조세특례제한법에 의한 준비금에 해당하므로, 청구법인이 당초 결산에 반영되지 아니한 쟁점횡령액(고정자산처분이익)을 회수하여 이를 세무조정으로 익금산입하고, 대응원가인 고유목적사업준비금을 세무조정으로 손금산입하여 수정신고한 것은 정당한 수정신고임에도 고유목적사업준비금을 손금부인하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점횡령액은 청구법인이 교육사업외에 사용한 것이 아니라 청구법인 모르게 우○○○가 독단적으로 횡령한 것으로 청구법인은 우○○○로부터 횡령금액 전액을 회수하여 원상회복을 한 후, 조세특례제한법 제81조 및 동법시행령 제76조의 규정에 따라 토지양도일로부터 3년이내 교육사업 또는 1년이내 수익용재산의 취득에 사용하였거나 사용중에 있으므로, 당초의 특별부가세 감면세액에 대한 추징처분은 취소되어야 하며, 토지양도대금 횡령액(404,890천원)에 대한 특별부가세도 수정신고에 의하여 감면신청하였으므로, 수정신고를 인정하여 이에 대한 특별부가세도 취소되어야 한다.

(3) 청구법인은 쟁점토지를 불법매각한 것이 아니라 감독관청의 승인을 얻어 매각한 것이며, 우○○○로부터 쟁점횡령액을 회수하여 원상회복한 후 교육청에 보고하였고, 그 사용승인을 얻어 매각재산의 법정사용기한내에 공익목적사업등에 사용하였거나 사용중에 있으므로, 처분청이 공익목적외의 사용으로 보아 증여세를 과세함은 부당하고, 상속세및증여세법 제48조 에서 공익법인이 출연받은 재산을 사후관리하여 증여세를 과세하는 것은 재산을 출연받을 당시 증여세를 비과세한 것과 견련관계에 있다고 할 수 있는 바, 쟁점토지는 청구법인이 무상으로 출연받은 재산이 아니고 대가를 지급하고 유상으로 취득한 재산이므로 쟁점토지가 출연재산임을 전제로 한 이 건 증여세 과세처분은 취소되어야 하며 법인세와 함께 과세하는 이중과세에 해당한다. (4) 상속세및증여세법 제48조 제8항 에는 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인의 임·직원으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 최초 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자에 해당하지 아니한 제3자에 의해 인수되어 운영되고 있는 공익법인과 청구법인과 같이 최초 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자에 의해 운영되고 있는 공익법인을 차별하므로 헌법 제11조의 평등권에 위배되며, 청구법인 운영의 의사결정권한이 있는 이사도 아닌 일반직원인 우○○○에게 동법 신설규정 시행일 이후 지급된 급여등 전액을 청구법인에 가산세로 부과하는 것은 헌법 제13조 제2항의 신뢰보호의 원칙과 과잉금지원칙에 위배되고, 우○○○의 행복추구권 및 직업선택의 자유를 침해하는 위법이 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 수익사업용 보유토지로서, 양도소득금액을 손금으로 인정받기 위하여는 고유목적사업에 지출하기 위하여 준비금을 설정하여 결산에 반영한 경우에만 손금산입이 가능한 것이므로 결산에 반영하지 아니한 쟁점횡령액과 동 인정이자금액에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 세무조정으로 손금산입하고 수정신고한 것은 이를 인정하기 어렵다.

(2) 쟁점횡령액의 일부금액은 이미 3년이 경과하여 감면대상에 해당되지 않을 뿐 아니라, 기간이 경과하지 않은 금액을 나중에 교육목적사업에 사용한다 하더라도, 당초에는 사적인 사용목적으로 사실과 달리 계약서를 작성하고 교육사업에 사용할 계획에 반영하지 않았고, 문제가 발생하자 부득이 회수한 것이므로, 쟁점횡령액은 교육사업사용목적의 조건을 갖추지 못하여 특별부가세의 감면세액 추징은 정당하며, 청구법인이 수정신고시 신청한 감면도 인정하기 어렵다.

(3) 쟁점횡령액은 횡령당시 이미 매각대금을 목적외에 사용한 것으로서 추후 회수되었다 하더라도 회수금액은 당초 매각대금의 사용(횡령)과는 별개의 새로운 행위이므로 처분청이 쟁점토지를 불법매각하고 그 대금을 고유목적사업외에 임의로 사용한 것으로 보아 매각시점을 기준으로 증여세를 과세한 처분은 정당하며, 청구법인은 쟁점토지(양도토지)가 유상으로 취득한 것으로서 출연재산이 아니라고 주장하면서 쟁점토지의 유상취득근거로 등기부등본과 판결문을 제출하고 있으나, 판결문을 살펴보면 상대방의 불출석으로 인해 청구법인의 일방적인 주장을 근거로 소유권이전 판결을 한 것으로서 판결문 어디도 매도인 이○○○, 이○○○이 매도대금을 수령하였다는 내용은 없는 것으로 보아 청구법인이 대가를 지출하고 취득하였다는 주장은 설득력이 없으며, 쟁점토지는 당초 소유자인 이○○○, 이○○○ 명의로 등기된 재산이 아니고 판결과 동시에 1965.8.7 소유권보존 등기를 하면서 학교법인 명의로 이전등기된 것으로 볼 때, 무주상태의 토지를 학교법인이 법원판결을 빌어 대가를 지출하지 않고 법인명의로 이전한 것으로 판단되며, 청구법인이 1996.5.31 ○○○세무서에 제출한 출연재산 명세서에 의거 당해 양도물건이 출연재산임이 확인되고, 또한 2001∼2003년 귀속 법인세 신고시 제출한 출연재산 및 매각재산사용계획서 및 출연재산 사용계획의 진도 및 완료보고서등에 의해 당해 양도물건이 출연재산임이 명백히 확인되는 것으로 보아 쟁점토지는 출연재산에 해당한다고 할 것이므로 증여세를 부과한 당초처분은 정당하다.

(4) 행정실장인 우○○○은 출연자와 특수관계자(조카)로서 28년전에 청구법인에 입사하여 과세처분일 현재까지 근무하고 있는 바, 임원(이사) 초과에 대한 가산세 부과유예기간(상증법 부칙 제7조 제2항)에 해당하지 아니하므로 상속세및증여세법 제78조 제6항 규정에 의거 가산세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 학교법인의 고유목적사업준비금을 세무조정에 의하여 손금산입이 가능한지 여부,

(2) 청구법인의 토지양도금액 중 임직원이 횡령한 금액을 청구법인이 회수하고 특별부가세 감면신청을 수정신고한 것에 대하여 이를 인정할 수 있는지 여부,

(3) 청구법인이 양도한 쟁점양도토지는 출연재산이 아닌 매매에 의한 취득재산이므로 사후관리에 의한 증여세 과세대상이 아니라는 청구주장을 인정할 것인지 여부,

(4) 청구법인의 임직원인 우○○○에게 지급한 급여 등 전액을 증여세 가산세 적용대상으로 볼 것인지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관련법령 쟁점(1) 관련법령

(1) 법인세법(1998. 12. 28 법률 제5581호로 전문개정된 것) 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001. 12. 31 개정)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

2. 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) 제61조 【준비금의 손금계상 특례】 ① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다. (2001. 12. 31 개정)

(2) 법인세법시행령(1998. 12. 31 대통령령 제15970호로 전문개정된 것) 제106조 【소득처분】 ④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만，세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2001. 12. 31 단서개정)

(3) 조세특례제한법(2002.4.20 법률 제6689호로 개정되기 전의 것) 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조 의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2001. 12. 29 개정)

1. 사립학교법에 의한 학교법인 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 의한 비영리법인 (2001. 12. 29 개정) 쟁점(2) 관련법령

(1) 조세특례제한법 제81조 【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】 (삭 제, 2001. 12. 29) ① 다음 각호의 1에 해당하는 소득으로서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 2003년 12월 31일 이전에 토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득

2. 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용재산을 취득하지 아니한 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 특별부가세로 납부하여야 한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다.

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제76조 【학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】(삭 제, 2001. 12. 31) ① 법 제81조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우

2. 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우

3. 법 제81조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 재정경제부령이 정하는 수익용재산(이하 이 조에서 “수익용재산”이라 한다)의 취득에 사용하는 경우

② 법 제81조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 납부하여야 하는 경우는 다음과 같다. (2000. 12. 29 개정)

1. 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지 등을 양도하지 아니하는 경우

2. 양도대금을 교육사업외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 납세지 관할세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다.

3. 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우. 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다.

④ 법 제81조 제4항의 규정에 의하여 세액감면신청을 하고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 쟁점(3)·쟁점(4) 관련법령

(1) 상속세 및 증여세법(2002.12.18 법률 제6780호로 개정되기 전의 것) 제2조 【증여세 과세대상】① 타인의 증여(증여자의 사망으로 인하여 효력이 발생하는 증여를 제외한다. 이하 같다)로 인하여 증여일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 증여재산이 있는 경우에는 그 증여재산에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 증여세를 부과한다.

② 제1항에 규정된 증여재산에 대하여 소득세법에 의하여 수증자에게 소득세가 부과되는 때에는 증여세를 부과하지 아니한다. 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 ① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다.

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000. 12. 29 개정)

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2000. 12. 29 개정) 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000. 12. 29 신설)

⑧ 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인 등의 임·직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. (1999. 12. 28 신설) 제78조 【가산세 등】⑥ 세무서장 등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임·직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (1999. 12. 28 신설)

⑨ 세무서장등은 공익법인등이 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 해당하는 때에는 운용소득 또는 매각대금중 그 사용하지 아니한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다. (2000. 12. 29 신설)

(2) 상속세및증여세법시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】④ 법 제48조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우”라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12. 29 신설)

⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 “매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우”라 함은 매각대금중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12. 29 개정)

⑩ 법 제48조 제8항에서 “출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자”라 함은 출연자(재산출연일 현재 당해 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자를 제외한다)와 제19조 제2항 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 “주주등 1인”은 "출연자" 로 본다. (2003. 12. 30. 항번개정) 제80조 【가산세 등】⑦ 법 제78조 제6항에서 "대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비" 라 함은 당해 이사 또는 임·직원을 위하여 지출된 급료, 판공비, 비서실 운영경비 및 차량유지비 등(의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모，도서관의 사서와 관련된 경비를 제외한다)을 말한다. 이 경우 이사의 취임시기가 다른 경우에는 나중에 취임한 이사에 대한 분부터, 취임시기가 동일한 경우에는 지출경비가 큰 이사에 대한 분부터 가산세를 부과한다. (1999. 12. 31 신설)

⑩ 법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세는 다음 각호의 구분에 따라 부과한다. (2000. 12. 29 신설)

2. 법 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 해당하게 되는 경우로서 매각대금중 사용하지 아니한 금액에 대한 가산세: 매각대금중 제38조 제7항의 규정에 의한 사용기준에 미달하게 사용한 금액의 100분의 10 (2000. 12. 29 신설)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점횡령금액을 회수한 후 2003.8.1 회수된 각 사업연도별 횡령금액을 해당 사업연도별 고유목적사업준비금으로 전입하여 유보처분한 후 손금에 산입하여 소득금액을 조정하고 이를 수정신고한 것으로 나타나고 있으며, 청구법인은 이 건 관련법령인 법인세법 제61조 제1항 에서 규정하고 있는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 규정에 의한 감사인의 회계감사를 받는 비영리 내국법인에 해당하지 않는 사실에 대하여는 다툼이 없다. (나) 청구법인은 학교법인의 고유목적사업준비금은 법인세법 제61조 제1항 의 규정에 의거 세무조정으로 손금산입할 수 있는 조세특례제한법에 의한 준비금에 해당하므로 청구법인이 당초 결산에 반영되지 아니한 쟁점횡령액을 회수하여 이를 세무조정으로 익금산입하고, 대응원가인 고유목적사업준비금을 세무조정으로 손금산입하여 수정신고한 것은 정당함에도 고유목적사업준비금을 손금부인하는 것은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (다) 고유목적사업준비금은 비영리법인이 당해 사업연도의 소득 중 전부 또는 일부를 장래 고유목적사업을 위하여 지출할 자금으로 법인내부에 유보시키는 것이며, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도 소득금액계산에 있어 이를 손금에 산입하는 것으로서 법인세법상 손금으로 인정하는 준비금은 법인이 결산상 당해 준비금을 손금에 계상하는 경우에 한하여 손금에 산입하는 확정결산기준을 채택하고 있는 바, 비영리법인인 학교법인의 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조 에서 규정하는 고유목적사업준비금으로서 법인세법상의 준비금으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. (라) 청구법인은 조세특례제한법 제74조 제1항 의 규정 등을 들어 학교법인의 고유목적사업준비금이 조세특례제한법에서 규정하는 준비금이므로 세무조정에 의하여 손금산입이 가능하다는 주장이나, 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정은 법인세법 제29조 제1항 제4호 에서 규정하는 비영리법인의 고유목적사업준비금의 손금산입과 관련하여 수익사업에서 발생한 소득의 손금산입 범위를 일정율로 제한하는 부분을 2003.12.31 이전에 종료하는 사업연도까지 한하여 한시적으로 해제하는 조세특례에 관한 규정이므로 동 규정을 들어 학교법인의 고유목적사업준비금이 조세특례제한법상의 준비금이라는 주장은 이를 받아들이기 어려우며, 동 규정이 준비금의 손금계상 특례를 규정하는 법인세법 제61조 를 기속하지도 않는 것이므로 외부회계감사를 받는 비영리내국법인에 해당하지 않는 청구법인이 세무조정에 의하여 한 고유목적사업준비금의 손금산입은 이를 인정하기 어려운 것으로 판단된다. (마) 이에 더하여, 설령, 고유목적사업준비금을 조세특례제한법상의 준비금으로 본다고 하더라도 청구법인의 경우에는 당초 신고시를 기준으로 미처분이익잉여금이 존재하고 있었다고 보기 어려울 뿐 아니라, 고유목적사업준비금 해당액이 당해 사업연도의 이익처분에 포함되어 있지 아니하여 준비금의 적립이 있었다고 보기도 어려우므로 청구법인의 수정신고내용을 인정하기는 어렵다 하겠다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점횡령액 중 쟁점양도토지대금 횡령액 404,890천원을 환수하고 수정신고하면서 해당 특별부가세를 감면신청한 것으로 나타나고 있고, 처분청은 청구법인의 감면신청을 부인하고 횡령액을 포함하여 교육목적사업외의 목적에 사용한 금액 1,034,890천원에 대한 특별부가세 감면세액을 추징한 것으로 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 이에 대하여 청구법인은 우○○○의 총 횡령금액(754,890천원)은 청구법인이 교육사업외에 사용한 것이 아니라, 청구법인 모르게 우○○○가 독단적으로 횡령한 것으로서 청구법인이 전액을 회수하여 원상회복한 후 토지양도일로부터 3년이내 교육사업에 사용하거나, 1년이내 수익용재산의 취득에 사용하거나 사용중에 있으므로 감면세액의 추징은 취소되어야 하고, 수정신고한 감면신청을 인정하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (다) 이 건의 경우, 쟁점횡령액이 학교법인의 실질운영자가 사적인 사용목적으로 횡령한 것이므로 교육사업에 사용할 목적으로 양도한 대금에 해당하지 아니할 뿐 아니라, 청구법인이 회수하였다는 횡령액이 청구법인의 결산시 교육사업에 사용할 계획에도 반영되지 않았고, 청구법인의 임원이며 운영자인 우○○○가 횡령한 사실이 확인되자 이를 회수한 것은 특별부가세 감면요건을 충족한 것으로 보기 어려우며, 청구법인이 한 수정신고가 당초신고에 대한 자진 수정신고라기 보다는 운영자의 불법행위가 선행된 수정신고이므로 동 수정신고에 의한 특별부가세 감면신청은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 출연재산인 쟁점토지를 매각하고 그 매각대금 중 쟁점횡령액을 공익목적외에 사용한 것으로 보아 이 건 관련법령인 상속세및증여세법 제48조 제2항 의 규정에 의하여 증여세를 과세한 것으로 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 이에 대하여 청구법인은 상속세및증여세법 제48조 에서 공익법인이 출연받은 재산을 사후관리하여 증여세를 과세하는 것은 재산을 출연받을 당시 증여세를 비과세한 것과 견련관계에 있다고 할 수 있는 바, 쟁점토지는 청구법인이 무상으로 출연받은 재산이 아니고 대가를 지급하고 유상으로 취득한 재산이므로 쟁점토지가 출연재산임을 전제로 한 이 건 증여세 과세처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (다) 쟁점양도토지의 등기부등본에 의하면, 쟁점양도토지는 ○○○의 토지가 1995.11.13부터 필지분할과 용도변경 및 환지를 거쳐 지번과 지목이 변경된 것으로 나타나고 있고, 1965.8.7 소유자인 이○○○, 이○○○을 대위하여 청구법인이 이를 소유권보존등기 신청한 후, 1958.3.22 매매를 원인으로 1965.8.7 청구법인에게 소유권이전된 것으로 나타나고 있으며, ○○○법원 ○○○지원의 판결문○○○에 의하면 청구법인은 쟁점양도토지의 전 소유자인 이○○○와 이○○○을 상대로 ○○○법원 ○○○지원에 쟁점양도토지의 소유권이전등기절차이행소송을 제기하여 승소하였는 바, 동 판결문의 주문은 원고(청구법인)는 1958.3.2 피고○○○로부터 동인 소유인 쟁점토지를 금 1,300원에 매수하여 당일 그 대금을 완제하고 그 소유권이전등기절차는 원고의 요구에 의하여 피고가 이행할 것을 약정한 사실을 피고가 본 건 변론기일에 출석하지도 아니하고 답변서 기타준비서면도 제출하지 않으므로 자백한 것으로 간주한다. 그러므로 피고는 원고에 대하여 전시 매매로 인한 소유권이전등기 절차를 이행할 의무가 있다고 할 것이므로 원고의 본소청구는 정당하다고 하여 이를 인용하고 주문과 같이 판결한다는 내용이다. (라) 청구법인이 제시하는 청구법인의 등기부동본 및 조직변경인가서와 재단법인 설립인가서의 내용을 종합하여 보면, 청구법인은 단기○○○ ○○○장관으로부터 재단법인 ○○○으로 설립인가를 받아 1964.2.15 학교법인 ○○○으로 조직변경된 것으로 나타나고 있는 바 조직변경 인가서상의 재산목록에 의하면, 당시 청구법인의 자산총액은 19,640,880원으로서 쟁점양도토지가 포함되어 있지 않은 것으로 나타나고 있다. (마) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 것이 토지소유권이전청구소송에서 전 소유자의 궐석에 의한 의제자백의 결과에 의한 것이고 청구법인이 실제로 대금을 지급한 사실이 나타나고 있지 않을 뿐 아니라, 청구법인이 1996.5.31 처분청에 제출한 바 있는 출연재산 및 보유토지명세서상에 쟁점양도토지가 출연재산으로 기재되어 있는 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점양도토지를 출연재산이 아닌 매매에 의하여 취득한 재산이라는 주장은 신빙성이 없다는 입장이므로 증여세 과세가 타당한지에 대한 심리에 앞서 처분청의 의견과 같이 쟁점양도토지가 출연재산인지, 아니면 청구법인의 주장과 같이 출연재산이 아니고 청구법인이 매매에 의하여 취득한 재산인지에 대한 것부터 살펴보면, 쟁점양도토지의 등기부상의 등재내용이 처분청의 의견과 같이 의제자백에 의한 승소판결에 기초하여 청구법인이 대위신청한 것이라고 하더라도 등기의 추정력은 적법한 것으로 볼 수 있어 구체적이고 객관적인 반증이 없는 한 등기부상의 사실관계가 유효하다고 할 것이고, 의제자백에 의한 승소판결이라고 하더라도 다른 입증이 없는 한 판결의 내용은 존중되어야 할 것인 바, 처분청의 의견과 같이 단지 의제자백에 의한 판결이라거나 이러한 판결에 의하여 쟁점양도토지의 소유권이전등기를 대위신청하였다거나 또는 청구법인이 출연재산명세서에 쟁점양도토지를 포함하여 재산을 신고한 사실이 있다는 점 만으로는 등기부나 판결문상의 사실관계를 부인하기는 어렵다 할 것이므로 쟁점양도토지는 공부상의 내용과 같이 청구법인이 매매에 의하여 유상으로 취득한 토지로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. (바) 위의 판단사실에 기초하여 쟁점양도토지의 양도에 따른 횡령금액에 대하여 증여세를 과세한 처분이 정당한지에 대하여 살펴보면, 이 건 관련법령인 상속세및증여세법 제48조 에서는 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 포함하지 아니한다고 규정하면서 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우에는 증여세를 과세하도록 규정하고 있는 바, 이는 비영리공익법인은 재단법인 또는 사단법인으로서 설립취지가 사회일반의 이익에 공여하기 위한 사업을 목적으로 하고 있어 이러한 공익사업을 수행하는 자는 국가 또는 지방자치단체가 수행해야 할 업무의 일부를 대신 수행한다 할 것이고, 이에 따라 정부는 공익사업이 그 고유목적사업의 원활한 수행을 할 수 있도록 공익사업에 출연한 재산에 대하여 상속세나 증여세를 부과하지 않도록 한 것이다. 그러나 아무리 정부가 민간부문의 공익사업에의 재산출연을 장려한다고 해서 아무런 사후관리의 장치없이 출연재산을 상속세나 증여세의 과세대상에서 제외한다면 일부에서는 공익과 선행을 앞세워 상속세나 증여세를 회피하는 것은 물론 오히려 출연자의 부의 증식 및 세습수단으로 악용할 우려가 없지 않는 바, 법에서는 출연재산이 공익사업에 적절하게 사용될 수 있도록 공익사업의 범위, 요건 및 사후관리기준을 규정함으로써 민간부문의 공익사업에의 재산출연을 장려함과 동시에 공익을 앞세운 상속세나 증여세의 회피행위를 규제하고 있다. 증여세가 면제되기 위해서는 출연시한내에 적법한 출연이 있어야 하며, 출연이란 일반적으로 당사자 일방이 그 의사에 따라서 재산상의 손실을 봄으로써 타방을 이득시키는 것으로 기부 및 증여를 포함하는 것으로 보아야 할 것인 바, 이 건 쟁점양도토지와 같이 비영리법인이 출연받은 재산이 아니고 직접 유상으로 취득한 재산의 경우는 비영리법인이 이를 취득시 증여세 과세사유가 성립될 여지가 없으며 동 재산을 양도하거나 양도금액이 다른 용도로 사용되는 경우에도 그 양도소득에 대하여 당해 비영리법인에 대한 법인세(특별부가세를 포함한다) 과세사유가 될 수 있으나 증여세 과세요건에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이다. (사) 따라서, 이 건 쟁점양도토지는 청구법인이 출연받은 재산이 아니므로 취득당시부터 증여세 과세요건이 성립하거나 이를 면제받은 것이 아니어서 증여세의 추징사유도 발생할 수 없는 것이고 보면, 동 토지의 양도가액 중 일부가 공익목적사업에 직접 사용되지 않았다 하여 증여세 추징사유에 해당한 것으로 보아 증여세를 과세한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점(4)에 대하여 살펴본다. (가) 이 건 관련법령인 상속세및증여세법 제48조 제8항 에서는 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 대통령령이 정하는 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5인에 미달하는 경우에는 5인으로 본다)의 5분의 1을 초과하여 이사가 되거나, 당해 공익법인 등의 임·직원(이사를 제외한다. 이하 같다)으로 되는 경우에는 제78조 제6항의 규정에 의한 가산세를 부과한다.고 규정하고, 같은법 제78조 제6항에서 세무서장 등은 제48조 제8항의 규정에 의한 이사수를 초과하는 이사가 있거나, 임·직원이 있는 경우 그 자와 관련하여 지출된 대통령령이 정하는 직접 또는 간접경비에 상당하는 금액 전액을 매년 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인 등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.규정하고 있다. (나) 위의 규정은 1999년 12월 28일 신설된 것으로서 공익법인에 대한 출연자 등의 사적지배 특히 타법인의 예속을 방지하기 위하여, 출연자 및 그 특수관계인으로 하여금 공익법인의 의사결정권한이 있는 이사취임 및 임·직원으로 고용되는 것을 제한하되 의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서 등으로 고용되는 경우에는 예외를 인정하고 있는 바, 출연자 또는 그와 특수관계 있는 자가 공익법인 등의 이사 현원(5인 이하인 경우 5인으로 본다)의 1/5을 초과하여 이사가 되거나, 이사가 아닌 임·직원(의사, 학교의 교사, 고아원·탁아소의 보모, 도서관의 사서 제외)으로 되는 경우와 같이 출연자 등이 공익법인 등의 이사취임 제한기준(이사현원의 1/5 이하)을 위반하는 경우에 기준초과 이사 등에 관련된 경비를 가산세로 징수하도록 하는 제도이다. (다) 그런데, 이 건 쟁점이 되는 청구법인의 직원인 우○○○이 위의 규정에 의한 이사현원의 1/5을 초과하는 출연자와 특수관계에 있는 자이며 청구법인의 직원인 사실에 대하여는 청구법인도 다툼이 없는 바, 그렇다면 동 규정의 시행과 함께 우○○○과 관련된 경비는 위의 규정에 의하여 가산세를 부과하는 것이므로 이와 관련한 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단되며, 동 규정의 위헌여부에 대한 판단은 우리심판원의 심리대상이 아니므로 이에 대한 심리는 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.